source: orange-bioinformatics/_bioinformatics/widgets/OWSetEnrichment.py @ 1804:4981b5cd8411

Revision 1804:4981b5cd8411, 26.6 KB checked in by Ales Erjavec <ales.erjavec@…>, 10 months ago (diff)

Fixed progress bar initialization (call order) in Gene Set Enrichment.

RevLine 
[1478]1"""<name>Gene Set Enrichment</name>
[1726]2<icon>icons/GeneSetEnrichment.svg</icon>
[1478]3"""
4
[1632]5from __future__ import absolute_import, with_statement
[1478]6
7import math
8from collections import defaultdict
9
[1632]10from Orange.orng import orngEnviron, orngServerFiles
11from Orange.orng.orngDataCaching import data_hints
12from Orange.OrangeWidgets import OWGUI
13from Orange.OrangeWidgets.OWGUI import LinkStyledItemDelegate, LinkRole
14from Orange.OrangeWidgets.OWGUI import BarItemDelegate
15from Orange.OrangeWidgets.OWWidget import *
16
17from .. import obiGene, obiGeneSets, obiProb, obiTaxonomy
[1478]18
[1498]19def _toPyObject(variant):
20    val = variant.toPyObject()
21    if isinstance(val, type(NotImplemented)): # PyQt 4.4 converts python int, floats ... to C types
22        qtype = variant.type()
23        if qtype == QVariant.Double:
24            val, ok = variant.toDouble()
25        elif qtype == QVariant.Int:
26            val, ok = variant.toInt()
27        elif qtype == QVariant.LongLong:
28            val, ok = variant.toLongLong()
29        elif qtype == QVariant.String:
30            val = variant.toString()
31    return val
[1478]32
33class MyTreeWidget(QTreeWidget):
34    def paintEvent(self, event):
35        QTreeWidget.paintEvent(self, event)
36        if getattr(self, "_userMessage", None):
37            painter = QPainter(self.viewport())
38            font = QFont(self.font())
39            font.setPointSize(15)
40            painter.setFont(font)
41            painter.drawText(self.viewport().geometry(), Qt.AlignCenter, self._userMessage)
42            painter.end()
[1761]43
[1498]44class MyTreeWidgetItem(QTreeWidgetItem):
45    def __lt__(self, other):
46        if not self.treeWidget():
47            return id(self) < id(other)
48        column = self.treeWidget().sortColumn()
[1791]49        if column == 4:
50            lhs = _toPyObject(self.data(column, 42))
51            rhs = _toPyObject(other.data(column, 42))
52        else:
53            lhs = _toPyObject(self.data(column, Qt.DisplayRole))
54            rhs = _toPyObject(other.data(column, Qt.DisplayRole))
[1498]55        return lhs < rhs
[1761]56
[1574]57def name_or_none(id):
58    """Return organism name for ncbi taxid or None if not found.
59    """
60    try:
61        return obiTaxonomy.name(id)
62    except obiTaxonomy.UnknownSpeciesIdentifier:
63        return None
[1761]64
[1478]65class OWSetEnrichment(OWWidget):
66    settingsList = ["speciesIndex", "genesinrows", "geneattr", "categoriesCheckState"]
67    contextHandlers = {"":DomainContextHandler("", ["speciesIndex", "genesinrows", "geneattr", "categoriesCheckState"])}
[1761]68
[1498]69    def __init__(self, parent=None, signalManager=None, name="Gene Set Enrichment Analysis", **kwargs):
[1478]70        OWWidget.__init__(self, parent, signalManager, name, **kwargs)
71        self.inputs = [("Example Table", ExampleTable, self.setData, Default), ("Reference", ExampleTable, self.setReference)]
72        self.outputs = [("Selected Examples", ExampleTable)]
[1761]73
[1478]74        self.speciesIndex = 0
75        self.genesinrows = False
76        self.geneattr = 0
77        self.geneMatcherSettings = [False, False, True, False]
78        self.useReferenceData = False
79        self.useMinCountFilter = True
80        self.useMaxPValFilter = True
81        self.minClusterCount = 0
82        self.maxPValue = 0.01
[1761]83
[1478]84        self.useFDR = True
[1761]85
[1478]86        self.categoriesCheckState = {}
[1761]87
[1478]88        self.loadSettings()
[1761]89
[1748]90        if self.signalManager:
91            self.signalManager.freeze(self).push()
[1478]92        QTimer.singleShot(50, self.updateHierarchy)
[1761]93
[1478]94        box = OWGUI.widgetBox(self.controlArea, "Info")
95        self.infoBox = OWGUI.widgetLabel(box, "Info")
96        self.infoBox.setText("No data on input")
[1761]97
[1478]98        self.speciesComboBox = OWGUI.comboBox(self.controlArea, self,
99                      "speciesIndex", "Species",
100                      callback=lambda :self.data and self.updateAnnotations(),
101                      debuggingEnabled=0)
[1761]102
[1478]103        box = OWGUI.widgetBox(self.controlArea, "Gene names")
104        self.geneAttrComboBox = OWGUI.comboBox(box, self, "geneattr",
105                                "Gene attribute",
106                                sendSelectedValue=0,
107                                callback=self.updateAnnotations)
[1761]108
[1478]109        cb = OWGUI.checkBox(box, self, "genesinrows", "Use attribute names",
110                            callback=lambda :self.data and self.updateAnnotations(),
111                            disables=[(-1, self.geneAttrComboBox)])
112        cb.makeConsistent()
[1761]113
[1478]114        OWGUI.button(box, self, "Gene matcher settings",
115                     callback=self.updateGeneMatcherSettings,
116                     tooltip="Open gene matching settings dialog",
117                     debuggingEnabled=0)
[1761]118
[1478]119        self.referenceRadioBox = OWGUI.radioButtonsInBox(self.controlArea,
120                    self, "useReferenceData", ["Entire genome", "Reference set (input)"],
121                    tooltips=["Use entire genome for reference",
122                              "Use genes from Referece Examples input signal as reference"],
123                    box="Reference", callback=self.updateAnnotations)
[1761]124
125        box = OWGUI.widgetBox(self.controlArea, "Gene Sets")
[1478]126        self.groupsWidget = QTreeWidget(self)
127        self.groupsWidget.setHeaderLabels(["Category"])
128        box.layout().addWidget(self.groupsWidget)
129
130        hLayout = QHBoxLayout()
131        hLayout.setSpacing(10)
[1498]132        hWidget = OWGUI.widgetBox(self.mainArea, orientation=hLayout)
133        sb, sbcb = OWGUI.spin(hWidget, self, "minClusterCount",
[1761]134                              0, 100, label="Genes",
[1478]135                              tooltip="Minimum gene count",
136                              callback=self.filterAnnotationsChartView,
137                              callbackOnReturn=True,
138                              checked="useMinCountFilter",
139                              checkCallback=self.filterAnnotationsChartView)
[1761]140
[1498]141        dsp, dspcb = OWGUI.doubleSpin(hWidget, self,
[1478]142                        "maxPValue", 0.0, 1.0, 0.0001,
[1794]143                        label="FDR adjusted P-Value",
144                        tooltip="Maximum (FDR adjusted) P-Value",
[1478]145                        callback=self.filterAnnotationsChartView,
146                        callbackOnReturn=True,
147                        checked="useMaxPValFilter",
148                        checkCallback=self.filterAnnotationsChartView)
[1761]149
[1632]150        from Orange.OrangeWidgets import OWGUIEx
[1478]151        self.filterLineEdit = OWGUIEx.QLineEditWithActions(self)
152        self.filterLineEdit.setPlaceholderText("Filter ...")
153        action = QAction(QIcon(os.path.join(orngEnviron.canvasDir,
154                        "icons", "delete_gray.png")), "Clear", self)
[1761]155
[1478]156        self.filterLineEdit.addAction(action, 0, Qt.AlignHCenter)
157        self.connect(action, SIGNAL("triggered()"), self.filterLineEdit.clear)
[1761]158
[1478]159        self.filterCompleter = QCompleter(self.filterLineEdit)
160        self.filterCompleter.setCaseSensitivity(Qt.CaseInsensitive)
161        self.filterLineEdit.setCompleter(self.filterCompleter)
[1761]162
[1478]163        hLayout.addWidget(self.filterLineEdit)
[1498]164        self.mainArea.layout().addWidget(hWidget)
[1761]165
[1478]166        self.connect(self.filterLineEdit, SIGNAL("textChanged(QString)"),
167                     self.filterAnnotationsChartView)
[1761]168
[1478]169        self.annotationsChartView = MyTreeWidget(self)
170        self.annotationsChartView.setHeaderLabels(["Category", "Term",
171                            "Count", "Reference count", "P-Value", "Enrichment"])
172        self.annotationsChartView.setAlternatingRowColors(True)
173        self.annotationsChartView.setSortingEnabled(True)
174        self.annotationsChartView.setSelectionMode(QAbstractItemView.ExtendedSelection)
175        self.annotationsChartView.setRootIsDecorated(False)
176        self.annotationsChartView.viewport().setMouseTracking(True)
177#        self.annotationsChartView.viewport().setAttribute(Qt.WA_Hover)
178        self.mainArea.layout().addWidget(self.annotationsChartView)
[1761]179
[1478]180        contextEventFilter = OWGUI.VisibleHeaderSectionContextEventFilter(self.annotationsChartView)
181        self.annotationsChartView.header().installEventFilter(contextEventFilter)
[1761]182
[1478]183        self.taxid_list = []
[1761]184
[1478]185        self.connect(self.groupsWidget, SIGNAL("itemClicked(QTreeWidgetItem *, int)"), self.subsetSelectionChanged)
[1761]186
[1478]187        OWGUI.button(self.controlArea, self, "Commit", callback=self.commit)
[1761]188
[1478]189        self.loadedGenematcher = "None"
190        self.referenceData = None
191        self.data = None
[1761]192
[1478]193        self.treeItems = []
[1761]194
[1478]195        self.resize(1024, 600)
[1761]196
[1478]197        self.connect(self, SIGNAL("widgetStateChanged(QString, int, QString)"), self.onStateChange)
[1761]198
[1498]199        self.updatingAnnotationsFlag = False
[1761]200
[1478]201    def updateHierarchy(self):
202        try:
203            self.progressBarInit()
204            with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(self.progressBarSet):
205                all, local = obiGeneSets.list_all(), obiGeneSets.list_local()
206                organisms = set(obiTaxonomy.essential_taxids() + [t[1] for t in all])
207            self.progressBarFinished()
[1761]208
[1574]209            organism_names = map(name_or_none, organisms)
210            organisms = [taxid for taxid, name in zip(organisms, organism_names) \
211                         if name is not None]
[1761]212
[1478]213            self.taxid_list = list(organisms)
214            self.speciesComboBox.clear()
215            self.speciesComboBox.addItems([obiTaxonomy.name(id) for id in self.taxid_list])
216            self.genesets = all
217        finally:
[1748]218            if self.signalManager:
[1761]219                self.signalManager.freeze(self).pop() #setFreeze(self.signalManager.freezing - 1)
220
[1478]221    def setData(self, data=None):
222        self.data = data
223        self.error(0)
224        self.closeContext("")
225        self.geneAttrComboBox.clear()
226        self.groupsWidget.clear()
227        self.annotationsChartView.clear()
[1761]228
[1478]229        if not getattr(self,"taxid_list", None):
230            QTimer.singleShot(100, lambda data=data: self.setData(data))
[1761]231            return
[1478]232        if data:
233            self.geneAttrs = [attr for attr in data.domain.variables + data.domain.getmetas().values() \
234                              if attr.varType != orange.VarTypes.Continuous]
[1761]235
[1478]236            self.geneAttrComboBox.addItems([attr.name for attr in self.geneAttrs])
237            self.geneattr = min(self.geneattr, len(self.geneAttrs) - 1)
[1761]238
[1478]239            taxid = data_hints.get_hint(data, "taxid", "")
240            try:
241                self.speciesIndex = self.taxid_list.index(taxid)
242            except ValueError, ex:
243                pass
244            self.genesinrows = data_hints.get_hint(data, "genesinrows", self.genesinrows)
[1761]245
[1478]246            self.openContext("", data)
[1761]247
[1478]248#            print self.speciesIndex
[1761]249
[1478]250            self.setHierarchy(self.getHierarchy(taxid=self.taxid_list[self.speciesIndex]))
[1761]251
[1478]252            self.loadedGenematcher = "None"
253            self.updateAnnotations()
[1761]254
[1478]255    def setReference(self, data=None):
256        self.referenceData = data
257        self.referenceRadioBox.setEnabled(bool(data))
[1761]258
[1478]259    def getHierarchy(self, taxid):
260        def recursive_dict():
261            return defaultdict(recursive_dict)
262        collection = recursive_dict()
[1761]263
[1478]264        def collect(col, hier):
265            if hier:
266                collect(col[hier[0]], hier[1:])
[1761]267
[1478]268        for hierarchy, t_id, _ in self.genesets:
269            collect(collection[t_id], hierarchy)
270        return collection[taxid]
[1761]271
[1478]272    def setHierarchy(self, hierarchy):
273        self.groupsWidgetItems = {}
274        def fill(col, parent, full=()):
275            for key, value in sorted(col.items()):
276                full_cat = full + (key,)
277                item = QTreeWidgetItem(parent, [key])
278                item.setFlags(item.flags() | Qt.ItemIsUserCheckable | Qt.ItemIsSelectable | Qt.ItemIsEnabled)
279                if value:
280                    item.setFlags(item.flags() | Qt.ItemIsTristate)
[1761]281
[1478]282                item.setData(0, Qt.CheckStateRole, QVariant(self.categoriesCheckState.get(full_cat, Qt.Checked)))
283                item.setExpanded(True)
284                item.category = full_cat
285                self.groupsWidgetItems[full_cat] = item
286                fill(value, item, full_cat)
[1761]287
[1478]288        fill(hierarchy, self.groupsWidget)
[1761]289
[1478]290#    def updateCategoryCounts(self):
291#        for cat, item in self.groupWidgetItem:
292#            item.setData(1, QVariant(), Qt.DisplayRole)
[1761]293
[1478]294    def selectedCategories(self):
295        taxid = self.taxid_list[self.speciesIndex]
296        return [(key, taxid) for key, check in self.getHierarchyCheckState().items() if check == Qt.Checked]
297
298    def getHierarchyCheckState(self):
299        def collect(item, full=()):
300            checked = item.checkState(0)
301            name = str(item.data(0, Qt.DisplayRole).toString())
302            full_cat = full + (name,)
303            result = [(full_cat, checked)]
304            for i in range(item.childCount()):
305                result.extend(collect(item.child(i), full_cat))
306            return result
[1761]307
[1478]308        items = [self.groupsWidget.topLevelItem(i) for i in range(self.groupsWidget.topLevelItemCount())]
309        states = reduce(list.__add__, [collect(item) for item in items], [])
310        return dict(states)
[1761]311
[1478]312    def subsetSelectionChanged(self, item, column):
313        self.categoriesCheckState = self.getHierarchyCheckState()
[1761]314
[1478]315        categories = self.selectedCategories()
316        if not set(categories) <= set(self.currentAnnotatedCategories):
317            self.updateAnnotations()
318        else:
319            self.filterAnnotationsChartView()
[1761]320
[1478]321    def updateGeneMatcherSettings(self):
[1632]322        from .OWGOEnrichmentAnalysis import GeneMatcherDialog
[1478]323        dialog = GeneMatcherDialog(self, defaults=self.geneMatcherSettings, enabled=[True] * 4, modal=True)
324        if dialog.exec_():
325            self.geneMatcherSettings = [getattr(dialog, item[0]) for item in dialog.items]
326            self.loadedGenematcher = "None"
327            if self.data:
328                self.updateAnnotations()
[1761]329
[1478]330    def updateGenematcher(self):
331        taxid = self.taxid_list[self.speciesIndex]
332        if taxid != self.loadedGenematcher:
333            self.progressBarInit()
334            call = self.asyncCall(obiGene.matcher, name="Gene Matcher", blocking=True, thread=self.thread())
335            call.connect(call, SIGNAL("progressChanged(float)"), self.progressBarSet)
336            with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(call.emitProgressChanged):
337#            with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(self.progressBarSet):
338                matchers = [obiGene.GMGO, obiGene.GMKEGG, obiGene.GMNCBI, obiGene.GMAffy]
339                if any(self.geneMatcherSettings):
340                    call.__call__([gm(taxid) for gm, use in zip(matchers, self.geneMatcherSettings) if use])
341                    self.genematcher = call.get_result()
342#                    self.genematcher = obiGene.matcher([gm(taxid) for gm, use in zip(matchers, self.geneMatcherSettings) if use])
343                else:
344                    self.genematcher = obiGene.GMDirect()
345#                self.genematcher.set_targets(self.referenceGenes())
346                self.loadedGenematcher = taxid
347            self.progressBarFinished()
[1761]348
[1478]349    def genesFromExampleTable(self, table):
350        if self.genesinrows:
351            genes = [attr.name for attr in table.domain.attributes]
352        else:
353            geneattr = self.geneAttrs[self.geneattr]
354            genes = [str(ex[geneattr]) for ex in table]
355        return genes
[1761]356
[1478]357    def clusterGenes(self):
358        return self.genesFromExampleTable(self.data)
[1761]359
[1478]360    def referenceGenes(self):
361        if self.referenceData and self.useReferenceData:
362            return self.genesFromExampleTable(self.referenceData)
363        else:
364            taxid = self.taxid_list[self.speciesIndex]
365            call = self.asyncCall(obiGene.NCBIGeneInfo, (taxid,), name="Load reference genes", blocking=True, thread=self.thread())
366            call.connect(call, SIGNAL("progressChanged(float)"), self.progressBarSet)
367            with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(call.emitProgressChanged):
368                call.__call__()
369                return call.get_result()
[1761]370
[1478]371    def _cached_name_lookup(self, func, cache):
372        def f(name, cache=cache):
373            if name not in cache:
374                cache[name] = func(name)
375            return cache[name]
376        return f
[1761]377
[1478]378    def mapGeneNames(self, names, cache=None, passUnknown=False):
379        if cache is not None:
380            umatch = self._cached_name_lookup(self.genematcher.umatch, cache)
381        else:
382            umatch = self.genematcher.umatch
383        if passUnknown:
384            return [umatch(name) or name for name in names]
385#            return [(mapped_name or name, mapped_name is not None) for mapped_name, name in zip(mapped, names)]
386        return [n for n in [umatch(name) for name in names] if n is not None]
[1761]387
[1478]388    def enrichment(self, geneset, cluster, reference, pval=obiProb.Hypergeometric(), cache=None):
389        genes = set(self.mapGeneNames(geneset.genes, cache, passUnknown=False))
[1761]390
[1478]391        cmapped = genes.intersection(cluster)
392        rmapped = genes.intersection(reference)
393        return (cmapped, rmapped, pval.p_value(len(cmapped), len(reference), len(rmapped), len(cluster)), float(len(cmapped)) / (len(cluster) or 1) / (float(len(rmapped) or 1) / (len(reference) or 1))) # TODO: compute all statistics here
[1761]394
[1478]395    def updateAnnotations(self):
396        self.updatingAnnotationsFlag = True
397        self.annotationsChartView.clear()
398        self.error([0, 1])
399        if not self.genesinrows and len(self.geneAttrs) == 0:
400            self.error(0, "Input data contains no attributes with gene names")
401            return
[1761]402
[1804]403        self.updateGenematcher()
404
[1478]405        self.progressBarInit()
406        self.currentAnnotatedCategories = categories = self.selectedCategories()
[1761]407
[1478]408        ## Load collections in a worker thread
409        call = self.asyncCall(obiGeneSets.collections, categories, name="Loading collections", blocking=True, thread=self.thread())
410        call.connect(call, SIGNAL("progressChanged(float)"), self.progressBarSet)
411        with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(call.emitProgressChanged):
412            call.__call__()
413            collections = list(call.get_result())
[1761]414
[1478]415#        with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(self.progressBarSet):
[1761]416#            collections = list(obiGeneSets.collections(*categories))
[1478]417        clusterGenes, referenceGenes = self.clusterGenes(), self.referenceGenes()
418        cache = {}
419
420        self.genematcher.set_targets(referenceGenes)
[1761]421
[1478]422        countAll = len(set(clusterGenes))
423        infoText = "%i unique gene names on input\n" % countAll
424        referenceGenes = set(self.mapGeneNames(referenceGenes, cache, passUnknown=False))
425        self.progressBarSet(1)
426        clusterGenes = set(self.mapGeneNames(clusterGenes, cache, passUnknown=False))
427        self.progressBarSet(2)
428        infoText += "%i (%.1f) gene names matched" % (len(clusterGenes), 100.0 * len(clusterGenes) / countAll)
429        self.infoBox.setText(infoText)
[1761]430
[1478]431        results = []
[1632]432        from Orange.orng.orngMisc import progressBarMilestones
[1761]433
[1478]434        milestones = progressBarMilestones(len(collections), 100)
435        for i, geneset in enumerate(collections):
436            results.append((geneset, self.enrichment(geneset, clusterGenes, referenceGenes, cache=cache)))
437            if i in milestones:
438                self.progressBarSet(100.0 * i / len(collections))
[1761]439
[1478]440        if self.useFDR:
441            results = sorted(results, key=lambda a:a[1][2])
442            pvals = obiProb.FDR([pval for _, (_, _, pval, _) in results])
443            results = [(geneset, (cmapped, rmapped, pvals[i], es)) for i, (geneset, (cmapped, rmapped, _, es)) in enumerate(results)]
[1761]444
[1478]445        fmt = lambda score, max_decimals=10: "%%.%if" % min(int(abs(math.log(max(score, 1e-10)))) + 2, max_decimals) if score > math.pow(10, -max_decimals) and score < 1 else "%.1f"
446        self.annotationsChartView.clear()
[1761]447
[1478]448        maxCount = max([len(cm) for _, (cm, _, _, _) in results] + [1])
449        maxRefCount = max([len(rc) for _, (_, rc, _, _) in results] + [1])
450        countSpaces = int(math.ceil(math.log10(maxCount)))
[1761]451        #print maxRefCount
[1478]452        refSpaces = int(math.ceil(math.log(maxRefCount)))
453        countFmt = "%"+str(countSpaces) + "s  (%.2f%%)"
454        refFmt = "%"+str(refSpaces) + "s  (%.2f%%)"
[1761]455
[1478]456        self.filterCompleter.setModel(None)
457        linkFont = QFont(self.annotationsChartView.viewOptions().font)
458        linkFont.setUnderline(True)
459        self.treeItems = []
460        for i, (geneset, (cmapped, rmapped, p_val, enrichment)) in enumerate(results):
461            if len(cmapped) > 0:
[1498]462                item = MyTreeWidgetItem(self.annotationsChartView, [" ".join(geneset.hierarchy), geneset.name])
[1478]463                item.setData(2, Qt.DisplayRole, QVariant(countFmt % (len(cmapped), 100.0*len(cmapped)/countAll)))
[1498]464                item.setData(2, Qt.ToolTipRole, QVariant(len(cmapped))) # For filtering
[1478]465                item.setData(3, Qt.DisplayRole, QVariant(refFmt % (len(rmapped), 100.0*len(rmapped)/len(referenceGenes))))
[1793]466                if p_val > 0.001:
467                    item.setData(4, Qt.DisplayRole, QVariant("%0.6f" % p_val))
468                else:
469                    item.setData(4, Qt.DisplayRole, QVariant("%0.2e" % p_val))
[1761]470                item.setData(4, 42, QVariant(p_val))
471                #stoplec 4 - zelim sort po p_val
472                item.setData(4, Qt.ToolTipRole, QVariant("%0.10f" % p_val))
[1478]473                item.setData(5, Qt.DisplayRole, QVariant(enrichment))
474                item.setData(5, Qt.ToolTipRole, QVariant("%.3f" % enrichment))
475                item.geneset= geneset
476                self.treeItems.append(item)
477                if geneset.link:
478                    item.setData(1, LinkRole, QVariant(geneset.link))
479                    item.setToolTip(1, geneset.link)
480                    item.setFont(1, linkFont)
481                    item.setForeground(1, QColor(Qt.blue))
[1761]482
[1478]483        if not self.treeItems:
484            self.warning(0, "No enriched sets found.")
485        else:
486            self.warning(0)
[1761]487
[1478]488        replace = lambda s:s.replace(",", " ").replace("(", " ").replace(")", " ")
489        self._completerModel = completerModel = QStringListModel(sorted(reduce(set.union, [[geneset.name] + replace(geneset.name).split() for geneset, (c, _, _, _) in results if c], set())))
490        self.filterCompleter.setModel(completerModel)
[1761]491
[1478]492        self.annotationsChartView.setItemDelegateForColumn(5, BarItemDelegate(self, scale=(0.0, max(t[1][3] for t in results))))
493        self.annotationsChartView.setItemDelegateForColumn(1, LinkStyledItemDelegate(self.annotationsChartView))
[1761]494
[1478]495        for i in range(self.annotationsChartView.columnCount()):
496            self.annotationsChartView.resizeColumnToContents(i)
[1761]497
[1478]498        self.annotationsChartView.setColumnWidth(1, min(self.annotationsChartView.columnWidth(1), 300))
499        self.progressBarFinished()
500        QTimer.singleShot(10, self.filterAnnotationsChartView)
501        self.updatingAnnotationsFlag = False
[1761]502
[1478]503    def filterAnnotationsChartView(self, filterString=""):
504        if self.updatingAnnotationsFlag:
505            return
506        categories = set(" ".join(cat) for cat, taxid in self.selectedCategories())
507        filterString = str(self.filterLineEdit.text()).lower()
508        itemsHidden = []
509        for item in self.treeItems:
510            item_cat = str(item.data(0, Qt.EditRole).toString())
[1761]511            count, pval = _toPyObject(item.data(2, Qt.ToolTipRole)), _toPyObject(item.data(4, 42))
[1478]512            geneset = item.geneset.name.lower()
513            hidden = item_cat not in categories or (self.useMinCountFilter and count < self.minClusterCount) or \
514                     (self.useMaxPValFilter and pval > self.maxPValue) or filterString not in geneset
515            item.setHidden(hidden)
516            itemsHidden.append(hidden)
[1761]517
[1478]518        if self.treeItems and all(itemsHidden):
519            self.information(0, "All sets were filtered out.")
520        else:
521            self.information(0)
[1761]522
523
[1478]524    def commit(self):
525        selected = self.annotationsChartView.selectedItems()
526        genesets = [item.geneset for item in selected]
527        cache = {}
528        mappedNames = set(self.mapGeneNames(reduce(set.union, [geneset.genes for geneset in genesets], set()), cache))
529        if self.genesinrows:
530            mapped = [attr for attr in self.data.domain.attributes if self.genematcher.umatch(attr.name) in mappedNames]
531            newdomain = orange.Domain(mapped, self.data.domain.classVar)
532            newdomain.addmetas(self.data.domain.getmetas())
533            data = orange.ExampleTable(newdomain, self.data)
534        else:
535            geneattr = self.geneAttrs[self.geneattr]
[1761]536            selected = [1 if self.genematcher.umatch(str(ex[geneattr])) in mappedNames else 0 for ex in self.data]
[1478]537            data = self.data.select(selected)
[1761]538
[1478]539#            if self.appendAnnotations:
540#                meta = orange.StringVariable("Annotations")
541#                data.domain.addmeta(orange.newmetaid(), meta)
542#                for ex in data:
543#                    geneattr = self.geneAttrs[self.geneattr]
544#                    gene = str(ex[geneattr])
545#                    annotations = getgene
[1761]546
[1478]547        self.send("Selected Examples", data)
[1761]548
[1478]549    def sendReport(self):
550        self.reportSettings("Settings", [("Organism", obiTaxonomy.name(self.taxid_list[self.speciesIndex]))])
551        self.reportSettings("Filter", [("Min cluster size", self.minClusterCount if self.useMinCountFilter else 0),
552                                       ("Max p-value", self.maxPValue if self.useMaxPValFilter else 1.0)])
[1761]553
[1478]554        self.reportSubsection("Annotations")
555        self.reportRaw(reportItemView(self.annotationsChartView))
[1761]556
[1478]557    def onStateChange(self, stateType, id, text):
558        if stateType == "Warning" or stateType == "Info":
559            self.annotationsChartView._userMessage = text
560            self.annotationsChartView.viewport().update()
[1761]561
562
[1478]563def reportItemView(view):
564    model = view.model()
565    return reportItemModel(view, model)
[1761]566
[1478]567def reportItemModel(view, model, index=QModelIndex()):
568    if not index.isValid() or model.hasChildren(index):
569        columnCount, rowCount = model.columnCount(index), model.rowCount(index)
570        if not index.isValid():
571            text = '<table>\n<tr>' + ''.join('<th>%s</th>' % model.headerData(i, Qt.Horizontal, Qt.DisplayRole).toString() for i in range(columnCount)) +'</tr>\n'
572        else:
573#            variant = model.data(index, Qt.DisplayRole)
574#            text = '<table' + (' caption="%s"' % variant.toString() if variant.isValid() else '') + '>\n'
575            pass
576        text += ''.join('<tr>' + ''.join('<td>' + reportItemModel(view, model, model.index(row, column, index)) + '</td>' for column in range(columnCount)) + '</tr>\n' for row in range(rowCount) if not view.isRowHidden(row, index))
577        text += '</table>'
578        return text
579    else:
580        variant = model.data(index, Qt.DisplayRole)
581        return str(variant.toString()) if variant.isValid() else ""
582
[1761]583
584
[1478]585if __name__ == "__main__":
586    import cProfile
[1761]587
[1478]588    app = QApplication(sys.argv)
589    w = OWSetEnrichment()
590    w.updateHierarchy()
[1761]591    data = orange.ExampleTable("yeast-class-RPR.tab")
[1478]592#    data = orange.ExampleTable("../human")
593#    print cProfile.runctx("w.setData(data)", globals(), locals())
594    w.setData(data)
595    w.show()
596    app.exec_()
597    w.saveSettings()
[1761]598
599
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.