source: orange-bioinformatics/_bioinformatics/widgets/prototypes/OWCustomSets.py @ 1814:c7d693f650af

Revision 1814:c7d693f650af, 7.0 KB checked in by Flashpoint <vid.flashpoint@…>, 11 months ago (diff)

Added a genesets statistics function to obiGeneSets.py. Added additional columns in OWCustomSets.py

Line 
1"""
2<name>Custom Gene Sets</name>
3<description>Manage custom geneset files</description>
4<icon></icon>
5<contact>Vid Jelen (vid.jelen1@gmail.com)</contact>
6"""
7import os
8from StringIO import StringIO
9
10import Orange
11import cPickle as pickle
12
13from OWWidget import *
14import OWGUI
15
16from Orange.bio.obiGeneSets import loadGMT, list_local, register, local_path, remove_local, modification_date, getGenesetsStats
17
18class standard_icons(object):
19    def __init__(self, qwidget=None, style=None):
20        self.qwidget = qwidget
21        if qwidget is None:
22            self.style = QApplication.instance().style()
23        else:
24            self.style = qwidget.style()
25
26    @property
27    def dir_open_icon(self):
28        return self.style.standardIcon(QStyle.SP_DirOpenIcon)
29
30    @property
31    def reload_icon(self):
32        return self.style.standardIcon(QStyle.SP_BrowserReload)
33
34
35class OWCustomSets(OWWidget):
36    settingsList = ["recent_files"]
37
38    def __init__(self, parent=None, signalManager=None,
39                 title="Custom Geneset File (*.gmt) Manager"):
40        OWWidget.__init__(self, parent, signalManager, title,
41                          wantMainArea=True)
42
43        self.inputs = []
44        self.outputs = []
45        self.new_geneset = set()
46
47        # List of recent opened files.
48        self.recent_files = []
49        self.loadSettings()
50        self.recent_files = filter(os.path.exists, self.recent_files)
51
52        layout = QHBoxLayout()
53        box = OWGUI.widgetBox(self.controlArea, "File", orientation=layout)
54
55        icons = standard_icons(self)
56
57        self.recent_combo = QComboBox(self, objectName="recent_combo",
58                                      toolTip="Recent files",
59                                      activated=self.on_select_recent)
60        self.recent_combo.addItems([os.path.basename(p) \
61                                    for p in self.recent_files])
62
63        self.browse_button = QPushButton("...", icon=icons.dir_open_icon,
64                                         toolTip="Browse filesystem",
65                                         clicked=self.on_open_dialog)
66
67        layout.addWidget(self.recent_combo, 2)
68        layout.addWidget(self.browse_button)
69       
70        # The preview field
71        form = QFormLayout()
72       
73        box = OWGUI.widgetBox(self.controlArea, "Preview")
74        self.preview_view = QPlainTextEdit()
75        self.preview_view.setReadOnly(True)
76        self.preview_view.setWordWrapMode(0)
77
78        box.layout().addWidget(self.preview_view)
79
80        OWGUI.button(self.controlArea, self, "Import", callback=self.import_data)
81
82        # The geneset table
83        ma = self.mainArea
84
85        self.listView = QTreeWidget(ma)
86        ma.layout().addWidget(self.listView)
87        self.listView.setAllColumnsShowFocus(1)
88        self.listView.setColumnCount(5)
89        self.listView.setHeaderLabels(["Name", "Gene Sets", "Unique Genes", "Average no. of Genes/Geneset", "Import time"])
90
91        self.listView.header().setStretchLastSection(True)
92        self.listView.header().setClickable(True)
93        self.listView.header().setSortIndicatorShown(True)
94        self.listView.setSortingEnabled(True)
95
96        self.listView.setSelectionMode(QAbstractItemView.SingleSelection)
97        self.listView.setSelectionBehavior(QAbstractItemView.SelectRows)
98
99        self.populate_table()
100
101        OWGUI.button(self.controlArea, self, "Delete", callback=self.delete_data)
102
103        self.selected_file = None 
104
105        self.resize(450, 500)
106        if self.recent_files:
107            QTimer.singleShot(1,
108                    lambda: self.set_selected_file(self.recent_files[0])
109                    )
110
111    def populate_table(self):
112        self.listView.clear()
113        for geneset in os.listdir(local_path()):
114            item = QTreeWidgetItem(self.listView)
115            name = geneset[geneset.index("_._")+3:geneset.index(".gmt")+4]
116            the_file = os.path.join(local_path(), geneset)
117            mod_time = str(modification_date(the_file))
118            sets = pickle.load(open(the_file, "rb"))
119            stats = getGenesetsStats(sets)
120            item.setText(0, name)
121            item.setText(1, str(stats[0]))
122            item.setText(2, str(stats[1]))
123            item.setText(3, str(stats[2]))
124            item.setText(4, mod_time[:mod_time.rfind(".")])
125
126        print list_local()
127
128    def on_select_recent(self, recent):
129        if isinstance(recent, int):
130            recent = self.recent_files[recent]
131
132        self.set_selected_file(recent)
133
134    def on_open_dialog(self):
135        last = os.path.expanduser("~/Documents")
136        path = QFileDialog.getOpenFileName(self, "Open File","" ,"geneset file *.gmt (*.gmt);;All files (*)", last)
137        path = unicode(path)
138        if path:
139            self.set_selected_file(path)
140
141    def on_reload_file(self):
142        if self.recent_files:
143            self.set_selected_file(self.recent_files[0])
144
145    def set_selected_file(self, filename):
146        basedir, name = os.path.split(filename)
147        self.selected_file = filename
148        self.genesetname = name
149        index_to_remove = None
150        if filename in self.recent_files:
151            index_to_remove = self.recent_files.index(filename)
152        elif self.recent_combo.count() > 6:
153            # Always keep 6 latest files in the list.
154            index_to_remove = self.recent_combo.count() - 1
155        self.recent_combo.insertItem(0, name)
156        self.recent_combo.setCurrentIndex(0)
157        self.recent_files.insert(0, filename)
158
159        if index_to_remove is not None:
160            self.recent_combo.removeItem(index_to_remove + 1)
161            self.recent_files.pop(index_to_remove + 1)
162 
163        self.update_preview()
164   
165    def update_preview(self):
166        try:
167            text = open(self.selected_file).read()
168            self.preview_view.setPlainText(text)
169        except:
170            text = None
171           
172    def import_data(self):   
173        self.error(0)     
174        if self.selected_file:
175            try:
176                self.new_geneset = loadGMT(open(self.selected_file, "rt").read(), self.genesetname)
177                geneset_split = self.new_geneset.split_by_hierarchy()
178                for geneset in geneset_split:
179                    register(geneset)
180                self.populate_table()
181            except Exception, ex:
182                self.error(0, "An error occurred while "
183                              "loading the file:\n\t%r" % self.selected_file
184                              )   
185
186    def delete_data(self):   
187        self.error(0)
188        if self.listView.selectedItems():
189            try:
190                unwantedGeneset = str(self.listView.selectedItems()[0].text(0))
191                remove_local(unwantedGeneset)
192                self.populate_table()
193            except Exception, ex:
194                self.error(0, "An error occurred while "
195                              "deleting the file:\n\t%r" % unwantedGeneset
196                              )   
197       
198if __name__ == "__main__":
199    import sys
200    app = QApplication(sys.argv)
201    w = OWCustomSets()
202    w.show()
203    app.exec_()
204    w.saveSettings()
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.