source: orange-bioinformatics/_bioinformatics/widgets/OWHeatMap.py @ 1867:e75d81c7f764

Revision 1867:e75d81c7f764, 78.0 KB checked in by markotoplak, 7 months ago (diff)

OWHeatMap: selection hack

Line 
1"""
2<name>Heat Map</name>
3<description>Heatmap visualization.</description>
4<contact>Ales Erjavec, Blaz Zupan, Janez Demsar</contact>
5<icon>icons/Heatmap.svg</icon>
6<priority>1040</priority>
7"""
8
9from __future__ import absolute_import
10
11from collections import defaultdict
12import itertools
13import math
14
15import orange
16import orangene
17from Orange.orng import orngClustering
18from Orange.OrangeWidgets import OWColorPalette
19from Orange.OrangeWidgets import OWGUI
20from Orange.OrangeWidgets.ColorPalette import signedPalette
21from Orange.OrangeWidgets.OWClustering import HierarchicalClusterItem, DendrogramWidget, DendrogramItem
22from Orange.OrangeWidgets.OWDlgs import OWChooseImageSizeDlg
23from Orange.OrangeWidgets.OWWidget import *
24
25import functools
26
27DEBUG = False
28
29#BUG: OWHeatMap does not support heatmaps which need a image which is larger than maxint X maxint pixels!
30#and no warning appears
31
32import warnings
33warnings.filterwarnings("ignore", "'strain'", orange.AttributeWarning)
34
35def split_domain(domain, split_label):
36    """ Split the domain based on values of `split_label` value.
37    """
38    groups = defaultdict(list)
39    for attr in domain.attributes:
40        groups[attr.attributes.get(split_label)].append(attr)
41       
42    attr_values = [attr.attributes.get(split_label) for attr in domain.attributes]
43   
44    domains = []
45    for value, attrs in groups.items():
46        group_domain = orange.Domain(attrs, domain.class_var)
47        group_domain.add_metas(domain.get_metas())
48        domains.append((value, group_domain))
49       
50    if domains:
51        assert(all(len(dom) == len(domains[0][1]) for _, dom in domains))
52       
53    return sorted(domains, key=lambda t: attr_values.index(t[0]))
54   
55def vstack_by_subdomain(data, sub_domains):
56    domain = sub_domains[0]
57    newtable = orange.ExampleTable(domain)
58   
59    for sub_dom in sub_domains:
60        for ex in data:
61            vals = [ex[a].native() for a in sub_dom]
62            newtable.append(orange.Example(domain, vals))
63   
64    return newtable
65   
66   
67def select_by_class(data, class_):
68    indices = select_by_class_indices(data, class_)
69    return data.select(indices)
70
71def select_by_class_indices(data, class_):
72    return [1 if class_ == ex.getclass() else 0 for ex in data]
73
74def group_by_unordered(iterable, key):
75    groups = defaultdict(list)
76    for item in iterable:
77        groups[key(item)].append(item)
78    return groups.items()
79
80class PP_callback(object):
81
82    def __init__(self, parts=None, progress_callback=None):
83        self.progress_callback = progress_callback
84        self.parts = parts
85        self.part = -1
86
87    def __call__(self, value):
88        return self.progress_callback(value / self.parts + 100.0 * self.part / self.parts)
89
90    def newpart(self, k=1):
91        self.part += k
92        self.__call__(0)
93 
94
95def hierarchical_cluster_ordering_examples(data, group_domains=None, opt_order=False, pp_callback=None):
96       
97    classVar = data.domain.classVar
98    if classVar and isinstance(classVar, orange.EnumVariable):
99        class_data = [select_by_class_indices(data, val) for val in data.domain.classVar.values]
100    else:
101        class_data = [[1] * len(data)]
102 
103    def indices_map(indices):
104        map = zip(range(len(indices)), indices)
105        map = [i for i, test in map if test]
106        return dict(enumerate(map))
107   
108    data_ordering = []
109    data_clusters = []
110    for i, indices in enumerate(class_data):
111        pp_callback.newpart()
112        sub_data = data.select(indices)
113        cluster = orngClustering.hierarchicalClustering(sub_data, order=opt_order, progressCallback=pp_callback)
114        ind_map = indices_map(indices)
115        data_ordering.append([ind_map[m] for m in cluster.mapping])
116        data_clusters.append(cluster)
117       
118    return data_ordering, data_clusters
119
120def hierarchical_cluster_ordering_attributes(data, group_domains=None, opt_order=False, pp_callback=None):
121
122    pp_callback.newpart()
123
124    if group_domains is not None and len(group_domains) > 1:
125        stacked = vstack_by_subdomain(data, group_domains)
126    else:
127        stacked = data   
128
129    attr_cluster = orngClustering.hierarchicalClustering_attributes(stacked, order=opt_order, progressCallback=pp_callback)
130    attr_ordering = list(attr_cluster.mapping)
131       
132    return attr_ordering, attr_cluster
133
134##############################################################################
135# parameters that determine the canvas layout
136
137c_offsetX = 10; c_offsetY = 10  # top and left border
138c_spaceY = 10                   # space btw graphical elements
139c_spaceAverageX = 5             # space btw stripe with average and microarray
140c_legendHeight = 15             # height of the legend
141c_averageStripeWidth = 12       # width of the stripe with averages
142
143z_heatmap = 5                   # layer with heatmaps
144
145##############################################################################
146# main class
147
148class ExampleTableContextHandler(ContextHandler):
149    def match(self, context, imperfect, examples):
150        return context.checksum == examples.checksum() and 2
151   
152    def findOrCreateContext(self, widget, examples):
153        context, isNew = ContextHandler.findOrCreateContext(self, widget, examples)
154        if not context:
155            return None, False
156        context.checksum = examples.checksum()
157        return context, isNew
158   
159from .OWGenotypeDistances import SetContextHandler
160
161class OWHeatMap(OWWidget):
162    contextHandlers = {"": DomainContextHandler("", ["CellWidth", "CellHeight"]),
163                       "Selection": ExampleTableContextHandler("Selection", contextDataVersion=2)}
164   
165    settingsList = ["CellWidth", "CellHeight", "SpaceX", "Merge",
166                    "Gamma", "CutLow", "CutHigh", "CutEnabled", 
167                    "ShowAnnotation", "LegendOnTop", "LegendOnBottom",
168                    "ShowAverageStripe", "ShowGroupLabel",
169                    "MaintainArrayHeight",
170                    "GShowToolTip", "BShowColumnID", "BShowSpotIndex",
171                    "BShowAnnotation", 'BShowGeneExpression',
172                    "BSpotVar", "ShowGeneAnnotations",
173                    "ShowDataFileNames", "BAnnotationVar",
174                    "SelectionType",
175                    "SortExamples", "SortAttributes",
176                    "CurrentPalette", "colorSettings", "selectedSchemaIndex",
177                    "palette", "ShowColumnLabels", "ColumnLabelPosition"]
178
179    def __init__(self, parent=None, signalManager = None):
180        OWWidget.__init__(self, parent, signalManager, 'HeatMap', TRUE)
181       
182        self.inputs = [("Examples", ExampleTable, self.set_dataset)]
183        self.outputs = [("Examples", ExampleTable, Default)]
184
185        #set default settings
186        self.CellWidth = 3; self.CellHeight = 3
187        self.SpaceX = 10
188        self.Merge = 1; self.savedMerge = self.Merge
189        self.Gamma = 1
190        self.CutLow = self.CutHigh = self.CutEnabled = 0
191        self.ShowAnnotation = 0
192        self.LegendOnTop = 0           # legend stripe on top (bottom)?
193        self.LegendOnBottom = 1
194        self.ShowLegend = 1
195        self.ShowGroupLabel = 1        # show class names in case of classified data?
196        self.ShowAverageStripe = 0     # show the stripe with the evarage
197        self.MaintainArrayHeight = 0   # adjust cell height while changing the merge factor
198        self.GShowToolTip = 1          # balloon help
199        self.ShowGeneAnnotations = 1   # show annotations for genes
200        self.ShowColumnLabels = 1
201        self.ColumnLabelPosition = 0
202        self.ShowDataFileNames = 1     # show the names of the data sets (only in case of multiple files)
203        self.BShowColumnID = 1; self.BShowSpotIndex = 1; self.BShowAnnotation = 1; self.BShowGeneExpression = 1
204        self.BSpotVar = None; self.BAnnotationVar = None  # these are names of variables
205        self.BSpotIndx = None; self.BAnnotationIndx = None # these are id's of the combo boxes
206        self.ShowClustering = 1
207        self.SelectionType = 0         # selection on a single data set
208        self.setColorPalette()
209        self.refFile = 0               # position index of a reference file
210        self.selectedFile = None       # position of the selected file in the list box
211
212        self.colorSettings =None
213        self.selectedSchemaIndex = 0
214        self.auto_commit = True
215        self.selection_changed_flag = False
216
217        self.palette = self.ColorPalettes[0]
218       
219        self.loadSettings()
220        self.data = []
221        self.maxHSize = 30; self.maxVSize = 15
222
223        self.SortExamples = 0
224        self.SortAttributes = 0
225       
226
227        # GUI definition
228        self.connect(self.graphButton, SIGNAL("clicked()"), self.saveFig)
229        self.tabs = OWGUI.tabWidget(self.controlArea)
230
231        # SETTINGS TAB
232        settingsTab = OWGUI.createTabPage(self.tabs, "Settings")
233        box = OWGUI.widgetBox(settingsTab, "Cell Size (Pixels)", addSpace=True)
234        OWGUI.qwtHSlider(box, self, "CellWidth", label='Width: ',
235                         labelWidth=38, minValue=1, maxValue=self.maxHSize,
236                         step=1, precision=0, callback=self.update_cell_size)
237       
238#        OWGUI.hSlider(box, self, "CellWidth", label="Width:", minValue=1,
239#                      maxValue=self.maxHSize, step=1, ticks=5,
240#                      callback=self.update_cell_size,
241#                      tooltip="Width of each heatmap cell.")
242       
243        self.sliderVSize = OWGUI.qwtHSlider(box, self, "CellHeight",
244                                label='Height: ', labelWidth=38,
245                                minValue=1, maxValue=self.maxVSize,
246                                step=1, precision=0,
247                                callback=self.update_cell_size)
248#        self.sliderVSize = OWGUI.hSlider(box, self, "CellHeight",
249#                      label='Height:',
250#                      minValue=1, maxValue=50, ticks=5,
251#                      callback = self.update_cell_size)
252       
253        OWGUI.qwtHSlider(box, self, "SpaceX", label='Space: ', 
254                         labelWidth=38, minValue=0, maxValue=50,
255                         step=2, precision=0,
256                         callback=self.update_grid_spacing)
257#                         callback=self.drawHeatMap)
258       
259        OWGUI.qwtHSlider(settingsTab, self, "Gamma", box="Gamma",
260                         minValue=0.1, maxValue=1, step=0.1,
261                         callback=self.update_color_schema)
262#                         callback=self.drawHeatMap)
263       
264        OWGUI.separator(settingsTab)
265
266        # define the color stripe to show the current palette
267        box = OWGUI.widgetBox(settingsTab, "Color", orientation = "horizontal")
268        self.colorCombo = OWColorPalette.PaletteSelectorComboBox(self)
269        try:
270            self.colorCombo.setPalettes("palette", self.createColorDialog())
271        except Exception, ex:
272            print >> sys.stderr, ex, "Error loading saved color palettes!\nCreating new default palette!"
273            self.colorSettings = None
274            self.colorCombo.setPalettes("palette", self.createColorDialog())
275        self.colorCombo.setCurrentIndex(self.selectedSchemaIndex)
276        self.setColor(self.selectedSchemaIndex, update=False)
277        self.connect(self.colorCombo, SIGNAL("activated(int)"), self.setColor)
278        box.layout().addWidget(self.colorCombo, 2)
279        button = OWGUI.button(box, self, "Edit colors", callback=self.openColorDialog, tooltip="Edit the heatmap color palette", debuggingEnabled=0)
280       
281        OWGUI.separator(settingsTab)
282       
283       
284        boxy = OWGUI.widgetBox(settingsTab, "Sorting", orientation = "vertical", addSpace=True)
285
286        # For attributes
287        OWGUI.comboBox(boxy, self, "SortAttributes", 
288                        items=["No sorting", "Clustering",
289                               "Clustering with leaf ordering"], label='X axis',
290                               callback=self.update_sorting_attributes)
291 
292        # For examples
293        OWGUI.comboBox(boxy, self, "SortExamples",
294                        items=["No sorting", "Sort examples", "Clustering",
295                               "Clustering with leaf ordering"], label='Y axis',
296                               callback=self.update_sorting_examples)
297       
298        OWGUI.rubber(settingsTab)
299       
300        # FILTER TAB
301        tab = OWGUI.createTabPage(self.tabs, "Filter")
302        box = OWGUI.widgetBox(tab, "Threshold Values", addSpace=True)
303        OWGUI.checkBox(box, self, 'CutEnabled', "Enabled",
304                       callback=self.update_thresholds)
305       
306        self.sliderCutLow = OWGUI.qwtHSlider(box, self, 'CutLow', label='Low:', 
307                            labelWidth=40, minValue=-100, maxValue=0, step=0.1,
308                            precision=1, ticks=0, maxWidth=80,
309                            callback=self.update_thresholds)
310       
311        self.sliderCutHigh = OWGUI.qwtHSlider(box, self, 'CutHigh', label='High:', 
312                            labelWidth=40, minValue=0, maxValue=100, step=0.1,
313                            precision=1, ticks=0, maxWidth=80,
314                            callback=self.update_thresholds)
315       
316        if not self.CutEnabled:
317            self.sliderCutLow.box.setDisabled(1)
318            self.sliderCutHigh.box.setDisabled(1)
319
320        box = OWGUI.widgetBox(tab, "Merge", addSpace=True)
321##        OWGUI.qwtHSlider(box, self, "Merge", label='Rows:', labelWidth=33, minValue=1, maxValue=500, step=1, callback=self.mergeChanged, precision=0, ticks=0)
322        OWGUI.spin(box, self, "Merge", min=1, max=500, step=1, label='Rows:',
323#                   callback=self.mergeChanged,
324                   callback=self.on_merge_changed,
325                   callbackOnReturn=True)
326        OWGUI.checkBox(box, self, 'MaintainArrayHeight', "Maintain array height")
327        OWGUI.rubber(tab)
328
329        # INFO TAB
330        tab = OWGUI.createTabPage(self.tabs, "Info")
331
332        box = OWGUI.widgetBox(tab,'Annotation && Legends')
333        OWGUI.checkBox(box, self, 'ShowLegend', 'Show legend', 
334                       callback=self.update_legend)
335        OWGUI.checkBox(box, self, 'ShowAverageStripe', 'Stripes with averages', 
336                       callback=self.update_averages_stripe)
337        self.geneAnnotationsCB = OWGUI.checkBox(box, self, 'ShowGeneAnnotations', 'Gene annotations', 
338                                                callback=self.update_annotations)
339       
340        self.annotationCombo = OWGUI.comboBox(box, self, "BAnnotationIndx", items=[],
341                                              callback=self.update_annotations) 
342                                              #callback=lambda x='BAnnotationVar', y='BAnnotationIndx': self.setMetaID(x, y))
343
344        box = OWGUI.widgetBox(tab, 'Column Labels')
345        columnLabelCB = OWGUI.checkBox(box, self, "ShowColumnLabels", "Display column labels",
346                                       callback=self.update_column_annotations)
347        posbox = OWGUI.widgetBox(OWGUI.indentedBox(box), "Position", flat=True)
348        comboBox = OWGUI.comboBox(posbox, self, "ColumnLabelPosition", 
349                                  items=["Top", "Bottom"], 
350                                  callback=self.update_column_annotations)
351        columnLabelCB.disables.append(comboBox.box)
352        columnLabelCB.makeConsistent()
353       
354        box = OWGUI.widgetBox(tab, "Tool Tips")
355        cb = OWGUI.checkBox(box, self, 'GShowToolTip', "Show tool tips")
356        box = OWGUI.widgetBox(OWGUI.indentedBox(box), "Tool Tip Info")
357        box.setFlat(True)
358        OWGUI.checkBox(box, self, 'BShowColumnID', "Column ID")
359        self.spotIndxCB = OWGUI.checkBox(box, self, 'BShowSpotIndex', "Spot Index", \
360            callback=lambda: self.spotCombo.setDisabled(not self.BShowSpotIndex))
361        self.spotCombo = OWGUI.comboBox(box, self, "BSpotIndx", items=[], \
362            callback=lambda x='BSpotVar', y='BSpotIndx': self.setMetaID(x, y))
363        OWGUI.checkBox(box, self, 'BShowGeneExpression', "Gene expression")
364        OWGUI.checkBox(box, self, 'BShowAnnotation', "Annotation")
365        self.toolTipInfoBox = box
366        cb.disables.append(box)
367        cb.makeConsistent()
368        OWGUI.rubber(tab)
369
370        # SPLIT TAB
371        self.splitTab = OWGUI.createTabPage(self.tabs, "Split Data")
372        box = OWGUI.widgetBox(self.splitTab, "Split By")
373        self.splitLB = QListWidget(box)
374        box.layout().addWidget(self.splitLB)
375        self.connect(self.splitLB, SIGNAL("itemSelectionChanged()"), self.split_changed)
376
377        # Scene with microarray
378        self.heatmap_scene = self.scene = HeatmapScene()
379        self.selection_manager = HeatmapSelectionManager(self)
380        self.connect(self.selection_manager, SIGNAL("selection_changed()"), self.on_selection_changed)
381        self.connect(self.selection_manager, SIGNAL("selection_finished()"), self.on_selection_finished)
382        self.heatmap_scene.set_selection_manager(self.selection_manager)
383        item = QGraphicsRectItem(0, 0, 10, 10, None, self.heatmap_scene)
384        self.heatmap_scene.itemsBoundingRect()
385        self.heatmap_scene.removeItem(item)
386       
387        self.sceneView = QGraphicsView(self.scene)
388        self.currentHighlightedCluster = None
389        self.selectedClusters = []
390        self.mainArea.layout().addWidget(self.sceneView)
391        self.heatmap_scene.widget = None
392        self.heatmap_widget_grid = [[]]
393        self.attr_annotation_widgets = []
394        self.attr_dendrogram_widgets = []
395        self.gene_annotation_widgets = []
396        self.gene_dendrogram_widgets = []
397       
398        self.heatmaps = []
399       
400        self.selection_rects = []
401       
402        self.attr_cluster = None
403        self.data_clusters = []
404        self.sorted_data = None
405       
406        self._ordering_cache = {}
407       
408        self.resize(800,400)
409
410    def createColorStripe(self, palette):
411        dx = 104; dy = 18
412        bmp = chr(252)*dx*2 + reduce(lambda x,y:x+y, \
413           [chr(i*250/dx) for i in range(dx)] * (dy-4)) + chr(252)*dx*2 
414       
415        image = QImage(bmp, dx, dy, QImage.Format_Indexed8)
416        image.setColorTable(signedPalette(self.ColorPalettes[palette]))
417
418        pm = QPixmap.fromImage(image, Qt.AutoColor);
419        return pm
420
421    # set the default palettes used in the program
422    # palette defines 256 colors, 250 are used for heat map, remaining 6 are extra
423    # color indices for unknown is 255, underflow 253, overflow 254, white 252
424    def setColorPalette(self):
425        white = qRgb(255,255,255)
426        gray = qRgb(200,200,200)
427        self.ColorPalettes = \
428          ([qRgb(255.*i/250., 255.*i/250., 255-(255.*i/250.)) \
429            for i in range(250)] + [white]*3 + [qRgb(0., 0., 255.), qRgb(255., 255., 0.), gray],
430           [qRgb(0, 255.*i*2/250., 0) for i in range(125, 0, -1)] \
431           + [qRgb(255.*i*2/250., 0, 0) for i in range(125)] + [white]*3 \
432           + [qRgb(0, 255., 0), qRgb(255., 0, 0), gray],
433           [qRgb(255.*i/250., 0, 0) for i in range(250)] + [white]*3 \
434           + [qRgb(0., 0, 0), qRgb(255., 0, 0), gray])
435        self.SelectionColors = [QColor(0,0,0), QColor(255,255,128), QColor(0,255,255)]
436        self.CurrentPalette = 0
437       
438    def getGammaCorrectedPalette(self):
439        return [QColor(*self.contPalette.getRGB(float(i)/250, gamma=self.Gamma)).rgb() for i in range(250)] + self.palette[-6:]
440
441    def setColor(self, index, dialog=None, update=True):
442        self.selectedSchemaIndex = index
443        if not dialog:
444            dialog = self.createColorDialog()
445
446        self.colorCombo.setPalettes("palette", dialog)
447        self.colorCombo.setCurrentIndex(self.selectedSchemaIndex)
448        self.contPalette = palette = dialog.getExtendedContinuousPalette("palette")
449        unknown = dialog.getColor("unknown").rgb()
450        underflow = dialog.getColor("underflow").rgb()
451        overflow = dialog.getColor("overflow").rgb()
452        self.palette = [QColor(*palette.getRGB(float(i)/250, gamma=self.Gamma)).rgb() for i in range(250)] + [qRgb(255, 255, 255)]*3 +[underflow, overflow, unknown]
453
454        if update:
455            self.update_color_schema()
456#            self.drawHeatMap()
457       
458    def openColorDialog(self):
459        dialog = self.createColorDialog()
460        if dialog.exec_():
461            self.colorSettings = dialog.getColorSchemas()
462            self.selectedSchemaIndex = dialog.selectedSchemaIndex
463            self.colorCombo.setCurrentIndex(self.selectedSchemaIndex)
464            self.setColor(self.selectedSchemaIndex, dialog)
465
466    def createColorDialog(self):
467        c = OWColorPalette.ColorPaletteDlg(self, "Color Palette")
468        c.createExtendedContinuousPalette("palette", "Continuous Palette", initialColor1=QColor(Qt.blue), initialColor2=QColor(255, 255, 0).rgb(), extendedPassThroughColors = ((Qt.red, 1), (Qt.darkYellow, 1), (Qt.black, 1), (Qt.magenta, 1), (Qt.green, 1)))
469        box = c.createBox("otherColors", "Other Colors")
470        c.createColorButton(box, "unknown", "Unknown", Qt.gray)
471        box.layout().addSpacing(5)
472        c.createColorButton(box, "overflow", "Overflow", Qt.black)
473        box.layout().addSpacing(5)
474        c.createColorButton(box, "underflow", "Underflow", Qt.white)
475        c.setColorSchemas(self.colorSettings, self.selectedSchemaIndex)
476        return c
477   
478    # any time the data changes, the two combo boxes showing meta attributes
479    # have to be adjusted
480    def setMetaCombo(self, cb, value, enabled=1, default=None):
481        cb.clear()
482        if len(self.meta)==0:
483            cb.setDisabled(True)
484            self.spotIndxCB.setDisabled(1); self.geneAnnotationsCB.setDisabled(1)
485            return (None, None)
486        cb.setDisabled(not enabled)
487        self.spotIndxCB.setEnabled(1); self.geneAnnotationsCB.setEnabled(1)
488        for m in self.meta:
489            cb.addItem(m)
490       
491        if not (value in self.meta):
492            if default in self.meta:
493                value = default
494            else:
495                value = None
496
497        if value in self.meta:
498            cb.setCurrentIndex(self.meta.index(value))
499            indx = self.meta.index(value)
500        else:
501            cb.setCurrentIndex(0)
502            value = self.meta[0]; indx = 0
503        return (value, indx)
504
505    def setMetaID(self, val, valIndx):
506        setattr(self, val, self.meta[getattr(self, valIndx)])
507#        if val=='BAnnotationVar':
508#            self.drawHeatMap()
509
510    def setMetaCombos(self):
511        self.meta = [m.name for m in self.data.domain.getmetas().values()]
512        self.BSpotVar, self.BSpotIndx = self.setMetaCombo(self.spotCombo, self.BSpotVar, \
513            enabled=self.BShowSpotIndex, default='RMI')
514        self.BAnnotationVar, self.BAnnotationIndx = self.setMetaCombo(self.annotationCombo, \
515            self.BAnnotationVar, enabled=self.BShowAnnotation, default='xannotation')
516       
517    def set_meta_combos(self):
518        self.spotCombo.clear()
519        self.annotationCombo.clear()
520       
521        self.meta = self.data.domain.getmetas().values()
522        names = [m.name for m in self.meta]
523       
524        self.spotCombo.addItems(names)
525        self.annotationCombo.addItems(names)
526        enabled = bool(self.meta)
527       
528        self.spotIndxCB.setEnabled(enabled)
529        self.geneAnnotationsCB.setEnabled(enabled)
530       
531        self.spotCombo.setEnabled(enabled and self.BShowSpotIndex)
532        self.annotationCombo.setEnabled(enabled and self.BShowAnnotation)
533       
534        self.BSpotIndx = 0
535        self.BSpotVar = self.meta[0] if self.meta else None
536        self.BAnnotationIndx = 0
537        self.BAnnotationVar = self.meta[0] if self.meta else None
538       
539    def get_candidate_splits(self):
540        """ Return candidate labels on which we can split the data.
541        """
542        if self.data is not None:
543            groups = defaultdict(list)
544            for attr in self.data.domain.attributes:
545                for item in attr.attributes.items():
546                    groups[item].append(attr)
547               
548            by_keys = defaultdict(list)
549            for (key, value), attrs in groups.items():
550                by_keys[key].append(attrs)
551           
552            # Find the keys for which all values have the same number of attributes.
553            candidates = []
554            for key, groups in by_keys.items():
555                count = len(groups[0])
556                if all(len(attrs) == count for attrs in groups) and len(groups) > 1 and count > 1:
557                    candidates.append(key)
558                   
559            return candidates
560        else:
561            return []
562           
563    def set_split_labels(self):
564        """ Set the list view in Split tab.
565        """
566        self.splitLB.addItems(self.get_candidate_splits())
567       
568    def selected_split_label(self):
569        item = self.splitLB.currentItem()
570        return str(item.text()) if item else None
571       
572    def clear(self):
573        self.data = None
574        self.spotCombo.clear()
575        self.annotationCombo.clear()
576        self.splitLB.clear()
577        self.meta = []
578        self.clear_scene()
579       
580    def clear_scene(self):
581        self.selection_manager.set_heatmap_widgets([[]])
582        self.heatmap_scene.clear()
583        self.heatmap_scene.widget = None
584        self.heatmap_widget_grid = [[]]
585        self.attr_annotation_widgets = []
586        self.attr_dendrogram_widgets = []
587        self.gene_annotation_widgets = []
588        self.gene_dendrogram_widgets = []
589       
590        self.selection_rects = []
591       
592    def saveFig(self):
593        sizeDlg = OWChooseImageSizeDlg(self.scene, parent=self)
594        sizeDlg.exec_()
595
596    ##########################################################################
597    # handling of input/output signals
598       
599    def set_dataset(self, data=None, id=None):
600        self.closeContext("Selection")
601       
602        self._ordering_cache.clear()
603       
604        self.clear()
605        self.data = data
606        if data is not None:
607#            self.setMetaCombos()
608            self.set_meta_combos()
609            self.set_split_labels()
610           
611        self.unorderedData = None
612        self.groupClusters = None
613       
614    def handleNewSignals(self):
615        self.send('Examples', None)
616        if self.data:
617            self.update_heatmaps()
618        else:
619            self.clear()
620
621        if self.data:
622            self.openContext("Selection", self.data)
623           
624    def construct_heatmaps(self, data, split_label=None):
625        if split_label is not None:
626            groups = split_domain(data.domain, split_label)
627        else:
628            groups = [("", data.domain)]
629           
630        group_domains = [dom for _, dom in groups]
631
632        attr_ordering = range(len(group_domains[0][1].attributes))
633        attr_cluster = None
634        data_ordering = []
635        data_clusters = [None]
636        sorted_data = data
637
638        self.progressBarInit()
639
640        progress_parts = 0
641
642        args_key_examples = tuple(tuple(d) for d in group_domains), self.SortExamples == 3, "data"
643        args_key_attributes = tuple(tuple(d) for d in group_domains), self.SortAttributes == 2, "attributes"
644
645        if self.SortExamples > 1 and args_key_examples not in self._ordering_cache:
646            classVar = data.domain.class_var
647            if classVar and isinstance(classVar, orange.EnumVariable):
648                progress_parts += len(classVar.values)
649            else:
650                progress_parts += 1
651
652        if self.SortAttributes > 0 and args_key_attributes not in self._ordering_cache:
653            progress_parts += 1
654
655        progress_bar = PP_callback(progress_callback=self.progressBarSet, parts=progress_parts)
656
657        # rows
658        if self.SortExamples > 1:
659
660            cluster_ordering = self._ordering_cache.get(args_key_examples, None)
661            if cluster_ordering is None:
662
663                # Rows separately
664                data_ordering, data_clusters = \
665                        hierarchical_cluster_ordering_examples(data, group_domains,
666                                      opt_order=self.SortExamples == 3,
667                                      pp_callback=progress_bar)
668
669                # Cache the clusters
670                self._ordering_cache[args_key_examples] = (data_ordering, data_clusters)
671            else:
672                data_ordering, data_clusters = cluster_ordering
673           
674            sorted_data = [data[i] for i in itertools.chain(*data_ordering)]
675       
676        # columns
677        if self.SortAttributes > 0:
678
679            cluster_ordering = self._ordering_cache.get(args_key_attributes, None)
680            if cluster_ordering is None:
681
682                # Columns separately
683                attr_ordering, attr_cluster = \
684                        hierarchical_cluster_ordering_attributes(data, group_domains,
685                                      opt_order=self.SortAttributes == 2,
686                                      pp_callback=progress_bar)
687
688                # Cache the clusters
689                self._ordering_cache[args_key_attributes] = (attr_ordering, attr_cluster)
690            else:
691                attr_ordering, attr_cluster = cluster_ordering
692
693        self.progressBarFinished()
694
695        self.heatmapconstructor = []
696        self._group_data = []
697       
698        for name, group_domain in groups:
699            if attr_ordering != sorted(attr_ordering):
700                domain = orange.Domain([group_domain[i] for i in attr_ordering], group_domain.classVar)
701                domain.addmetas(group_domain.getmetas())
702                group_domain = domain
703               
704            group_data = orange.ExampleTable(group_domain, sorted_data)
705            self._group_data.append((group_data, group_domain)) # Crashes at accessing the heatmap.examples[0] without this
706            if self.SortExamples == 1:
707                hc = orangene.HeatmapConstructor(group_data)
708            else:
709                hc = orangene.HeatmapConstructor(group_data, None)
710           
711            self.heatmapconstructor.append(hc)
712           
713        self.attr_cluster = attr_cluster
714        self.data_clusters = data_clusters
715        self.sorted_data = sorted_data
716        self.group_domains = groups
717             
718    def create_heatmaps(self, constructors):
719        self.lowerBound = 1000
720        self.upperBound = -1000
721        squeeze = 1.0 / self.Merge
722        self.heatmaps = []
723        for hmc in constructors:
724            hm, lb, ub = hmc(squeeze)
725           
726            self.lowerBound = min(self.lowerBound, lb)
727            self.upperBound = max(self.upperBound, ub)
728               
729            self.heatmaps.append(hm)
730           
731        for cluster, heatmap in zip(self.data_clusters, self.heatmaps[0]):
732            if cluster is not None:
733                cluster._heatmap = heatmap
734           
735        self.sliderCutLow.setRange(self.lowerBound, 0, 0.1)
736        self.sliderCutHigh.setRange(1e-10, self.upperBound, 0.1)
737        self.CutLow = max(self.CutLow, self.lowerBound)
738        self.CutHigh = min(self.CutHigh, self.upperBound)
739        self.sliderCutLow.setValue(self.CutLow)
740        self.sliderCutHigh.setValue(self.CutHigh)
741           
742    def point_size_hint(self, height):
743        font = QFont(self.font())
744        font.setPointSize(height)
745        fix = 0
746        while QFontMetrics(font).lineSpacing() > height and height - fix > 1:
747            fix += 1
748            font.setPointSize(height - fix)
749        return height - fix
750   
751    def construct_heatmaps_scene(self, heatmaps, data, attr_cluster=None, data_clusters=None):
752        self.heatmap_scene.clear()
753        widget = GridWidget()
754        self.heatmap_scene.addItem(widget)
755        layout = QGraphicsGridLayout()
756        layout.setSpacing(self.SpaceX)
757        widget.setLayout(layout)
758       
759        classVar = data.domain.classVar
760        if classVar and isinstance(classVar, orange.EnumVariable):
761            classes = classVar.values
762        else:
763            classes = [None]
764       
765        if self.CutEnabled:
766            cut_low, cut_high = self.CutLow, self.CutHigh
767        else:
768            cut_low, cut_high = self.lowerBound, self.upperBound
769           
770        palette = self.getGammaCorrectedPalette() if self.Gamma !=0 else self.palette
771       
772        class_dendrograms = []
773        attr_dendrograms = []
774        heatmap_widgets = []
775        attr_annotation_widgets = []
776        gene_annotation_widgets = []
777        attr_annotation_widgets_top = []
778        attr_annotation_widgets_bottom = []
779       
780        # Dendrograms on the left side
781        if data_clusters and any(data_clusters):
782            for i, cluster in enumerate(data_clusters):
783                class_dendrogram = DendrogramWidget(cluster, parent=widget, orientation=Qt.Vertical)
784                class_dendrogram.setSizePolicy(QSizePolicy.Expanding, QSizePolicy.Expanding)
785                left, top, right, bottom = class_dendrogram.layout().getContentsMargins()
786                class_dendrogram.layout().setContentsMargins(left, self.CellHeight / 2.0 / self.Merge, 0.0, self.CellHeight / 2.0 / self.Merge)
787                class_dendrogram.setMinimumWidth(100)
788                class_dendrogram.setMaximumWidth(100)
789               
790                layout.addItem(class_dendrogram, i*2 + 5, 0)
791                class_dendrograms.append(class_dendrogram)
792           
793        # Class labels   
794        for i, class_ in enumerate(classes):
795            if class_ is not None:
796                item = GtI(class_, widget)
797                item = GraphicsSimpleTextLayoutItem(item, parent=widget)
798                item.setSizePolicy(QSizePolicy.Fixed, QSizePolicy.Fixed)
799                layout.addItem(item, i*2 + 4, 2)
800                layout.setRowSpacing(i*2 + 4, 2)
801                layout.setAlignment(item, Qt.AlignLeft | Qt.AlignVCenter)
802               
803        font = QFont()
804        font.setPointSize(self.point_size_hint(self.CellHeight))
805       
806        class_row_labels = [map(str, hm.exampleIndices) for hm in heatmaps[0]]
807        group_column_labels = [[a.name for a in hm[0].examples.domain.attributes] for hm in heatmaps]
808       
809        # Gene annotations on the right side
810        for i, labels in enumerate(class_row_labels):
811            list = GraphicsSimpleTextList(labels, parent=widget, orientation=Qt.Vertical)
812            list.setAlignment(Qt.AlignLeft | Qt.AlignVCenter)
813            list.setFont(font)
814            list.setContentsMargins(0.0, 0.0, 0.0, 0.0)
815            list.setSizePolicy(QSizePolicy.Fixed, QSizePolicy.Expanding)
816           
817            layout.addItem(list, i*2 + 5, len(self.heatmaps) + 2)
818            layout.setAlignment(list, Qt.AlignLeft)
819            gene_annotation_widgets.append(list)
820           
821        font = QFont()
822        font.setPointSizeF(self.point_size_hint(self.CellWidth))
823       
824        if self.ShowAverageStripe:
825            stripe_offset = c_averageStripeWidth + 2
826        else:
827            stripe_offset = 0
828           
829        for column, (hm, labels, group) in enumerate(zip(heatmaps, group_column_labels, self.group_domains)):
830            column_heatmap_widgets = []
831           
832            # Top group label
833            if len(heatmaps) > 1:
834                item = GtI(group[0], widget)
835                item = GraphicsSimpleTextLayoutItem(item, parent=widget)
836                layout.addItem(item, 1, column + 2)
837                layout.setRowSpacing(1, 2)
838                layout.setRowMaximumHeight(1, item.geometry().height())
839                layout.setAlignment(item, Qt.AlignLeft | Qt.AlignVCenter)
840            else:
841                layout.setRowMaximumHeight(1, 0)
842                layout.setRowSpacing(1, 0)
843               
844            # Top dendrogram
845            if attr_cluster is not None:
846                attr_dendrogram = DendrogramWidget(attr_cluster, parent=widget, orientation=Qt.Horizontal)
847                attr_dendrogram.setSizePolicy(QSizePolicy.Expanding, QSizePolicy.Expanding)
848                attr_dendrogram.translate(0.0, attr_dendrogram.size().height())
849                attr_dendrogram.scale(1.0, -1.0)
850               
851                left, top, right, bottom = attr_dendrogram.layout().getContentsMargins()
852                attr_dendrogram.layout().setContentsMargins(stripe_offset + self.CellWidth / 2.0, 0.0, self.CellWidth / 2.0, bottom)
853                attr_dendrogram.setMinimumHeight(100)
854                attr_dendrogram.setMaximumHeight(100)
855               
856                layout.addItem(attr_dendrogram, 2, column + 2)
857                layout.setRowMaximumHeight(2, 100)
858                attr_dendrograms.append(attr_dendrogram)
859           
860           
861            # Heatmap widget for each class
862            for i, (class_, chm) in enumerate(zip(classes, hm)): 
863                hm_widget = GraphicsHeatmapWidget(heatmap=chm, parent=widget)
864                hm_widget.set_cell_size(int(self.CellWidth), int(self.CellHeight))
865                hm_widget.set_cuts(cut_low, cut_high)
866                hm_widget.set_color_table(palette)
867                hm_widget.set_show_averages(self.ShowAverageStripe)
868                hm_widget.cell_tool_tip = lambda row, col, hm=hm_widget: self.cell_tool_tip(hm, row, col)
869                layout.addItem(hm_widget, i*2 + 5, column + 2)
870                column_heatmap_widgets.append(hm_widget)
871            heatmap_widgets.append(column_heatmap_widgets)
872           
873            # Top attr annotations
874            list = GraphicsSimpleTextList(labels, parent=widget, orientation=Qt.Horizontal)
875            list.setAlignment(Qt.AlignBottom | Qt.AlignLeft)
876           
877            list.setFont(font)
878            list.layout().setContentsMargins(stripe_offset, 0, 0, 0)
879            list.setSizePolicy(QSizePolicy.Expanding, QSizePolicy.Fixed)
880           
881            layout.addItem(list, 3, column + 2, Qt.AlignBottom | Qt.AlignLeft)
882            attr_annotation_widgets.append(list)
883            attr_annotation_widgets_top.append(list)
884           
885            # Bottom attr annotations
886            list = GraphicsSimpleTextList(labels, parent=widget, orientation=Qt.Horizontal)
887            list.setAlignment(Qt.AlignTop | Qt.AlignHCenter)
888           
889            list.setFont(font)
890            list.layout().setContentsMargins(stripe_offset, 0, 0, 0)
891            list.setSizePolicy(QSizePolicy.Expanding, QSizePolicy.Fixed)
892           
893            layout.addItem(list, len(hm)*2 + 5, column + 2)
894            attr_annotation_widgets.append(list)
895            attr_annotation_widgets_bottom.append(list)
896           
897            # Legend
898            if column == 0:
899                item = GraphicsLegendWidget(self.heatmapconstructor[0], self.lowerBound, self.upperBound, parent=widget)
900                item.set_color_table(palette)
901                item.setVisible(self.ShowLegend)
902                layout.addItem(item, 0, 2, 1, len(self.heatmaps) + 1)
903                layout.setRowSpacing(0, 2)
904#                layout.setRowMaximumHeight(0, item.geometry().height())
905           
906        self.heatmap_scene.addItem(widget)
907        self.heatmap_scene.widget = widget
908        self.heatmap_widget_grid = heatmap_widgets
909        self.gene_annotation_widgets = gene_annotation_widgets
910        self.attr_annotation_widgets = attr_annotation_widgets
911        self.attr_annotation_widgets_top = attr_annotation_widgets_top
912        self.attr_annotation_widgets_bottom = attr_annotation_widgets_bottom
913        self.attr_dendrogram_widgets = attr_dendrograms
914       
915        self.update_annotations()
916        self.update_column_annotations()
917       
918        self.fix_grid_layout()
919       
920        self.selection_manager.set_heatmap_widgets(heatmap_widgets)
921       
922    def fix_grid_layout(self):
923        """ Fix grid layout when cell size changes or average
924        stripes are shown/hiddens.
925        """
926        if self.heatmap_scene.widget:
927            layout = self.heatmap_scene.widget.layout()
928            layout.invalidate()
929            layout.activate()
930           
931            for i, hw in enumerate(self.heatmap_widget_grid[0]):
932                max_h = hw.size().height()
933                layout.setRowMaximumHeight(i*2 + 5, max_h)
934               
935            for i, hw in enumerate(self.heatmap_widget_grid):
936                max_w = hw[0].size().width()
937                layout.setColumnMaximumWidth(i + 2, max_w)
938                if self.attr_dendrogram_widgets:
939                    dendrogram = self.attr_dendrogram_widgets[i]
940#                    dendrogram.resize(max_w, -1)
941                    dendrogram.setMaximumWidth(max_w)
942                self.attr_annotation_widgets_top[i].setMaximumWidth(max_w)
943                self.attr_annotation_widgets_bottom[i].setMaximumWidth(max_w)
944               
945#            for i, (hw, dend) in enumerate(zip(self.heatmap_widget_grid, self.attr_dendrogram_widgets)):
946#                max_w = hw[0].size().width()
947           
948#            self.update_widget_margins()   
949            self.heatmap_scene.widget.resize(self.heatmap_scene.widget.sizeHint(Qt.PreferredSize))
950           
951            self.on_selection_changed()
952            self.update_scene_rect()
953       
954    def update_scene_rect(self):
955        rect = QRectF()
956        for item in self.heatmap_scene.items():
957            rect |= item.sceneBoundingRect()
958        self.heatmap_scene.setSceneRect(rect)
959           
960    def heatmap_widgets(self):
961        """ Iterate over heatmap widgets.
962        """
963        for item in self.heatmap_scene.items():
964            if isinstance(item, GraphicsHeatmapWidget):
965                yield item
966               
967    def label_widgets(self):
968        """ Iterate over GraphicsSimpleTextList widgets.
969        """
970        for item in self.heatmap_scene.items():
971            if isinstance(item, GraphicsSimpleTextList):
972                yield item
973               
974    def dendrogram_widgets(self):
975        """ Iterate over dendrogram widgets
976        """
977        for item in self.heatmap_scene.items():
978            if isinstance(item, DendrogramWidget):
979                yield item
980               
981    def legend_widgets(self):
982        for item in self.heatmap_scene.items():
983            if isinstance(item, GraphicsLegendWidget):
984                yield item
985               
986    def update_cell_size(self):
987        """ Update cell sizes (by user request - height/width sliders)
988        """ 
989        for heatmap in self.heatmap_widgets():
990            heatmap.set_cell_size(self.CellWidth, self.CellHeight)
991           
992        hor_font = QFont(self.font())
993        hor_font.setPointSize(self.point_size_hint(self.CellWidth))
994        vert_font = QFont(self.font())
995        vert_font.setPointSize(self.point_size_hint(self.CellHeight))
996       
997        # Also update the annotation items font.
998        for labels in self.label_widgets():
999            if labels.orientation == Qt.Vertical:
1000                labels.setFont(vert_font)
1001            else:
1002                labels.setFont(hor_font)
1003
1004        self.update_widget_margins()
1005        ## To hide the annotations if cell sizes to small.
1006        self.update_annotations()
1007        self.update_column_annotations()
1008           
1009        self.fix_grid_layout()
1010       
1011    def update_widget_margins(self):
1012        """ Update dendrogram and text list widgets margins to incude the
1013        space for average stripe.
1014        """
1015        if self.ShowAverageStripe:
1016            stripe_offset = c_averageStripeWidth + 2
1017        else:
1018            stripe_offset = 0
1019        right = self.CellWidth / 2.0
1020       
1021        top = self.CellHeight / 2.0 / self.Merge
1022        bottom = self.CellHeight / 2.0 / self.Merge
1023       
1024        for dendrogram in self.dendrogram_widgets():
1025            layout = dendrogram.layout() 
1026            if dendrogram.orientation == Qt.Horizontal:
1027#                index = self.attr_dendrogram_widgets.index(dendrogram)
1028#                heatmap = self.heatmap_widget_grid[index][0]
1029#                h_w = heatmap.size().width()
1030#                d_w = dendrogram.size().width()
1031#                right_ = d_w - stripe_offset - self.CellWidth - h_w
1032                _, top_h, _, bottom_h = layout.getContentsMargins()
1033                layout.setContentsMargins(stripe_offset + self.CellWidth / 2.0, top_h, right, bottom_h)
1034            else:
1035                left_v, _, right_v, _ = layout.getContentsMargins()
1036                layout.setContentsMargins(left_v, top, right_v, bottom)
1037               
1038        for widget in self.label_widgets():
1039            layout = widget.layout()
1040            if widget.orientation == Qt.Horizontal:
1041                left_h, top, right, bottom = layout.getContentsMargins()
1042                layout.setContentsMargins(stripe_offset, top, right, bottom)
1043       
1044    def update_averages_stripe(self):
1045        """ Update the visibility of the averages stripe.
1046        """
1047        if self.data:
1048            for widget in self.heatmap_widgets():
1049                widget.set_show_averages(self.ShowAverageStripe)
1050               
1051            self.update_widget_margins()
1052            self.fix_grid_layout()
1053           
1054    def update_grid_spacing(self):
1055        """ Update layout spacing.
1056        """
1057        if self.scene.widget:
1058            layout = self.scene.widget.layout()
1059            layout.setSpacing(self.SpaceX)
1060            self.fix_grid_layout()
1061       
1062    def update_color_schema(self):
1063        palette = self.getGammaCorrectedPalette() if self.Gamma !=0 else self.palette
1064        for heatmap in self.heatmap_widgets():
1065            heatmap.set_color_table(palette)
1066           
1067        for legend in self.legend_widgets():
1068            legend.set_color_table(palette)
1069           
1070    def update_thresholds(self):
1071        self.sliderCutLow.box.setDisabled(not self.CutEnabled)
1072        self.sliderCutHigh.box.setDisabled(not self.CutEnabled)
1073           
1074        if self.data:
1075            if self.CutEnabled:
1076                low, high = self.CutLow, self.CutHigh
1077            else:
1078                low, high = self.lowerBound, self.upperBound
1079            for heatmap in self.heatmap_widgets():
1080                heatmap.set_cuts(low, high)
1081   
1082    def update_sorting(self):
1083        if self.data:
1084            self.update_heatmaps()
1085       
1086    def update_sorting_examples(self):
1087        if self.data:
1088            self.update_heatmaps()
1089
1090    def update_sorting_attributes(self):
1091        if self.data:
1092            self.update_heatmaps()
1093
1094    def update_legend(self):
1095        for item in self.heatmap_scene.items():
1096            if isinstance(item, GraphicsLegendWidget):
1097                item.setVisible(self.ShowLegend)
1098       
1099    def update_annotations(self):
1100        if self.data:
1101            if self.meta:
1102                attr = self.meta[self.BAnnotationIndx]
1103            else:
1104                attr = None
1105           
1106            show = self.ShowGeneAnnotations and attr and self.Merge == 1
1107            show = show and self.CellHeight > 3
1108            for list_widget, hm in zip(self.gene_annotation_widgets, self.heatmap_widget_grid[0]):
1109                list_widget.setVisible(bool(show))
1110                if show:
1111                    hm = hm.heatmap
1112                    examples = hm.examples
1113                    indices = hm.exampleIndices[:-1]
1114                    labels = [str(examples[i][attr]) for i in indices]
1115                    list_widget.set_labels(labels)
1116
1117    def update_column_annotations(self):
1118        if self.data:
1119            show = self.CellWidth > 3
1120            show_top = self.ShowColumnLabels and self.ColumnLabelPosition == 0 and show
1121            show_bottom = self.ShowColumnLabels and self.ColumnLabelPosition == 1 and show
1122           
1123            for list_widget in self.attr_annotation_widgets_top:
1124                list_widget.setVisible(show_top)
1125               
1126            layout = self.heatmap_scene.widget.layout()
1127            layout.setRowMaximumHeight(3,  -1 if show_top else 0)
1128            layout.setRowSpacing(3, -1 if show_top else 0)
1129               
1130            for list_widget in self.attr_annotation_widgets_bottom:
1131                list_widget.setVisible(show_bottom)
1132               
1133            layout.setRowMaximumHeight(len(self.heatmap_widget_grid[0]) + 4, -1 if show_top else 0)
1134               
1135            self.fix_grid_layout()
1136           
1137    def update_heatmaps(self):
1138        if self.data:
1139            self.construct_heatmaps(self.data, self.selected_split_label())
1140            self.create_heatmaps(self.heatmapconstructor)
1141            self.clear_scene()
1142            self.construct_heatmaps_scene(self.heatmaps, self.data,
1143                                          attr_cluster=self.attr_cluster,
1144                                          data_clusters=self.data_clusters)
1145        else:
1146            self.clear()
1147       
1148    def update_heatmaps_stage2(self):
1149        if self.data:
1150            self.create_heatmaps(self.heatmapconstructor)
1151            self.clear_scene()
1152            self.construct_heatmaps_scene(self.heatmaps, self.data,
1153                                          attr_cluster=self.attr_cluster,
1154                                          data_clusters=self.data_clusters)
1155       
1156    def cell_tool_tip(self, heatmap_widget, row, column):
1157        if not self.GShowToolTip:
1158            return ""
1159        hm = heatmap_widget.heatmap
1160        examples = hm.examples[hm.exampleIndices[row] : hm.exampleIndices[row+1]]
1161        domain = hm.examples.domain
1162        if hm.getCellIntensity(row, column) != None:
1163            head = "%6.4f" % hm.getCellIntensity(row, column)
1164        else:
1165            head = "Missing Data"
1166        if self.BShowColumnID:
1167            head += "\n" + domain.attributes[column].name
1168        # tool tip, construct body
1169        body = ""
1170        if (self.BShowSpotIndex and self.BSpotVar) or \
1171                (self.BShowAnnotation and self.BAnnotationVar) or \
1172                 self.BShowGeneExpression:
1173            for (i, e) in enumerate(examples):
1174                if i > 5:
1175                    body += "\n... (%d more)" % (len(examples) - 5)
1176                    break
1177                else:
1178                    s = []
1179                    if self.BShowSpotIndex and self.BSpotVar:
1180                        s.append(str(e[self.BSpotVar]))
1181                    if self.BShowGeneExpression:
1182                        s.append(str(e[column]))
1183                    if self.BShowAnnotation and self.BAnnotationVar:
1184                        s.append(str(e[self.BAnnotationVar]))
1185           
1186                body += "\n"
1187                body += " | ".join(s)
1188        return head + body
1189   
1190    def on_merge_changed(self):
1191        self.oldMerge = self.savedMerge
1192        if self.MaintainArrayHeight and self.oldMerge != self.Merge:
1193            k = float(self.Merge) / self.oldMerge
1194            l = max(1, min(int(self.CellHeight * k), self.maxVSize))
1195            if l != self.CellHeight:
1196                self.CellHeight = l
1197                self.sliderVSize.setValue(self.CellHeight)
1198
1199        self.update_heatmaps_stage2()
1200        self.savedMerge = self.Merge
1201           
1202    def on_selection_changed(self):
1203        for item in self.selection_rects:
1204            item.hide()
1205            item.setParentItem(None)
1206            item.update()
1207            self.heatmap_scene.removeItem(item)
1208        self.selection_rects = []
1209        self.selection_manager.update_selection_rects()
1210        rects = self.selection_manager.selection_rects
1211        for rect in rects:
1212            item = QGraphicsRectItem(rect, None, self.heatmap_scene)
1213            item.setPen(QPen(Qt.black, 2))
1214            self.selection_rects.append(item)
1215           
1216    def on_selection_finished(self):
1217        self.selected_rows = self.selection_manager.selections
1218        self.commit_if()
1219       
1220    def commit_if(self):
1221        if self.auto_commit:
1222            self.commit()
1223        else:
1224            self.selection_changed_flag = True
1225       
1226    def commit(self):
1227        data = None
1228        if self.sorted_data:
1229            if self.selected_rows:
1230                #bug if merge is used does not return enough genes
1231                #examples = [self.sorted_data[i] for i in self.selected_rows]
1232
1233                #uses Merge parameter, but does not work correctly for data with multiple classes
1234                examples = [self.sorted_data[i*self.Merge+j] for i in self.selected_rows for j in range(self.Merge) if i*self.Merge+j < len(self.sorted_data)]
1235
1236                data = orange.ExampleTable(examples)
1237            else:
1238                data = None
1239       
1240        self.send("Examples", data)
1241        self.selection_changed_flag
1242           
1243    ## handle saved selections
1244    def settingsFromWidgetCallbackSelection(self, handler, context):
1245        context.selection = self.selection_manager.selections
1246
1247    def settingsToWidgetCallbackSelection(self, handler, context):
1248        selection = getattr(context, "selection", None)
1249        if selection:
1250            try:
1251                self.selection_manager.select_rows(selection)
1252            except Exception, ex:
1253                pass
1254#                self.warning(3, "Could not restore selection")
1255               
1256    def split_changed(self):
1257        if self.data:
1258            self.clear_scene()
1259            self.construct_heatmaps(self.data, self.selected_split_label())
1260            self.create_heatmaps(self.heatmapconstructor)
1261            self.construct_heatmaps_scene(self.heatmaps, self.data,
1262                                          attr_cluster=self.attr_cluster,
1263                                          data_clusters=self.data_clusters)
1264       
1265
1266class GraphicsPixmapLayoutItem(QGraphicsLayoutItem):
1267    """ A layout item wraping a QGraphicsPixmapItem
1268    """
1269    def __init__(self, pixmap_item, parent=None):
1270        QGraphicsLayoutItem.__init__(self, parent)
1271        self.pixmap_item = pixmap_item
1272        self.setSizePolicy(QSizePolicy.Fixed, QSizePolicy.Fixed)
1273       
1274    def setGeometry(self, rect):
1275        QGraphicsLayoutItem.setGeometry(self, rect)
1276        self.pixmap_item.setPos(rect.topLeft())
1277       
1278    def sizeHint(self, which, constraint=QSizeF()):
1279        return QSizeF(self.pixmap_item.pixmap().size())
1280   
1281    def setPixmap(self, pixmap):
1282        self.pixmap_item.setPixmap(pixmap)
1283        self.updateGeometry()
1284       
1285       
1286class GraphicsHeatmapWidget(QGraphicsWidget):
1287    def __init__(self, heatmap=None, parent=None, scene=None):
1288        QGraphicsWidget.__init__(self, parent)
1289        self.setAcceptHoverEvents(True)
1290        layout = QGraphicsLinearLayout(Qt.Horizontal)
1291        layout.setContentsMargins(0, 0, 0, 0)
1292        item = QGraphicsPixmapItem(self)
1293        item.setShapeMode(QGraphicsPixmapItem.BoundingRectShape)
1294        self.heatmap_item = GraphicsPixmapLayoutItem(item, self)
1295       
1296        item = QGraphicsPixmapItem(self)
1297        item.setShapeMode(QGraphicsPixmapItem.BoundingRectShape)
1298        self.averages_item = GraphicsPixmapLayoutItem(item, self)
1299       
1300        layout.addItem(self.averages_item)
1301        layout.addItem(self.heatmap_item)
1302        layout.setItemSpacing(0, 2)
1303       
1304        self.setLayout(layout)
1305       
1306        self.heatmap = None
1307        self.show_averages = True
1308        self._pixmap_args = None
1309        self.color_table = None
1310        self.selection_manager = None
1311        self.set_cell_size(4, 4)
1312        self.set_cuts(0, 255)
1313        self.set_heatmap(heatmap)
1314       
1315        if scene is not None:
1316            scene.addItem(self)
1317           
1318    def clear(self):
1319        """ Clear the current heatmap.
1320        """
1321        self.heatmap = None
1322        self._pixmap_args = None
1323        self.heatmap_item.setPixmap(QPixmap())
1324        self.averages_item.setPixmap(QPixmap())
1325        self.show_averages = True
1326        self.layout().invalidate()
1327           
1328    def set_heatmap(self, heatmap):
1329        """ Set the heatmap for display.
1330        """
1331        self.clear()
1332        self.heatmap = heatmap
1333        self.update()
1334       
1335    def set_cell_size(self, width, height):
1336        self.cell_width = width
1337        self.cell_height = height
1338        self.update()
1339       
1340    def set_cuts(self, low, high):
1341        self.cut_low = low
1342        self.cut_high = high
1343        self.update()
1344       
1345    def set_show_averages(self, show):
1346        self.show_averages = show
1347        self._pixmap_args = None
1348        self.update()
1349
1350    def set_color_table(self, color_table):
1351        if qVersion() <= "4.5":
1352            self.color_table = signedPalette(color_table)
1353        else:
1354            self.color_table = color_table
1355       
1356        self._pixmap_args = None
1357        self.update()
1358           
1359    def _update_pixmap(self):
1360        """ Update the pixmap if its construction arguments changed.
1361        """
1362        if self.heatmap:
1363            args = (int(self.cell_width), int(self.cell_height),
1364                    self.cut_low, self.cut_high, 1.0)
1365           
1366            if args != self._pixmap_args:
1367                bitmap, width, height = self.heatmap.getBitmap(*args)
1368                image = QImage(bitmap, width, height, QImage.Format_Indexed8)
1369                color_table = self.color_table
1370                if color_table:
1371                    image.setColorTable(color_table)
1372                self.pixmap = QPixmap.fromImage(image)
1373               
1374                bitmap, width, height = self.heatmap.getAverages(*((c_averageStripeWidth,) + args[1:]))
1375                image = QImage(bitmap, width, height, QImage.Format_Indexed8)
1376                if self.color_table:
1377                    image.setColorTable(color_table)
1378                self.averages_pixmap = QPixmap.fromImage(image)
1379               
1380                self._pixmap_args = args
1381               
1382                self.layout().invalidate()
1383        else:
1384            self.averages_pixmap = None
1385            self.pixmap = None
1386           
1387        self.heatmap_item.setPixmap(self.pixmap or QPixmap())
1388        if self.show_averages and self.averages_pixmap:
1389            self.averages_item.setPixmap(self.averages_pixmap)
1390        else:
1391            self.averages_item.setPixmap(QPixmap())
1392           
1393    def update(self):
1394        self._update_pixmap()
1395        QGraphicsWidget.update(self)
1396       
1397    def set_selection_manager(self, manager):
1398        self.selection_manager = manager
1399       
1400    def cell_at(self, pos):
1401        """ Return the cell row, column from a point `pos` in local
1402        coordinates.
1403       
1404        """
1405        pos = self.mapToItem(self.heatmap_item.pixmap_item, pos)
1406        x, y = pos.x(), pos.y()
1407        def clamp(i, m):
1408            return int(min(max(i, 0), m))
1409        return (clamp(math.floor(y / self.cell_height), self.heatmap.height),
1410                clamp(math.floor(x / self.cell_width), self.heatmap.width))
1411   
1412    def cell_rect(self, row, column):
1413        """ Return a QRectF in local coordinates containing the cell
1414        at `row` and `column`.
1415       
1416        """
1417        top = QPointF(column * self.cell_width, row * self.cell_height)
1418        top = self.mapFromItem(self.heatmap_item.pixmap_item, top)
1419        size = QSizeF(self.cell_width, self.cell_height)
1420        return QRectF(top, size)
1421
1422    def row_rect(self, row):
1423        """ Return a QRectF in local coordinates containing the entire row.
1424        """
1425        rect = self.cell_rect(row, 0).united(self.cell_rect(row, self.heatmap.width - 1))
1426        rect.setLeft(0) # To include the average stripe if show.
1427        return rect
1428   
1429    def cell_tool_tip(self, row, column):
1430        hm = self.heatmap
1431        start = int(hm.exampleIndices[row])
1432        end = int(hm.exampleIndices[row + 1])
1433        examples = [hm.examples[start]]
1434        attr = hm.examples.domain[column]
1435        val = "%i, %i: %f" % (row, column, float(examples[0][attr]))
1436        return val
1437   
1438    def hoverEnterEvent(self, event):
1439        row, col = self.cell_at(event.pos())
1440   
1441    def hoverMoveEvent(self, event):
1442        pos = event.pos()
1443        row, column = self.cell_at(pos)
1444        tooltip = self.cell_tool_tip(row, column)
1445        QToolTip.showText(event.screenPos(), tooltip)
1446        return QGraphicsWidget.hoverMoveEvent(self, event)
1447   
1448    def hoverLeaveEvent(self, event):
1449        row, col = self.cell_at(event.pos())
1450   
1451    if DEBUG:
1452        def paint(self, painter, option, widget=0):
1453            rect =  self.geometry()
1454            rect.translate(-self.pos())
1455            painter.drawRect(rect.adjusted(-1, -1, 1, 1))
1456   
1457   
1458class GridWidget(QGraphicsWidget):
1459    def __init__(self, parent=None):
1460        QGraphicsWidget.__init__(self, parent)
1461       
1462    if DEBUG:
1463        def paint(self, painter, option, widget=0):
1464            rect =  self.geometry()
1465            rect.translate(-self.pos())
1466            painter.drawRect(rect)
1467           
1468           
1469class HeatmapScene(QGraphicsScene):
1470    """ A Graphics Scene with heatmap widgets.
1471    """
1472    def __init__(self, parent=None):
1473        QGraphicsScene.__init__(self, parent)
1474        self.selection_manager = HeatmapSelectionManager()
1475       
1476    def set_selection_manager(self, manager):
1477        self.selection_manager = manager
1478       
1479    def _items(self, pos=None, cls=object):
1480        if pos is not None:
1481            items = self.items(QRectF(pos, QSizeF(3, 3)).translated(-1.5, -1.5))
1482        else:
1483            items = self.items()
1484           
1485        for item in items:
1486            if isinstance(item, cls):
1487                yield item
1488           
1489    def heatmap_at_pos(self, pos):
1490        items  = list(self._items(pos, GraphicsHeatmapWidget))
1491        if items:
1492            return items[0]
1493        else:
1494            return None
1495       
1496    def dendrogram_at_pos(self, pos):
1497        items  = list(self._items(pos, DendrogramItem))
1498        if items:
1499            return items[0]
1500        else:
1501            return None
1502       
1503    def heatmap_widgets(self):
1504        return self._items(None, GraphicsHeatmapWidget)
1505       
1506    def select_from_dendrogram(self, dendrogram, clear=True):
1507        """ Select all heatmap rows which belong to the dendrogram.
1508        """
1509        dendrogram_widget = dendrogram.parentWidget()
1510        anchors = list(dendrogram_widget.leaf_anchors())
1511        cluster = dendrogram.cluster
1512        start, end = anchors[cluster.first], anchors[cluster.last - 1]
1513        start, end = dendrogram_widget.mapToScene(start), dendrogram_widget.mapToScene(end)
1514        # Find a heatmap widget containing start and end y coordinates.
1515       
1516        heatmap = None
1517        for hm in self.heatmap_widgets():
1518            b_rect = hm.sceneBoundingRect()
1519            if b_rect.contains(QPointF(b_rect.center().x(), start.y())):
1520                heatmap = hm
1521                break
1522           
1523        if dendrogram:
1524            b_rect = hm.boundingRect()
1525            start, end = hm.mapFromScene(start), hm.mapFromScene(end)
1526            start, _ = hm.cell_at(QPointF(b_rect.center().x(), start.y()))
1527            end, _ = hm.cell_at(QPointF(b_rect.center().x(), end.y()))
1528            self.selection_manager.selection_add(start, end, hm, clear=clear)
1529        return
1530       
1531    def mousePressEvent(self, event):
1532        pos = event.scenePos()
1533        heatmap = self.heatmap_at_pos(pos)
1534        if heatmap and event.button() & Qt.LeftButton:
1535            row, _ = heatmap.cell_at(heatmap.mapFromScene(pos))
1536            self.selection_manager.selection_start(heatmap, event)
1537           
1538        dendrogram = self.dendrogram_at_pos(pos)
1539        if dendrogram and event.button() & Qt.LeftButton:
1540            if dendrogram.orientation == Qt.Vertical:
1541                self.select_from_dendrogram(dendrogram, clear=not event.modifiers() & Qt.ControlModifier)
1542            return 
1543       
1544        return QGraphicsScene.mousePressEvent(self, event)
1545   
1546    def mouseMoveEvent(self, event):
1547        pos = event.scenePos()
1548        heatmap = self.heatmap_at_pos(pos)
1549        if heatmap and event.buttons() & Qt.LeftButton:
1550            row, _ = heatmap.cell_at(heatmap.mapFromScene(pos))
1551            self.selection_manager.selection_update(heatmap, event)
1552           
1553        dendrogram = self.dendrogram_at_pos(pos)
1554        if dendrogram and dendrogram.orientation == Qt.Horizontal: # Filter mouse move events
1555            return
1556           
1557        return QGraphicsScene.mouseMoveEvent(self, event)
1558   
1559    def mouseReleaseEvent(self, event):
1560        pos = event.scenePos()
1561        heatmap = self.heatmap_at_pos(pos)
1562        if heatmap:
1563            row, _ = heatmap.cell_at(heatmap.mapFromScene(pos))
1564            self.selection_manager.selection_finish(heatmap, event)
1565       
1566        dendrogram = self.dendrogram_at_pos(pos)
1567        if dendrogram and dendrogram.orientation == Qt.Horizontal: # Filter mouse events
1568            return
1569       
1570        return QGraphicsScene.mouseReleaseEvent(self, event)
1571   
1572    def mouseDoubleClickEvent(self, event):
1573        pos = event.scenePos()
1574        dendrogram = self.dendrogram_at_pos(pos)
1575        if dendrogram: # Filter mouse events
1576            return
1577        return QGraphicsScene.mouseDoubleClickEvent(self, event)
1578       
1579       
1580class GtI(QGraphicsSimpleTextItem):
1581    if DEBUG:
1582        def paint(self, painter, option, widget =0):
1583            QGraphicsSimpleTextItem.paint(self, painter, option, widget)
1584            painter.drawRect(self.boundingRect())
1585           
1586   
1587class GraphicsSimpleTextLayoutItem(QGraphicsLayoutItem):
1588    """ A Graphics layout item wrapping a QGraphicsSimpleTextItem alowing it
1589    to be managed by a layout.
1590    """
1591    def __init__(self, text_item, orientation=Qt.Horizontal, parent=None):
1592        QGraphicsLayoutItem.__init__(self, parent)
1593        self.orientation = orientation
1594        self.text_item = text_item
1595        if orientation == Qt.Vertical:
1596            self.text_item.rotate(-90)
1597            self.setSizePolicy(QSizePolicy.Expanding, QSizePolicy.Fixed)
1598        else:
1599            self.setSizePolicy(QSizePolicy.Fixed, QSizePolicy.Expanding)
1600       
1601    def setGeometry(self, rect):
1602        QGraphicsLayoutItem.setGeometry(self, rect)
1603        if self.orientation == Qt.Horizontal:
1604            self.text_item.setPos(rect.topLeft())
1605        else:
1606            self.text_item.setPos(rect.bottomLeft())
1607       
1608    def sizeHint(self, which, constraint=QSizeF()):
1609        if which in [Qt.PreferredSize]:
1610            size = self.text_item.boundingRect().size()
1611            if self.orientation == Qt.Horizontal:
1612                return size
1613            else:
1614                return QSizeF(size.height(), size.width())
1615        else:
1616            return QSizeF()
1617   
1618    def setFont(self, font):
1619        self.text_item.setFont(font)
1620        self.updateGeometry()
1621       
1622    def setText(self, text):
1623        self.text_item.setText(text)
1624        self.updateGeometry()
1625       
1626       
1627class GraphicsSimpleTextList(QGraphicsWidget):
1628    """ A simple text list widget.
1629    """
1630    def __init__(self, labels=[], orientation=Qt.Vertical, parent=None, scene=None):
1631        QGraphicsWidget.__init__(self, parent)
1632        layout = QGraphicsLinearLayout(orientation)
1633        layout.setContentsMargins(0, 0, 0, 0)
1634        layout.setSpacing(0)
1635        self.setLayout(layout)
1636        self.orientation = orientation
1637        self.alignment = Qt.AlignCenter
1638        self.setSizePolicy(QSizePolicy.Expanding, QSizePolicy.Expanding)
1639        self.set_labels(labels)
1640       
1641        if scene is not None:
1642            scene.addItem(self)
1643       
1644    def clear(self):
1645        """ Remove all text items.
1646        """
1647        layout = self.layout()
1648        for i in reversed(range(layout.count())):
1649            item = layout.itemAt(i)
1650            item.text_item.setParentItem(None)
1651            if self.scene():
1652                self.scene().removeItem(item.text_item)
1653            layout.removeAt(i)
1654       
1655        self.label_items = []
1656        self.updateGeometry()
1657       
1658    def set_labels(self, labels):
1659        """ Set the text labels to show in the widget.
1660        """
1661        self.clear()
1662        orientation = Qt.Horizontal if self.orientation == Qt.Vertical else Qt.Vertical
1663        for text in labels:
1664#            item = QGraphicsSimpleTextItem(text, self)
1665            item = GtI(text, self)
1666            item.setFont(self.font())
1667            item.setToolTip(text)
1668            item = GraphicsSimpleTextLayoutItem(item, orientation, parent=self)
1669            self.layout().addItem(item)
1670            self.layout().setAlignment(item, self.alignment)
1671            self.label_items.append(item)
1672           
1673        self.layout().activate()
1674        self.updateGeometry()
1675   
1676    def setAlignment(self, alignment):
1677        """ Set alignment of text items in the widget
1678        """
1679        self.alignment = alignment
1680        layout = self.layout()
1681        for i in range(layout.count()):
1682            layout.setAlignment(layout.itemAt(i), alignment)
1683           
1684    def setVisible(self, bool):
1685        QGraphicsWidget.setVisible(self, bool)
1686        self.updateGeometry()
1687           
1688    def setFont(self, font):
1689        """ Set the font for the text.
1690        """
1691        QGraphicsWidget.setFont(self, font)
1692        for item in self.label_items:
1693            item.setFont(font)
1694        self.layout().invalidate()
1695        self.updateGeometry()
1696       
1697    def sizeHint(self, which, constraint=QRectF()):
1698        if not self.isVisible():
1699            return QSizeF(0, 0)
1700        else:
1701            return QGraphicsWidget.sizeHint(self, which, constraint)
1702           
1703    if DEBUG:
1704        def paint(self, painter, options, widget=0):
1705            rect =  self.geometry()
1706            rect.translate(-self.pos())
1707            painter.drawRect(rect)
1708       
1709class GraphicsLegendWidget(QGraphicsWidget):
1710    def __init__(self, heatmap_constructor, low, high, parent=None, scene=None):
1711        QGraphicsWidget.__init__(self, parent)
1712        layout = QGraphicsLinearLayout(Qt.Vertical)
1713        self.setLayout(layout)
1714        layout.setContentsMargins(0, 0, 0, 0)
1715        layout.setSpacing(1)
1716       
1717        layout_labels = QGraphicsLinearLayout(Qt.Horizontal)
1718        layout.addItem(layout_labels)
1719        layout_labels.setContentsMargins(0, 0, 0, 0)
1720        label_lo = GtI("%.2f" % low, self)
1721        label_hi = GtI("%.2f" % high, self)
1722        self.item_low = GraphicsSimpleTextLayoutItem(label_lo, parent=self)
1723        self.item_high = GraphicsSimpleTextLayoutItem(label_hi, parent=self)
1724       
1725        layout_labels.addItem(self.item_low)
1726        layout.addStretch()
1727        layout_labels.addItem(self.item_high)
1728       
1729        self._pixmap = QPixmap(c_legendHeight, c_legendHeight)
1730        self.pixmap_item = QGraphicsPixmapItem(self._pixmap, self)
1731        self.pixmap_item = GraphicsPixmapLayoutItem(self.pixmap_item, parent=self)
1732        layout.addItem(self.pixmap_item)
1733       
1734        self.setSizePolicy(QSizePolicy.Expanding, QSizePolicy.Fixed)
1735        self.set_legend(heatmap_constructor, low, high)
1736       
1737        if scene is not None:
1738            scene.addItem(self)
1739       
1740    def set_legend(self, heatmap_constructor, low, high):
1741        self.heatmap_constructor = heatmap_constructor
1742        self.low = low
1743        self.high = high
1744        self.color_table = None
1745        self._pixmap = None
1746        self._pixmap_args = None
1747        self.update()
1748        self.updateGeometry()
1749       
1750    def set_color_table(self, color_table):
1751        if qVersion() <= "4.5":
1752            self.color_table = signedPalette(color_table)
1753        else:
1754            self.color_table = color_table
1755       
1756        self._pixmap_args = None
1757        self.update()
1758       
1759    def update(self):
1760        crect = self.contentsRect()
1761        width = crect.width()
1762        height = c_legendHeight
1763        if not self.pixmap_item or self._pixmap_args != (width, height):
1764            bitmap = self.heatmap_constructor.getLegend(int(width), int(height), 1.0)
1765            image = QImage(bitmap, width, height, QImage.Format_Indexed8)
1766            color_table = self.color_table
1767            if color_table:
1768                image.setColorTable(color_table)
1769            self._pixmap = QPixmap.fromImage(image)
1770           
1771        self.pixmap_item.setPixmap(self._pixmap)
1772        self.item_low.setText("%.2f" % self.low)
1773        self.item_high.setText("%.2f" % self.high)
1774        self.layout().activate()
1775        QGraphicsWidget.update(self)
1776           
1777    if DEBUG:
1778        def paint(self, painter, options, widget=0):
1779            rect =  self.geometry()
1780            rect.translate(-self.pos())
1781            painter.drawRect(rect)
1782
1783       
1784class HeatmapSelectionManager(QObject):
1785    """ Selection manager for heatmap rows
1786    """
1787    def __init__(self, parent=None):
1788        QObject.__init__(self, parent)
1789        self.selections = []
1790        self.selection_ranges = []
1791        self.heatmap_widgets = []
1792        self.selection_rects = []
1793        self.heatmaps = []
1794        self._heatmap_ranges = {}
1795        self._start_row = 0
1796       
1797    def set_heatmap_widgets(self, widgets):
1798        self.remove_rows(self.selections)
1799        self.heatmaps = widgets
1800       
1801        # Compute row ranges for all heatmaps
1802        self._heatmap_ranges = {}
1803        for group in widgets:
1804            start = end = 0
1805            for heatmap in group:
1806                end += heatmap.heatmap.height
1807                self._heatmap_ranges[heatmap] = (start, end)
1808                start = end
1809       
1810    def select_rows(self, rows, heatmap=None, clear=True):
1811        """ Add `rows` to selection. If `heatmap` is provided the rows
1812        are mapped from the local indices to global heatmap indics. If `clear`
1813        then remove previous rows.
1814        """
1815        if heatmap is not None:
1816            start, end = self._heatmap_ranges[heatmap]
1817            rows = [start + r for r in rows]
1818           
1819        old_selection = list(self.selections)
1820        if clear:
1821            self.selections = rows
1822        else:
1823            self.selections = sorted(set(self.selections + rows))
1824        if self.selections != old_selection:
1825            self.update_selection_rects()
1826            self.emit(SIGNAL("selection_changed()"))
1827            self.emit(SIGNAL("selection_rects_changed"), self.selection_rects)
1828           
1829    def remove_rows(self, rows):
1830        """ Remove `rows` from the selection.
1831        """
1832        old_selection = list(self.selections)
1833        self.selections = sorted(set(self.selections) - set(rows))
1834        if old_selection != self.selections:
1835            self.update_selection_rects()
1836            self.emit(SIGNAL("selection_changed()"))
1837            self.emit(SIGNAL("selection_rects_changed"), self.selection_rects)
1838           
1839    def combined_ranges(self, ranges):
1840        combined_ranges = set()
1841        for start, end in ranges:
1842            if start <= end:
1843                rng = range(start, end + 1)
1844            else:
1845                rng = range(start, end - 1, -1)
1846            combined_ranges.update(rng)
1847        return sorted(combined_ranges)
1848       
1849    def selection_start(self, heatmap_widget, event):
1850        """ Selection  started by `heatmap_widget` due to `event`.
1851        """
1852        pos = heatmap_widget.mapFromScene(event.scenePos())
1853        row, column = heatmap_widget.cell_at(pos)
1854        start, _ = self._heatmap_ranges[heatmap_widget]
1855        row = start + row
1856        self._start_row = row
1857        range = (row, row)
1858        if event.modifiers() & Qt.ControlModifier:
1859            self.selection_ranges.append(range)
1860        else:
1861            self.selection_ranges = [range]
1862        self.select_rows(self.combined_ranges(self.selection_ranges))
1863       
1864    def selection_update(self, heatmap_widget, event):
1865        """ Selection updated by `heatmap_widget due to `event` (mouse drag).
1866        """
1867        pos = heatmap_widget.mapFromScene(event.scenePos())
1868        row, column = heatmap_widget.cell_at(pos)
1869        start, _ = self._heatmap_ranges[heatmap_widget]
1870        row = start + row
1871        if self.selection_ranges:
1872            self.selection_ranges[-1] = (self._start_row, row)
1873        else:
1874            self.selection_ranges = [(row, row)]
1875           
1876        self.select_rows(self.combined_ranges(self.selection_ranges))
1877       
1878    def selection_finish(self, heatmap_widget, event):
1879        """ Selection finished by `heatmap_widget due to `event`.
1880        """
1881        pos = heatmap_widget.mapFromScene(event.scenePos())
1882        row, column = heatmap_widget.cell_at(pos)
1883        start, _ = self._heatmap_ranges[heatmap_widget]
1884        row = start + row
1885        range = (self._start_row, row)
1886        self.selection_ranges[-1] = range
1887        self.select_rows(self.combined_ranges(self.selection_ranges),
1888                         clear=not event.modifiers() & Qt.ControlModifier)
1889        self.emit(SIGNAL("selection_finished()"))
1890       
1891    def selection_add(self, start, end, heatmap=None, clear=True):
1892        """ Add a selection range from `start` to `end`.
1893        """ 
1894        if heatmap is not None:
1895            _start, _ = self._heatmap_ranges[heatmap]
1896            start = _start + start
1897            end = _start + end
1898       
1899        if clear:
1900            self.selection_ranges = []
1901        self.selection_ranges.append((start, end))
1902        self.select_rows(self.combined_ranges(self.selection_ranges))
1903        self.emit(SIGNAL("selection_finished()"))
1904       
1905    def update_selection_rects(self):
1906        """ Update the selection rects.
1907        """
1908        def continuous_ranges(selections):
1909            """ Group continuous ranges
1910            """
1911            selections = iter(selections)
1912            start = end = selections.next()
1913            try:
1914                while True:
1915                    new_end = selections.next()
1916                    if new_end > end + 1:
1917                        yield start, end
1918                        start = end = new_end
1919                    else:
1920                        end = new_end
1921            except StopIteration:
1922                yield start, end
1923               
1924        def group_selections(selections):
1925            """ Group selections along with heatmaps.
1926            """
1927            rows2hm = self.rows_to_heatmaps()
1928            selections = iter(selections)
1929            start = end = selections.next()
1930            end_heatmaps= rows2hm[end]
1931            try:
1932                while True:
1933                    new_end = selections.next()
1934                    new_end_heatmaps = rows2hm[new_end]
1935                    if new_end > end + 1 or new_end_heatmaps != end_heatmaps:
1936                        yield start, end, end_heatmaps
1937                        start = end = new_end
1938                        end_heatmaps = new_end_heatmaps
1939                    else:
1940                        end = new_end
1941                       
1942            except StopIteration:
1943                yield start, end, end_heatmaps
1944               
1945        def selection_rect(start, end, heatmaps):
1946            rect = QRectF()
1947            for heatmap in heatmaps:
1948                h_start, _ = self._heatmap_ranges[heatmap] 
1949                rect |= heatmap.mapToScene(heatmap.row_rect(start - h_start)).boundingRect()
1950                rect |= heatmap.mapToScene(heatmap.row_rect(end - h_start)).boundingRect()
1951            return rect
1952                 
1953        self.selection_rects = []
1954        for start, end, heatmaps in group_selections(self.selections):
1955            rect = selection_rect(start, end, heatmaps)
1956            self.selection_rects.append(rect)
1957           
1958    def rows_to_heatmaps(self):
1959        heatmap_groups = zip(*self.heatmaps)
1960        rows2hm = {}
1961        for heatmaps in heatmap_groups:
1962            hm = heatmaps[0]
1963            start, end = self._heatmap_ranges[hm]
1964            rows2hm.update(dict.fromkeys(range(start, end), heatmaps))
1965        return rows2hm
1966   
1967         
1968##################################################################################################
1969# test script
1970
1971if __name__=="__main__":
1972    a=QApplication(sys.argv)
1973    ow = OWHeatMap()
1974   
1975    ow.set_dataset(orange.ExampleTable("brown-selected"), 0)
1976    ow.handleNewSignals()
1977    ow.show()
1978   
1979    a.exec_()
1980    ow.saveSettings()
1981
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.