source: orange-bioinformatics/_bioinformatics/widgets/OWHeatMap.py @ 1865:36118db29ef6

Revision 1865:36118db29ef6, 77.7 KB checked in by markotoplak, 6 months ago (diff)

Removed changes to OWHeatMap that were commited by accident.

Line 
1"""
2<name>Heat Map</name>
3<description>Heatmap visualization.</description>
4<contact>Ales Erjavec, Blaz Zupan, Janez Demsar</contact>
5<icon>icons/Heatmap.svg</icon>
6<priority>1040</priority>
7"""
8
9from __future__ import absolute_import
10
11from collections import defaultdict
12import itertools
13import math
14
15import orange
16import orangene
17from Orange.orng import orngClustering
18from Orange.OrangeWidgets import OWColorPalette
19from Orange.OrangeWidgets import OWGUI
20from Orange.OrangeWidgets.ColorPalette import signedPalette
21from Orange.OrangeWidgets.OWClustering import HierarchicalClusterItem, DendrogramWidget, DendrogramItem
22from Orange.OrangeWidgets.OWDlgs import OWChooseImageSizeDlg
23from Orange.OrangeWidgets.OWWidget import *
24
25import functools
26
27DEBUG = False
28
29#BUG: OWHeatMap does not support heatmaps which need a image which is larger than maxint X maxint pixels!
30#and no warning appears
31
32import warnings
33warnings.filterwarnings("ignore", "'strain'", orange.AttributeWarning)
34
35def split_domain(domain, split_label):
36    """ Split the domain based on values of `split_label` value.
37    """
38    groups = defaultdict(list)
39    for attr in domain.attributes:
40        groups[attr.attributes.get(split_label)].append(attr)
41       
42    attr_values = [attr.attributes.get(split_label) for attr in domain.attributes]
43   
44    domains = []
45    for value, attrs in groups.items():
46        group_domain = orange.Domain(attrs, domain.class_var)
47        group_domain.add_metas(domain.get_metas())
48        domains.append((value, group_domain))
49       
50    if domains:
51        assert(all(len(dom) == len(domains[0][1]) for _, dom in domains))
52       
53    return sorted(domains, key=lambda t: attr_values.index(t[0]))
54   
55def vstack_by_subdomain(data, sub_domains):
56    domain = sub_domains[0]
57    newtable = orange.ExampleTable(domain)
58   
59    for sub_dom in sub_domains:
60        for ex in data:
61            vals = [ex[a].native() for a in sub_dom]
62            newtable.append(orange.Example(domain, vals))
63   
64    return newtable
65   
66   
67def select_by_class(data, class_):
68    indices = select_by_class_indices(data, class_)
69    return data.select(indices)
70
71def select_by_class_indices(data, class_):
72    return [1 if class_ == ex.getclass() else 0 for ex in data]
73
74def group_by_unordered(iterable, key):
75    groups = defaultdict(list)
76    for item in iterable:
77        groups[key(item)].append(item)
78    return groups.items()
79
80class PP_callback(object):
81
82    def __init__(self, parts=None, progress_callback=None):
83        self.progress_callback = progress_callback
84        self.parts = parts
85        self.part = -1
86
87    def __call__(self, value):
88        return self.progress_callback(value / self.parts + 100.0 * self.part / self.parts)
89
90    def newpart(self, k=1):
91        self.part += k
92        self.__call__(0)
93 
94
95def hierarchical_cluster_ordering_examples(data, group_domains=None, opt_order=False, pp_callback=None):
96       
97    classVar = data.domain.classVar
98    if classVar and isinstance(classVar, orange.EnumVariable):
99        class_data = [select_by_class_indices(data, val) for val in data.domain.classVar.values]
100    else:
101        class_data = [[1] * len(data)]
102 
103    def indices_map(indices):
104        map = zip(range(len(indices)), indices)
105        map = [i for i, test in map if test]
106        return dict(enumerate(map))
107   
108    data_ordering = []
109    data_clusters = []
110    for i, indices in enumerate(class_data):
111        pp_callback.newpart()
112        sub_data = data.select(indices)
113        cluster = orngClustering.hierarchicalClustering(sub_data, order=opt_order, progressCallback=pp_callback)
114        ind_map = indices_map(indices)
115        data_ordering.append([ind_map[m] for m in cluster.mapping])
116        data_clusters.append(cluster)
117       
118    return data_ordering, data_clusters
119
120def hierarchical_cluster_ordering_attributes(data, group_domains=None, opt_order=False, pp_callback=None):
121
122    pp_callback.newpart()
123
124    if group_domains is not None and len(group_domains) > 1:
125        stacked = vstack_by_subdomain(data, group_domains)
126    else:
127        stacked = data   
128
129    attr_cluster = orngClustering.hierarchicalClustering_attributes(stacked, order=opt_order, progressCallback=pp_callback)
130    attr_ordering = list(attr_cluster.mapping)
131       
132    return attr_ordering, attr_cluster
133
134##############################################################################
135# parameters that determine the canvas layout
136
137c_offsetX = 10; c_offsetY = 10  # top and left border
138c_spaceY = 10                   # space btw graphical elements
139c_spaceAverageX = 5             # space btw stripe with average and microarray
140c_legendHeight = 15             # height of the legend
141c_averageStripeWidth = 12       # width of the stripe with averages
142
143z_heatmap = 5                   # layer with heatmaps
144
145##############################################################################
146# main class
147
148class ExampleTableContextHandler(ContextHandler):
149    def match(self, context, imperfect, examples):
150        return context.checksum == examples.checksum() and 2
151   
152    def findOrCreateContext(self, widget, examples):
153        context, isNew = ContextHandler.findOrCreateContext(self, widget, examples)
154        if not context:
155            return None, False
156        context.checksum = examples.checksum()
157        return context, isNew
158   
159from .OWGenotypeDistances import SetContextHandler
160
161class OWHeatMap(OWWidget):
162    contextHandlers = {"": DomainContextHandler("", ["CellWidth", "CellHeight"]),
163                       "Selection": ExampleTableContextHandler("Selection", contextDataVersion=2)}
164   
165    settingsList = ["CellWidth", "CellHeight", "SpaceX", "Merge",
166                    "Gamma", "CutLow", "CutHigh", "CutEnabled", 
167                    "ShowAnnotation", "LegendOnTop", "LegendOnBottom",
168                    "ShowAverageStripe", "ShowGroupLabel",
169                    "MaintainArrayHeight",
170                    "GShowToolTip", "BShowColumnID", "BShowSpotIndex",
171                    "BShowAnnotation", 'BShowGeneExpression',
172                    "BSpotVar", "ShowGeneAnnotations",
173                    "ShowDataFileNames", "BAnnotationVar",
174                    "SelectionType",
175                    "SortExamples", "SortAttributes",
176                    "CurrentPalette", "colorSettings", "selectedSchemaIndex",
177                    "palette", "ShowColumnLabels", "ColumnLabelPosition"]
178
179    def __init__(self, parent=None, signalManager = None):
180        OWWidget.__init__(self, parent, signalManager, 'HeatMap', TRUE)
181       
182        self.inputs = [("Examples", ExampleTable, self.set_dataset)]
183        self.outputs = [("Examples", ExampleTable, Default)]
184
185        #set default settings
186        self.CellWidth = 3; self.CellHeight = 3
187        self.SpaceX = 10
188        self.Merge = 1; self.savedMerge = self.Merge
189        self.Gamma = 1
190        self.CutLow = self.CutHigh = self.CutEnabled = 0
191        self.ShowAnnotation = 0
192        self.LegendOnTop = 0           # legend stripe on top (bottom)?
193        self.LegendOnBottom = 1
194        self.ShowLegend = 1
195        self.ShowGroupLabel = 1        # show class names in case of classified data?
196        self.ShowAverageStripe = 0     # show the stripe with the evarage
197        self.MaintainArrayHeight = 0   # adjust cell height while changing the merge factor
198        self.GShowToolTip = 1          # balloon help
199        self.ShowGeneAnnotations = 1   # show annotations for genes
200        self.ShowColumnLabels = 1
201        self.ColumnLabelPosition = 0
202        self.ShowDataFileNames = 1     # show the names of the data sets (only in case of multiple files)
203        self.BShowColumnID = 1; self.BShowSpotIndex = 1; self.BShowAnnotation = 1; self.BShowGeneExpression = 1
204        self.BSpotVar = None; self.BAnnotationVar = None  # these are names of variables
205        self.BSpotIndx = None; self.BAnnotationIndx = None # these are id's of the combo boxes
206        self.ShowClustering = 1
207        self.SelectionType = 0         # selection on a single data set
208        self.setColorPalette()
209        self.refFile = 0               # position index of a reference file
210        self.selectedFile = None       # position of the selected file in the list box
211
212        self.colorSettings =None
213        self.selectedSchemaIndex = 0
214        self.auto_commit = True
215        self.selection_changed_flag = False
216
217        self.palette = self.ColorPalettes[0]
218       
219        self.loadSettings()
220        self.data = []
221        self.maxHSize = 30; self.maxVSize = 15
222
223        self.SortExamples = 0
224        self.SortAttributes = 0
225       
226
227        # GUI definition
228        self.connect(self.graphButton, SIGNAL("clicked()"), self.saveFig)
229        self.tabs = OWGUI.tabWidget(self.controlArea)
230
231        # SETTINGS TAB
232        settingsTab = OWGUI.createTabPage(self.tabs, "Settings")
233        box = OWGUI.widgetBox(settingsTab, "Cell Size (Pixels)", addSpace=True)
234        OWGUI.qwtHSlider(box, self, "CellWidth", label='Width: ',
235                         labelWidth=38, minValue=1, maxValue=self.maxHSize,
236                         step=1, precision=0, callback=self.update_cell_size)
237       
238#        OWGUI.hSlider(box, self, "CellWidth", label="Width:", minValue=1,
239#                      maxValue=self.maxHSize, step=1, ticks=5,
240#                      callback=self.update_cell_size,
241#                      tooltip="Width of each heatmap cell.")
242       
243        self.sliderVSize = OWGUI.qwtHSlider(box, self, "CellHeight",
244                                label='Height: ', labelWidth=38,
245                                minValue=1, maxValue=self.maxVSize,
246                                step=1, precision=0,
247                                callback=self.update_cell_size)
248#        self.sliderVSize = OWGUI.hSlider(box, self, "CellHeight",
249#                      label='Height:',
250#                      minValue=1, maxValue=50, ticks=5,
251#                      callback = self.update_cell_size)
252       
253        OWGUI.qwtHSlider(box, self, "SpaceX", label='Space: ', 
254                         labelWidth=38, minValue=0, maxValue=50,
255                         step=2, precision=0,
256                         callback=self.update_grid_spacing)
257#                         callback=self.drawHeatMap)
258       
259        OWGUI.qwtHSlider(settingsTab, self, "Gamma", box="Gamma",
260                         minValue=0.1, maxValue=1, step=0.1,
261                         callback=self.update_color_schema)
262#                         callback=self.drawHeatMap)
263       
264        OWGUI.separator(settingsTab)
265
266        # define the color stripe to show the current palette
267        box = OWGUI.widgetBox(settingsTab, "Color", orientation = "horizontal")
268        self.colorCombo = OWColorPalette.PaletteSelectorComboBox(self)
269        try:
270            self.colorCombo.setPalettes("palette", self.createColorDialog())
271        except Exception, ex:
272            print >> sys.stderr, ex, "Error loading saved color palettes!\nCreating new default palette!"
273            self.colorSettings = None
274            self.colorCombo.setPalettes("palette", self.createColorDialog())
275        self.colorCombo.setCurrentIndex(self.selectedSchemaIndex)
276        self.setColor(self.selectedSchemaIndex, update=False)
277        self.connect(self.colorCombo, SIGNAL("activated(int)"), self.setColor)
278        box.layout().addWidget(self.colorCombo, 2)
279        button = OWGUI.button(box, self, "Edit colors", callback=self.openColorDialog, tooltip="Edit the heatmap color palette", debuggingEnabled=0)
280       
281        OWGUI.separator(settingsTab)
282       
283       
284        boxy = OWGUI.widgetBox(settingsTab, "Sorting", orientation = "vertical", addSpace=True)
285
286        # For attributes
287        OWGUI.comboBox(boxy, self, "SortAttributes", 
288                        items=["No sorting", "Clustering",
289                               "Clustering with leaf ordering"], label='X axis',
290                               callback=self.update_sorting_attributes)
291 
292        # For examples
293        OWGUI.comboBox(boxy, self, "SortExamples",
294                        items=["No sorting", "Sort examples", "Clustering",
295                               "Clustering with leaf ordering"], label='Y axis',
296                               callback=self.update_sorting_examples)
297       
298        OWGUI.rubber(settingsTab)
299       
300        # FILTER TAB
301        tab = OWGUI.createTabPage(self.tabs, "Filter")
302        box = OWGUI.widgetBox(tab, "Threshold Values", addSpace=True)
303        OWGUI.checkBox(box, self, 'CutEnabled', "Enabled",
304                       callback=self.update_thresholds)
305       
306        self.sliderCutLow = OWGUI.qwtHSlider(box, self, 'CutLow', label='Low:', 
307                            labelWidth=40, minValue=-100, maxValue=0, step=0.1,
308                            precision=1, ticks=0, maxWidth=80,
309                            callback=self.update_thresholds)
310       
311        self.sliderCutHigh = OWGUI.qwtHSlider(box, self, 'CutHigh', label='High:', 
312                            labelWidth=40, minValue=0, maxValue=100, step=0.1,
313                            precision=1, ticks=0, maxWidth=80,
314                            callback=self.update_thresholds)
315       
316        if not self.CutEnabled:
317            self.sliderCutLow.box.setDisabled(1)
318            self.sliderCutHigh.box.setDisabled(1)
319
320        box = OWGUI.widgetBox(tab, "Merge", addSpace=True)
321##        OWGUI.qwtHSlider(box, self, "Merge", label='Rows:', labelWidth=33, minValue=1, maxValue=500, step=1, callback=self.mergeChanged, precision=0, ticks=0)
322        OWGUI.spin(box, self, "Merge", min=1, max=500, step=1, label='Rows:',
323#                   callback=self.mergeChanged,
324                   callback=self.on_merge_changed,
325                   callbackOnReturn=True)
326        OWGUI.checkBox(box, self, 'MaintainArrayHeight', "Maintain array height")
327        OWGUI.rubber(tab)
328
329        # INFO TAB
330        tab = OWGUI.createTabPage(self.tabs, "Info")
331
332        box = OWGUI.widgetBox(tab,'Annotation && Legends')
333        OWGUI.checkBox(box, self, 'ShowLegend', 'Show legend', 
334                       callback=self.update_legend)
335        OWGUI.checkBox(box, self, 'ShowAverageStripe', 'Stripes with averages', 
336                       callback=self.update_averages_stripe)
337        self.geneAnnotationsCB = OWGUI.checkBox(box, self, 'ShowGeneAnnotations', 'Gene annotations', 
338                                                callback=self.update_annotations)
339       
340        self.annotationCombo = OWGUI.comboBox(box, self, "BAnnotationIndx", items=[],
341                                              callback=self.update_annotations) 
342                                              #callback=lambda x='BAnnotationVar', y='BAnnotationIndx': self.setMetaID(x, y))
343
344        box = OWGUI.widgetBox(tab, 'Column Labels')
345        columnLabelCB = OWGUI.checkBox(box, self, "ShowColumnLabels", "Display column labels",
346                                       callback=self.update_column_annotations)
347        posbox = OWGUI.widgetBox(OWGUI.indentedBox(box), "Position", flat=True)
348        comboBox = OWGUI.comboBox(posbox, self, "ColumnLabelPosition", 
349                                  items=["Top", "Bottom"], 
350                                  callback=self.update_column_annotations)
351        columnLabelCB.disables.append(comboBox.box)
352        columnLabelCB.makeConsistent()
353       
354        box = OWGUI.widgetBox(tab, "Tool Tips")
355        cb = OWGUI.checkBox(box, self, 'GShowToolTip', "Show tool tips")
356        box = OWGUI.widgetBox(OWGUI.indentedBox(box), "Tool Tip Info")
357        box.setFlat(True)
358        OWGUI.checkBox(box, self, 'BShowColumnID', "Column ID")
359        self.spotIndxCB = OWGUI.checkBox(box, self, 'BShowSpotIndex', "Spot Index", \
360            callback=lambda: self.spotCombo.setDisabled(not self.BShowSpotIndex))
361        self.spotCombo = OWGUI.comboBox(box, self, "BSpotIndx", items=[], \
362            callback=lambda x='BSpotVar', y='BSpotIndx': self.setMetaID(x, y))
363        OWGUI.checkBox(box, self, 'BShowGeneExpression', "Gene expression")
364        OWGUI.checkBox(box, self, 'BShowAnnotation', "Annotation")
365        self.toolTipInfoBox = box
366        cb.disables.append(box)
367        cb.makeConsistent()
368        OWGUI.rubber(tab)
369
370        # SPLIT TAB
371        self.splitTab = OWGUI.createTabPage(self.tabs, "Split Data")
372        box = OWGUI.widgetBox(self.splitTab, "Split By")
373        self.splitLB = QListWidget(box)
374        box.layout().addWidget(self.splitLB)
375        self.connect(self.splitLB, SIGNAL("itemSelectionChanged()"), self.split_changed)
376
377        # Scene with microarray
378        self.heatmap_scene = self.scene = HeatmapScene()
379        self.selection_manager = HeatmapSelectionManager(self)
380        self.connect(self.selection_manager, SIGNAL("selection_changed()"), self.on_selection_changed)
381        self.connect(self.selection_manager, SIGNAL("selection_finished()"), self.on_selection_finished)
382        self.heatmap_scene.set_selection_manager(self.selection_manager)
383        item = QGraphicsRectItem(0, 0, 10, 10, None, self.heatmap_scene)
384        self.heatmap_scene.itemsBoundingRect()
385        self.heatmap_scene.removeItem(item)
386       
387        self.sceneView = QGraphicsView(self.scene)
388        self.currentHighlightedCluster = None
389        self.selectedClusters = []
390        self.mainArea.layout().addWidget(self.sceneView)
391        self.heatmap_scene.widget = None
392        self.heatmap_widget_grid = [[]]
393        self.attr_annotation_widgets = []
394        self.attr_dendrogram_widgets = []
395        self.gene_annotation_widgets = []
396        self.gene_dendrogram_widgets = []
397       
398        self.heatmaps = []
399       
400        self.selection_rects = []
401       
402        self.attr_cluster = None
403        self.data_clusters = []
404        self.sorted_data = None
405       
406        self._ordering_cache = {}
407       
408        self.resize(800,400)
409
410    def createColorStripe(self, palette):
411        dx = 104; dy = 18
412        bmp = chr(252)*dx*2 + reduce(lambda x,y:x+y, \
413           [chr(i*250/dx) for i in range(dx)] * (dy-4)) + chr(252)*dx*2 
414       
415        image = QImage(bmp, dx, dy, QImage.Format_Indexed8)
416        image.setColorTable(signedPalette(self.ColorPalettes[palette]))
417
418        pm = QPixmap.fromImage(image, Qt.AutoColor);
419        return pm
420
421    # set the default palettes used in the program
422    # palette defines 256 colors, 250 are used for heat map, remaining 6 are extra
423    # color indices for unknown is 255, underflow 253, overflow 254, white 252
424    def setColorPalette(self):
425        white = qRgb(255,255,255)
426        gray = qRgb(200,200,200)
427        self.ColorPalettes = \
428          ([qRgb(255.*i/250., 255.*i/250., 255-(255.*i/250.)) \
429            for i in range(250)] + [white]*3 + [qRgb(0., 0., 255.), qRgb(255., 255., 0.), gray],
430           [qRgb(0, 255.*i*2/250., 0) for i in range(125, 0, -1)] \
431           + [qRgb(255.*i*2/250., 0, 0) for i in range(125)] + [white]*3 \
432           + [qRgb(0, 255., 0), qRgb(255., 0, 0), gray],
433           [qRgb(255.*i/250., 0, 0) for i in range(250)] + [white]*3 \
434           + [qRgb(0., 0, 0), qRgb(255., 0, 0), gray])
435        self.SelectionColors = [QColor(0,0,0), QColor(255,255,128), QColor(0,255,255)]
436        self.CurrentPalette = 0
437       
438    def getGammaCorrectedPalette(self):
439        return [QColor(*self.contPalette.getRGB(float(i)/250, gamma=self.Gamma)).rgb() for i in range(250)] + self.palette[-6:]
440
441    def setColor(self, index, dialog=None, update=True):
442        self.selectedSchemaIndex = index
443        if not dialog:
444            dialog = self.createColorDialog()
445
446        self.colorCombo.setPalettes("palette", dialog)
447        self.colorCombo.setCurrentIndex(self.selectedSchemaIndex)
448        self.contPalette = palette = dialog.getExtendedContinuousPalette("palette")
449        unknown = dialog.getColor("unknown").rgb()
450        underflow = dialog.getColor("underflow").rgb()
451        overflow = dialog.getColor("overflow").rgb()
452        self.palette = [QColor(*palette.getRGB(float(i)/250, gamma=self.Gamma)).rgb() for i in range(250)] + [qRgb(255, 255, 255)]*3 +[underflow, overflow, unknown]
453
454        if update:
455            self.update_color_schema()
456#            self.drawHeatMap()
457       
458    def openColorDialog(self):
459        dialog = self.createColorDialog()
460        if dialog.exec_():
461            self.colorSettings = dialog.getColorSchemas()
462            self.selectedSchemaIndex = dialog.selectedSchemaIndex
463            self.colorCombo.setCurrentIndex(self.selectedSchemaIndex)
464            self.setColor(self.selectedSchemaIndex, dialog)
465
466    def createColorDialog(self):
467        c = OWColorPalette.ColorPaletteDlg(self, "Color Palette")
468        c.createExtendedContinuousPalette("palette", "Continuous Palette", initialColor1=QColor(Qt.blue), initialColor2=QColor(255, 255, 0).rgb(), extendedPassThroughColors = ((Qt.red, 1), (Qt.darkYellow, 1), (Qt.black, 1), (Qt.magenta, 1), (Qt.green, 1)))
469        box = c.createBox("otherColors", "Other Colors")
470        c.createColorButton(box, "unknown", "Unknown", Qt.gray)
471        box.layout().addSpacing(5)
472        c.createColorButton(box, "overflow", "Overflow", Qt.black)
473        box.layout().addSpacing(5)
474        c.createColorButton(box, "underflow", "Underflow", Qt.white)
475        c.setColorSchemas(self.colorSettings, self.selectedSchemaIndex)
476        return c
477   
478    # any time the data changes, the two combo boxes showing meta attributes
479    # have to be adjusted
480    def setMetaCombo(self, cb, value, enabled=1, default=None):
481        cb.clear()
482        if len(self.meta)==0:
483            cb.setDisabled(True)
484            self.spotIndxCB.setDisabled(1); self.geneAnnotationsCB.setDisabled(1)
485            return (None, None)
486        cb.setDisabled(not enabled)
487        self.spotIndxCB.setEnabled(1); self.geneAnnotationsCB.setEnabled(1)
488        for m in self.meta:
489            cb.addItem(m)
490       
491        if not (value in self.meta):
492            if default in self.meta:
493                value = default
494            else:
495                value = None
496
497        if value in self.meta:
498            cb.setCurrentIndex(self.meta.index(value))
499            indx = self.meta.index(value)
500        else:
501            cb.setCurrentIndex(0)
502            value = self.meta[0]; indx = 0
503        return (value, indx)
504
505    def setMetaID(self, val, valIndx):
506        setattr(self, val, self.meta[getattr(self, valIndx)])
507#        if val=='BAnnotationVar':
508#            self.drawHeatMap()
509
510    def setMetaCombos(self):
511        self.meta = [m.name for m in self.data.domain.getmetas().values()]
512        self.BSpotVar, self.BSpotIndx = self.setMetaCombo(self.spotCombo, self.BSpotVar, \
513            enabled=self.BShowSpotIndex, default='RMI')
514        self.BAnnotationVar, self.BAnnotationIndx = self.setMetaCombo(self.annotationCombo, \
515            self.BAnnotationVar, enabled=self.BShowAnnotation, default='xannotation')
516       
517    def set_meta_combos(self):
518        self.spotCombo.clear()
519        self.annotationCombo.clear()
520       
521        self.meta = self.data.domain.getmetas().values()
522        names = [m.name for m in self.meta]
523       
524        self.spotCombo.addItems(names)
525        self.annotationCombo.addItems(names)
526        enabled = bool(self.meta)
527       
528        self.spotIndxCB.setEnabled(enabled)
529        self.geneAnnotationsCB.setEnabled(enabled)
530       
531        self.spotCombo.setEnabled(enabled and self.BShowSpotIndex)
532        self.annotationCombo.setEnabled(enabled and self.BShowAnnotation)
533       
534        self.BSpotIndx = 0
535        self.BSpotVar = self.meta[0] if self.meta else None
536        self.BAnnotationIndx = 0
537        self.BAnnotationVar = self.meta[0] if self.meta else None
538       
539    def get_candidate_splits(self):
540        """ Return candidate labels on which we can split the data.
541        """
542        if self.data is not None:
543            groups = defaultdict(list)
544            for attr in self.data.domain.attributes:
545                for item in attr.attributes.items():
546                    groups[item].append(attr)
547               
548            by_keys = defaultdict(list)
549            for (key, value), attrs in groups.items():
550                by_keys[key].append(attrs)
551           
552            # Find the keys for which all values have the same number of attributes.
553            candidates = []
554            for key, groups in by_keys.items():
555                count = len(groups[0])
556                if all(len(attrs) == count for attrs in groups) and len(groups) > 1 and count > 1:
557                    candidates.append(key)
558                   
559            return candidates
560        else:
561            return []
562           
563    def set_split_labels(self):
564        """ Set the list view in Split tab.
565        """
566        self.splitLB.addItems(self.get_candidate_splits())
567       
568    def selected_split_label(self):
569        item = self.splitLB.currentItem()
570        return str(item.text()) if item else None
571       
572    def clear(self):
573        self.data = None
574        self.spotCombo.clear()
575        self.annotationCombo.clear()
576        self.splitLB.clear()
577        self.meta = []
578        self.clear_scene()
579       
580    def clear_scene(self):
581        self.selection_manager.set_heatmap_widgets([[]])
582        self.heatmap_scene.clear()
583        self.heatmap_scene.widget = None
584        self.heatmap_widget_grid = [[]]
585        self.attr_annotation_widgets = []
586        self.attr_dendrogram_widgets = []
587        self.gene_annotation_widgets = []
588        self.gene_dendrogram_widgets = []
589       
590        self.selection_rects = []
591       
592    def saveFig(self):
593        sizeDlg = OWChooseImageSizeDlg(self.scene, parent=self)
594        sizeDlg.exec_()
595
596    ##########################################################################
597    # handling of input/output signals
598       
599    def set_dataset(self, data=None, id=None):
600        self.closeContext("Selection")
601       
602        self._ordering_cache.clear()
603       
604        self.clear()
605        self.data = data
606        if data is not None:
607#            self.setMetaCombos()
608            self.set_meta_combos()
609            self.set_split_labels()
610           
611        self.unorderedData = None
612        self.groupClusters = None
613       
614    def handleNewSignals(self):
615        self.send('Examples', None)
616        if self.data:
617            self.update_heatmaps()
618        else:
619            self.clear()
620
621        if self.data:
622            self.openContext("Selection", self.data)
623           
624    def construct_heatmaps(self, data, split_label=None):
625        if split_label is not None:
626            groups = split_domain(data.domain, split_label)
627        else:
628            groups = [("", data.domain)]
629           
630        group_domains = [dom for _, dom in groups]
631
632        attr_ordering = range(len(group_domains[0][1].attributes))
633        attr_cluster = None
634        data_ordering = []
635        data_clusters = [None]
636        sorted_data = data
637
638        self.progressBarInit()
639
640        progress_parts = 0
641
642        args_key_examples = tuple(tuple(d) for d in group_domains), self.SortExamples == 3, "data"
643        args_key_attributes = tuple(tuple(d) for d in group_domains), self.SortAttributes == 2, "attributes"
644
645        if self.SortExamples > 1 and args_key_examples not in self._ordering_cache:
646            classVar = data.domain.class_var
647            if classVar and isinstance(classVar, orange.EnumVariable):
648                progress_parts += len(classVar.values)
649            else:
650                progress_parts += 1
651
652        if self.SortAttributes > 0 and args_key_attributes not in self._ordering_cache:
653            progress_parts += 1
654
655        progress_bar = PP_callback(progress_callback=self.progressBarSet, parts=progress_parts)
656
657        # rows
658        if self.SortExamples > 1:
659
660            cluster_ordering = self._ordering_cache.get(args_key_examples, None)
661            if cluster_ordering is None:
662
663                # Rows separately
664                data_ordering, data_clusters = \
665                        hierarchical_cluster_ordering_examples(data, group_domains,
666                                      opt_order=self.SortExamples == 3,
667                                      pp_callback=progress_bar)
668
669                # Cache the clusters
670                self._ordering_cache[args_key_examples] = (data_ordering, data_clusters)
671            else:
672                data_ordering, data_clusters = cluster_ordering
673           
674            sorted_data = [data[i] for i in itertools.chain(*data_ordering)]
675       
676        # columns
677        if self.SortAttributes > 0:
678
679            cluster_ordering = self._ordering_cache.get(args_key_attributes, None)
680            if cluster_ordering is None:
681
682                # Columns separately
683                attr_ordering, attr_cluster = \
684                        hierarchical_cluster_ordering_attributes(data, group_domains,
685                                      opt_order=self.SortAttributes == 2,
686                                      pp_callback=progress_bar)
687
688                # Cache the clusters
689                self._ordering_cache[args_key_attributes] = (attr_ordering, attr_cluster)
690            else:
691                attr_ordering, attr_cluster = cluster_ordering
692
693        self.progressBarFinished()
694
695        self.heatmapconstructor = []
696        self._group_data = []
697       
698        for name, group_domain in groups:
699            if attr_ordering != sorted(attr_ordering):
700                domain = orange.Domain([group_domain[i] for i in attr_ordering], group_domain.classVar)
701                domain.addmetas(group_domain.getmetas())
702                group_domain = domain
703               
704            group_data = orange.ExampleTable(group_domain, sorted_data)
705            self._group_data.append((group_data, group_domain)) # Crashes at accessing the heatmap.examples[0] without this
706            if self.SortExamples == 1:
707                hc = orangene.HeatmapConstructor(group_data)
708            else:
709                hc = orangene.HeatmapConstructor(group_data, None)
710           
711            self.heatmapconstructor.append(hc)
712           
713        self.attr_cluster = attr_cluster
714        self.data_clusters = data_clusters
715        self.sorted_data = sorted_data
716        self.group_domains = groups
717             
718    def create_heatmaps(self, constructors):
719        self.lowerBound = 1000
720        self.upperBound = -1000
721        squeeze = 1.0 / self.Merge
722        self.heatmaps = []
723        for hmc in constructors:
724            hm, lb, ub = hmc(squeeze)
725           
726            self.lowerBound = min(self.lowerBound, lb)
727            self.upperBound = max(self.upperBound, ub)
728               
729            self.heatmaps.append(hm)
730           
731        for cluster, heatmap in zip(self.data_clusters, self.heatmaps[0]):
732            if cluster is not None:
733                cluster._heatmap = heatmap
734           
735        self.sliderCutLow.setRange(self.lowerBound, 0, 0.1)
736        self.sliderCutHigh.setRange(1e-10, self.upperBound, 0.1)
737        self.CutLow = max(self.CutLow, self.lowerBound)
738        self.CutHigh = min(self.CutHigh, self.upperBound)
739        self.sliderCutLow.setValue(self.CutLow)
740        self.sliderCutHigh.setValue(self.CutHigh)
741           
742    def point_size_hint(self, height):
743        font = QFont(self.font())
744        font.setPointSize(height)
745        fix = 0
746        while QFontMetrics(font).lineSpacing() > height and height - fix > 1:
747            fix += 1
748            font.setPointSize(height - fix)
749        return height - fix
750   
751    def construct_heatmaps_scene(self, heatmaps, data, attr_cluster=None, data_clusters=None):
752        self.heatmap_scene.clear()
753        widget = GridWidget()
754        self.heatmap_scene.addItem(widget)
755        layout = QGraphicsGridLayout()
756        layout.setSpacing(self.SpaceX)
757        widget.setLayout(layout)
758       
759        classVar = data.domain.classVar
760        if classVar and isinstance(classVar, orange.EnumVariable):
761            classes = classVar.values
762        else:
763            classes = [None]
764       
765        if self.CutEnabled:
766            cut_low, cut_high = self.CutLow, self.CutHigh
767        else:
768            cut_low, cut_high = self.lowerBound, self.upperBound
769           
770        palette = self.getGammaCorrectedPalette() if self.Gamma !=0 else self.palette
771       
772        class_dendrograms = []
773        attr_dendrograms = []
774        heatmap_widgets = []
775        attr_annotation_widgets = []
776        gene_annotation_widgets = []
777        attr_annotation_widgets_top = []
778        attr_annotation_widgets_bottom = []
779       
780        # Dendrograms on the left side
781        if data_clusters and any(data_clusters):
782            for i, cluster in enumerate(data_clusters):
783                class_dendrogram = DendrogramWidget(cluster, parent=widget, orientation=Qt.Vertical)
784                class_dendrogram.setSizePolicy(QSizePolicy.Expanding, QSizePolicy.Expanding)
785                left, top, right, bottom = class_dendrogram.layout().getContentsMargins()
786                class_dendrogram.layout().setContentsMargins(left, self.CellHeight / 2.0 / self.Merge, 0.0, self.CellHeight / 2.0 / self.Merge)
787                class_dendrogram.setMinimumWidth(100)
788                class_dendrogram.setMaximumWidth(100)
789               
790                layout.addItem(class_dendrogram, i*2 + 5, 0)
791                class_dendrograms.append(class_dendrogram)
792           
793        # Class labels   
794        for i, class_ in enumerate(classes):
795            if class_ is not None:
796                item = GtI(class_, widget)
797                item = GraphicsSimpleTextLayoutItem(item, parent=widget)
798                item.setSizePolicy(QSizePolicy.Fixed, QSizePolicy.Fixed)
799                layout.addItem(item, i*2 + 4, 2)
800                layout.setRowSpacing(i*2 + 4, 2)
801                layout.setAlignment(item, Qt.AlignLeft | Qt.AlignVCenter)
802               
803        font = QFont()
804        font.setPointSize(self.point_size_hint(self.CellHeight))
805       
806        class_row_labels = [map(str, hm.exampleIndices) for hm in heatmaps[0]]
807        group_column_labels = [[a.name for a in hm[0].examples.domain.attributes] for hm in heatmaps]
808       
809        # Gene annotations on the right side
810        for i, labels in enumerate(class_row_labels):
811            list = GraphicsSimpleTextList(labels, parent=widget, orientation=Qt.Vertical)
812            list.setAlignment(Qt.AlignLeft | Qt.AlignVCenter)
813            list.setFont(font)
814            list.setContentsMargins(0.0, 0.0, 0.0, 0.0)
815            list.setSizePolicy(QSizePolicy.Fixed, QSizePolicy.Expanding)
816           
817            layout.addItem(list, i*2 + 5, len(self.heatmaps) + 2)
818            layout.setAlignment(list, Qt.AlignLeft)
819            gene_annotation_widgets.append(list)
820           
821        font = QFont()
822        font.setPointSizeF(self.point_size_hint(self.CellWidth))
823       
824        if self.ShowAverageStripe:
825            stripe_offset = c_averageStripeWidth + 2
826        else:
827            stripe_offset = 0
828           
829        for column, (hm, labels, group) in enumerate(zip(heatmaps, group_column_labels, self.group_domains)):
830            column_heatmap_widgets = []
831           
832            # Top group label
833            if len(heatmaps) > 1:
834                item = GtI(group[0], widget)
835                item = GraphicsSimpleTextLayoutItem(item, parent=widget)
836                layout.addItem(item, 1, column + 2)
837                layout.setRowSpacing(1, 2)
838                layout.setRowMaximumHeight(1, item.geometry().height())
839                layout.setAlignment(item, Qt.AlignLeft | Qt.AlignVCenter)
840            else:
841                layout.setRowMaximumHeight(1, 0)
842                layout.setRowSpacing(1, 0)
843               
844            # Top dendrogram
845            if attr_cluster is not None:
846                attr_dendrogram = DendrogramWidget(attr_cluster, parent=widget, orientation=Qt.Horizontal)
847                attr_dendrogram.setSizePolicy(QSizePolicy.Expanding, QSizePolicy.Expanding)
848                attr_dendrogram.translate(0.0, attr_dendrogram.size().height())
849                attr_dendrogram.scale(1.0, -1.0)
850               
851                left, top, right, bottom = attr_dendrogram.layout().getContentsMargins()
852                attr_dendrogram.layout().setContentsMargins(stripe_offset + self.CellWidth / 2.0, 0.0, self.CellWidth / 2.0, bottom)
853                attr_dendrogram.setMinimumHeight(100)
854                attr_dendrogram.setMaximumHeight(100)
855               
856                layout.addItem(attr_dendrogram, 2, column + 2)
857                layout.setRowMaximumHeight(2, 100)
858                attr_dendrograms.append(attr_dendrogram)
859           
860           
861            # Heatmap widget for each class
862            for i, (class_, chm) in enumerate(zip(classes, hm)): 
863                hm_widget = GraphicsHeatmapWidget(heatmap=chm, parent=widget)
864                hm_widget.set_cell_size(int(self.CellWidth), int(self.CellHeight))
865                hm_widget.set_cuts(cut_low, cut_high)
866                hm_widget.set_color_table(palette)
867                hm_widget.set_show_averages(self.ShowAverageStripe)
868                hm_widget.cell_tool_tip = lambda row, col, hm=hm_widget: self.cell_tool_tip(hm, row, col)
869                layout.addItem(hm_widget, i*2 + 5, column + 2)
870                column_heatmap_widgets.append(hm_widget)
871            heatmap_widgets.append(column_heatmap_widgets)
872           
873            # Top attr annotations
874            list = GraphicsSimpleTextList(labels, parent=widget, orientation=Qt.Horizontal)
875            list.setAlignment(Qt.AlignBottom | Qt.AlignLeft)
876           
877            list.setFont(font)
878            list.layout().setContentsMargins(stripe_offset, 0, 0, 0)
879            list.setSizePolicy(QSizePolicy.Expanding, QSizePolicy.Fixed)
880           
881            layout.addItem(list, 3, column + 2, Qt.AlignBottom | Qt.AlignLeft)
882            attr_annotation_widgets.append(list)
883            attr_annotation_widgets_top.append(list)
884           
885            # Bottom attr annotations
886            list = GraphicsSimpleTextList(labels, parent=widget, orientation=Qt.Horizontal)
887            list.setAlignment(Qt.AlignTop | Qt.AlignHCenter)
888           
889            list.setFont(font)
890            list.layout().setContentsMargins(stripe_offset, 0, 0, 0)
891            list.setSizePolicy(QSizePolicy.Expanding, QSizePolicy.Fixed)
892           
893            layout.addItem(list, len(hm)*2 + 5, column + 2)
894            attr_annotation_widgets.append(list)
895            attr_annotation_widgets_bottom.append(list)
896           
897            # Legend
898            if column == 0:
899                item = GraphicsLegendWidget(self.heatmapconstructor[0], self.lowerBound, self.upperBound, parent=widget)
900                item.set_color_table(palette)
901                item.setVisible(self.ShowLegend)
902                layout.addItem(item, 0, 2, 1, len(self.heatmaps) + 1)
903                layout.setRowSpacing(0, 2)
904#                layout.setRowMaximumHeight(0, item.geometry().height())
905           
906        self.heatmap_scene.addItem(widget)
907        self.heatmap_scene.widget = widget
908        self.heatmap_widget_grid = heatmap_widgets
909        self.gene_annotation_widgets = gene_annotation_widgets
910        self.attr_annotation_widgets = attr_annotation_widgets
911        self.attr_annotation_widgets_top = attr_annotation_widgets_top
912        self.attr_annotation_widgets_bottom = attr_annotation_widgets_bottom
913        self.attr_dendrogram_widgets = attr_dendrograms
914       
915        self.update_annotations()
916        self.update_column_annotations()
917       
918        self.fix_grid_layout()
919       
920        self.selection_manager.set_heatmap_widgets(heatmap_widgets)
921       
922    def fix_grid_layout(self):
923        """ Fix grid layout when cell size changes or average
924        stripes are shown/hiddens.
925        """
926        if self.heatmap_scene.widget:
927            layout = self.heatmap_scene.widget.layout()
928            layout.invalidate()
929            layout.activate()
930           
931            for i, hw in enumerate(self.heatmap_widget_grid[0]):
932                max_h = hw.size().height()
933                layout.setRowMaximumHeight(i*2 + 5, max_h)
934               
935            for i, hw in enumerate(self.heatmap_widget_grid):
936                max_w = hw[0].size().width()
937                layout.setColumnMaximumWidth(i + 2, max_w)
938                if self.attr_dendrogram_widgets:
939                    dendrogram = self.attr_dendrogram_widgets[i]
940#                    dendrogram.resize(max_w, -1)
941                    dendrogram.setMaximumWidth(max_w)
942                self.attr_annotation_widgets_top[i].setMaximumWidth(max_w)
943                self.attr_annotation_widgets_bottom[i].setMaximumWidth(max_w)
944               
945#            for i, (hw, dend) in enumerate(zip(self.heatmap_widget_grid, self.attr_dendrogram_widgets)):
946#                max_w = hw[0].size().width()
947           
948#            self.update_widget_margins()   
949            self.heatmap_scene.widget.resize(self.heatmap_scene.widget.sizeHint(Qt.PreferredSize))
950           
951            self.on_selection_changed()
952            self.update_scene_rect()
953       
954    def update_scene_rect(self):
955        rect = QRectF()
956        for item in self.heatmap_scene.items():
957            rect |= item.sceneBoundingRect()
958        self.heatmap_scene.setSceneRect(rect)
959           
960    def heatmap_widgets(self):
961        """ Iterate over heatmap widgets.
962        """
963        for item in self.heatmap_scene.items():
964            if isinstance(item, GraphicsHeatmapWidget):
965                yield item
966               
967    def label_widgets(self):
968        """ Iterate over GraphicsSimpleTextList widgets.
969        """
970        for item in self.heatmap_scene.items():
971            if isinstance(item, GraphicsSimpleTextList):
972                yield item
973               
974    def dendrogram_widgets(self):
975        """ Iterate over dendrogram widgets
976        """
977        for item in self.heatmap_scene.items():
978            if isinstance(item, DendrogramWidget):
979                yield item
980               
981    def legend_widgets(self):
982        for item in self.heatmap_scene.items():
983            if isinstance(item, GraphicsLegendWidget):
984                yield item
985               
986    def update_cell_size(self):
987        """ Update cell sizes (by user request - height/width sliders)
988        """ 
989        for heatmap in self.heatmap_widgets():
990            heatmap.set_cell_size(self.CellWidth, self.CellHeight)
991           
992        hor_font = QFont(self.font())
993        hor_font.setPointSize(self.point_size_hint(self.CellWidth))
994        vert_font = QFont(self.font())
995        vert_font.setPointSize(self.point_size_hint(self.CellHeight))
996       
997        # Also update the annotation items font.
998        for labels in self.label_widgets():
999            if labels.orientation == Qt.Vertical:
1000                labels.setFont(vert_font)
1001            else:
1002                labels.setFont(hor_font)
1003
1004        self.update_widget_margins()
1005        ## To hide the annotations if cell sizes to small.
1006        self.update_annotations()
1007        self.update_column_annotations()
1008           
1009        self.fix_grid_layout()
1010       
1011    def update_widget_margins(self):
1012        """ Update dendrogram and text list widgets margins to incude the
1013        space for average stripe.
1014        """
1015        if self.ShowAverageStripe:
1016            stripe_offset = c_averageStripeWidth + 2
1017        else:
1018            stripe_offset = 0
1019        right = self.CellWidth / 2.0
1020       
1021        top = self.CellHeight / 2.0 / self.Merge
1022        bottom = self.CellHeight / 2.0 / self.Merge
1023       
1024        for dendrogram in self.dendrogram_widgets():
1025            layout = dendrogram.layout() 
1026            if dendrogram.orientation == Qt.Horizontal:
1027#                index = self.attr_dendrogram_widgets.index(dendrogram)
1028#                heatmap = self.heatmap_widget_grid[index][0]
1029#                h_w = heatmap.size().width()
1030#                d_w = dendrogram.size().width()
1031#                right_ = d_w - stripe_offset - self.CellWidth - h_w
1032                _, top_h, _, bottom_h = layout.getContentsMargins()
1033                layout.setContentsMargins(stripe_offset + self.CellWidth / 2.0, top_h, right, bottom_h)
1034            else:
1035                left_v, _, right_v, _ = layout.getContentsMargins()
1036                layout.setContentsMargins(left_v, top, right_v, bottom)
1037               
1038        for widget in self.label_widgets():
1039            layout = widget.layout()
1040            if widget.orientation == Qt.Horizontal:
1041                left_h, top, right, bottom = layout.getContentsMargins()
1042                layout.setContentsMargins(stripe_offset, top, right, bottom)
1043       
1044    def update_averages_stripe(self):
1045        """ Update the visibility of the averages stripe.
1046        """
1047        if self.data:
1048            for widget in self.heatmap_widgets():
1049                widget.set_show_averages(self.ShowAverageStripe)
1050               
1051            self.update_widget_margins()
1052            self.fix_grid_layout()
1053           
1054    def update_grid_spacing(self):
1055        """ Update layout spacing.
1056        """
1057        if self.scene.widget:
1058            layout = self.scene.widget.layout()
1059            layout.setSpacing(self.SpaceX)
1060            self.fix_grid_layout()
1061       
1062    def update_color_schema(self):
1063        palette = self.getGammaCorrectedPalette() if self.Gamma !=0 else self.palette
1064        for heatmap in self.heatmap_widgets():
1065            heatmap.set_color_table(palette)
1066           
1067        for legend in self.legend_widgets():
1068            legend.set_color_table(palette)
1069           
1070    def update_thresholds(self):
1071        self.sliderCutLow.box.setDisabled(not self.CutEnabled)
1072        self.sliderCutHigh.box.setDisabled(not self.CutEnabled)
1073           
1074        if self.data:
1075            if self.CutEnabled:
1076                low, high = self.CutLow, self.CutHigh
1077            else:
1078                low, high = self.lowerBound, self.upperBound
1079            for heatmap in self.heatmap_widgets():
1080                heatmap.set_cuts(low, high)
1081   
1082    def update_sorting(self):
1083        if self.data:
1084            self.update_heatmaps()
1085       
1086    def update_sorting_examples(self):
1087        if self.data:
1088            self.update_heatmaps()
1089
1090    def update_sorting_attributes(self):
1091        if self.data:
1092            self.update_heatmaps()
1093
1094    def update_legend(self):
1095        for item in self.heatmap_scene.items():
1096            if isinstance(item, GraphicsLegendWidget):
1097                item.setVisible(self.ShowLegend)
1098       
1099    def update_annotations(self):
1100        if self.data:
1101            if self.meta:
1102                attr = self.meta[self.BAnnotationIndx]
1103            else:
1104                attr = None
1105           
1106            show = self.ShowGeneAnnotations and attr and self.Merge == 1
1107            show = show and self.CellHeight > 3
1108            for list_widget, hm in zip(self.gene_annotation_widgets, self.heatmap_widget_grid[0]):
1109                list_widget.setVisible(bool(show))
1110                if show:
1111                    hm = hm.heatmap
1112                    examples = hm.examples
1113                    indices = hm.exampleIndices[:-1]
1114                    labels = [str(examples[i][attr]) for i in indices]
1115                    list_widget.set_labels(labels)
1116
1117    def update_column_annotations(self):
1118        if self.data:
1119            show = self.CellWidth > 3
1120            show_top = self.ShowColumnLabels and self.ColumnLabelPosition == 0 and show
1121            show_bottom = self.ShowColumnLabels and self.ColumnLabelPosition == 1 and show
1122           
1123            for list_widget in self.attr_annotation_widgets_top:
1124                list_widget.setVisible(show_top)
1125               
1126            layout = self.heatmap_scene.widget.layout()
1127            layout.setRowMaximumHeight(3,  -1 if show_top else 0)
1128            layout.setRowSpacing(3, -1 if show_top else 0)
1129               
1130            for list_widget in self.attr_annotation_widgets_bottom:
1131                list_widget.setVisible(show_bottom)
1132               
1133            layout.setRowMaximumHeight(len(self.heatmap_widget_grid[0]) + 4, -1 if show_top else 0)
1134               
1135            self.fix_grid_layout()
1136           
1137    def update_heatmaps(self):
1138        if self.data:
1139            self.construct_heatmaps(self.data, self.selected_split_label())
1140            self.create_heatmaps(self.heatmapconstructor)
1141            self.clear_scene()
1142            self.construct_heatmaps_scene(self.heatmaps, self.data,
1143                                          attr_cluster=self.attr_cluster,
1144                                          data_clusters=self.data_clusters)
1145        else:
1146            self.clear()
1147       
1148    def update_heatmaps_stage2(self):
1149        if self.data:
1150            self.create_heatmaps(self.heatmapconstructor)
1151            self.clear_scene()
1152            self.construct_heatmaps_scene(self.heatmaps, self.data,
1153                                          attr_cluster=self.attr_cluster,
1154                                          data_clusters=self.data_clusters)
1155       
1156    def cell_tool_tip(self, heatmap_widget, row, column):
1157        if not self.GShowToolTip:
1158            return ""
1159        hm = heatmap_widget.heatmap
1160        examples = hm.examples[hm.exampleIndices[row] : hm.exampleIndices[row+1]]
1161        domain = hm.examples.domain
1162        if hm.getCellIntensity(row, column) != None:
1163            head = "%6.4f" % hm.getCellIntensity(row, column)
1164        else:
1165            head = "Missing Data"
1166        if self.BShowColumnID:
1167            head += "\n" + domain.attributes[column].name
1168        # tool tip, construct body
1169        body = ""
1170        if (self.BShowSpotIndex and self.BSpotVar) or \
1171                (self.BShowAnnotation and self.BAnnotationVar) or \
1172                 self.BShowGeneExpression:
1173            for (i, e) in enumerate(examples):
1174                if i > 5:
1175                    body += "\n... (%d more)" % (len(examples) - 5)
1176                    break
1177                else:
1178                    s = []
1179                    if self.BShowSpotIndex and self.BSpotVar:
1180                        s.append(str(e[self.BSpotVar]))
1181                    if self.BShowGeneExpression:
1182                        s.append(str(e[column]))
1183                    if self.BShowAnnotation and self.BAnnotationVar:
1184                        s.append(str(e[self.BAnnotationVar]))
1185           
1186                body += "\n"
1187                body += " | ".join(s)
1188        return head + body
1189   
1190    def on_merge_changed(self):
1191        self.oldMerge = self.savedMerge
1192        if self.MaintainArrayHeight and self.oldMerge != self.Merge:
1193            k = float(self.Merge) / self.oldMerge
1194            l = max(1, min(int(self.CellHeight * k), self.maxVSize))
1195            if l != self.CellHeight:
1196                self.CellHeight = l
1197                self.sliderVSize.setValue(self.CellHeight)
1198
1199        self.update_heatmaps_stage2()
1200        self.savedMerge = self.Merge
1201           
1202    def on_selection_changed(self):
1203        for item in self.selection_rects:
1204            item.hide()
1205            item.setParentItem(None)
1206            item.update()
1207            self.heatmap_scene.removeItem(item)
1208        self.selection_rects = []
1209        self.selection_manager.update_selection_rects()
1210        rects = self.selection_manager.selection_rects
1211        for rect in rects:
1212            item = QGraphicsRectItem(rect, None, self.heatmap_scene)
1213            item.setPen(QPen(Qt.black, 2))
1214            self.selection_rects.append(item)
1215           
1216    def on_selection_finished(self):
1217        self.selected_rows = self.selection_manager.selections
1218        self.commit_if()
1219       
1220    def commit_if(self):
1221        if self.auto_commit:
1222            self.commit()
1223        else:
1224            self.selection_changed_flag = True
1225       
1226    def commit(self):
1227        data = None
1228        if self.sorted_data:
1229            if self.selected_rows:
1230                examples = [self.sorted_data[i] for i in self.selected_rows]
1231                data = orange.ExampleTable(examples)
1232            else:
1233                data = None
1234       
1235        self.send("Examples", data)
1236        self.selection_changed_flag
1237           
1238    ## handle saved selections
1239    def settingsFromWidgetCallbackSelection(self, handler, context):
1240        context.selection = self.selection_manager.selections
1241
1242    def settingsToWidgetCallbackSelection(self, handler, context):
1243        selection = getattr(context, "selection", None)
1244        if selection:
1245            try:
1246                self.selection_manager.select_rows(selection)
1247            except Exception, ex:
1248                pass
1249#                self.warning(3, "Could not restore selection")
1250               
1251    def split_changed(self):
1252        if self.data:
1253            self.clear_scene()
1254            self.construct_heatmaps(self.data, self.selected_split_label())
1255            self.create_heatmaps(self.heatmapconstructor)
1256            self.construct_heatmaps_scene(self.heatmaps, self.data,
1257                                          attr_cluster=self.attr_cluster,
1258                                          data_clusters=self.data_clusters)
1259       
1260
1261class GraphicsPixmapLayoutItem(QGraphicsLayoutItem):
1262    """ A layout item wraping a QGraphicsPixmapItem
1263    """
1264    def __init__(self, pixmap_item, parent=None):
1265        QGraphicsLayoutItem.__init__(self, parent)
1266        self.pixmap_item = pixmap_item
1267        self.setSizePolicy(QSizePolicy.Fixed, QSizePolicy.Fixed)
1268       
1269    def setGeometry(self, rect):
1270        QGraphicsLayoutItem.setGeometry(self, rect)
1271        self.pixmap_item.setPos(rect.topLeft())
1272       
1273    def sizeHint(self, which, constraint=QSizeF()):
1274        return QSizeF(self.pixmap_item.pixmap().size())
1275   
1276    def setPixmap(self, pixmap):
1277        self.pixmap_item.setPixmap(pixmap)
1278        self.updateGeometry()
1279       
1280       
1281class GraphicsHeatmapWidget(QGraphicsWidget):
1282    def __init__(self, heatmap=None, parent=None, scene=None):
1283        QGraphicsWidget.__init__(self, parent)
1284        self.setAcceptHoverEvents(True)
1285        layout = QGraphicsLinearLayout(Qt.Horizontal)
1286        layout.setContentsMargins(0, 0, 0, 0)
1287        item = QGraphicsPixmapItem(self)
1288        item.setShapeMode(QGraphicsPixmapItem.BoundingRectShape)
1289        self.heatmap_item = GraphicsPixmapLayoutItem(item, self)
1290       
1291        item = QGraphicsPixmapItem(self)
1292        item.setShapeMode(QGraphicsPixmapItem.BoundingRectShape)
1293        self.averages_item = GraphicsPixmapLayoutItem(item, self)
1294       
1295        layout.addItem(self.averages_item)
1296        layout.addItem(self.heatmap_item)
1297        layout.setItemSpacing(0, 2)
1298       
1299        self.setLayout(layout)
1300       
1301        self.heatmap = None
1302        self.show_averages = True
1303        self._pixmap_args = None
1304        self.color_table = None
1305        self.selection_manager = None
1306        self.set_cell_size(4, 4)
1307        self.set_cuts(0, 255)
1308        self.set_heatmap(heatmap)
1309       
1310        if scene is not None:
1311            scene.addItem(self)
1312           
1313    def clear(self):
1314        """ Clear the current heatmap.
1315        """
1316        self.heatmap = None
1317        self._pixmap_args = None
1318        self.heatmap_item.setPixmap(QPixmap())
1319        self.averages_item.setPixmap(QPixmap())
1320        self.show_averages = True
1321        self.layout().invalidate()
1322           
1323    def set_heatmap(self, heatmap):
1324        """ Set the heatmap for display.
1325        """
1326        self.clear()
1327        self.heatmap = heatmap
1328        self.update()
1329       
1330    def set_cell_size(self, width, height):
1331        self.cell_width = width
1332        self.cell_height = height
1333        self.update()
1334       
1335    def set_cuts(self, low, high):
1336        self.cut_low = low
1337        self.cut_high = high
1338        self.update()
1339       
1340    def set_show_averages(self, show):
1341        self.show_averages = show
1342        self._pixmap_args = None
1343        self.update()
1344
1345    def set_color_table(self, color_table):
1346        if qVersion() <= "4.5":
1347            self.color_table = signedPalette(color_table)
1348        else:
1349            self.color_table = color_table
1350       
1351        self._pixmap_args = None
1352        self.update()
1353           
1354    def _update_pixmap(self):
1355        """ Update the pixmap if its construction arguments changed.
1356        """
1357        if self.heatmap:
1358            args = (int(self.cell_width), int(self.cell_height),
1359                    self.cut_low, self.cut_high, 1.0)
1360           
1361            if args != self._pixmap_args:
1362                bitmap, width, height = self.heatmap.getBitmap(*args)
1363                image = QImage(bitmap, width, height, QImage.Format_Indexed8)
1364                color_table = self.color_table
1365                if color_table:
1366                    image.setColorTable(color_table)
1367                self.pixmap = QPixmap.fromImage(image)
1368               
1369                bitmap, width, height = self.heatmap.getAverages(*((c_averageStripeWidth,) + args[1:]))
1370                image = QImage(bitmap, width, height, QImage.Format_Indexed8)
1371                if self.color_table:
1372                    image.setColorTable(color_table)
1373                self.averages_pixmap = QPixmap.fromImage(image)
1374               
1375                self._pixmap_args = args
1376               
1377                self.layout().invalidate()
1378        else:
1379            self.averages_pixmap = None
1380            self.pixmap = None
1381           
1382        self.heatmap_item.setPixmap(self.pixmap or QPixmap())
1383        if self.show_averages and self.averages_pixmap:
1384            self.averages_item.setPixmap(self.averages_pixmap)
1385        else:
1386            self.averages_item.setPixmap(QPixmap())
1387           
1388    def update(self):
1389        self._update_pixmap()
1390        QGraphicsWidget.update(self)
1391       
1392    def set_selection_manager(self, manager):
1393        self.selection_manager = manager
1394       
1395    def cell_at(self, pos):
1396        """ Return the cell row, column from a point `pos` in local
1397        coordinates.
1398       
1399        """
1400        pos = self.mapToItem(self.heatmap_item.pixmap_item, pos)
1401        x, y = pos.x(), pos.y()
1402        def clamp(i, m):
1403            return int(min(max(i, 0), m))
1404        return (clamp(math.floor(y / self.cell_height), self.heatmap.height),
1405                clamp(math.floor(x / self.cell_width), self.heatmap.width))
1406   
1407    def cell_rect(self, row, column):
1408        """ Return a QRectF in local coordinates containing the cell
1409        at `row` and `column`.
1410       
1411        """
1412        top = QPointF(column * self.cell_width, row * self.cell_height)
1413        top = self.mapFromItem(self.heatmap_item.pixmap_item, top)
1414        size = QSizeF(self.cell_width, self.cell_height)
1415        return QRectF(top, size)
1416
1417    def row_rect(self, row):
1418        """ Return a QRectF in local coordinates containing the entire row.
1419        """
1420        rect = self.cell_rect(row, 0).united(self.cell_rect(row, self.heatmap.width - 1))
1421        rect.setLeft(0) # To include the average stripe if show.
1422        return rect
1423   
1424    def cell_tool_tip(self, row, column):
1425        hm = self.heatmap
1426        start = int(hm.exampleIndices[row])
1427        end = int(hm.exampleIndices[row + 1])
1428        examples = [hm.examples[start]]
1429        attr = hm.examples.domain[column]
1430        val = "%i, %i: %f" % (row, column, float(examples[0][attr]))
1431        return val
1432   
1433    def hoverEnterEvent(self, event):
1434        row, col = self.cell_at(event.pos())
1435   
1436    def hoverMoveEvent(self, event):
1437        pos = event.pos()
1438        row, column = self.cell_at(pos)
1439        tooltip = self.cell_tool_tip(row, column)
1440        QToolTip.showText(event.screenPos(), tooltip)
1441        return QGraphicsWidget.hoverMoveEvent(self, event)
1442   
1443    def hoverLeaveEvent(self, event):
1444        row, col = self.cell_at(event.pos())
1445   
1446    if DEBUG:
1447        def paint(self, painter, option, widget=0):
1448            rect =  self.geometry()
1449            rect.translate(-self.pos())
1450            painter.drawRect(rect.adjusted(-1, -1, 1, 1))
1451   
1452   
1453class GridWidget(QGraphicsWidget):
1454    def __init__(self, parent=None):
1455        QGraphicsWidget.__init__(self, parent)
1456       
1457    if DEBUG:
1458        def paint(self, painter, option, widget=0):
1459            rect =  self.geometry()
1460            rect.translate(-self.pos())
1461            painter.drawRect(rect)
1462           
1463           
1464class HeatmapScene(QGraphicsScene):
1465    """ A Graphics Scene with heatmap widgets.
1466    """
1467    def __init__(self, parent=None):
1468        QGraphicsScene.__init__(self, parent)
1469        self.selection_manager = HeatmapSelectionManager()
1470       
1471    def set_selection_manager(self, manager):
1472        self.selection_manager = manager
1473       
1474    def _items(self, pos=None, cls=object):
1475        if pos is not None:
1476            items = self.items(QRectF(pos, QSizeF(3, 3)).translated(-1.5, -1.5))
1477        else:
1478            items = self.items()
1479           
1480        for item in items:
1481            if isinstance(item, cls):
1482                yield item
1483           
1484    def heatmap_at_pos(self, pos):
1485        items  = list(self._items(pos, GraphicsHeatmapWidget))
1486        if items:
1487            return items[0]
1488        else:
1489            return None
1490       
1491    def dendrogram_at_pos(self, pos):
1492        items  = list(self._items(pos, DendrogramItem))
1493        if items:
1494            return items[0]
1495        else:
1496            return None
1497       
1498    def heatmap_widgets(self):
1499        return self._items(None, GraphicsHeatmapWidget)
1500       
1501    def select_from_dendrogram(self, dendrogram, clear=True):
1502        """ Select all heatmap rows which belong to the dendrogram.
1503        """
1504        dendrogram_widget = dendrogram.parentWidget()
1505        anchors = list(dendrogram_widget.leaf_anchors())
1506        cluster = dendrogram.cluster
1507        start, end = anchors[cluster.first], anchors[cluster.last - 1]
1508        start, end = dendrogram_widget.mapToScene(start), dendrogram_widget.mapToScene(end)
1509        # Find a heatmap widget containing start and end y coordinates.
1510       
1511        heatmap = None
1512        for hm in self.heatmap_widgets():
1513            b_rect = hm.sceneBoundingRect()
1514            if b_rect.contains(QPointF(b_rect.center().x(), start.y())):
1515                heatmap = hm
1516                break
1517           
1518        if dendrogram:
1519            b_rect = hm.boundingRect()
1520            start, end = hm.mapFromScene(start), hm.mapFromScene(end)
1521            start, _ = hm.cell_at(QPointF(b_rect.center().x(), start.y()))
1522            end, _ = hm.cell_at(QPointF(b_rect.center().x(), end.y()))
1523            self.selection_manager.selection_add(start, end, hm, clear=clear)
1524        return
1525       
1526    def mousePressEvent(self, event):
1527        pos = event.scenePos()
1528        heatmap = self.heatmap_at_pos(pos)
1529        if heatmap and event.button() & Qt.LeftButton:
1530            row, _ = heatmap.cell_at(heatmap.mapFromScene(pos))
1531            self.selection_manager.selection_start(heatmap, event)
1532           
1533        dendrogram = self.dendrogram_at_pos(pos)
1534        if dendrogram and event.button() & Qt.LeftButton:
1535            if dendrogram.orientation == Qt.Vertical:
1536                self.select_from_dendrogram(dendrogram, clear=not event.modifiers() & Qt.ControlModifier)
1537            return 
1538       
1539        return QGraphicsScene.mousePressEvent(self, event)
1540   
1541    def mouseMoveEvent(self, event):
1542        pos = event.scenePos()
1543        heatmap = self.heatmap_at_pos(pos)
1544        if heatmap and event.buttons() & Qt.LeftButton:
1545            row, _ = heatmap.cell_at(heatmap.mapFromScene(pos))
1546            self.selection_manager.selection_update(heatmap, event)
1547           
1548        dendrogram = self.dendrogram_at_pos(pos)
1549        if dendrogram and dendrogram.orientation == Qt.Horizontal: # Filter mouse move events
1550            return
1551           
1552        return QGraphicsScene.mouseMoveEvent(self, event)
1553   
1554    def mouseReleaseEvent(self, event):
1555        pos = event.scenePos()
1556        heatmap = self.heatmap_at_pos(pos)
1557        if heatmap:
1558            row, _ = heatmap.cell_at(heatmap.mapFromScene(pos))
1559            self.selection_manager.selection_finish(heatmap, event)
1560       
1561        dendrogram = self.dendrogram_at_pos(pos)
1562        if dendrogram and dendrogram.orientation == Qt.Horizontal: # Filter mouse events
1563            return
1564       
1565        return QGraphicsScene.mouseReleaseEvent(self, event)
1566   
1567    def mouseDoubleClickEvent(self, event):
1568        pos = event.scenePos()
1569        dendrogram = self.dendrogram_at_pos(pos)
1570        if dendrogram: # Filter mouse events
1571            return
1572        return QGraphicsScene.mouseDoubleClickEvent(self, event)
1573       
1574       
1575class GtI(QGraphicsSimpleTextItem):
1576    if DEBUG:
1577        def paint(self, painter, option, widget =0):
1578            QGraphicsSimpleTextItem.paint(self, painter, option, widget)
1579            painter.drawRect(self.boundingRect())
1580           
1581   
1582class GraphicsSimpleTextLayoutItem(QGraphicsLayoutItem):
1583    """ A Graphics layout item wrapping a QGraphicsSimpleTextItem alowing it
1584    to be managed by a layout.
1585    """
1586    def __init__(self, text_item, orientation=Qt.Horizontal, parent=None):
1587        QGraphicsLayoutItem.__init__(self, parent)
1588        self.orientation = orientation
1589        self.text_item = text_item
1590        if orientation == Qt.Vertical:
1591            self.text_item.rotate(-90)
1592            self.setSizePolicy(QSizePolicy.Expanding, QSizePolicy.Fixed)
1593        else:
1594            self.setSizePolicy(QSizePolicy.Fixed, QSizePolicy.Expanding)
1595       
1596    def setGeometry(self, rect):
1597        QGraphicsLayoutItem.setGeometry(self, rect)
1598        if self.orientation == Qt.Horizontal:
1599            self.text_item.setPos(rect.topLeft())
1600        else:
1601            self.text_item.setPos(rect.bottomLeft())
1602       
1603    def sizeHint(self, which, constraint=QSizeF()):
1604        if which in [Qt.PreferredSize]:
1605            size = self.text_item.boundingRect().size()
1606            if self.orientation == Qt.Horizontal:
1607                return size
1608            else:
1609                return QSizeF(size.height(), size.width())
1610        else:
1611            return QSizeF()
1612   
1613    def setFont(self, font):
1614        self.text_item.setFont(font)
1615        self.updateGeometry()
1616       
1617    def setText(self, text):
1618        self.text_item.setText(text)
1619        self.updateGeometry()
1620       
1621       
1622class GraphicsSimpleTextList(QGraphicsWidget):
1623    """ A simple text list widget.
1624    """
1625    def __init__(self, labels=[], orientation=Qt.Vertical, parent=None, scene=None):
1626        QGraphicsWidget.__init__(self, parent)
1627        layout = QGraphicsLinearLayout(orientation)
1628        layout.setContentsMargins(0, 0, 0, 0)
1629        layout.setSpacing(0)
1630        self.setLayout(layout)
1631        self.orientation = orientation
1632        self.alignment = Qt.AlignCenter
1633        self.setSizePolicy(QSizePolicy.Expanding, QSizePolicy.Expanding)
1634        self.set_labels(labels)
1635       
1636        if scene is not None:
1637            scene.addItem(self)
1638       
1639    def clear(self):
1640        """ Remove all text items.
1641        """
1642        layout = self.layout()
1643        for i in reversed(range(layout.count())):
1644            item = layout.itemAt(i)
1645            item.text_item.setParentItem(None)
1646            if self.scene():
1647                self.scene().removeItem(item.text_item)
1648            layout.removeAt(i)
1649       
1650        self.label_items = []
1651        self.updateGeometry()
1652       
1653    def set_labels(self, labels):
1654        """ Set the text labels to show in the widget.
1655        """
1656        self.clear()
1657        orientation = Qt.Horizontal if self.orientation == Qt.Vertical else Qt.Vertical
1658        for text in labels:
1659#            item = QGraphicsSimpleTextItem(text, self)
1660            item = GtI(text, self)
1661            item.setFont(self.font())
1662            item.setToolTip(text)
1663            item = GraphicsSimpleTextLayoutItem(item, orientation, parent=self)
1664            self.layout().addItem(item)
1665            self.layout().setAlignment(item, self.alignment)
1666            self.label_items.append(item)
1667           
1668        self.layout().activate()
1669        self.updateGeometry()
1670   
1671    def setAlignment(self, alignment):
1672        """ Set alignment of text items in the widget
1673        """
1674        self.alignment = alignment
1675        layout = self.layout()
1676        for i in range(layout.count()):
1677            layout.setAlignment(layout.itemAt(i), alignment)
1678           
1679    def setVisible(self, bool):
1680        QGraphicsWidget.setVisible(self, bool)
1681        self.updateGeometry()
1682           
1683    def setFont(self, font):
1684        """ Set the font for the text.
1685        """
1686        QGraphicsWidget.setFont(self, font)
1687        for item in self.label_items:
1688            item.setFont(font)
1689        self.layout().invalidate()
1690        self.updateGeometry()
1691       
1692    def sizeHint(self, which, constraint=QRectF()):
1693        if not self.isVisible():
1694            return QSizeF(0, 0)
1695        else:
1696            return QGraphicsWidget.sizeHint(self, which, constraint)
1697           
1698    if DEBUG:
1699        def paint(self, painter, options, widget=0):
1700            rect =  self.geometry()
1701            rect.translate(-self.pos())
1702            painter.drawRect(rect)
1703       
1704class GraphicsLegendWidget(QGraphicsWidget):
1705    def __init__(self, heatmap_constructor, low, high, parent=None, scene=None):
1706        QGraphicsWidget.__init__(self, parent)
1707        layout = QGraphicsLinearLayout(Qt.Vertical)
1708        self.setLayout(layout)
1709        layout.setContentsMargins(0, 0, 0, 0)
1710        layout.setSpacing(1)
1711       
1712        layout_labels = QGraphicsLinearLayout(Qt.Horizontal)
1713        layout.addItem(layout_labels)
1714        layout_labels.setContentsMargins(0, 0, 0, 0)
1715        label_lo = GtI("%.2f" % low, self)
1716        label_hi = GtI("%.2f" % high, self)
1717        self.item_low = GraphicsSimpleTextLayoutItem(label_lo, parent=self)
1718        self.item_high = GraphicsSimpleTextLayoutItem(label_hi, parent=self)
1719       
1720        layout_labels.addItem(self.item_low)
1721        layout.addStretch()
1722        layout_labels.addItem(self.item_high)
1723       
1724        self._pixmap = QPixmap(c_legendHeight, c_legendHeight)
1725        self.pixmap_item = QGraphicsPixmapItem(self._pixmap, self)
1726        self.pixmap_item = GraphicsPixmapLayoutItem(self.pixmap_item, parent=self)
1727        layout.addItem(self.pixmap_item)
1728       
1729        self.setSizePolicy(QSizePolicy.Expanding, QSizePolicy.Fixed)
1730        self.set_legend(heatmap_constructor, low, high)
1731       
1732        if scene is not None:
1733            scene.addItem(self)
1734       
1735    def set_legend(self, heatmap_constructor, low, high):
1736        self.heatmap_constructor = heatmap_constructor
1737        self.low = low
1738        self.high = high
1739        self.color_table = None
1740        self._pixmap = None
1741        self._pixmap_args = None
1742        self.update()
1743        self.updateGeometry()
1744       
1745    def set_color_table(self, color_table):
1746        if qVersion() <= "4.5":
1747            self.color_table = signedPalette(color_table)
1748        else:
1749            self.color_table = color_table
1750       
1751        self._pixmap_args = None
1752        self.update()
1753       
1754    def update(self):
1755        crect = self.contentsRect()
1756        width = crect.width()
1757        height = c_legendHeight
1758        if not self.pixmap_item or self._pixmap_args != (width, height):
1759            bitmap = self.heatmap_constructor.getLegend(int(width), int(height), 1.0)
1760            image = QImage(bitmap, width, height, QImage.Format_Indexed8)
1761            color_table = self.color_table
1762            if color_table:
1763                image.setColorTable(color_table)
1764            self._pixmap = QPixmap.fromImage(image)
1765           
1766        self.pixmap_item.setPixmap(self._pixmap)
1767        self.item_low.setText("%.2f" % self.low)
1768        self.item_high.setText("%.2f" % self.high)
1769        self.layout().activate()
1770        QGraphicsWidget.update(self)
1771           
1772    if DEBUG:
1773        def paint(self, painter, options, widget=0):
1774            rect =  self.geometry()
1775            rect.translate(-self.pos())
1776            painter.drawRect(rect)
1777
1778       
1779class HeatmapSelectionManager(QObject):
1780    """ Selection manager for heatmap rows
1781    """
1782    def __init__(self, parent=None):
1783        QObject.__init__(self, parent)
1784        self.selections = []
1785        self.selection_ranges = []
1786        self.heatmap_widgets = []
1787        self.selection_rects = []
1788        self.heatmaps = []
1789        self._heatmap_ranges = {}
1790        self._start_row = 0
1791       
1792    def set_heatmap_widgets(self, widgets):
1793        self.remove_rows(self.selections)
1794        self.heatmaps = widgets
1795       
1796        # Compute row ranges for all heatmaps
1797        self._heatmap_ranges = {}
1798        for group in widgets:
1799            start = end = 0
1800            for heatmap in group:
1801                end += heatmap.heatmap.height
1802                self._heatmap_ranges[heatmap] = (start, end)
1803                start = end
1804       
1805    def select_rows(self, rows, heatmap=None, clear=True):
1806        """ Add `rows` to selection. If `heatmap` is provided the rows
1807        are mapped from the local indices to global heatmap indics. If `clear`
1808        then remove previous rows.
1809        """
1810        if heatmap is not None:
1811            start, end = self._heatmap_ranges[heatmap]
1812            rows = [start + r for r in rows]
1813           
1814        old_selection = list(self.selections)
1815        if clear:
1816            self.selections = rows
1817        else:
1818            self.selections = sorted(set(self.selections + rows))
1819        if self.selections != old_selection:
1820            self.update_selection_rects()
1821            self.emit(SIGNAL("selection_changed()"))
1822            self.emit(SIGNAL("selection_rects_changed"), self.selection_rects)
1823           
1824    def remove_rows(self, rows):
1825        """ Remove `rows` from the selection.
1826        """
1827        old_selection = list(self.selections)
1828        self.selections = sorted(set(self.selections) - set(rows))
1829        if old_selection != self.selections:
1830            self.update_selection_rects()
1831            self.emit(SIGNAL("selection_changed()"))
1832            self.emit(SIGNAL("selection_rects_changed"), self.selection_rects)
1833           
1834    def combined_ranges(self, ranges):
1835        combined_ranges = set()
1836        for start, end in ranges:
1837            if start <= end:
1838                rng = range(start, end + 1)
1839            else:
1840                rng = range(start, end - 1, -1)
1841            combined_ranges.update(rng)
1842        return sorted(combined_ranges)
1843       
1844    def selection_start(self, heatmap_widget, event):
1845        """ Selection  started by `heatmap_widget` due to `event`.
1846        """
1847        pos = heatmap_widget.mapFromScene(event.scenePos())
1848        row, column = heatmap_widget.cell_at(pos)
1849        start, _ = self._heatmap_ranges[heatmap_widget]
1850        row = start + row
1851        self._start_row = row
1852        range = (row, row)
1853        if event.modifiers() & Qt.ControlModifier:
1854            self.selection_ranges.append(range)
1855        else:
1856            self.selection_ranges = [range]
1857        self.select_rows(self.combined_ranges(self.selection_ranges))
1858       
1859    def selection_update(self, heatmap_widget, event):
1860        """ Selection updated by `heatmap_widget due to `event` (mouse drag).
1861        """
1862        pos = heatmap_widget.mapFromScene(event.scenePos())
1863        row, column = heatmap_widget.cell_at(pos)
1864        start, _ = self._heatmap_ranges[heatmap_widget]
1865        row = start + row
1866        if self.selection_ranges:
1867            self.selection_ranges[-1] = (self._start_row, row)
1868        else:
1869            self.selection_ranges = [(row, row)]
1870           
1871        self.select_rows(self.combined_ranges(self.selection_ranges))
1872       
1873    def selection_finish(self, heatmap_widget, event):
1874        """ Selection finished by `heatmap_widget due to `event`.
1875        """
1876        pos = heatmap_widget.mapFromScene(event.scenePos())
1877        row, column = heatmap_widget.cell_at(pos)
1878        start, _ = self._heatmap_ranges[heatmap_widget]
1879        row = start + row
1880        range = (self._start_row, row)
1881        self.selection_ranges[-1] = range
1882        self.select_rows(self.combined_ranges(self.selection_ranges),
1883                         clear=not event.modifiers() & Qt.ControlModifier)
1884        self.emit(SIGNAL("selection_finished()"))
1885       
1886    def selection_add(self, start, end, heatmap=None, clear=True):
1887        """ Add a selection range from `start` to `end`.
1888        """ 
1889        if heatmap is not None:
1890            _start, _ = self._heatmap_ranges[heatmap]
1891            start = _start + start
1892            end = _start + end
1893       
1894        if clear:
1895            self.selection_ranges = []
1896        self.selection_ranges.append((start, end))
1897        self.select_rows(self.combined_ranges(self.selection_ranges))
1898        self.emit(SIGNAL("selection_finished()"))
1899       
1900    def update_selection_rects(self):
1901        """ Update the selection rects.
1902        """
1903        def continuous_ranges(selections):
1904            """ Group continuous ranges
1905            """
1906            selections = iter(selections)
1907            start = end = selections.next()
1908            try:
1909                while True:
1910                    new_end = selections.next()
1911                    if new_end > end + 1:
1912                        yield start, end
1913                        start = end = new_end
1914                    else:
1915                        end = new_end
1916            except StopIteration:
1917                yield start, end
1918               
1919        def group_selections(selections):
1920            """ Group selections along with heatmaps.
1921            """
1922            rows2hm = self.rows_to_heatmaps()
1923            selections = iter(selections)
1924            start = end = selections.next()
1925            end_heatmaps= rows2hm[end]
1926            try:
1927                while True:
1928                    new_end = selections.next()
1929                    new_end_heatmaps = rows2hm[new_end]
1930                    if new_end > end + 1 or new_end_heatmaps != end_heatmaps:
1931                        yield start, end, end_heatmaps
1932                        start = end = new_end
1933                        end_heatmaps = new_end_heatmaps
1934                    else:
1935                        end = new_end
1936                       
1937            except StopIteration:
1938                yield start, end, end_heatmaps
1939               
1940        def selection_rect(start, end, heatmaps):
1941            rect = QRectF()
1942            for heatmap in heatmaps:
1943                h_start, _ = self._heatmap_ranges[heatmap] 
1944                rect |= heatmap.mapToScene(heatmap.row_rect(start - h_start)).boundingRect()
1945                rect |= heatmap.mapToScene(heatmap.row_rect(end - h_start)).boundingRect()
1946            return rect
1947                 
1948        self.selection_rects = []
1949        for start, end, heatmaps in group_selections(self.selections):
1950            rect = selection_rect(start, end, heatmaps)
1951            self.selection_rects.append(rect)
1952           
1953    def rows_to_heatmaps(self):
1954        heatmap_groups = zip(*self.heatmaps)
1955        rows2hm = {}
1956        for heatmaps in heatmap_groups:
1957            hm = heatmaps[0]
1958            start, end = self._heatmap_ranges[hm]
1959            rows2hm.update(dict.fromkeys(range(start, end), heatmaps))
1960        return rows2hm
1961   
1962         
1963##################################################################################################
1964# test script
1965
1966if __name__=="__main__":
1967    a=QApplication(sys.argv)
1968    ow = OWHeatMap()
1969   
1970    ow.set_dataset(orange.ExampleTable("brown-selected"), 0)
1971    ow.handleNewSignals()
1972    ow.show()
1973   
1974    a.exec_()
1975    ow.saveSettings()
1976
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.