source: orange-bioinformatics/_bioinformatics/widgets/OWSetEnrichment.py @ 1863:5b02c518e073

Revision 1863:5b02c518e073, 27.0 KB checked in by markotoplak, 6 months ago (diff)

Gene Set Enrichment widget: refresh available gene set when species is changed.

RevLine 
[1478]1"""<name>Gene Set Enrichment</name>
[1726]2<icon>icons/GeneSetEnrichment.svg</icon>
[1478]3"""
4
[1632]5from __future__ import absolute_import, with_statement
[1478]6
7import math
8from collections import defaultdict
9
[1632]10from Orange.orng import orngEnviron, orngServerFiles
11from Orange.orng.orngDataCaching import data_hints
12from Orange.OrangeWidgets import OWGUI
13from Orange.OrangeWidgets.OWGUI import LinkStyledItemDelegate, LinkRole
14from Orange.OrangeWidgets.OWGUI import BarItemDelegate
15from Orange.OrangeWidgets.OWWidget import *
16
17from .. import obiGene, obiGeneSets, obiProb, obiTaxonomy
[1478]18
[1861]19def gsname(geneset):
20    return geneset.name if geneset.name else geneset.id
21
22
[1498]23def _toPyObject(variant):
24    val = variant.toPyObject()
25    if isinstance(val, type(NotImplemented)): # PyQt 4.4 converts python int, floats ... to C types
26        qtype = variant.type()
27        if qtype == QVariant.Double:
28            val, ok = variant.toDouble()
29        elif qtype == QVariant.Int:
30            val, ok = variant.toInt()
31        elif qtype == QVariant.LongLong:
32            val, ok = variant.toLongLong()
33        elif qtype == QVariant.String:
34            val = variant.toString()
35    return val
[1478]36
37class MyTreeWidget(QTreeWidget):
38    def paintEvent(self, event):
39        QTreeWidget.paintEvent(self, event)
40        if getattr(self, "_userMessage", None):
41            painter = QPainter(self.viewport())
42            font = QFont(self.font())
43            font.setPointSize(15)
44            painter.setFont(font)
45            painter.drawText(self.viewport().geometry(), Qt.AlignCenter, self._userMessage)
46            painter.end()
[1761]47
[1498]48class MyTreeWidgetItem(QTreeWidgetItem):
49    def __lt__(self, other):
50        if not self.treeWidget():
51            return id(self) < id(other)
52        column = self.treeWidget().sortColumn()
[1791]53        if column == 4:
54            lhs = _toPyObject(self.data(column, 42))
55            rhs = _toPyObject(other.data(column, 42))
56        else:
57            lhs = _toPyObject(self.data(column, Qt.DisplayRole))
58            rhs = _toPyObject(other.data(column, Qt.DisplayRole))
[1498]59        return lhs < rhs
[1761]60
[1574]61def name_or_none(id):
62    """Return organism name for ncbi taxid or None if not found.
63    """
64    try:
65        return obiTaxonomy.name(id)
66    except obiTaxonomy.UnknownSpeciesIdentifier:
67        return None
[1761]68
[1478]69class OWSetEnrichment(OWWidget):
70    settingsList = ["speciesIndex", "genesinrows", "geneattr", "categoriesCheckState"]
71    contextHandlers = {"":DomainContextHandler("", ["speciesIndex", "genesinrows", "geneattr", "categoriesCheckState"])}
[1761]72
[1863]73    def refreshHierarchy(self):
74        self.setHierarchy(*self.getHierarchy(taxid=self.taxid_list[self.speciesIndex]))
75
[1498]76    def __init__(self, parent=None, signalManager=None, name="Gene Set Enrichment Analysis", **kwargs):
[1478]77        OWWidget.__init__(self, parent, signalManager, name, **kwargs)
[1810]78        self.inputs = [("Data", ExampleTable, self.setData, Default), ("Reference", ExampleTable, self.setReference)]
79        self.outputs = [("Data subset", ExampleTable)]
[1761]80
[1478]81        self.speciesIndex = 0
82        self.genesinrows = False
83        self.geneattr = 0
84        self.geneMatcherSettings = [False, False, True, False]
85        self.useReferenceData = False
86        self.useMinCountFilter = True
87        self.useMaxPValFilter = True
88        self.minClusterCount = 0
89        self.maxPValue = 0.01
[1761]90
[1478]91        self.useFDR = True
[1761]92
[1478]93        self.categoriesCheckState = {}
[1761]94
[1478]95        self.loadSettings()
[1761]96
[1748]97        if self.signalManager:
98            self.signalManager.freeze(self).push()
[1478]99        QTimer.singleShot(50, self.updateHierarchy)
[1761]100
[1478]101        box = OWGUI.widgetBox(self.controlArea, "Info")
102        self.infoBox = OWGUI.widgetLabel(box, "Info")
103        self.infoBox.setText("No data on input")
[1761]104
[1478]105        self.speciesComboBox = OWGUI.comboBox(self.controlArea, self,
106                      "speciesIndex", "Species",
[1863]107                      callback=lambda: (self.refreshHierarchy(), self.data and self.updateAnnotations()),
[1478]108                      debuggingEnabled=0)
[1761]109
[1478]110        box = OWGUI.widgetBox(self.controlArea, "Gene names")
111        self.geneAttrComboBox = OWGUI.comboBox(box, self, "geneattr",
112                                "Gene attribute",
113                                sendSelectedValue=0,
114                                callback=self.updateAnnotations)
[1761]115
[1478]116        cb = OWGUI.checkBox(box, self, "genesinrows", "Use attribute names",
117                            callback=lambda :self.data and self.updateAnnotations(),
118                            disables=[(-1, self.geneAttrComboBox)])
119        cb.makeConsistent()
[1761]120
[1478]121        OWGUI.button(box, self, "Gene matcher settings",
122                     callback=self.updateGeneMatcherSettings,
123                     tooltip="Open gene matching settings dialog",
124                     debuggingEnabled=0)
[1761]125
[1478]126        self.referenceRadioBox = OWGUI.radioButtonsInBox(self.controlArea,
127                    self, "useReferenceData", ["Entire genome", "Reference set (input)"],
128                    tooltips=["Use entire genome for reference",
129                              "Use genes from Referece Examples input signal as reference"],
130                    box="Reference", callback=self.updateAnnotations)
[1761]131
132        box = OWGUI.widgetBox(self.controlArea, "Gene Sets")
[1478]133        self.groupsWidget = QTreeWidget(self)
134        self.groupsWidget.setHeaderLabels(["Category"])
135        box.layout().addWidget(self.groupsWidget)
136
137        hLayout = QHBoxLayout()
138        hLayout.setSpacing(10)
[1498]139        hWidget = OWGUI.widgetBox(self.mainArea, orientation=hLayout)
140        sb, sbcb = OWGUI.spin(hWidget, self, "minClusterCount",
[1761]141                              0, 100, label="Genes",
[1478]142                              tooltip="Minimum gene count",
143                              callback=self.filterAnnotationsChartView,
144                              callbackOnReturn=True,
145                              checked="useMinCountFilter",
146                              checkCallback=self.filterAnnotationsChartView)
[1761]147
[1498]148        dsp, dspcb = OWGUI.doubleSpin(hWidget, self,
[1478]149                        "maxPValue", 0.0, 1.0, 0.0001,
[1794]150                        label="FDR adjusted P-Value",
151                        tooltip="Maximum (FDR adjusted) P-Value",
[1478]152                        callback=self.filterAnnotationsChartView,
153                        callbackOnReturn=True,
154                        checked="useMaxPValFilter",
155                        checkCallback=self.filterAnnotationsChartView)
[1761]156
[1632]157        from Orange.OrangeWidgets import OWGUIEx
[1478]158        self.filterLineEdit = OWGUIEx.QLineEditWithActions(self)
159        self.filterLineEdit.setPlaceholderText("Filter ...")
160        action = QAction(QIcon(os.path.join(orngEnviron.canvasDir,
161                        "icons", "delete_gray.png")), "Clear", self)
[1761]162
[1478]163        self.filterLineEdit.addAction(action, 0, Qt.AlignHCenter)
164        self.connect(action, SIGNAL("triggered()"), self.filterLineEdit.clear)
[1761]165
[1478]166        self.filterCompleter = QCompleter(self.filterLineEdit)
167        self.filterCompleter.setCaseSensitivity(Qt.CaseInsensitive)
168        self.filterLineEdit.setCompleter(self.filterCompleter)
[1761]169
[1478]170        hLayout.addWidget(self.filterLineEdit)
[1498]171        self.mainArea.layout().addWidget(hWidget)
[1761]172
[1478]173        self.connect(self.filterLineEdit, SIGNAL("textChanged(QString)"),
174                     self.filterAnnotationsChartView)
[1761]175
[1478]176        self.annotationsChartView = MyTreeWidget(self)
177        self.annotationsChartView.setHeaderLabels(["Category", "Term",
178                            "Count", "Reference count", "P-Value", "Enrichment"])
179        self.annotationsChartView.setAlternatingRowColors(True)
180        self.annotationsChartView.setSortingEnabled(True)
181        self.annotationsChartView.setSelectionMode(QAbstractItemView.ExtendedSelection)
182        self.annotationsChartView.setRootIsDecorated(False)
183        self.annotationsChartView.viewport().setMouseTracking(True)
184#        self.annotationsChartView.viewport().setAttribute(Qt.WA_Hover)
185        self.mainArea.layout().addWidget(self.annotationsChartView)
[1761]186
[1478]187        contextEventFilter = OWGUI.VisibleHeaderSectionContextEventFilter(self.annotationsChartView)
188        self.annotationsChartView.header().installEventFilter(contextEventFilter)
[1761]189
[1478]190        self.taxid_list = []
[1761]191
[1478]192        self.connect(self.groupsWidget, SIGNAL("itemClicked(QTreeWidgetItem *, int)"), self.subsetSelectionChanged)
[1761]193
[1478]194        OWGUI.button(self.controlArea, self, "Commit", callback=self.commit)
[1761]195
[1478]196        self.loadedGenematcher = "None"
197        self.referenceData = None
198        self.data = None
[1761]199
[1478]200        self.treeItems = []
[1761]201
[1478]202        self.resize(1024, 600)
[1761]203
[1478]204        self.connect(self, SIGNAL("widgetStateChanged(QString, int, QString)"), self.onStateChange)
[1761]205
[1498]206        self.updatingAnnotationsFlag = False
[1761]207
[1478]208    def updateHierarchy(self):
209        try:
210            self.progressBarInit()
211            with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(self.progressBarSet):
212                all, local = obiGeneSets.list_all(), obiGeneSets.list_local()
[1809]213                organisms = set(obiTaxonomy.essential_taxids() + filter(None, [t[1] for t in all]))
[1478]214            self.progressBarFinished()
[1761]215
[1574]216            organism_names = map(name_or_none, organisms)
217            organisms = [taxid for taxid, name in zip(organisms, organism_names) \
218                         if name is not None]
[1761]219
[1478]220            self.taxid_list = list(organisms)
221            self.speciesComboBox.clear()
222            self.speciesComboBox.addItems([obiTaxonomy.name(id) for id in self.taxid_list])
223            self.genesets = all
224        finally:
[1748]225            if self.signalManager:
[1761]226                self.signalManager.freeze(self).pop() #setFreeze(self.signalManager.freezing - 1)
227
[1478]228    def setData(self, data=None):
229        self.data = data
230        self.error(0)
231        self.closeContext("")
232        self.geneAttrComboBox.clear()
233        self.groupsWidget.clear()
234        self.annotationsChartView.clear()
[1761]235
[1478]236        if not getattr(self,"taxid_list", None):
237            QTimer.singleShot(100, lambda data=data: self.setData(data))
[1761]238            return
[1478]239        if data:
240            self.geneAttrs = [attr for attr in data.domain.variables + data.domain.getmetas().values() \
241                              if attr.varType != orange.VarTypes.Continuous]
[1761]242
[1478]243            self.geneAttrComboBox.addItems([attr.name for attr in self.geneAttrs])
244            self.geneattr = min(self.geneattr, len(self.geneAttrs) - 1)
[1761]245
[1478]246            taxid = data_hints.get_hint(data, "taxid", "")
247            try:
248                self.speciesIndex = self.taxid_list.index(taxid)
249            except ValueError, ex:
250                pass
251            self.genesinrows = data_hints.get_hint(data, "genesinrows", self.genesinrows)
[1761]252
[1478]253            self.openContext("", data)
[1863]254       
255            self.refreshHierarchy()
[1761]256
[1478]257            self.loadedGenematcher = "None"
258            self.updateAnnotations()
[1761]259
[1478]260    def setReference(self, data=None):
261        self.referenceData = data
262        self.referenceRadioBox.setEnabled(bool(data))
[1761]263
[1478]264    def getHierarchy(self, taxid):
265        def recursive_dict():
266            return defaultdict(recursive_dict)
267        collection = recursive_dict()
[1761]268
[1478]269        def collect(col, hier):
270            if hier:
271                collect(col[hier[0]], hier[1:])
[1761]272
[1478]273        for hierarchy, t_id, _ in self.genesets:
274            collect(collection[t_id], hierarchy)
[1809]275
[1861]276        return (taxid, collection[taxid]), (None, collection[None])
[1860]277
[1861]278    def setHierarchy(self, hierarchy, hierarchy_noorg):
[1478]279        self.groupsWidgetItems = {}
[1861]280        def fill(col, parent, full=(), org=""):
[1478]281            for key, value in sorted(col.items()):
282                full_cat = full + (key,)
283                item = QTreeWidgetItem(parent, [key])
284                item.setFlags(item.flags() | Qt.ItemIsUserCheckable | Qt.ItemIsSelectable | Qt.ItemIsEnabled)
285                if value:
286                    item.setFlags(item.flags() | Qt.ItemIsTristate)
[1761]287
[1478]288                item.setData(0, Qt.CheckStateRole, QVariant(self.categoriesCheckState.get(full_cat, Qt.Checked)))
289                item.setExpanded(True)
290                item.category = full_cat
[1861]291                item.organism = org
[1478]292                self.groupsWidgetItems[full_cat] = item
[1861]293                fill(value, item, full_cat, org=org)
[1761]294
[1863]295        self.groupsWidget.clear()
[1861]296        fill(hierarchy[1], self.groupsWidget, org=hierarchy[0])
297        fill(hierarchy_noorg[1], self.groupsWidget, org=hierarchy_noorg[0])
[1761]298
[1478]299#    def updateCategoryCounts(self):
300#        for cat, item in self.groupWidgetItem:
301#            item.setData(1, QVariant(), Qt.DisplayRole)
[1761]302
[1478]303    def selectedCategories(self):
[1861]304        return [(key, org) for (key, org), check in self.getHierarchyCheckState().items() if check == Qt.Checked]
[1478]305
306    def getHierarchyCheckState(self):
307        def collect(item, full=()):
308            checked = item.checkState(0)
309            name = str(item.data(0, Qt.DisplayRole).toString())
310            full_cat = full + (name,)
[1861]311            result = [((full_cat, item.organism), checked)]
[1478]312            for i in range(item.childCount()):
313                result.extend(collect(item.child(i), full_cat))
314            return result
[1761]315
[1478]316        items = [self.groupsWidget.topLevelItem(i) for i in range(self.groupsWidget.topLevelItemCount())]
317        states = reduce(list.__add__, [collect(item) for item in items], [])
318        return dict(states)
[1761]319
[1478]320    def subsetSelectionChanged(self, item, column):
[1861]321        #FIXME this should also recompute FDR
[1478]322        self.categoriesCheckState = self.getHierarchyCheckState()
323        categories = self.selectedCategories()
[1863]324       
[1478]325        if not set(categories) <= set(self.currentAnnotatedCategories):
326            self.updateAnnotations()
327        else:
328            self.filterAnnotationsChartView()
[1863]329       
[1761]330
[1478]331    def updateGeneMatcherSettings(self):
[1632]332        from .OWGOEnrichmentAnalysis import GeneMatcherDialog
[1478]333        dialog = GeneMatcherDialog(self, defaults=self.geneMatcherSettings, enabled=[True] * 4, modal=True)
334        if dialog.exec_():
335            self.geneMatcherSettings = [getattr(dialog, item[0]) for item in dialog.items]
336            self.loadedGenematcher = "None"
337            if self.data:
338                self.updateAnnotations()
[1761]339
[1478]340    def updateGenematcher(self):
341        taxid = self.taxid_list[self.speciesIndex]
342        if taxid != self.loadedGenematcher:
343            self.progressBarInit()
344            call = self.asyncCall(obiGene.matcher, name="Gene Matcher", blocking=True, thread=self.thread())
345            call.connect(call, SIGNAL("progressChanged(float)"), self.progressBarSet)
346            with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(call.emitProgressChanged):
347#            with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(self.progressBarSet):
348                matchers = [obiGene.GMGO, obiGene.GMKEGG, obiGene.GMNCBI, obiGene.GMAffy]
349                if any(self.geneMatcherSettings):
350                    call.__call__([gm(taxid) for gm, use in zip(matchers, self.geneMatcherSettings) if use])
351                    self.genematcher = call.get_result()
352#                    self.genematcher = obiGene.matcher([gm(taxid) for gm, use in zip(matchers, self.geneMatcherSettings) if use])
353                else:
354                    self.genematcher = obiGene.GMDirect()
355#                self.genematcher.set_targets(self.referenceGenes())
356                self.loadedGenematcher = taxid
357            self.progressBarFinished()
[1761]358
[1478]359    def genesFromExampleTable(self, table):
360        if self.genesinrows:
361            genes = [attr.name for attr in table.domain.attributes]
362        else:
363            geneattr = self.geneAttrs[self.geneattr]
364            genes = [str(ex[geneattr]) for ex in table]
365        return genes
[1761]366
[1478]367    def clusterGenes(self):
368        return self.genesFromExampleTable(self.data)
[1761]369
[1478]370    def referenceGenes(self):
371        if self.referenceData and self.useReferenceData:
372            return self.genesFromExampleTable(self.referenceData)
373        else:
374            taxid = self.taxid_list[self.speciesIndex]
375            call = self.asyncCall(obiGene.NCBIGeneInfo, (taxid,), name="Load reference genes", blocking=True, thread=self.thread())
376            call.connect(call, SIGNAL("progressChanged(float)"), self.progressBarSet)
377            with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(call.emitProgressChanged):
378                call.__call__()
379                return call.get_result()
[1761]380
[1478]381    def _cached_name_lookup(self, func, cache):
382        def f(name, cache=cache):
383            if name not in cache:
384                cache[name] = func(name)
385            return cache[name]
386        return f
[1761]387
[1478]388    def mapGeneNames(self, names, cache=None, passUnknown=False):
389        if cache is not None:
390            umatch = self._cached_name_lookup(self.genematcher.umatch, cache)
391        else:
392            umatch = self.genematcher.umatch
393        if passUnknown:
394            return [umatch(name) or name for name in names]
395#            return [(mapped_name or name, mapped_name is not None) for mapped_name, name in zip(mapped, names)]
396        return [n for n in [umatch(name) for name in names] if n is not None]
[1761]397
[1478]398    def enrichment(self, geneset, cluster, reference, pval=obiProb.Hypergeometric(), cache=None):
399        genes = set(self.mapGeneNames(geneset.genes, cache, passUnknown=False))
[1761]400
[1478]401        cmapped = genes.intersection(cluster)
402        rmapped = genes.intersection(reference)
403        return (cmapped, rmapped, pval.p_value(len(cmapped), len(reference), len(rmapped), len(cluster)), float(len(cmapped)) / (len(cluster) or 1) / (float(len(rmapped) or 1) / (len(reference) or 1))) # TODO: compute all statistics here
[1761]404
[1478]405    def updateAnnotations(self):
406        self.updatingAnnotationsFlag = True
407        self.annotationsChartView.clear()
408        self.error([0, 1])
409        if not self.genesinrows and len(self.geneAttrs) == 0:
410            self.error(0, "Input data contains no attributes with gene names")
411            return
[1761]412
[1804]413        self.updateGenematcher()
414
[1478]415        self.progressBarInit()
416        self.currentAnnotatedCategories = categories = self.selectedCategories()
[1761]417
[1478]418        ## Load collections in a worker thread
419        call = self.asyncCall(obiGeneSets.collections, categories, name="Loading collections", blocking=True, thread=self.thread())
420        call.connect(call, SIGNAL("progressChanged(float)"), self.progressBarSet)
421        with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(call.emitProgressChanged):
422            call.__call__()
423            collections = list(call.get_result())
[1761]424
[1478]425#        with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(self.progressBarSet):
[1761]426#            collections = list(obiGeneSets.collections(*categories))
[1478]427        clusterGenes, referenceGenes = self.clusterGenes(), self.referenceGenes()
428        cache = {}
429
430        self.genematcher.set_targets(referenceGenes)
[1761]431
[1478]432        countAll = len(set(clusterGenes))
433        infoText = "%i unique gene names on input\n" % countAll
434        referenceGenes = set(self.mapGeneNames(referenceGenes, cache, passUnknown=False))
435        self.progressBarSet(1)
436        clusterGenes = set(self.mapGeneNames(clusterGenes, cache, passUnknown=False))
437        self.progressBarSet(2)
438        infoText += "%i (%.1f) gene names matched" % (len(clusterGenes), 100.0 * len(clusterGenes) / countAll)
439        self.infoBox.setText(infoText)
[1761]440
[1478]441        results = []
[1632]442        from Orange.orng.orngMisc import progressBarMilestones
[1761]443
[1478]444        milestones = progressBarMilestones(len(collections), 100)
445        for i, geneset in enumerate(collections):
446            results.append((geneset, self.enrichment(geneset, clusterGenes, referenceGenes, cache=cache)))
447            if i in milestones:
448                self.progressBarSet(100.0 * i / len(collections))
[1761]449
[1478]450        if self.useFDR:
451            results = sorted(results, key=lambda a:a[1][2])
452            pvals = obiProb.FDR([pval for _, (_, _, pval, _) in results])
453            results = [(geneset, (cmapped, rmapped, pvals[i], es)) for i, (geneset, (cmapped, rmapped, _, es)) in enumerate(results)]
[1761]454
[1478]455        fmt = lambda score, max_decimals=10: "%%.%if" % min(int(abs(math.log(max(score, 1e-10)))) + 2, max_decimals) if score > math.pow(10, -max_decimals) and score < 1 else "%.1f"
456        self.annotationsChartView.clear()
[1761]457
[1478]458        maxCount = max([len(cm) for _, (cm, _, _, _) in results] + [1])
459        maxRefCount = max([len(rc) for _, (_, rc, _, _) in results] + [1])
460        countSpaces = int(math.ceil(math.log10(maxCount)))
[1761]461        #print maxRefCount
[1478]462        refSpaces = int(math.ceil(math.log(maxRefCount)))
463        countFmt = "%"+str(countSpaces) + "s  (%.2f%%)"
464        refFmt = "%"+str(refSpaces) + "s  (%.2f%%)"
[1761]465
[1478]466        self.filterCompleter.setModel(None)
467        linkFont = QFont(self.annotationsChartView.viewOptions().font)
468        linkFont.setUnderline(True)
469        self.treeItems = []
470        for i, (geneset, (cmapped, rmapped, p_val, enrichment)) in enumerate(results):
471            if len(cmapped) > 0:
[1861]472                item = MyTreeWidgetItem(self.annotationsChartView, [" ".join(geneset.hierarchy), gsname(geneset)])
[1478]473                item.setData(2, Qt.DisplayRole, QVariant(countFmt % (len(cmapped), 100.0*len(cmapped)/countAll)))
[1498]474                item.setData(2, Qt.ToolTipRole, QVariant(len(cmapped))) # For filtering
[1478]475                item.setData(3, Qt.DisplayRole, QVariant(refFmt % (len(rmapped), 100.0*len(rmapped)/len(referenceGenes))))
[1824]476                item.setData(4, Qt.DisplayRole, QVariant("%0.6f" % p_val)) if p_val > 0.001 else item.setData(4, Qt.DisplayRole, QVariant("%0.2e" % p_val))
[1863]477                item.setData(4, 42, QVariant(p_val)) #sorting
[1761]478                item.setData(4, Qt.ToolTipRole, QVariant("%0.10f" % p_val))
[1478]479                item.setData(5, Qt.DisplayRole, QVariant(enrichment))
480                item.setData(5, Qt.ToolTipRole, QVariant("%.3f" % enrichment))
481                item.geneset= geneset
482                self.treeItems.append(item)
483                if geneset.link:
484                    item.setData(1, LinkRole, QVariant(geneset.link))
485                    item.setToolTip(1, geneset.link)
486                    item.setFont(1, linkFont)
487                    item.setForeground(1, QColor(Qt.blue))
[1761]488
[1478]489        if not self.treeItems:
490            self.warning(0, "No enriched sets found.")
491        else:
492            self.warning(0)
[1761]493
[1478]494        replace = lambda s:s.replace(",", " ").replace("(", " ").replace(")", " ")
[1861]495        self._completerModel = completerModel = QStringListModel(sorted(reduce(set.union, [[gsname(geneset)] + replace(gsname(geneset)).split() for geneset, (c, _, _, _) in results if c], set())))
[1478]496        self.filterCompleter.setModel(completerModel)
[1761]497
[1478]498        self.annotationsChartView.setItemDelegateForColumn(5, BarItemDelegate(self, scale=(0.0, max(t[1][3] for t in results))))
499        self.annotationsChartView.setItemDelegateForColumn(1, LinkStyledItemDelegate(self.annotationsChartView))
[1761]500
[1478]501        for i in range(self.annotationsChartView.columnCount()):
502            self.annotationsChartView.resizeColumnToContents(i)
[1761]503
[1478]504        self.annotationsChartView.setColumnWidth(1, min(self.annotationsChartView.columnWidth(1), 300))
505        self.progressBarFinished()
506        QTimer.singleShot(10, self.filterAnnotationsChartView)
507        self.updatingAnnotationsFlag = False
[1761]508
[1478]509    def filterAnnotationsChartView(self, filterString=""):
510        if self.updatingAnnotationsFlag:
511            return
512        categories = set(" ".join(cat) for cat, taxid in self.selectedCategories())
[1863]513
514        #compute FDR after selection categories
515   
[1478]516        filterString = str(self.filterLineEdit.text()).lower()
517        itemsHidden = []
518        for item in self.treeItems:
519            item_cat = str(item.data(0, Qt.EditRole).toString())
[1761]520            count, pval = _toPyObject(item.data(2, Qt.ToolTipRole)), _toPyObject(item.data(4, 42))
[1861]521            geneset = gsname(item.geneset).lower()
[1478]522            hidden = item_cat not in categories or (self.useMinCountFilter and count < self.minClusterCount) or \
523                     (self.useMaxPValFilter and pval > self.maxPValue) or filterString not in geneset
524            item.setHidden(hidden)
525            itemsHidden.append(hidden)
[1761]526
[1478]527        if self.treeItems and all(itemsHidden):
528            self.information(0, "All sets were filtered out.")
529        else:
530            self.information(0)
[1761]531
532
[1478]533    def commit(self):
534        selected = self.annotationsChartView.selectedItems()
535        genesets = [item.geneset for item in selected]
536        cache = {}
537        mappedNames = set(self.mapGeneNames(reduce(set.union, [geneset.genes for geneset in genesets], set()), cache))
538        if self.genesinrows:
539            mapped = [attr for attr in self.data.domain.attributes if self.genematcher.umatch(attr.name) in mappedNames]
540            newdomain = orange.Domain(mapped, self.data.domain.classVar)
541            newdomain.addmetas(self.data.domain.getmetas())
542            data = orange.ExampleTable(newdomain, self.data)
543        else:
544            geneattr = self.geneAttrs[self.geneattr]
[1761]545            selected = [1 if self.genematcher.umatch(str(ex[geneattr])) in mappedNames else 0 for ex in self.data]
[1478]546            data = self.data.select(selected)
[1761]547
[1478]548#            if self.appendAnnotations:
549#                meta = orange.StringVariable("Annotations")
550#                data.domain.addmeta(orange.newmetaid(), meta)
551#                for ex in data:
552#                    geneattr = self.geneAttrs[self.geneattr]
553#                    gene = str(ex[geneattr])
554#                    annotations = getgene
[1761]555
[1478]556        self.send("Selected Examples", data)
[1761]557
[1478]558    def sendReport(self):
559        self.reportSettings("Settings", [("Organism", obiTaxonomy.name(self.taxid_list[self.speciesIndex]))])
560        self.reportSettings("Filter", [("Min cluster size", self.minClusterCount if self.useMinCountFilter else 0),
561                                       ("Max p-value", self.maxPValue if self.useMaxPValFilter else 1.0)])
[1761]562
[1478]563        self.reportSubsection("Annotations")
564        self.reportRaw(reportItemView(self.annotationsChartView))
[1761]565
[1478]566    def onStateChange(self, stateType, id, text):
567        if stateType == "Warning" or stateType == "Info":
568            self.annotationsChartView._userMessage = text
569            self.annotationsChartView.viewport().update()
[1761]570
571
[1478]572def reportItemView(view):
573    model = view.model()
574    return reportItemModel(view, model)
[1761]575
[1478]576def reportItemModel(view, model, index=QModelIndex()):
577    if not index.isValid() or model.hasChildren(index):
578        columnCount, rowCount = model.columnCount(index), model.rowCount(index)
579        if not index.isValid():
580            text = '<table>\n<tr>' + ''.join('<th>%s</th>' % model.headerData(i, Qt.Horizontal, Qt.DisplayRole).toString() for i in range(columnCount)) +'</tr>\n'
581        else:
582#            variant = model.data(index, Qt.DisplayRole)
583#            text = '<table' + (' caption="%s"' % variant.toString() if variant.isValid() else '') + '>\n'
584            pass
585        text += ''.join('<tr>' + ''.join('<td>' + reportItemModel(view, model, model.index(row, column, index)) + '</td>' for column in range(columnCount)) + '</tr>\n' for row in range(rowCount) if not view.isRowHidden(row, index))
586        text += '</table>'
587        return text
588    else:
589        variant = model.data(index, Qt.DisplayRole)
590        return str(variant.toString()) if variant.isValid() else ""
591
[1761]592
593
[1825]594if __name__ == "__main__": 
[1478]595    import cProfile
[1761]596
[1478]597    app = QApplication(sys.argv)
598    w = OWSetEnrichment()
[1761]599    data = orange.ExampleTable("yeast-class-RPR.tab")
[1863]600    #data = orange.ExampleTable("/home/marko/Downloads/tmp.tab")
[1478]601#    data = orange.ExampleTable("../human")
602#    print cProfile.runctx("w.setData(data)", globals(), locals())
603    w.setData(data)
604    w.show()
605    app.exec_()
606    w.saveSettings()
[1761]607
608
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.