source: orange-bioinformatics/_bioinformatics/widgets/OWSetEnrichment.py @ 1825:7187e6ba2114

Revision 1825:7187e6ba2114, 27.1 KB checked in by Flashpoint <vid.flashpoint@…>, 10 months ago (diff)

Added some missing info to the obiGeneAtlas.py API

Line 
1"""<name>Gene Set Enrichment</name>
2<icon>icons/GeneSetEnrichment.svg</icon>
3"""
4
5from __future__ import absolute_import, with_statement
6
7import math
8from collections import defaultdict
9
10from Orange.orng import orngEnviron, orngServerFiles
11from Orange.orng.orngDataCaching import data_hints
12from Orange.OrangeWidgets import OWGUI
13from Orange.OrangeWidgets.OWGUI import LinkStyledItemDelegate, LinkRole
14from Orange.OrangeWidgets.OWGUI import BarItemDelegate
15from Orange.OrangeWidgets.OWWidget import *
16
17from .. import obiGene, obiGeneSets, obiProb, obiTaxonomy
18
19def _toPyObject(variant):
20    val = variant.toPyObject()
21    if isinstance(val, type(NotImplemented)): # PyQt 4.4 converts python int, floats ... to C types
22        qtype = variant.type()
23        if qtype == QVariant.Double:
24            val, ok = variant.toDouble()
25        elif qtype == QVariant.Int:
26            val, ok = variant.toInt()
27        elif qtype == QVariant.LongLong:
28            val, ok = variant.toLongLong()
29        elif qtype == QVariant.String:
30            val = variant.toString()
31    return val
32
33class MyTreeWidget(QTreeWidget):
34    def paintEvent(self, event):
35        QTreeWidget.paintEvent(self, event)
36        if getattr(self, "_userMessage", None):
37            painter = QPainter(self.viewport())
38            font = QFont(self.font())
39            font.setPointSize(15)
40            painter.setFont(font)
41            painter.drawText(self.viewport().geometry(), Qt.AlignCenter, self._userMessage)
42            painter.end()
43
44class MyTreeWidgetItem(QTreeWidgetItem):
45    def __lt__(self, other):
46        if not self.treeWidget():
47            return id(self) < id(other)
48        column = self.treeWidget().sortColumn()
49        if column == 4:
50            lhs = _toPyObject(self.data(column, 42))
51            rhs = _toPyObject(other.data(column, 42))
52        else:
53            lhs = _toPyObject(self.data(column, Qt.DisplayRole))
54            rhs = _toPyObject(other.data(column, Qt.DisplayRole))
55        return lhs < rhs
56
57def name_or_none(id):
58    """Return organism name for ncbi taxid or None if not found.
59    """
60    try:
61        return obiTaxonomy.name(id)
62    except obiTaxonomy.UnknownSpeciesIdentifier:
63        return None
64
65class OWSetEnrichment(OWWidget):
66    settingsList = ["speciesIndex", "genesinrows", "geneattr", "categoriesCheckState"]
67    contextHandlers = {"":DomainContextHandler("", ["speciesIndex", "genesinrows", "geneattr", "categoriesCheckState"])}
68
69    def __init__(self, parent=None, signalManager=None, name="Gene Set Enrichment Analysis", **kwargs):
70        OWWidget.__init__(self, parent, signalManager, name, **kwargs)
71        self.inputs = [("Data", ExampleTable, self.setData, Default), ("Reference", ExampleTable, self.setReference)]
72        self.outputs = [("Data subset", ExampleTable)]
73
74        self.speciesIndex = 0
75        self.genesinrows = False
76        self.geneattr = 0
77        self.geneMatcherSettings = [False, False, True, False]
78        self.useReferenceData = False
79        self.useMinCountFilter = True
80        self.useMaxPValFilter = True
81        self.minClusterCount = 0
82        self.maxPValue = 0.01
83
84        self.useFDR = True
85
86        self.categoriesCheckState = {}
87
88        self.loadSettings()
89
90        if self.signalManager:
91            self.signalManager.freeze(self).push()
92        QTimer.singleShot(50, self.updateHierarchy)
93
94        box = OWGUI.widgetBox(self.controlArea, "Info")
95        self.infoBox = OWGUI.widgetLabel(box, "Info")
96        self.infoBox.setText("No data on input")
97
98        self.speciesComboBox = OWGUI.comboBox(self.controlArea, self,
99                      "speciesIndex", "Species",
100                      callback=lambda :self.data and self.updateAnnotations(),
101                      debuggingEnabled=0)
102
103        box = OWGUI.widgetBox(self.controlArea, "Gene names")
104        self.geneAttrComboBox = OWGUI.comboBox(box, self, "geneattr",
105                                "Gene attribute",
106                                sendSelectedValue=0,
107                                callback=self.updateAnnotations)
108
109        cb = OWGUI.checkBox(box, self, "genesinrows", "Use attribute names",
110                            callback=lambda :self.data and self.updateAnnotations(),
111                            disables=[(-1, self.geneAttrComboBox)])
112        cb.makeConsistent()
113
114        OWGUI.button(box, self, "Gene matcher settings",
115                     callback=self.updateGeneMatcherSettings,
116                     tooltip="Open gene matching settings dialog",
117                     debuggingEnabled=0)
118
119        self.referenceRadioBox = OWGUI.radioButtonsInBox(self.controlArea,
120                    self, "useReferenceData", ["Entire genome", "Reference set (input)"],
121                    tooltips=["Use entire genome for reference",
122                              "Use genes from Referece Examples input signal as reference"],
123                    box="Reference", callback=self.updateAnnotations)
124
125        box = OWGUI.widgetBox(self.controlArea, "Gene Sets")
126        self.groupsWidget = QTreeWidget(self)
127        self.groupsWidget.setHeaderLabels(["Category"])
128        box.layout().addWidget(self.groupsWidget)
129
130        hLayout = QHBoxLayout()
131        hLayout.setSpacing(10)
132        hWidget = OWGUI.widgetBox(self.mainArea, orientation=hLayout)
133        sb, sbcb = OWGUI.spin(hWidget, self, "minClusterCount",
134                              0, 100, label="Genes",
135                              tooltip="Minimum gene count",
136                              callback=self.filterAnnotationsChartView,
137                              callbackOnReturn=True,
138                              checked="useMinCountFilter",
139                              checkCallback=self.filterAnnotationsChartView)
140
141        dsp, dspcb = OWGUI.doubleSpin(hWidget, self,
142                        "maxPValue", 0.0, 1.0, 0.0001,
143                        label="FDR adjusted P-Value",
144                        tooltip="Maximum (FDR adjusted) P-Value",
145                        callback=self.filterAnnotationsChartView,
146                        callbackOnReturn=True,
147                        checked="useMaxPValFilter",
148                        checkCallback=self.filterAnnotationsChartView)
149
150        from Orange.OrangeWidgets import OWGUIEx
151        self.filterLineEdit = OWGUIEx.QLineEditWithActions(self)
152        self.filterLineEdit.setPlaceholderText("Filter ...")
153        action = QAction(QIcon(os.path.join(orngEnviron.canvasDir,
154                        "icons", "delete_gray.png")), "Clear", self)
155
156        self.filterLineEdit.addAction(action, 0, Qt.AlignHCenter)
157        self.connect(action, SIGNAL("triggered()"), self.filterLineEdit.clear)
158
159        self.filterCompleter = QCompleter(self.filterLineEdit)
160        self.filterCompleter.setCaseSensitivity(Qt.CaseInsensitive)
161        self.filterLineEdit.setCompleter(self.filterCompleter)
162
163        hLayout.addWidget(self.filterLineEdit)
164        self.mainArea.layout().addWidget(hWidget)
165
166        self.connect(self.filterLineEdit, SIGNAL("textChanged(QString)"),
167                     self.filterAnnotationsChartView)
168
169        self.annotationsChartView = MyTreeWidget(self)
170        self.annotationsChartView.setHeaderLabels(["Category", "Term",
171                            "Count", "Reference count", "P-Value", "Enrichment"])
172        self.annotationsChartView.setAlternatingRowColors(True)
173        self.annotationsChartView.setSortingEnabled(True)
174        self.annotationsChartView.setSelectionMode(QAbstractItemView.ExtendedSelection)
175        self.annotationsChartView.setRootIsDecorated(False)
176        self.annotationsChartView.viewport().setMouseTracking(True)
177#        self.annotationsChartView.viewport().setAttribute(Qt.WA_Hover)
178        self.mainArea.layout().addWidget(self.annotationsChartView)
179
180        contextEventFilter = OWGUI.VisibleHeaderSectionContextEventFilter(self.annotationsChartView)
181        self.annotationsChartView.header().installEventFilter(contextEventFilter)
182
183        self.taxid_list = []
184
185        self.connect(self.groupsWidget, SIGNAL("itemClicked(QTreeWidgetItem *, int)"), self.subsetSelectionChanged)
186
187        self.omnibox = 1                                                                  ## A FUNCTION CALL TO HANDLE SELECTING/DESELECTING gene sets
188        OWGUI.checkBox(self.controlArea, self, "omnibox", "Select/Unselect all gene sets")#, callback= lambda :self.allSetsChanged())
189
190        OWGUI.button(self.controlArea, self, "Commit", callback=self.commit)
191
192        self.loadedGenematcher = "None"
193        self.referenceData = None
194        self.data = None
195
196        self.treeItems = []
197
198        self.resize(1024, 600)
199
200        self.connect(self, SIGNAL("widgetStateChanged(QString, int, QString)"), self.onStateChange)
201
202        self.updatingAnnotationsFlag = False
203
204    def updateHierarchy(self):
205        try:
206            self.progressBarInit()
207            with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(self.progressBarSet):
208                all, local = obiGeneSets.list_all(), obiGeneSets.list_local()
209                organisms = set(obiTaxonomy.essential_taxids() + filter(None, [t[1] for t in all]))
210            self.progressBarFinished()
211
212            organism_names = map(name_or_none, organisms)
213            organisms = [taxid for taxid, name in zip(organisms, organism_names) \
214                         if name is not None]
215
216            self.taxid_list = list(organisms)
217            self.speciesComboBox.clear()
218            self.speciesComboBox.addItems([obiTaxonomy.name(id) for id in self.taxid_list])
219            self.genesets = all
220        finally:
221            if self.signalManager:
222                self.signalManager.freeze(self).pop() #setFreeze(self.signalManager.freezing - 1)
223
224    def setData(self, data=None):
225        self.data = data
226        self.error(0)
227        self.closeContext("")
228        self.geneAttrComboBox.clear()
229        self.groupsWidget.clear()
230        self.annotationsChartView.clear()
231
232        if not getattr(self,"taxid_list", None):
233            QTimer.singleShot(100, lambda data=data: self.setData(data))
234            return
235        if data:
236            self.geneAttrs = [attr for attr in data.domain.variables + data.domain.getmetas().values() \
237                              if attr.varType != orange.VarTypes.Continuous]
238
239            self.geneAttrComboBox.addItems([attr.name for attr in self.geneAttrs])
240            self.geneattr = min(self.geneattr, len(self.geneAttrs) - 1)
241
242            taxid = data_hints.get_hint(data, "taxid", "")
243            try:
244                self.speciesIndex = self.taxid_list.index(taxid)
245            except ValueError, ex:
246                pass
247            self.genesinrows = data_hints.get_hint(data, "genesinrows", self.genesinrows)
248
249            self.openContext("", data)
250
251#            print self.speciesIndex
252
253            self.setHierarchy(self.getHierarchy(taxid=self.taxid_list[self.speciesIndex]))
254
255            self.loadedGenematcher = "None"
256            self.updateAnnotations()
257
258    def setReference(self, data=None):
259        self.referenceData = data
260        self.referenceRadioBox.setEnabled(bool(data))
261
262    def getHierarchy(self, taxid):
263        def recursive_dict():
264            return defaultdict(recursive_dict)
265        collection = recursive_dict()
266
267        def collect(col, hier):
268            if hier:
269                collect(col[hier[0]], hier[1:])
270
271        for hierarchy, t_id, _ in self.genesets:
272            collect(collection[t_id], hierarchy)
273
274        #add genesets without species identifiers
275        collection[taxid].update(collection[None])
276        return collection[taxid]
277
278
279
280
281## AN ATTEMPT TO ENABLE/DISABLE all gene sets at once
282#    def allSetsChanged(self):
283#        print self.omnibox
284#        print self.getHierarchyCheckState()
285#        print self.categoriesCheckState
286#        print self.selectedCategories()
287       
288
289
290    def setHierarchy(self, hierarchy):
291        self.groupsWidgetItems = {}
292        def fill(col, parent, full=()):
293            for key, value in sorted(col.items()):
294                full_cat = full + (key,)
295                item = QTreeWidgetItem(parent, [key])
296                item.setFlags(item.flags() | Qt.ItemIsUserCheckable | Qt.ItemIsSelectable | Qt.ItemIsEnabled)
297                if value:
298                    item.setFlags(item.flags() | Qt.ItemIsTristate)
299
300                item.setData(0, Qt.CheckStateRole, QVariant(self.categoriesCheckState.get(full_cat, Qt.Checked)))
301                item.setExpanded(True)
302                item.category = full_cat
303                self.groupsWidgetItems[full_cat] = item
304                fill(value, item, full_cat)
305
306        fill(hierarchy, self.groupsWidget)
307
308#    def updateCategoryCounts(self):
309#        for cat, item in self.groupWidgetItem:
310#            item.setData(1, QVariant(), Qt.DisplayRole)
311
312    def selectedCategories(self):
313        taxid = self.taxid_list[self.speciesIndex]
314        return [(key, taxid) for key, check in self.getHierarchyCheckState().items() if check == Qt.Checked]
315
316    def getHierarchyCheckState(self):
317        def collect(item, full=()):
318            checked = item.checkState(0)
319            name = str(item.data(0, Qt.DisplayRole).toString())
320            full_cat = full + (name,)
321            result = [(full_cat, checked)]
322            for i in range(item.childCount()):
323                result.extend(collect(item.child(i), full_cat))
324            return result
325
326        items = [self.groupsWidget.topLevelItem(i) for i in range(self.groupsWidget.topLevelItemCount())]
327        states = reduce(list.__add__, [collect(item) for item in items], [])
328        return dict(states)
329
330    def subsetSelectionChanged(self, item, column):
331        self.categoriesCheckState = self.getHierarchyCheckState()
332
333        categories = self.selectedCategories()
334        if not set(categories) <= set(self.currentAnnotatedCategories):
335            self.updateAnnotations()
336        else:
337            self.filterAnnotationsChartView()
338
339    def updateGeneMatcherSettings(self):
340        from .OWGOEnrichmentAnalysis import GeneMatcherDialog
341        dialog = GeneMatcherDialog(self, defaults=self.geneMatcherSettings, enabled=[True] * 4, modal=True)
342        if dialog.exec_():
343            self.geneMatcherSettings = [getattr(dialog, item[0]) for item in dialog.items]
344            self.loadedGenematcher = "None"
345            if self.data:
346                self.updateAnnotations()
347
348    def updateGenematcher(self):
349        taxid = self.taxid_list[self.speciesIndex]
350        if taxid != self.loadedGenematcher:
351            self.progressBarInit()
352            call = self.asyncCall(obiGene.matcher, name="Gene Matcher", blocking=True, thread=self.thread())
353            call.connect(call, SIGNAL("progressChanged(float)"), self.progressBarSet)
354            with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(call.emitProgressChanged):
355#            with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(self.progressBarSet):
356                matchers = [obiGene.GMGO, obiGene.GMKEGG, obiGene.GMNCBI, obiGene.GMAffy]
357                if any(self.geneMatcherSettings):
358                    call.__call__([gm(taxid) for gm, use in zip(matchers, self.geneMatcherSettings) if use])
359                    self.genematcher = call.get_result()
360#                    self.genematcher = obiGene.matcher([gm(taxid) for gm, use in zip(matchers, self.geneMatcherSettings) if use])
361                else:
362                    self.genematcher = obiGene.GMDirect()
363#                self.genematcher.set_targets(self.referenceGenes())
364                self.loadedGenematcher = taxid
365            self.progressBarFinished()
366
367    def genesFromExampleTable(self, table):
368        if self.genesinrows:
369            genes = [attr.name for attr in table.domain.attributes]
370        else:
371            geneattr = self.geneAttrs[self.geneattr]
372            genes = [str(ex[geneattr]) for ex in table]
373        return genes
374
375    def clusterGenes(self):
376        return self.genesFromExampleTable(self.data)
377
378    def referenceGenes(self):
379        if self.referenceData and self.useReferenceData:
380            return self.genesFromExampleTable(self.referenceData)
381        else:
382            taxid = self.taxid_list[self.speciesIndex]
383            call = self.asyncCall(obiGene.NCBIGeneInfo, (taxid,), name="Load reference genes", blocking=True, thread=self.thread())
384            call.connect(call, SIGNAL("progressChanged(float)"), self.progressBarSet)
385            with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(call.emitProgressChanged):
386                call.__call__()
387                return call.get_result()
388
389    def _cached_name_lookup(self, func, cache):
390        def f(name, cache=cache):
391            if name not in cache:
392                cache[name] = func(name)
393            return cache[name]
394        return f
395
396    def mapGeneNames(self, names, cache=None, passUnknown=False):
397        if cache is not None:
398            umatch = self._cached_name_lookup(self.genematcher.umatch, cache)
399        else:
400            umatch = self.genematcher.umatch
401        if passUnknown:
402            return [umatch(name) or name for name in names]
403#            return [(mapped_name or name, mapped_name is not None) for mapped_name, name in zip(mapped, names)]
404        return [n for n in [umatch(name) for name in names] if n is not None]
405
406    def enrichment(self, geneset, cluster, reference, pval=obiProb.Hypergeometric(), cache=None):
407        genes = set(self.mapGeneNames(geneset.genes, cache, passUnknown=False))
408
409        cmapped = genes.intersection(cluster)
410        rmapped = genes.intersection(reference)
411        return (cmapped, rmapped, pval.p_value(len(cmapped), len(reference), len(rmapped), len(cluster)), float(len(cmapped)) / (len(cluster) or 1) / (float(len(rmapped) or 1) / (len(reference) or 1))) # TODO: compute all statistics here
412
413    def updateAnnotations(self):
414        self.updatingAnnotationsFlag = True
415        self.annotationsChartView.clear()
416        self.error([0, 1])
417        if not self.genesinrows and len(self.geneAttrs) == 0:
418            self.error(0, "Input data contains no attributes with gene names")
419            return
420
421        self.updateGenematcher()
422
423        self.progressBarInit()
424        self.currentAnnotatedCategories = categories = self.selectedCategories()
425
426        ## Load collections in a worker thread
427        call = self.asyncCall(obiGeneSets.collections, categories, name="Loading collections", blocking=True, thread=self.thread())
428        call.connect(call, SIGNAL("progressChanged(float)"), self.progressBarSet)
429        with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(call.emitProgressChanged):
430            call.__call__()
431            collections = list(call.get_result())
432
433#        with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(self.progressBarSet):
434#            collections = list(obiGeneSets.collections(*categories))
435        clusterGenes, referenceGenes = self.clusterGenes(), self.referenceGenes()
436        cache = {}
437
438        self.genematcher.set_targets(referenceGenes)
439
440        countAll = len(set(clusterGenes))
441        infoText = "%i unique gene names on input\n" % countAll
442        referenceGenes = set(self.mapGeneNames(referenceGenes, cache, passUnknown=False))
443        self.progressBarSet(1)
444        clusterGenes = set(self.mapGeneNames(clusterGenes, cache, passUnknown=False))
445        self.progressBarSet(2)
446        infoText += "%i (%.1f) gene names matched" % (len(clusterGenes), 100.0 * len(clusterGenes) / countAll)
447        self.infoBox.setText(infoText)
448
449        results = []
450        from Orange.orng.orngMisc import progressBarMilestones
451
452        milestones = progressBarMilestones(len(collections), 100)
453        for i, geneset in enumerate(collections):
454            results.append((geneset, self.enrichment(geneset, clusterGenes, referenceGenes, cache=cache)))
455            if i in milestones:
456                self.progressBarSet(100.0 * i / len(collections))
457
458        if self.useFDR:
459            results = sorted(results, key=lambda a:a[1][2])
460            pvals = obiProb.FDR([pval for _, (_, _, pval, _) in results])
461            results = [(geneset, (cmapped, rmapped, pvals[i], es)) for i, (geneset, (cmapped, rmapped, _, es)) in enumerate(results)]
462
463        fmt = lambda score, max_decimals=10: "%%.%if" % min(int(abs(math.log(max(score, 1e-10)))) + 2, max_decimals) if score > math.pow(10, -max_decimals) and score < 1 else "%.1f"
464        self.annotationsChartView.clear()
465
466        maxCount = max([len(cm) for _, (cm, _, _, _) in results] + [1])
467        maxRefCount = max([len(rc) for _, (_, rc, _, _) in results] + [1])
468        countSpaces = int(math.ceil(math.log10(maxCount)))
469        #print maxRefCount
470        refSpaces = int(math.ceil(math.log(maxRefCount)))
471        countFmt = "%"+str(countSpaces) + "s  (%.2f%%)"
472        refFmt = "%"+str(refSpaces) + "s  (%.2f%%)"
473
474        self.filterCompleter.setModel(None)
475        linkFont = QFont(self.annotationsChartView.viewOptions().font)
476        linkFont.setUnderline(True)
477        self.treeItems = []
478        for i, (geneset, (cmapped, rmapped, p_val, enrichment)) in enumerate(results):
479            if len(cmapped) > 0:
480                item = MyTreeWidgetItem(self.annotationsChartView, [" ".join(geneset.hierarchy), geneset.name])
481                item.setData(2, Qt.DisplayRole, QVariant(countFmt % (len(cmapped), 100.0*len(cmapped)/countAll)))
482                item.setData(2, Qt.ToolTipRole, QVariant(len(cmapped))) # For filtering
483                item.setData(3, Qt.DisplayRole, QVariant(refFmt % (len(rmapped), 100.0*len(rmapped)/len(referenceGenes))))
484                item.setData(4, Qt.DisplayRole, QVariant("%0.6f" % p_val)) if p_val > 0.001 else item.setData(4, Qt.DisplayRole, QVariant("%0.2e" % p_val))
485                item.setData(4, 42, QVariant(p_val))
486                #stoplec 4 - zelim sort po p_val
487                item.setData(4, Qt.ToolTipRole, QVariant("%0.10f" % p_val))
488                item.setData(5, Qt.DisplayRole, QVariant(enrichment))
489                item.setData(5, Qt.ToolTipRole, QVariant("%.3f" % enrichment))
490                item.geneset= geneset
491                self.treeItems.append(item)
492                if geneset.link:
493                    item.setData(1, LinkRole, QVariant(geneset.link))
494                    item.setToolTip(1, geneset.link)
495                    item.setFont(1, linkFont)
496                    item.setForeground(1, QColor(Qt.blue))
497
498        if not self.treeItems:
499            self.warning(0, "No enriched sets found.")
500        else:
501            self.warning(0)
502
503        replace = lambda s:s.replace(",", " ").replace("(", " ").replace(")", " ")
504        self._completerModel = completerModel = QStringListModel(sorted(reduce(set.union, [[geneset.name] + replace(geneset.name).split() for geneset, (c, _, _, _) in results if c], set())))
505        self.filterCompleter.setModel(completerModel)
506
507        self.annotationsChartView.setItemDelegateForColumn(5, BarItemDelegate(self, scale=(0.0, max(t[1][3] for t in results))))
508        self.annotationsChartView.setItemDelegateForColumn(1, LinkStyledItemDelegate(self.annotationsChartView))
509
510        for i in range(self.annotationsChartView.columnCount()):
511            self.annotationsChartView.resizeColumnToContents(i)
512
513        self.annotationsChartView.setColumnWidth(1, min(self.annotationsChartView.columnWidth(1), 300))
514        self.progressBarFinished()
515        QTimer.singleShot(10, self.filterAnnotationsChartView)
516        self.updatingAnnotationsFlag = False
517
518    def filterAnnotationsChartView(self, filterString=""):
519        if self.updatingAnnotationsFlag:
520            return
521        categories = set(" ".join(cat) for cat, taxid in self.selectedCategories())
522        filterString = str(self.filterLineEdit.text()).lower()
523        itemsHidden = []
524        for item in self.treeItems:
525            item_cat = str(item.data(0, Qt.EditRole).toString())
526            count, pval = _toPyObject(item.data(2, Qt.ToolTipRole)), _toPyObject(item.data(4, 42))
527            geneset = item.geneset.name.lower()
528            hidden = item_cat not in categories or (self.useMinCountFilter and count < self.minClusterCount) or \
529                     (self.useMaxPValFilter and pval > self.maxPValue) or filterString not in geneset
530            item.setHidden(hidden)
531            itemsHidden.append(hidden)
532
533        if self.treeItems and all(itemsHidden):
534            self.information(0, "All sets were filtered out.")
535        else:
536            self.information(0)
537
538
539    def commit(self):
540        selected = self.annotationsChartView.selectedItems()
541        genesets = [item.geneset for item in selected]
542        cache = {}
543        mappedNames = set(self.mapGeneNames(reduce(set.union, [geneset.genes for geneset in genesets], set()), cache))
544        if self.genesinrows:
545            mapped = [attr for attr in self.data.domain.attributes if self.genematcher.umatch(attr.name) in mappedNames]
546            newdomain = orange.Domain(mapped, self.data.domain.classVar)
547            newdomain.addmetas(self.data.domain.getmetas())
548            data = orange.ExampleTable(newdomain, self.data)
549        else:
550            geneattr = self.geneAttrs[self.geneattr]
551            selected = [1 if self.genematcher.umatch(str(ex[geneattr])) in mappedNames else 0 for ex in self.data]
552            data = self.data.select(selected)
553
554#            if self.appendAnnotations:
555#                meta = orange.StringVariable("Annotations")
556#                data.domain.addmeta(orange.newmetaid(), meta)
557#                for ex in data:
558#                    geneattr = self.geneAttrs[self.geneattr]
559#                    gene = str(ex[geneattr])
560#                    annotations = getgene
561
562        self.send("Selected Examples", data)
563
564    def sendReport(self):
565        self.reportSettings("Settings", [("Organism", obiTaxonomy.name(self.taxid_list[self.speciesIndex]))])
566        self.reportSettings("Filter", [("Min cluster size", self.minClusterCount if self.useMinCountFilter else 0),
567                                       ("Max p-value", self.maxPValue if self.useMaxPValFilter else 1.0)])
568
569        self.reportSubsection("Annotations")
570        self.reportRaw(reportItemView(self.annotationsChartView))
571
572    def onStateChange(self, stateType, id, text):
573        if stateType == "Warning" or stateType == "Info":
574            self.annotationsChartView._userMessage = text
575            self.annotationsChartView.viewport().update()
576
577
578def reportItemView(view):
579    model = view.model()
580    return reportItemModel(view, model)
581
582def reportItemModel(view, model, index=QModelIndex()):
583    if not index.isValid() or model.hasChildren(index):
584        columnCount, rowCount = model.columnCount(index), model.rowCount(index)
585        if not index.isValid():
586            text = '<table>\n<tr>' + ''.join('<th>%s</th>' % model.headerData(i, Qt.Horizontal, Qt.DisplayRole).toString() for i in range(columnCount)) +'</tr>\n'
587        else:
588#            variant = model.data(index, Qt.DisplayRole)
589#            text = '<table' + (' caption="%s"' % variant.toString() if variant.isValid() else '') + '>\n'
590            pass
591        text += ''.join('<tr>' + ''.join('<td>' + reportItemModel(view, model, model.index(row, column, index)) + '</td>' for column in range(columnCount)) + '</tr>\n' for row in range(rowCount) if not view.isRowHidden(row, index))
592        text += '</table>'
593        return text
594    else:
595        variant = model.data(index, Qt.DisplayRole)
596        return str(variant.toString()) if variant.isValid() else ""
597
598
599
600if __name__ == "__main__": 
601    import cProfile
602
603    app = QApplication(sys.argv)
604    w = OWSetEnrichment()
605    w.updateHierarchy()
606    data = orange.ExampleTable("yeast-class-RPR.tab")
607#    data = orange.ExampleTable("../human")
608#    print cProfile.runctx("w.setData(data)", globals(), locals())
609    w.setData(data)
610    w.show()
611    app.exec_()
612    w.saveSettings()
613
614
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.