source: orange-bioinformatics/_bioinformatics/widgets/OWSetEnrichment.py @ 1860:504bc511801c

Revision 1860:504bc511801c, 26.6 KB checked in by markotoplak, 6 months ago (diff)

obiGeneSets.collections raises an exception if gene sets are not found. Temporarily disabled gene sets without species in Gene Set Enrichment widget.

Line 
1"""<name>Gene Set Enrichment</name>
2<icon>icons/GeneSetEnrichment.svg</icon>
3"""
4
5from __future__ import absolute_import, with_statement
6
7import math
8from collections import defaultdict
9
10from Orange.orng import orngEnviron, orngServerFiles
11from Orange.orng.orngDataCaching import data_hints
12from Orange.OrangeWidgets import OWGUI
13from Orange.OrangeWidgets.OWGUI import LinkStyledItemDelegate, LinkRole
14from Orange.OrangeWidgets.OWGUI import BarItemDelegate
15from Orange.OrangeWidgets.OWWidget import *
16
17from .. import obiGene, obiGeneSets, obiProb, obiTaxonomy
18
19def _toPyObject(variant):
20    val = variant.toPyObject()
21    if isinstance(val, type(NotImplemented)): # PyQt 4.4 converts python int, floats ... to C types
22        qtype = variant.type()
23        if qtype == QVariant.Double:
24            val, ok = variant.toDouble()
25        elif qtype == QVariant.Int:
26            val, ok = variant.toInt()
27        elif qtype == QVariant.LongLong:
28            val, ok = variant.toLongLong()
29        elif qtype == QVariant.String:
30            val = variant.toString()
31    return val
32
33class MyTreeWidget(QTreeWidget):
34    def paintEvent(self, event):
35        QTreeWidget.paintEvent(self, event)
36        if getattr(self, "_userMessage", None):
37            painter = QPainter(self.viewport())
38            font = QFont(self.font())
39            font.setPointSize(15)
40            painter.setFont(font)
41            painter.drawText(self.viewport().geometry(), Qt.AlignCenter, self._userMessage)
42            painter.end()
43
44class MyTreeWidgetItem(QTreeWidgetItem):
45    def __lt__(self, other):
46        if not self.treeWidget():
47            return id(self) < id(other)
48        column = self.treeWidget().sortColumn()
49        if column == 4:
50            lhs = _toPyObject(self.data(column, 42))
51            rhs = _toPyObject(other.data(column, 42))
52        else:
53            lhs = _toPyObject(self.data(column, Qt.DisplayRole))
54            rhs = _toPyObject(other.data(column, Qt.DisplayRole))
55        return lhs < rhs
56
57def name_or_none(id):
58    """Return organism name for ncbi taxid or None if not found.
59    """
60    try:
61        return obiTaxonomy.name(id)
62    except obiTaxonomy.UnknownSpeciesIdentifier:
63        return None
64
65class OWSetEnrichment(OWWidget):
66    settingsList = ["speciesIndex", "genesinrows", "geneattr", "categoriesCheckState"]
67    contextHandlers = {"":DomainContextHandler("", ["speciesIndex", "genesinrows", "geneattr", "categoriesCheckState"])}
68
69    def __init__(self, parent=None, signalManager=None, name="Gene Set Enrichment Analysis", **kwargs):
70        OWWidget.__init__(self, parent, signalManager, name, **kwargs)
71        self.inputs = [("Data", ExampleTable, self.setData, Default), ("Reference", ExampleTable, self.setReference)]
72        self.outputs = [("Data subset", ExampleTable)]
73
74        self.speciesIndex = 0
75        self.genesinrows = False
76        self.geneattr = 0
77        self.geneMatcherSettings = [False, False, True, False]
78        self.useReferenceData = False
79        self.useMinCountFilter = True
80        self.useMaxPValFilter = True
81        self.minClusterCount = 0
82        self.maxPValue = 0.01
83
84        self.useFDR = True
85
86        self.categoriesCheckState = {}
87
88        self.loadSettings()
89
90        if self.signalManager:
91            self.signalManager.freeze(self).push()
92        QTimer.singleShot(50, self.updateHierarchy)
93
94        box = OWGUI.widgetBox(self.controlArea, "Info")
95        self.infoBox = OWGUI.widgetLabel(box, "Info")
96        self.infoBox.setText("No data on input")
97
98        self.speciesComboBox = OWGUI.comboBox(self.controlArea, self,
99                      "speciesIndex", "Species",
100                      callback=lambda: self.data and self.updateAnnotations(),
101                      debuggingEnabled=0)
102
103        box = OWGUI.widgetBox(self.controlArea, "Gene names")
104        self.geneAttrComboBox = OWGUI.comboBox(box, self, "geneattr",
105                                "Gene attribute",
106                                sendSelectedValue=0,
107                                callback=self.updateAnnotations)
108
109        cb = OWGUI.checkBox(box, self, "genesinrows", "Use attribute names",
110                            callback=lambda :self.data and self.updateAnnotations(),
111                            disables=[(-1, self.geneAttrComboBox)])
112        cb.makeConsistent()
113
114        OWGUI.button(box, self, "Gene matcher settings",
115                     callback=self.updateGeneMatcherSettings,
116                     tooltip="Open gene matching settings dialog",
117                     debuggingEnabled=0)
118
119        self.referenceRadioBox = OWGUI.radioButtonsInBox(self.controlArea,
120                    self, "useReferenceData", ["Entire genome", "Reference set (input)"],
121                    tooltips=["Use entire genome for reference",
122                              "Use genes from Referece Examples input signal as reference"],
123                    box="Reference", callback=self.updateAnnotations)
124
125        box = OWGUI.widgetBox(self.controlArea, "Gene Sets")
126        self.groupsWidget = QTreeWidget(self)
127        self.groupsWidget.setHeaderLabels(["Category"])
128        box.layout().addWidget(self.groupsWidget)
129
130        hLayout = QHBoxLayout()
131        hLayout.setSpacing(10)
132        hWidget = OWGUI.widgetBox(self.mainArea, orientation=hLayout)
133        sb, sbcb = OWGUI.spin(hWidget, self, "minClusterCount",
134                              0, 100, label="Genes",
135                              tooltip="Minimum gene count",
136                              callback=self.filterAnnotationsChartView,
137                              callbackOnReturn=True,
138                              checked="useMinCountFilter",
139                              checkCallback=self.filterAnnotationsChartView)
140
141        dsp, dspcb = OWGUI.doubleSpin(hWidget, self,
142                        "maxPValue", 0.0, 1.0, 0.0001,
143                        label="FDR adjusted P-Value",
144                        tooltip="Maximum (FDR adjusted) P-Value",
145                        callback=self.filterAnnotationsChartView,
146                        callbackOnReturn=True,
147                        checked="useMaxPValFilter",
148                        checkCallback=self.filterAnnotationsChartView)
149
150        from Orange.OrangeWidgets import OWGUIEx
151        self.filterLineEdit = OWGUIEx.QLineEditWithActions(self)
152        self.filterLineEdit.setPlaceholderText("Filter ...")
153        action = QAction(QIcon(os.path.join(orngEnviron.canvasDir,
154                        "icons", "delete_gray.png")), "Clear", self)
155
156        self.filterLineEdit.addAction(action, 0, Qt.AlignHCenter)
157        self.connect(action, SIGNAL("triggered()"), self.filterLineEdit.clear)
158
159        self.filterCompleter = QCompleter(self.filterLineEdit)
160        self.filterCompleter.setCaseSensitivity(Qt.CaseInsensitive)
161        self.filterLineEdit.setCompleter(self.filterCompleter)
162
163        hLayout.addWidget(self.filterLineEdit)
164        self.mainArea.layout().addWidget(hWidget)
165
166        self.connect(self.filterLineEdit, SIGNAL("textChanged(QString)"),
167                     self.filterAnnotationsChartView)
168
169        self.annotationsChartView = MyTreeWidget(self)
170        self.annotationsChartView.setHeaderLabels(["Category", "Term",
171                            "Count", "Reference count", "P-Value", "Enrichment"])
172        self.annotationsChartView.setAlternatingRowColors(True)
173        self.annotationsChartView.setSortingEnabled(True)
174        self.annotationsChartView.setSelectionMode(QAbstractItemView.ExtendedSelection)
175        self.annotationsChartView.setRootIsDecorated(False)
176        self.annotationsChartView.viewport().setMouseTracking(True)
177#        self.annotationsChartView.viewport().setAttribute(Qt.WA_Hover)
178        self.mainArea.layout().addWidget(self.annotationsChartView)
179
180        contextEventFilter = OWGUI.VisibleHeaderSectionContextEventFilter(self.annotationsChartView)
181        self.annotationsChartView.header().installEventFilter(contextEventFilter)
182
183        self.taxid_list = []
184
185        self.connect(self.groupsWidget, SIGNAL("itemClicked(QTreeWidgetItem *, int)"), self.subsetSelectionChanged)
186
187        OWGUI.button(self.controlArea, self, "Commit", callback=self.commit)
188
189        self.loadedGenematcher = "None"
190        self.referenceData = None
191        self.data = None
192
193        self.treeItems = []
194
195        self.resize(1024, 600)
196
197        self.connect(self, SIGNAL("widgetStateChanged(QString, int, QString)"), self.onStateChange)
198
199        self.updatingAnnotationsFlag = False
200
201    def updateHierarchy(self):
202        try:
203            self.progressBarInit()
204            with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(self.progressBarSet):
205                all, local = obiGeneSets.list_all(), obiGeneSets.list_local()
206                organisms = set(obiTaxonomy.essential_taxids() + filter(None, [t[1] for t in all]))
207            self.progressBarFinished()
208
209            organism_names = map(name_or_none, organisms)
210            organisms = [taxid for taxid, name in zip(organisms, organism_names) \
211                         if name is not None]
212
213            self.taxid_list = list(organisms)
214            self.speciesComboBox.clear()
215            self.speciesComboBox.addItems([obiTaxonomy.name(id) for id in self.taxid_list])
216            self.genesets = all
217        finally:
218            if self.signalManager:
219                self.signalManager.freeze(self).pop() #setFreeze(self.signalManager.freezing - 1)
220
221    def setData(self, data=None):
222        self.data = data
223        self.error(0)
224        self.closeContext("")
225        self.geneAttrComboBox.clear()
226        self.groupsWidget.clear()
227        self.annotationsChartView.clear()
228
229        if not getattr(self,"taxid_list", None):
230            QTimer.singleShot(100, lambda data=data: self.setData(data))
231            return
232        if data:
233            self.geneAttrs = [attr for attr in data.domain.variables + data.domain.getmetas().values() \
234                              if attr.varType != orange.VarTypes.Continuous]
235
236            self.geneAttrComboBox.addItems([attr.name for attr in self.geneAttrs])
237            self.geneattr = min(self.geneattr, len(self.geneAttrs) - 1)
238
239            taxid = data_hints.get_hint(data, "taxid", "")
240            try:
241                self.speciesIndex = self.taxid_list.index(taxid)
242            except ValueError, ex:
243                pass
244            self.genesinrows = data_hints.get_hint(data, "genesinrows", self.genesinrows)
245
246            self.openContext("", data)
247
248#            print self.speciesIndex
249
250            self.setHierarchy(self.getHierarchy(taxid=self.taxid_list[self.speciesIndex]))
251
252            self.loadedGenematcher = "None"
253            self.updateAnnotations()
254
255    def setReference(self, data=None):
256        self.referenceData = data
257        self.referenceRadioBox.setEnabled(bool(data))
258
259    def getHierarchy(self, taxid):
260        def recursive_dict():
261            return defaultdict(recursive_dict)
262        collection = recursive_dict()
263
264        def collect(col, hier):
265            if hier:
266                collect(col[hier[0]], hier[1:])
267
268        print "GS", self.genesets
269
270        for hierarchy, t_id, _ in self.genesets:
271            collect(collection[t_id], hierarchy)
272
273        #TODO add genesets without species identifiers
274
275        return collection[taxid]
276
277    def setHierarchy(self, hierarchy):
278        self.groupsWidgetItems = {}
279        def fill(col, parent, full=()):
280            for key, value in sorted(col.items()):
281                full_cat = full + (key,)
282                item = QTreeWidgetItem(parent, [key])
283                item.setFlags(item.flags() | Qt.ItemIsUserCheckable | Qt.ItemIsSelectable | Qt.ItemIsEnabled)
284                if value:
285                    item.setFlags(item.flags() | Qt.ItemIsTristate)
286
287                item.setData(0, Qt.CheckStateRole, QVariant(self.categoriesCheckState.get(full_cat, Qt.Checked)))
288                item.setExpanded(True)
289                item.category = full_cat
290                self.groupsWidgetItems[full_cat] = item
291                fill(value, item, full_cat)
292
293        fill(hierarchy, self.groupsWidget)
294
295#    def updateCategoryCounts(self):
296#        for cat, item in self.groupWidgetItem:
297#            item.setData(1, QVariant(), Qt.DisplayRole)
298
299    def selectedCategories(self):
300        taxid = self.taxid_list[self.speciesIndex]
301        return [(key, taxid) for key, check in self.getHierarchyCheckState().items() if check == Qt.Checked]
302
303    def getHierarchyCheckState(self):
304        def collect(item, full=()):
305            checked = item.checkState(0)
306            name = str(item.data(0, Qt.DisplayRole).toString())
307            full_cat = full + (name,)
308            result = [(full_cat, checked)]
309            for i in range(item.childCount()):
310                result.extend(collect(item.child(i), full_cat))
311            return result
312
313        items = [self.groupsWidget.topLevelItem(i) for i in range(self.groupsWidget.topLevelItemCount())]
314        states = reduce(list.__add__, [collect(item) for item in items], [])
315        return dict(states)
316
317    def subsetSelectionChanged(self, item, column):
318        self.categoriesCheckState = self.getHierarchyCheckState()
319
320        categories = self.selectedCategories()
321        if not set(categories) <= set(self.currentAnnotatedCategories):
322            self.updateAnnotations()
323        else:
324            self.filterAnnotationsChartView()
325
326    def updateGeneMatcherSettings(self):
327        from .OWGOEnrichmentAnalysis import GeneMatcherDialog
328        dialog = GeneMatcherDialog(self, defaults=self.geneMatcherSettings, enabled=[True] * 4, modal=True)
329        if dialog.exec_():
330            self.geneMatcherSettings = [getattr(dialog, item[0]) for item in dialog.items]
331            self.loadedGenematcher = "None"
332            if self.data:
333                self.updateAnnotations()
334
335    def updateGenematcher(self):
336        taxid = self.taxid_list[self.speciesIndex]
337        if taxid != self.loadedGenematcher:
338            self.progressBarInit()
339            call = self.asyncCall(obiGene.matcher, name="Gene Matcher", blocking=True, thread=self.thread())
340            call.connect(call, SIGNAL("progressChanged(float)"), self.progressBarSet)
341            with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(call.emitProgressChanged):
342#            with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(self.progressBarSet):
343                matchers = [obiGene.GMGO, obiGene.GMKEGG, obiGene.GMNCBI, obiGene.GMAffy]
344                if any(self.geneMatcherSettings):
345                    call.__call__([gm(taxid) for gm, use in zip(matchers, self.geneMatcherSettings) if use])
346                    self.genematcher = call.get_result()
347#                    self.genematcher = obiGene.matcher([gm(taxid) for gm, use in zip(matchers, self.geneMatcherSettings) if use])
348                else:
349                    self.genematcher = obiGene.GMDirect()
350#                self.genematcher.set_targets(self.referenceGenes())
351                self.loadedGenematcher = taxid
352            self.progressBarFinished()
353
354    def genesFromExampleTable(self, table):
355        if self.genesinrows:
356            genes = [attr.name for attr in table.domain.attributes]
357        else:
358            geneattr = self.geneAttrs[self.geneattr]
359            genes = [str(ex[geneattr]) for ex in table]
360        return genes
361
362    def clusterGenes(self):
363        return self.genesFromExampleTable(self.data)
364
365    def referenceGenes(self):
366        if self.referenceData and self.useReferenceData:
367            return self.genesFromExampleTable(self.referenceData)
368        else:
369            taxid = self.taxid_list[self.speciesIndex]
370            call = self.asyncCall(obiGene.NCBIGeneInfo, (taxid,), name="Load reference genes", blocking=True, thread=self.thread())
371            call.connect(call, SIGNAL("progressChanged(float)"), self.progressBarSet)
372            with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(call.emitProgressChanged):
373                call.__call__()
374                return call.get_result()
375
376    def _cached_name_lookup(self, func, cache):
377        def f(name, cache=cache):
378            if name not in cache:
379                cache[name] = func(name)
380            return cache[name]
381        return f
382
383    def mapGeneNames(self, names, cache=None, passUnknown=False):
384        if cache is not None:
385            umatch = self._cached_name_lookup(self.genematcher.umatch, cache)
386        else:
387            umatch = self.genematcher.umatch
388        if passUnknown:
389            return [umatch(name) or name for name in names]
390#            return [(mapped_name or name, mapped_name is not None) for mapped_name, name in zip(mapped, names)]
391        return [n for n in [umatch(name) for name in names] if n is not None]
392
393    def enrichment(self, geneset, cluster, reference, pval=obiProb.Hypergeometric(), cache=None):
394        genes = set(self.mapGeneNames(geneset.genes, cache, passUnknown=False))
395
396        cmapped = genes.intersection(cluster)
397        rmapped = genes.intersection(reference)
398        return (cmapped, rmapped, pval.p_value(len(cmapped), len(reference), len(rmapped), len(cluster)), float(len(cmapped)) / (len(cluster) or 1) / (float(len(rmapped) or 1) / (len(reference) or 1))) # TODO: compute all statistics here
399
400    def updateAnnotations(self):
401        self.updatingAnnotationsFlag = True
402        self.annotationsChartView.clear()
403        self.error([0, 1])
404        if not self.genesinrows and len(self.geneAttrs) == 0:
405            self.error(0, "Input data contains no attributes with gene names")
406            return
407
408        self.updateGenematcher()
409
410        self.progressBarInit()
411        self.currentAnnotatedCategories = categories = self.selectedCategories()
412
413        ## Load collections in a worker thread
414        print "CAT", categories
415        call = self.asyncCall(obiGeneSets.collections, categories, name="Loading collections", blocking=True, thread=self.thread())
416        call.connect(call, SIGNAL("progressChanged(float)"), self.progressBarSet)
417        with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(call.emitProgressChanged):
418            call.__call__()
419            collections = list(call.get_result())
420
421#        with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(self.progressBarSet):
422#            collections = list(obiGeneSets.collections(*categories))
423        clusterGenes, referenceGenes = self.clusterGenes(), self.referenceGenes()
424        cache = {}
425
426        self.genematcher.set_targets(referenceGenes)
427
428        countAll = len(set(clusterGenes))
429        infoText = "%i unique gene names on input\n" % countAll
430        referenceGenes = set(self.mapGeneNames(referenceGenes, cache, passUnknown=False))
431        self.progressBarSet(1)
432        clusterGenes = set(self.mapGeneNames(clusterGenes, cache, passUnknown=False))
433        self.progressBarSet(2)
434        infoText += "%i (%.1f) gene names matched" % (len(clusterGenes), 100.0 * len(clusterGenes) / countAll)
435        self.infoBox.setText(infoText)
436
437        results = []
438        from Orange.orng.orngMisc import progressBarMilestones
439
440        milestones = progressBarMilestones(len(collections), 100)
441        for i, geneset in enumerate(collections):
442            results.append((geneset, self.enrichment(geneset, clusterGenes, referenceGenes, cache=cache)))
443            if i in milestones:
444                self.progressBarSet(100.0 * i / len(collections))
445
446        if self.useFDR:
447            results = sorted(results, key=lambda a:a[1][2])
448            pvals = obiProb.FDR([pval for _, (_, _, pval, _) in results])
449            results = [(geneset, (cmapped, rmapped, pvals[i], es)) for i, (geneset, (cmapped, rmapped, _, es)) in enumerate(results)]
450
451        fmt = lambda score, max_decimals=10: "%%.%if" % min(int(abs(math.log(max(score, 1e-10)))) + 2, max_decimals) if score > math.pow(10, -max_decimals) and score < 1 else "%.1f"
452        self.annotationsChartView.clear()
453
454        maxCount = max([len(cm) for _, (cm, _, _, _) in results] + [1])
455        maxRefCount = max([len(rc) for _, (_, rc, _, _) in results] + [1])
456        countSpaces = int(math.ceil(math.log10(maxCount)))
457        #print maxRefCount
458        refSpaces = int(math.ceil(math.log(maxRefCount)))
459        countFmt = "%"+str(countSpaces) + "s  (%.2f%%)"
460        refFmt = "%"+str(refSpaces) + "s  (%.2f%%)"
461
462        self.filterCompleter.setModel(None)
463        linkFont = QFont(self.annotationsChartView.viewOptions().font)
464        linkFont.setUnderline(True)
465        self.treeItems = []
466        for i, (geneset, (cmapped, rmapped, p_val, enrichment)) in enumerate(results):
467            if len(cmapped) > 0:
468                item = MyTreeWidgetItem(self.annotationsChartView, [" ".join(geneset.hierarchy), geneset.name])
469                item.setData(2, Qt.DisplayRole, QVariant(countFmt % (len(cmapped), 100.0*len(cmapped)/countAll)))
470                item.setData(2, Qt.ToolTipRole, QVariant(len(cmapped))) # For filtering
471                item.setData(3, Qt.DisplayRole, QVariant(refFmt % (len(rmapped), 100.0*len(rmapped)/len(referenceGenes))))
472                item.setData(4, Qt.DisplayRole, QVariant("%0.6f" % p_val)) if p_val > 0.001 else item.setData(4, Qt.DisplayRole, QVariant("%0.2e" % p_val))
473                item.setData(4, 42, QVariant(p_val))
474                #stoplec 4 - zelim sort po p_val
475                item.setData(4, Qt.ToolTipRole, QVariant("%0.10f" % p_val))
476                item.setData(5, Qt.DisplayRole, QVariant(enrichment))
477                item.setData(5, Qt.ToolTipRole, QVariant("%.3f" % enrichment))
478                item.geneset= geneset
479                self.treeItems.append(item)
480                if geneset.link:
481                    item.setData(1, LinkRole, QVariant(geneset.link))
482                    item.setToolTip(1, geneset.link)
483                    item.setFont(1, linkFont)
484                    item.setForeground(1, QColor(Qt.blue))
485
486        if not self.treeItems:
487            self.warning(0, "No enriched sets found.")
488        else:
489            self.warning(0)
490
491        replace = lambda s:s.replace(",", " ").replace("(", " ").replace(")", " ")
492        self._completerModel = completerModel = QStringListModel(sorted(reduce(set.union, [[geneset.name] + replace(geneset.name).split() for geneset, (c, _, _, _) in results if c], set())))
493        self.filterCompleter.setModel(completerModel)
494
495        self.annotationsChartView.setItemDelegateForColumn(5, BarItemDelegate(self, scale=(0.0, max(t[1][3] for t in results))))
496        self.annotationsChartView.setItemDelegateForColumn(1, LinkStyledItemDelegate(self.annotationsChartView))
497
498        for i in range(self.annotationsChartView.columnCount()):
499            self.annotationsChartView.resizeColumnToContents(i)
500
501        self.annotationsChartView.setColumnWidth(1, min(self.annotationsChartView.columnWidth(1), 300))
502        self.progressBarFinished()
503        QTimer.singleShot(10, self.filterAnnotationsChartView)
504        self.updatingAnnotationsFlag = False
505
506    def filterAnnotationsChartView(self, filterString=""):
507        if self.updatingAnnotationsFlag:
508            return
509        categories = set(" ".join(cat) for cat, taxid in self.selectedCategories())
510        filterString = str(self.filterLineEdit.text()).lower()
511        itemsHidden = []
512        for item in self.treeItems:
513            item_cat = str(item.data(0, Qt.EditRole).toString())
514            count, pval = _toPyObject(item.data(2, Qt.ToolTipRole)), _toPyObject(item.data(4, 42))
515            geneset = item.geneset.name.lower()
516            hidden = item_cat not in categories or (self.useMinCountFilter and count < self.minClusterCount) or \
517                     (self.useMaxPValFilter and pval > self.maxPValue) or filterString not in geneset
518            item.setHidden(hidden)
519            itemsHidden.append(hidden)
520
521        if self.treeItems and all(itemsHidden):
522            self.information(0, "All sets were filtered out.")
523        else:
524            self.information(0)
525
526
527    def commit(self):
528        selected = self.annotationsChartView.selectedItems()
529        genesets = [item.geneset for item in selected]
530        cache = {}
531        mappedNames = set(self.mapGeneNames(reduce(set.union, [geneset.genes for geneset in genesets], set()), cache))
532        if self.genesinrows:
533            mapped = [attr for attr in self.data.domain.attributes if self.genematcher.umatch(attr.name) in mappedNames]
534            newdomain = orange.Domain(mapped, self.data.domain.classVar)
535            newdomain.addmetas(self.data.domain.getmetas())
536            data = orange.ExampleTable(newdomain, self.data)
537        else:
538            geneattr = self.geneAttrs[self.geneattr]
539            selected = [1 if self.genematcher.umatch(str(ex[geneattr])) in mappedNames else 0 for ex in self.data]
540            data = self.data.select(selected)
541
542#            if self.appendAnnotations:
543#                meta = orange.StringVariable("Annotations")
544#                data.domain.addmeta(orange.newmetaid(), meta)
545#                for ex in data:
546#                    geneattr = self.geneAttrs[self.geneattr]
547#                    gene = str(ex[geneattr])
548#                    annotations = getgene
549
550        self.send("Selected Examples", data)
551
552    def sendReport(self):
553        self.reportSettings("Settings", [("Organism", obiTaxonomy.name(self.taxid_list[self.speciesIndex]))])
554        self.reportSettings("Filter", [("Min cluster size", self.minClusterCount if self.useMinCountFilter else 0),
555                                       ("Max p-value", self.maxPValue if self.useMaxPValFilter else 1.0)])
556
557        self.reportSubsection("Annotations")
558        self.reportRaw(reportItemView(self.annotationsChartView))
559
560    def onStateChange(self, stateType, id, text):
561        if stateType == "Warning" or stateType == "Info":
562            self.annotationsChartView._userMessage = text
563            self.annotationsChartView.viewport().update()
564
565
566def reportItemView(view):
567    model = view.model()
568    return reportItemModel(view, model)
569
570def reportItemModel(view, model, index=QModelIndex()):
571    if not index.isValid() or model.hasChildren(index):
572        columnCount, rowCount = model.columnCount(index), model.rowCount(index)
573        if not index.isValid():
574            text = '<table>\n<tr>' + ''.join('<th>%s</th>' % model.headerData(i, Qt.Horizontal, Qt.DisplayRole).toString() for i in range(columnCount)) +'</tr>\n'
575        else:
576#            variant = model.data(index, Qt.DisplayRole)
577#            text = '<table' + (' caption="%s"' % variant.toString() if variant.isValid() else '') + '>\n'
578            pass
579        text += ''.join('<tr>' + ''.join('<td>' + reportItemModel(view, model, model.index(row, column, index)) + '</td>' for column in range(columnCount)) + '</tr>\n' for row in range(rowCount) if not view.isRowHidden(row, index))
580        text += '</table>'
581        return text
582    else:
583        variant = model.data(index, Qt.DisplayRole)
584        return str(variant.toString()) if variant.isValid() else ""
585
586
587
588if __name__ == "__main__": 
589    import cProfile
590
591    app = QApplication(sys.argv)
592    w = OWSetEnrichment()
593    w.updateHierarchy()
594    data = orange.ExampleTable("yeast-class-RPR.tab")
595#    data = orange.ExampleTable("../human")
596#    print cProfile.runctx("w.setData(data)", globals(), locals())
597    w.setData(data)
598    w.show()
599    app.exec_()
600    w.saveSettings()
601
602
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.