source: orange-bioinformatics/_bioinformatics/widgets/prototypes/OWCustomSets.py @ 1817:157e69dfa030

Revision 1817:157e69dfa030, 8.3 KB checked in by Flashpoint <vid.flashpoint@…>, 11 months ago (diff)

The opened files are now directly imported as custom genesets in OWCustomSets.py

Line 
1"""
2<name>Custom Gene Sets</name>
3<description>Manage custom geneset files</description>
4<icon></icon>
5<contact>Vid Jelen (vid.jelen1@gmail.com)</contact>
6"""
7import os
8from StringIO import StringIO
9
10import Orange
11import cPickle as pickle
12
13from OWWidget import *
14import OWGUI
15
16from Orange.bio.obiGeneSets import loadGMT, list_local, register, local_path, remove_local, modification_date, getGenesetsStats
17
18class standard_icons(object):
19    def __init__(self, qwidget=None, style=None):
20        self.qwidget = qwidget
21        if qwidget is None:
22            self.style = QApplication.instance().style()
23        else:
24            self.style = qwidget.style()
25
26    @property
27    def dir_open_icon(self):
28        return self.style.standardIcon(QStyle.SP_DirOpenIcon)
29
30    @property
31    def reload_icon(self):
32        return self.style.standardIcon(QStyle.SP_BrowserReload)
33
34
35class OWCustomSets(OWWidget):
36
37    def __init__(self, parent=None, signalManager=None,
38                 title="Custom Geneset File (*.gmt) Manager"):
39        OWWidget.__init__(self, parent, signalManager, title,
40                          wantMainArea=True)
41
42        self.inputs = []
43        self.outputs = []
44        self.new_geneset = set()
45        self.selected_file = "" 
46
47        # List of recent opened files.
48        self.recent_files = []
49        self.loadSettings()
50        self.recent_files = filter(os.path.exists, self.recent_files)
51
52        layout = QHBoxLayout()
53        box = OWGUI.widgetBox(self.controlArea, "File", orientation=layout)
54
55        icons = standard_icons(self)
56
57        self.recent_combo = QComboBox(self, objectName="recent_combo",
58                                      toolTip="Recent files",
59                                      activated=self.on_select_recent)
60        self.recent_combo.addItems([os.path.basename(p) \
61                                    for p in self.recent_files])
62
63        self.browse_button = QPushButton("...", icon=icons.dir_open_icon,
64                                         toolTip="Browse filesystem",
65                                         clicked=self.on_open_dialog)
66
67        layout.addWidget(self.recent_combo, 2)
68        layout.addWidget(self.browse_button)
69       
70        # The preview field       
71        box = OWGUI.widgetBox(self.controlArea, "Preview")
72        self.preview_view = QPlainTextEdit()
73        self.preview_view.setReadOnly(True)
74        self.preview_view.setWordWrapMode(0)
75
76        box.layout().addWidget(self.preview_view)
77       
78        # The geneset table
79        ma = self.mainArea
80
81        self.listView = QTreeWidget(ma)
82        ma.layout().addWidget(self.listView)
83        self.listView.setAllColumnsShowFocus(1)
84        self.listView.setColumnCount(2)
85        self.listView.setHeaderLabels(["Name", "Import time"])
86
87        self.listView.header().setStretchLastSection(True)
88        self.listView.header().setClickable(True)
89        self.listView.header().setSortIndicatorShown(True)
90        self.listView.setSortingEnabled(True)
91
92        self.listView.setSelectionMode(QAbstractItemView.SingleSelection)
93        self.listView.setSelectionBehavior(QAbstractItemView.SelectRows)
94
95        self.populate_table()
96
97        self.resize(800, 500)
98        if self.recent_files:
99            QTimer.singleShot(1,
100                    lambda: self.set_selected_file(self.recent_files[0])
101                    )
102
103        #Data Set info bar
104        info_box = OWGUI.widgetBox(self.controlArea, "Info")
105        self.info = OWGUI.widgetLabel(info_box, "No gene set selected")
106        self.connect(self.listView, SIGNAL("itemSelectionChanged()"), self.selection)
107        self.connect(self.listView, SIGNAL("itemSelectionChanged()"), self.update_preview)
108
109        info_box.layout().addWidget(self.info)       
110       
111        OWGUI.button(self.controlArea, self, "Delete", callback=self.delete_data)
112
113    def selection(self): 
114        if self.listView.selectedItems():
115            self.info.clear()
116            name = self.listView.selectedItems()[0].text(0)           
117            for geneset in os.listdir(local_path()):
118                if geneset.__contains__(str(name)):
119                    the_file = os.path.join(local_path(), geneset) 
120                    sets = pickle.load(open(the_file, "rb"))
121                    stats = getGenesetsStats(sets)
122                    num_sets, uniq_genes, avg_genes = str(stats[0]), str(stats[1]), str(stats[2])
123                    break
124            self.info.setText("Gene Sets: %d\nUnique Genes: %d\nAverage no. of Genes/Gene Set: %d" % (int(num_sets), int(uniq_genes), int(avg_genes)))
125        else:
126            self.info.setText("No gene set selected")
127
128
129    def populate_table(self):
130        self.listView.clear()
131        for geneset in os.listdir(local_path()):
132            item = QTreeWidgetItem(self.listView)
133            name = geneset[geneset.index("_._")+3:geneset.index(".gmt")+4]
134            the_file = os.path.join(local_path(), geneset)
135            mod_time = str(modification_date(the_file))
136            item.setText(0, name)
137            item.setText(1, mod_time[:mod_time.rfind(".")])
138
139    def on_select_recent(self, recent):
140        if isinstance(recent, int):
141            recent = self.recent_files[recent]
142
143        self.set_selected_file(recent)
144
145    def on_open_dialog(self):
146        last = os.path.expanduser("~/Documents")
147        path = QFileDialog.getOpenFileName(self, "Open File","" ,"geneset file *.gmt (*.gmt);;All files (*)", last)
148        path = unicode(path)
149        if path:
150            self.set_selected_file(path)
151
152    def set_selected_file(self, filename):
153        basedir, name = os.path.split(filename)
154        self.selected_file = filename
155        self.genesetname = name
156        index_to_remove = None
157        if filename in self.recent_files:
158            index_to_remove = self.recent_files.index(filename)
159        elif self.recent_combo.count() > 6:
160            # Always keep 6 latest files in the list.
161            index_to_remove = self.recent_combo.count() - 1
162        self.recent_combo.insertItem(0, name)
163        self.recent_combo.setCurrentIndex(0)
164        self.recent_files.insert(0, filename)
165
166        if index_to_remove is not None:
167            self.recent_combo.removeItem(index_to_remove + 1)
168            self.recent_files.pop(index_to_remove + 1)
169           
170        self.import_data()
171                                                                   
172    def update_preview(self):
173        if self.listView.selectedItems():
174            final_text = ""
175            self.preview_view.clear()
176            name = self.listView.selectedItems()[0].text(0)           
177            for geneset in os.listdir(local_path()):
178                if geneset.__contains__(str(name)):
179                    the_file = os.path.join(local_path(), geneset) 
180                    sets = pickle.load(open(the_file, "rb"))
181                    break
182            for geneset in sets:
183                final_text += geneset.id + " (%d genes)\n" % len(geneset.genes)
184                final_text += ", ".join([geneset.genes.pop() for i in range(5)]) + ", ...\n\n"
185            final_text += "..."
186            self.preview_view.setPlainText(final_text)
187        else:
188            self.preview_view.clear()
189
190    def import_data(self):   
191        self.error(0)     
192        if self.selected_file:
193            try:
194                self.new_geneset = loadGMT(open(self.selected_file, "rt").read(), self.genesetname)
195                geneset_split = self.new_geneset.split_by_hierarchy()
196                for geneset in geneset_split:
197                    register(geneset)
198                self.populate_table()
199            except Exception, ex:
200                self.error(0, "An error occurred while "
201                              "loading the file:\n\t%r" % self.selected_file
202                              )   
203
204    def delete_data(self):   
205        self.error(0)
206        if self.listView.selectedItems():
207            try:
208                unwantedGeneset = str(self.listView.selectedItems()[0].text(0))
209                remove_local(unwantedGeneset)
210                self.populate_table()
211            except Exception, ex:
212                self.error(0, "An error occurred while "
213                              "deleting the file:\n\t%r" % unwantedGeneset
214                              )   
215       
216if __name__ == "__main__":
217    import sys
218    app = QApplication(sys.argv)
219    w = OWCustomSets()
220    w.show()
221    app.exec_()
222    w.saveSettings()
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.