source: orange-bioinformatics/_bioinformatics/widgets/OWSetEnrichment.py @ 1726:6778e0225b86

Revision 1726:6778e0225b86, 26.9 KB checked in by Ales Erjavec <ales.erjavec@…>, 17 months ago (diff)

Added new icons by Peter Cuhalev and replaced existing ones with expanded paths.

Line 
1"""<name>Gene Set Enrichment</name>
2<icon>icons/GeneSetEnrichment.svg</icon>
3"""
4
5from __future__ import absolute_import, with_statement
6
7import math
8from collections import defaultdict
9
10from Orange.orng import orngEnviron, orngServerFiles
11from Orange.orng.orngDataCaching import data_hints
12from Orange.OrangeWidgets import OWGUI
13from Orange.OrangeWidgets.OWGUI import LinkStyledItemDelegate, LinkRole
14from Orange.OrangeWidgets.OWGUI import BarItemDelegate
15from Orange.OrangeWidgets.OWWidget import *
16
17from .. import obiGene, obiGeneSets, obiProb, obiTaxonomy
18
19def _toPyObject(variant):
20    val = variant.toPyObject()
21    if isinstance(val, type(NotImplemented)): # PyQt 4.4 converts python int, floats ... to C types
22        qtype = variant.type()
23        if qtype == QVariant.Double:
24            val, ok = variant.toDouble()
25        elif qtype == QVariant.Int:
26            val, ok = variant.toInt()
27        elif qtype == QVariant.LongLong:
28            val, ok = variant.toLongLong()
29        elif qtype == QVariant.String:
30            val = variant.toString()
31    return val
32
33class MyTreeWidget(QTreeWidget):
34    def paintEvent(self, event):
35        QTreeWidget.paintEvent(self, event)
36        if getattr(self, "_userMessage", None):
37            painter = QPainter(self.viewport())
38            font = QFont(self.font())
39            font.setPointSize(15)
40            painter.setFont(font)
41            painter.drawText(self.viewport().geometry(), Qt.AlignCenter, self._userMessage)
42            painter.end()
43           
44class MyTreeWidgetItem(QTreeWidgetItem):
45    def __lt__(self, other):
46        if not self.treeWidget():
47            return id(self) < id(other)
48        column = self.treeWidget().sortColumn()
49        lhs = _toPyObject(self.data(column, Qt.DisplayRole))
50        rhs = _toPyObject(other.data(column, Qt.DisplayRole))
51        return lhs < rhs
52   
53def name_or_none(id):
54    """Return organism name for ncbi taxid or None if not found.
55    """
56    try:
57        return obiTaxonomy.name(id)
58    except obiTaxonomy.UnknownSpeciesIdentifier:
59        return None
60           
61class OWSetEnrichment(OWWidget):
62    settingsList = ["speciesIndex", "genesinrows", "geneattr", "categoriesCheckState"]
63    contextHandlers = {"":DomainContextHandler("", ["speciesIndex", "genesinrows", "geneattr", "categoriesCheckState"])}
64   
65    def __init__(self, parent=None, signalManager=None, name="Gene Set Enrichment Analysis", **kwargs):
66        OWWidget.__init__(self, parent, signalManager, name, **kwargs)
67        self.inputs = [("Example Table", ExampleTable, self.setData, Default), ("Reference", ExampleTable, self.setReference)]
68        self.outputs = [("Selected Examples", ExampleTable)]
69       
70        self.speciesIndex = 0
71        self.genesinrows = False
72        self.geneattr = 0
73        self.geneMatcherSettings = [False, False, True, False]
74        self.useReferenceData = False
75        self.useMinCountFilter = True
76        self.useMaxPValFilter = True
77        self.minClusterCount = 0
78        self.maxPValue = 0.01
79       
80        self.useFDR = True
81       
82        self.categoriesCheckState = {}
83       
84        self.loadSettings()
85       
86        self.signalManager.freeze(self).push()
87        QTimer.singleShot(50, self.updateHierarchy)
88       
89        box = OWGUI.widgetBox(self.controlArea, "Info")
90        self.infoBox = OWGUI.widgetLabel(box, "Info")
91        self.infoBox.setText("No data on input")
92       
93        self.speciesComboBox = OWGUI.comboBox(self.controlArea, self,
94                      "speciesIndex", "Species",
95                      callback=lambda :self.data and self.updateAnnotations(),
96                      debuggingEnabled=0)
97       
98        box = OWGUI.widgetBox(self.controlArea, "Gene names")
99        self.geneAttrComboBox = OWGUI.comboBox(box, self, "geneattr",
100                                "Gene attribute",
101                                sendSelectedValue=0,
102                                callback=self.updateAnnotations)
103       
104        cb = OWGUI.checkBox(box, self, "genesinrows", "Use attribute names",
105                            callback=lambda :self.data and self.updateAnnotations(),
106                            disables=[(-1, self.geneAttrComboBox)])
107        cb.makeConsistent()
108       
109        OWGUI.button(box, self, "Gene matcher settings",
110                     callback=self.updateGeneMatcherSettings,
111                     tooltip="Open gene matching settings dialog",
112                     debuggingEnabled=0)
113       
114        self.referenceRadioBox = OWGUI.radioButtonsInBox(self.controlArea,
115                    self, "useReferenceData", ["Entire genome", "Reference set (input)"],
116                    tooltips=["Use entire genome for reference",
117                              "Use genes from Referece Examples input signal as reference"],
118                    box="Reference", callback=self.updateAnnotations)
119       
120        box = OWGUI.widgetBox(self.controlArea, "Annotation Summary")
121        self.groupsWidget = QTreeWidget(self)
122        self.groupsWidget.setHeaderLabels(["Category"])
123        box.layout().addWidget(self.groupsWidget)
124
125        hLayout = QHBoxLayout()
126        hLayout.setSpacing(10)
127        hWidget = OWGUI.widgetBox(self.mainArea, orientation=hLayout)
128        sb, sbcb = OWGUI.spin(hWidget, self, "minClusterCount",
129                              0, 100, label="Min. Count",
130                              tooltip="Minimum gene count",
131                              callback=self.filterAnnotationsChartView,
132                              callbackOnReturn=True,
133                              checked="useMinCountFilter",
134                              checkCallback=self.filterAnnotationsChartView)
135       
136        dsp, dspcb = OWGUI.doubleSpin(hWidget, self,
137                        "maxPValue", 0.0, 1.0, 0.0001,
138                        label="Max. P-Value",
139                        tooltip="Maximum (FDR corrected) P-Value",
140                        callback=self.filterAnnotationsChartView,
141                        callbackOnReturn=True,
142                        checked="useMaxPValFilter",
143                        checkCallback=self.filterAnnotationsChartView)
144       
145        from Orange.OrangeWidgets import OWGUIEx
146        self.filterLineEdit = OWGUIEx.QLineEditWithActions(self)
147        self.filterLineEdit.setPlaceholderText("Filter ...")
148        action = QAction(QIcon(os.path.join(orngEnviron.canvasDir,
149                        "icons", "delete_gray.png")), "Clear", self)
150       
151        self.filterLineEdit.addAction(action, 0, Qt.AlignHCenter)
152        self.connect(action, SIGNAL("triggered()"), self.filterLineEdit.clear)
153       
154        self.filterCompleter = QCompleter(self.filterLineEdit)
155        self.filterCompleter.setCaseSensitivity(Qt.CaseInsensitive)
156        self.filterLineEdit.setCompleter(self.filterCompleter)
157       
158        hLayout.addWidget(self.filterLineEdit)
159        self.mainArea.layout().addWidget(hWidget)
160       
161        self.connect(self.filterLineEdit, SIGNAL("textChanged(QString)"),
162                     self.filterAnnotationsChartView)
163       
164        self.annotationsChartView = MyTreeWidget(self)
165        self.annotationsChartView.setHeaderLabels(["Category", "Term",
166                            "Count", "Reference count", "P-Value", "Enrichment"])
167        self.annotationsChartView.setAlternatingRowColors(True)
168        self.annotationsChartView.setSortingEnabled(True)
169        self.annotationsChartView.setSelectionMode(QAbstractItemView.ExtendedSelection)
170        self.annotationsChartView.setRootIsDecorated(False)
171        self.annotationsChartView.viewport().setMouseTracking(True)
172#        self.annotationsChartView.viewport().setAttribute(Qt.WA_Hover)
173        self.mainArea.layout().addWidget(self.annotationsChartView)
174       
175        contextEventFilter = OWGUI.VisibleHeaderSectionContextEventFilter(self.annotationsChartView)
176        self.annotationsChartView.header().installEventFilter(contextEventFilter)
177       
178        self.taxid_list = []
179       
180        self.connect(self.groupsWidget, SIGNAL("itemClicked(QTreeWidgetItem *, int)"), self.subsetSelectionChanged)
181       
182        OWGUI.button(self.controlArea, self, "Commit", callback=self.commit)
183       
184        self.loadedGenematcher = "None"
185        self.referenceData = None
186        self.data = None
187       
188        self.treeItems = []
189       
190        self.resize(1024, 600)
191       
192        self.connect(self, SIGNAL("widgetStateChanged(QString, int, QString)"), self.onStateChange)
193       
194        self.updatingAnnotationsFlag = False
195       
196    def updateHierarchy(self):
197        try:
198            self.progressBarInit()
199            with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(self.progressBarSet):
200                all, local = obiGeneSets.list_all(), obiGeneSets.list_local()
201                organisms = set(obiTaxonomy.essential_taxids() + [t[1] for t in all])
202            self.progressBarFinished()
203           
204            organism_names = map(name_or_none, organisms)
205            organisms = [taxid for taxid, name in zip(organisms, organism_names) \
206                         if name is not None]
207           
208            self.taxid_list = list(organisms)
209            self.speciesComboBox.clear()
210            self.speciesComboBox.addItems([obiTaxonomy.name(id) for id in self.taxid_list])
211            self.genesets = all
212        finally:
213            self.signalManager.freeze(self).pop() #setFreeze(self.signalManager.freezing - 1)
214       
215    def setData(self, data=None):
216        self.data = data
217        self.error(0)
218        self.closeContext("")
219        self.geneAttrComboBox.clear()
220        self.groupsWidget.clear()
221        self.annotationsChartView.clear()
222       
223        if not getattr(self,"taxid_list", None):
224            QTimer.singleShot(100, lambda data=data: self.setData(data))
225            return 
226        if data:
227            self.geneAttrs = [attr for attr in data.domain.variables + data.domain.getmetas().values() \
228                              if attr.varType != orange.VarTypes.Continuous]
229           
230            self.geneAttrComboBox.addItems([attr.name for attr in self.geneAttrs])
231            self.geneattr = min(self.geneattr, len(self.geneAttrs) - 1)
232             
233            taxid = data_hints.get_hint(data, "taxid", "")
234            try:
235                self.speciesIndex = self.taxid_list.index(taxid)
236            except ValueError, ex:
237                pass
238            self.genesinrows = data_hints.get_hint(data, "genesinrows", self.genesinrows)
239           
240            self.openContext("", data)
241           
242#            print self.speciesIndex
243           
244            self.setHierarchy(self.getHierarchy(taxid=self.taxid_list[self.speciesIndex]))
245           
246            self.loadedGenematcher = "None"
247            self.updateAnnotations()
248           
249    def setReference(self, data=None):
250        self.referenceData = data
251        self.referenceRadioBox.setEnabled(bool(data))
252       
253    def getHierarchy(self, taxid):
254        def recursive_dict():
255            return defaultdict(recursive_dict)
256        collection = recursive_dict()
257       
258        def collect(col, hier):
259            if hier:
260                collect(col[hier[0]], hier[1:])
261               
262        for hierarchy, t_id, _ in self.genesets:
263            collect(collection[t_id], hierarchy)
264        return collection[taxid]
265       
266    def setHierarchy(self, hierarchy):
267        self.groupsWidgetItems = {}
268        def fill(col, parent, full=()):
269            for key, value in sorted(col.items()):
270                full_cat = full + (key,)
271                item = QTreeWidgetItem(parent, [key])
272                item.setFlags(item.flags() | Qt.ItemIsUserCheckable | Qt.ItemIsSelectable | Qt.ItemIsEnabled)
273                if value:
274                    item.setFlags(item.flags() | Qt.ItemIsTristate)
275                   
276                item.setData(0, Qt.CheckStateRole, QVariant(self.categoriesCheckState.get(full_cat, Qt.Checked)))
277                item.setExpanded(True)
278                item.category = full_cat
279                self.groupsWidgetItems[full_cat] = item
280                fill(value, item, full_cat)
281               
282        fill(hierarchy, self.groupsWidget)
283       
284#    def updateCategoryCounts(self):
285#        for cat, item in self.groupWidgetItem:
286#            item.setData(1, QVariant(), Qt.DisplayRole)
287       
288    def selectedCategories(self):
289        taxid = self.taxid_list[self.speciesIndex]
290        return [(key, taxid) for key, check in self.getHierarchyCheckState().items() if check == Qt.Checked]
291
292    def getHierarchyCheckState(self):
293        def collect(item, full=()):
294            checked = item.checkState(0)
295            name = str(item.data(0, Qt.DisplayRole).toString())
296            full_cat = full + (name,)
297            result = [(full_cat, checked)]
298            for i in range(item.childCount()):
299                result.extend(collect(item.child(i), full_cat))
300            return result
301           
302        items = [self.groupsWidget.topLevelItem(i) for i in range(self.groupsWidget.topLevelItemCount())]
303        states = reduce(list.__add__, [collect(item) for item in items], [])
304        return dict(states)
305           
306    def subsetSelectionChanged(self, item, column):
307        self.categoriesCheckState = self.getHierarchyCheckState()
308       
309        categories = self.selectedCategories()
310        if not set(categories) <= set(self.currentAnnotatedCategories):
311            self.updateAnnotations()
312        else:
313            self.filterAnnotationsChartView()
314       
315    def updateGeneMatcherSettings(self):
316        from .OWGOEnrichmentAnalysis import GeneMatcherDialog
317        dialog = GeneMatcherDialog(self, defaults=self.geneMatcherSettings, enabled=[True] * 4, modal=True)
318        if dialog.exec_():
319            self.geneMatcherSettings = [getattr(dialog, item[0]) for item in dialog.items]
320            self.loadedGenematcher = "None"
321            if self.data:
322                self.updateAnnotations()
323               
324    def updateGenematcher(self):
325        taxid = self.taxid_list[self.speciesIndex]
326        if taxid != self.loadedGenematcher:
327            self.progressBarInit()
328            call = self.asyncCall(obiGene.matcher, name="Gene Matcher", blocking=True, thread=self.thread())
329            call.connect(call, SIGNAL("progressChanged(float)"), self.progressBarSet)
330            with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(call.emitProgressChanged):
331#            with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(self.progressBarSet):
332                matchers = [obiGene.GMGO, obiGene.GMKEGG, obiGene.GMNCBI, obiGene.GMAffy]
333                if any(self.geneMatcherSettings):
334                    call.__call__([gm(taxid) for gm, use in zip(matchers, self.geneMatcherSettings) if use])
335                    self.genematcher = call.get_result()
336#                    self.genematcher = obiGene.matcher([gm(taxid) for gm, use in zip(matchers, self.geneMatcherSettings) if use])
337                else:
338                    self.genematcher = obiGene.GMDirect()
339#                self.genematcher.set_targets(self.referenceGenes())
340                self.loadedGenematcher = taxid
341            self.progressBarFinished()
342           
343    def genesFromExampleTable(self, table):
344        if self.genesinrows:
345            genes = [attr.name for attr in table.domain.attributes]
346        else:
347            geneattr = self.geneAttrs[self.geneattr]
348            genes = [str(ex[geneattr]) for ex in table]
349        return genes
350   
351    def clusterGenes(self):
352        return self.genesFromExampleTable(self.data)
353   
354    def referenceGenes(self):
355        if self.referenceData and self.useReferenceData:
356            return self.genesFromExampleTable(self.referenceData)
357        else:
358            taxid = self.taxid_list[self.speciesIndex]
359            call = self.asyncCall(obiGene.NCBIGeneInfo, (taxid,), name="Load reference genes", blocking=True, thread=self.thread())
360            call.connect(call, SIGNAL("progressChanged(float)"), self.progressBarSet)
361            with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(call.emitProgressChanged):
362                call.__call__()
363                return call.get_result()
364   
365    def _cached_name_lookup(self, func, cache):
366        def f(name, cache=cache):
367            if name not in cache:
368                cache[name] = func(name)
369            return cache[name]
370        return f
371   
372    def mapGeneNames(self, names, cache=None, passUnknown=False):
373        if cache is not None:
374            umatch = self._cached_name_lookup(self.genematcher.umatch, cache)
375        else:
376            umatch = self.genematcher.umatch
377        if passUnknown:
378            return [umatch(name) or name for name in names]
379#            return [(mapped_name or name, mapped_name is not None) for mapped_name, name in zip(mapped, names)]
380        return [n for n in [umatch(name) for name in names] if n is not None]
381   
382    def enrichment(self, geneset, cluster, reference, pval=obiProb.Hypergeometric(), cache=None):
383        genes = set(self.mapGeneNames(geneset.genes, cache, passUnknown=False))
384       
385        cmapped = genes.intersection(cluster)
386        rmapped = genes.intersection(reference)
387        return (cmapped, rmapped, pval.p_value(len(cmapped), len(reference), len(rmapped), len(cluster)), float(len(cmapped)) / (len(cluster) or 1) / (float(len(rmapped) or 1) / (len(reference) or 1))) # TODO: compute all statistics here
388   
389    def updateAnnotations(self):
390        self.updatingAnnotationsFlag = True
391        self.annotationsChartView.clear()
392        self.error([0, 1])
393        if not self.genesinrows and len(self.geneAttrs) == 0:
394            self.error(0, "Input data contains no attributes with gene names")
395            return
396       
397        self.progressBarInit()
398        self.updateGenematcher()
399        self.currentAnnotatedCategories = categories = self.selectedCategories()
400       
401        ## Load collections in a worker thread
402        call = self.asyncCall(obiGeneSets.collections, categories, name="Loading collections", blocking=True, thread=self.thread())
403        call.connect(call, SIGNAL("progressChanged(float)"), self.progressBarSet)
404        with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(call.emitProgressChanged):
405            call.__call__()
406            collections = list(call.get_result())
407           
408#        with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(self.progressBarSet):
409#            collections = list(obiGeneSets.collections(*categories))
410        clusterGenes, referenceGenes = self.clusterGenes(), self.referenceGenes()
411        cache = {}
412
413        self.genematcher.set_targets(referenceGenes)
414       
415        countAll = len(set(clusterGenes))
416        infoText = "%i unique gene names on input\n" % countAll
417        referenceGenes = set(self.mapGeneNames(referenceGenes, cache, passUnknown=False))
418        self.progressBarSet(1)
419        clusterGenes = set(self.mapGeneNames(clusterGenes, cache, passUnknown=False))
420        self.progressBarSet(2)
421        infoText += "%i (%.1f) gene names matched" % (len(clusterGenes), 100.0 * len(clusterGenes) / countAll)
422        self.infoBox.setText(infoText)
423       
424        results = []
425        from Orange.orng.orngMisc import progressBarMilestones
426       
427        milestones = progressBarMilestones(len(collections), 100)
428        for i, geneset in enumerate(collections):
429            results.append((geneset, self.enrichment(geneset, clusterGenes, referenceGenes, cache=cache)))
430            if i in milestones:
431                self.progressBarSet(100.0 * i / len(collections))
432               
433        if self.useFDR:
434            results = sorted(results, key=lambda a:a[1][2])
435            pvals = obiProb.FDR([pval for _, (_, _, pval, _) in results])
436            results = [(geneset, (cmapped, rmapped, pvals[i], es)) for i, (geneset, (cmapped, rmapped, _, es)) in enumerate(results)]
437       
438        fmt = lambda score, max_decimals=10: "%%.%if" % min(int(abs(math.log(max(score, 1e-10)))) + 2, max_decimals) if score > math.pow(10, -max_decimals) and score < 1 else "%.1f"
439        self.annotationsChartView.clear()
440       
441        maxCount = max([len(cm) for _, (cm, _, _, _) in results] + [1])
442        maxRefCount = max([len(rc) for _, (_, rc, _, _) in results] + [1])
443        countSpaces = int(math.ceil(math.log10(maxCount)))
444        refSpaces = int(math.ceil(math.log(maxRefCount)))
445        countFmt = "%"+str(countSpaces) + "s  (%.2f%%)"
446        refFmt = "%"+str(refSpaces) + "s  (%.2f%%)"
447           
448        self.filterCompleter.setModel(None)
449        linkFont = QFont(self.annotationsChartView.viewOptions().font)
450        linkFont.setUnderline(True)
451        self.treeItems = []
452        for i, (geneset, (cmapped, rmapped, p_val, enrichment)) in enumerate(results):
453            if len(cmapped) > 0:
454                item = MyTreeWidgetItem(self.annotationsChartView, [" ".join(geneset.hierarchy), geneset.name])
455                item.setData(2, Qt.DisplayRole, QVariant(countFmt % (len(cmapped), 100.0*len(cmapped)/countAll)))
456                item.setData(2, Qt.ToolTipRole, QVariant(len(cmapped))) # For filtering
457                item.setData(3, Qt.DisplayRole, QVariant(refFmt % (len(rmapped), 100.0*len(rmapped)/len(referenceGenes))))
458                item.setData(4, Qt.DisplayRole, QVariant(p_val))
459                item.setData(5, Qt.DisplayRole, QVariant(enrichment))
460                item.setData(5, Qt.ToolTipRole, QVariant("%.3f" % enrichment))
461                item.geneset= geneset
462                self.treeItems.append(item)
463                if geneset.link:
464                    item.setData(1, LinkRole, QVariant(geneset.link))
465                    item.setToolTip(1, geneset.link)
466                    item.setFont(1, linkFont)
467                    item.setForeground(1, QColor(Qt.blue))
468                   
469        if not self.treeItems:
470            self.warning(0, "No enriched sets found.")
471        else:
472            self.warning(0)
473               
474        replace = lambda s:s.replace(",", " ").replace("(", " ").replace(")", " ")
475        self._completerModel = completerModel = QStringListModel(sorted(reduce(set.union, [[geneset.name] + replace(geneset.name).split() for geneset, (c, _, _, _) in results if c], set())))
476        self.filterCompleter.setModel(completerModel)
477       
478        self.annotationsChartView.setItemDelegateForColumn(5, BarItemDelegate(self, scale=(0.0, max(t[1][3] for t in results))))
479        self.annotationsChartView.setItemDelegateForColumn(1, LinkStyledItemDelegate(self.annotationsChartView))
480               
481        for i in range(self.annotationsChartView.columnCount()):
482            self.annotationsChartView.resizeColumnToContents(i)
483           
484        self.annotationsChartView.setColumnWidth(1, min(self.annotationsChartView.columnWidth(1), 300))
485        self.progressBarFinished()
486        QTimer.singleShot(10, self.filterAnnotationsChartView)
487        self.updatingAnnotationsFlag = False
488   
489    def filterAnnotationsChartView(self, filterString=""):
490        if self.updatingAnnotationsFlag:
491            return
492        categories = set(" ".join(cat) for cat, taxid in self.selectedCategories())
493        filterString = str(self.filterLineEdit.text()).lower()
494        itemsHidden = []
495        for item in self.treeItems:
496            item_cat = str(item.data(0, Qt.EditRole).toString())
497            count, pval = _toPyObject(item.data(2, Qt.ToolTipRole)), _toPyObject(item.data(4, Qt.DisplayRole))
498            geneset = item.geneset.name.lower()
499            hidden = item_cat not in categories or (self.useMinCountFilter and count < self.minClusterCount) or \
500                     (self.useMaxPValFilter and pval > self.maxPValue) or filterString not in geneset
501            item.setHidden(hidden)
502            itemsHidden.append(hidden)
503           
504        if self.treeItems and all(itemsHidden):
505            self.information(0, "All sets were filtered out.")
506        else:
507            self.information(0)
508           
509       
510    def commit(self):
511        selected = self.annotationsChartView.selectedItems()
512        genesets = [item.geneset for item in selected]
513        cache = {}
514        mappedNames = set(self.mapGeneNames(reduce(set.union, [geneset.genes for geneset in genesets], set()), cache))
515        if self.genesinrows:
516            mapped = [attr for attr in self.data.domain.attributes if self.genematcher.umatch(attr.name) in mappedNames]
517            newdomain = orange.Domain(mapped, self.data.domain.classVar)
518            newdomain.addmetas(self.data.domain.getmetas())
519            data = orange.ExampleTable(newdomain, self.data)
520        else:
521            geneattr = self.geneAttrs[self.geneattr]
522            selected = [1 if self.genematcher.umatch(str(ex[geneattr])) in mappedNames else 0 for ex in self.data]               
523            data = self.data.select(selected)
524           
525#            if self.appendAnnotations:
526#                meta = orange.StringVariable("Annotations")
527#                data.domain.addmeta(orange.newmetaid(), meta)
528#                for ex in data:
529#                    geneattr = self.geneAttrs[self.geneattr]
530#                    gene = str(ex[geneattr])
531#                    annotations = getgene
532       
533        self.send("Selected Examples", data)
534       
535    def sendReport(self):
536        self.reportSettings("Settings", [("Organism", obiTaxonomy.name(self.taxid_list[self.speciesIndex]))])
537        self.reportSettings("Filter", [("Min cluster size", self.minClusterCount if self.useMinCountFilter else 0),
538                                       ("Max p-value", self.maxPValue if self.useMaxPValFilter else 1.0)])
539   
540        self.reportSubsection("Annotations")
541        self.reportRaw(reportItemView(self.annotationsChartView))
542       
543    def onStateChange(self, stateType, id, text):
544        if stateType == "Warning" or stateType == "Info":
545            self.annotationsChartView._userMessage = text
546            self.annotationsChartView.viewport().update()
547       
548       
549def reportItemView(view):
550    model = view.model()
551    return reportItemModel(view, model)
552   
553def reportItemModel(view, model, index=QModelIndex()):
554    if not index.isValid() or model.hasChildren(index):
555        columnCount, rowCount = model.columnCount(index), model.rowCount(index)
556        if not index.isValid():
557            text = '<table>\n<tr>' + ''.join('<th>%s</th>' % model.headerData(i, Qt.Horizontal, Qt.DisplayRole).toString() for i in range(columnCount)) +'</tr>\n'
558        else:
559#            variant = model.data(index, Qt.DisplayRole)
560#            text = '<table' + (' caption="%s"' % variant.toString() if variant.isValid() else '') + '>\n'
561            pass
562        text += ''.join('<tr>' + ''.join('<td>' + reportItemModel(view, model, model.index(row, column, index)) + '</td>' for column in range(columnCount)) + '</tr>\n' for row in range(rowCount) if not view.isRowHidden(row, index))
563        text += '</table>'
564        return text
565    else:
566        variant = model.data(index, Qt.DisplayRole)
567        return str(variant.toString()) if variant.isValid() else ""
568
569   
570if __name__ == "__main__":
571    import cProfile
572   
573    app = QApplication(sys.argv)
574    w = OWSetEnrichment()
575    w.updateHierarchy()
576    data = orange.ExampleTable("../../../doc/datasets/brown-selected")
577#    data = orange.ExampleTable("../human")
578#    print cProfile.runctx("w.setData(data)", globals(), locals())
579    w.setData(data)
580    w.show()
581    app.exec_()
582    w.saveSettings()
583   
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.