source: orange-bioinformatics/orangecontrib/bio/widgets/OWSetEnrichment.py @ 1877:2a17616eb737

Revision 1877:2a17616eb737, 27.2 KB checked in by Ales Erjavec <ales.erjavec@…>, 6 months ago (diff)

Merged biolab/orange-bioinformatics into default

Fixed conflicts in orangecontrib/bio/widgets/OWSetEnrichment.py

RevLine 
[1478]1"""<name>Gene Set Enrichment</name>
[1726]2<icon>icons/GeneSetEnrichment.svg</icon>
[1478]3"""
4
[1632]5from __future__ import absolute_import, with_statement
[1478]6
7import math
8from collections import defaultdict
9
[1632]10from Orange.orng import orngEnviron, orngServerFiles
11from Orange.orng.orngDataCaching import data_hints
12from Orange.OrangeWidgets import OWGUI
13from Orange.OrangeWidgets.OWGUI import LinkStyledItemDelegate, LinkRole
14from Orange.OrangeWidgets.OWGUI import BarItemDelegate
15from Orange.OrangeWidgets.OWWidget import *
16
17from .. import obiGene, obiGeneSets, obiProb, obiTaxonomy
[1478]18
[1874]19NAME = "Gene Set Enrichment"
20DESCRIPTION = ""
21ICON = "icons/GeneSetEnrichment.svg"
22PRIORITY = 5000
23
24INPUTS = [("Data", Orange.data.Table, "setData", Default),
25          ("Reference", Orange.data.Table, "setReference")]
26OUTPUTS = [("Data subset", Orange.data.Table)]
27
28REPLACES = ["_bioinformatics.widgets.OWSetEnrichment.OWSetEnrichment"]
29
30
[1861]31def gsname(geneset):
32    return geneset.name if geneset.name else geneset.id
33
34
[1498]35def _toPyObject(variant):
36    val = variant.toPyObject()
37    if isinstance(val, type(NotImplemented)): # PyQt 4.4 converts python int, floats ... to C types
38        qtype = variant.type()
39        if qtype == QVariant.Double:
40            val, ok = variant.toDouble()
41        elif qtype == QVariant.Int:
42            val, ok = variant.toInt()
43        elif qtype == QVariant.LongLong:
44            val, ok = variant.toLongLong()
45        elif qtype == QVariant.String:
46            val = variant.toString()
47    return val
[1478]48
49class MyTreeWidget(QTreeWidget):
50    def paintEvent(self, event):
51        QTreeWidget.paintEvent(self, event)
52        if getattr(self, "_userMessage", None):
53            painter = QPainter(self.viewport())
54            font = QFont(self.font())
55            font.setPointSize(15)
56            painter.setFont(font)
57            painter.drawText(self.viewport().geometry(), Qt.AlignCenter, self._userMessage)
58            painter.end()
[1761]59
[1498]60class MyTreeWidgetItem(QTreeWidgetItem):
61    def __lt__(self, other):
62        if not self.treeWidget():
63            return id(self) < id(other)
64        column = self.treeWidget().sortColumn()
[1791]65        if column == 4:
66            lhs = _toPyObject(self.data(column, 42))
67            rhs = _toPyObject(other.data(column, 42))
68        else:
69            lhs = _toPyObject(self.data(column, Qt.DisplayRole))
70            rhs = _toPyObject(other.data(column, Qt.DisplayRole))
[1498]71        return lhs < rhs
[1761]72
[1574]73def name_or_none(id):
74    """Return organism name for ncbi taxid or None if not found.
75    """
76    try:
77        return obiTaxonomy.name(id)
78    except obiTaxonomy.UnknownSpeciesIdentifier:
79        return None
[1761]80
[1478]81class OWSetEnrichment(OWWidget):
82    settingsList = ["speciesIndex", "genesinrows", "geneattr", "categoriesCheckState"]
83    contextHandlers = {"":DomainContextHandler("", ["speciesIndex", "genesinrows", "geneattr", "categoriesCheckState"])}
[1761]84
[1498]85    def __init__(self, parent=None, signalManager=None, name="Gene Set Enrichment Analysis", **kwargs):
[1478]86        OWWidget.__init__(self, parent, signalManager, name, **kwargs)
[1810]87        self.inputs = [("Data", ExampleTable, self.setData, Default), ("Reference", ExampleTable, self.setReference)]
88        self.outputs = [("Data subset", ExampleTable)]
[1761]89
[1478]90        self.speciesIndex = 0
91        self.genesinrows = False
92        self.geneattr = 0
93        self.geneMatcherSettings = [False, False, True, False]
94        self.useReferenceData = False
95        self.useMinCountFilter = True
96        self.useMaxPValFilter = True
97        self.minClusterCount = 0
98        self.maxPValue = 0.01
[1761]99
[1478]100        self.useFDR = True
[1761]101
[1478]102        self.categoriesCheckState = {}
[1761]103
[1478]104        self.loadSettings()
[1761]105
[1748]106        if self.signalManager:
107            self.signalManager.freeze(self).push()
[1478]108        QTimer.singleShot(50, self.updateHierarchy)
[1761]109
[1478]110        box = OWGUI.widgetBox(self.controlArea, "Info")
111        self.infoBox = OWGUI.widgetLabel(box, "Info")
112        self.infoBox.setText("No data on input")
[1761]113
[1478]114        self.speciesComboBox = OWGUI.comboBox(self.controlArea, self,
115                      "speciesIndex", "Species",
[1827]116                      callback=lambda: self.data and self.updateAnnotations(),
[1478]117                      debuggingEnabled=0)
[1761]118
[1478]119        box = OWGUI.widgetBox(self.controlArea, "Gene names")
120        self.geneAttrComboBox = OWGUI.comboBox(box, self, "geneattr",
121                                "Gene attribute",
122                                sendSelectedValue=0,
123                                callback=self.updateAnnotations)
[1761]124
[1478]125        cb = OWGUI.checkBox(box, self, "genesinrows", "Use attribute names",
126                            callback=lambda :self.data and self.updateAnnotations(),
127                            disables=[(-1, self.geneAttrComboBox)])
128        cb.makeConsistent()
[1761]129
[1478]130        OWGUI.button(box, self, "Gene matcher settings",
131                     callback=self.updateGeneMatcherSettings,
132                     tooltip="Open gene matching settings dialog",
133                     debuggingEnabled=0)
[1761]134
[1478]135        self.referenceRadioBox = OWGUI.radioButtonsInBox(self.controlArea,
136                    self, "useReferenceData", ["Entire genome", "Reference set (input)"],
137                    tooltips=["Use entire genome for reference",
138                              "Use genes from Referece Examples input signal as reference"],
139                    box="Reference", callback=self.updateAnnotations)
[1761]140
141        box = OWGUI.widgetBox(self.controlArea, "Gene Sets")
[1478]142        self.groupsWidget = QTreeWidget(self)
143        self.groupsWidget.setHeaderLabels(["Category"])
144        box.layout().addWidget(self.groupsWidget)
145
146        hLayout = QHBoxLayout()
147        hLayout.setSpacing(10)
[1498]148        hWidget = OWGUI.widgetBox(self.mainArea, orientation=hLayout)
149        sb, sbcb = OWGUI.spin(hWidget, self, "minClusterCount",
[1761]150                              0, 100, label="Genes",
[1478]151                              tooltip="Minimum gene count",
152                              callback=self.filterAnnotationsChartView,
153                              callbackOnReturn=True,
154                              checked="useMinCountFilter",
155                              checkCallback=self.filterAnnotationsChartView)
[1761]156
[1498]157        dsp, dspcb = OWGUI.doubleSpin(hWidget, self,
[1478]158                        "maxPValue", 0.0, 1.0, 0.0001,
[1794]159                        label="FDR adjusted P-Value",
160                        tooltip="Maximum (FDR adjusted) P-Value",
[1478]161                        callback=self.filterAnnotationsChartView,
162                        callbackOnReturn=True,
163                        checked="useMaxPValFilter",
164                        checkCallback=self.filterAnnotationsChartView)
[1761]165
[1632]166        from Orange.OrangeWidgets import OWGUIEx
[1478]167        self.filterLineEdit = OWGUIEx.QLineEditWithActions(self)
168        self.filterLineEdit.setPlaceholderText("Filter ...")
169        action = QAction(QIcon(os.path.join(orngEnviron.canvasDir,
170                        "icons", "delete_gray.png")), "Clear", self)
[1761]171
[1478]172        self.filterLineEdit.addAction(action, 0, Qt.AlignHCenter)
173        self.connect(action, SIGNAL("triggered()"), self.filterLineEdit.clear)
[1761]174
[1478]175        self.filterCompleter = QCompleter(self.filterLineEdit)
176        self.filterCompleter.setCaseSensitivity(Qt.CaseInsensitive)
177        self.filterLineEdit.setCompleter(self.filterCompleter)
[1761]178
[1478]179        hLayout.addWidget(self.filterLineEdit)
[1498]180        self.mainArea.layout().addWidget(hWidget)
[1761]181
[1478]182        self.connect(self.filterLineEdit, SIGNAL("textChanged(QString)"),
183                     self.filterAnnotationsChartView)
[1761]184
[1478]185        self.annotationsChartView = MyTreeWidget(self)
186        self.annotationsChartView.setHeaderLabels(["Category", "Term",
187                            "Count", "Reference count", "P-Value", "Enrichment"])
188        self.annotationsChartView.setAlternatingRowColors(True)
189        self.annotationsChartView.setSortingEnabled(True)
190        self.annotationsChartView.setSelectionMode(QAbstractItemView.ExtendedSelection)
191        self.annotationsChartView.setRootIsDecorated(False)
192        self.annotationsChartView.viewport().setMouseTracking(True)
193#        self.annotationsChartView.viewport().setAttribute(Qt.WA_Hover)
194        self.mainArea.layout().addWidget(self.annotationsChartView)
[1761]195
[1478]196        contextEventFilter = OWGUI.VisibleHeaderSectionContextEventFilter(self.annotationsChartView)
197        self.annotationsChartView.header().installEventFilter(contextEventFilter)
[1761]198
[1478]199        self.taxid_list = []
[1761]200
[1478]201        self.connect(self.groupsWidget, SIGNAL("itemClicked(QTreeWidgetItem *, int)"), self.subsetSelectionChanged)
[1761]202
[1478]203        OWGUI.button(self.controlArea, self, "Commit", callback=self.commit)
[1761]204
[1478]205        self.loadedGenematcher = "None"
206        self.referenceData = None
207        self.data = None
[1761]208
[1478]209        self.treeItems = []
[1761]210
[1478]211        self.resize(1024, 600)
[1761]212
[1478]213        self.connect(self, SIGNAL("widgetStateChanged(QString, int, QString)"), self.onStateChange)
[1761]214
[1498]215        self.updatingAnnotationsFlag = False
[1761]216
[1478]217    def updateHierarchy(self):
218        try:
219            self.progressBarInit()
220            with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(self.progressBarSet):
221                all, local = obiGeneSets.list_all(), obiGeneSets.list_local()
[1809]222                organisms = set(obiTaxonomy.essential_taxids() + filter(None, [t[1] for t in all]))
[1478]223            self.progressBarFinished()
[1761]224
[1574]225            organism_names = map(name_or_none, organisms)
226            organisms = [taxid for taxid, name in zip(organisms, organism_names) \
227                         if name is not None]
[1761]228
[1478]229            self.taxid_list = list(organisms)
230            self.speciesComboBox.clear()
231            self.speciesComboBox.addItems([obiTaxonomy.name(id) for id in self.taxid_list])
232            self.genesets = all
233        finally:
[1748]234            if self.signalManager:
[1761]235                self.signalManager.freeze(self).pop() #setFreeze(self.signalManager.freezing - 1)
236
[1478]237    def setData(self, data=None):
238        self.data = data
239        self.error(0)
240        self.closeContext("")
241        self.geneAttrComboBox.clear()
242        self.groupsWidget.clear()
243        self.annotationsChartView.clear()
[1761]244
[1478]245        if not getattr(self,"taxid_list", None):
246            QTimer.singleShot(100, lambda data=data: self.setData(data))
[1761]247            return
[1478]248        if data:
249            self.geneAttrs = [attr for attr in data.domain.variables + data.domain.getmetas().values() \
250                              if attr.varType != orange.VarTypes.Continuous]
[1761]251
[1478]252            self.geneAttrComboBox.addItems([attr.name for attr in self.geneAttrs])
253            self.geneattr = min(self.geneattr, len(self.geneAttrs) - 1)
[1761]254
[1478]255            taxid = data_hints.get_hint(data, "taxid", "")
256            try:
257                self.speciesIndex = self.taxid_list.index(taxid)
258            except ValueError, ex:
259                pass
260            self.genesinrows = data_hints.get_hint(data, "genesinrows", self.genesinrows)
[1761]261
[1478]262            self.openContext("", data)
[1761]263
[1478]264#            print self.speciesIndex
[1761]265
[1861]266            self.setHierarchy(*self.getHierarchy(taxid=self.taxid_list[self.speciesIndex]))
[1761]267
[1478]268            self.loadedGenematcher = "None"
269            self.updateAnnotations()
[1761]270
[1478]271    def setReference(self, data=None):
272        self.referenceData = data
273        self.referenceRadioBox.setEnabled(bool(data))
[1761]274
[1478]275    def getHierarchy(self, taxid):
276        def recursive_dict():
277            return defaultdict(recursive_dict)
278        collection = recursive_dict()
[1761]279
[1478]280        def collect(col, hier):
281            if hier:
282                collect(col[hier[0]], hier[1:])
[1761]283
[1478]284        for hierarchy, t_id, _ in self.genesets:
285            collect(collection[t_id], hierarchy)
[1809]286
[1861]287        return (taxid, collection[taxid]), (None, collection[None])
[1761]288
[1861]289    def setHierarchy(self, hierarchy, hierarchy_noorg):
[1478]290        self.groupsWidgetItems = {}
[1861]291        def fill(col, parent, full=(), org=""):
[1478]292            for key, value in sorted(col.items()):
293                full_cat = full + (key,)
294                item = QTreeWidgetItem(parent, [key])
295                item.setFlags(item.flags() | Qt.ItemIsUserCheckable | Qt.ItemIsSelectable | Qt.ItemIsEnabled)
296                if value:
297                    item.setFlags(item.flags() | Qt.ItemIsTristate)
[1761]298
[1478]299                item.setData(0, Qt.CheckStateRole, QVariant(self.categoriesCheckState.get(full_cat, Qt.Checked)))
300                item.setExpanded(True)
301                item.category = full_cat
[1861]302                item.organism = org
[1478]303                self.groupsWidgetItems[full_cat] = item
[1861]304                fill(value, item, full_cat, org=org)
[1761]305
[1861]306        fill(hierarchy[1], self.groupsWidget, org=hierarchy[0])
307        fill(hierarchy_noorg[1], self.groupsWidget, org=hierarchy_noorg[0])
[1761]308
[1478]309#    def updateCategoryCounts(self):
310#        for cat, item in self.groupWidgetItem:
311#            item.setData(1, QVariant(), Qt.DisplayRole)
[1761]312
[1478]313    def selectedCategories(self):
[1861]314        return [(key, org) for (key, org), check in self.getHierarchyCheckState().items() if check == Qt.Checked]
[1478]315
316    def getHierarchyCheckState(self):
317        def collect(item, full=()):
318            checked = item.checkState(0)
319            name = str(item.data(0, Qt.DisplayRole).toString())
320            full_cat = full + (name,)
[1861]321            result = [((full_cat, item.organism), checked)]
[1478]322            for i in range(item.childCount()):
323                result.extend(collect(item.child(i), full_cat))
324            return result
[1761]325
[1478]326        items = [self.groupsWidget.topLevelItem(i) for i in range(self.groupsWidget.topLevelItemCount())]
327        states = reduce(list.__add__, [collect(item) for item in items], [])
328        return dict(states)
[1761]329
[1478]330    def subsetSelectionChanged(self, item, column):
[1861]331        #FIXME this should also recompute FDR
[1478]332        self.categoriesCheckState = self.getHierarchyCheckState()
333        categories = self.selectedCategories()
334        if not set(categories) <= set(self.currentAnnotatedCategories):
335            self.updateAnnotations()
336        else:
337            self.filterAnnotationsChartView()
[1761]338
[1478]339    def updateGeneMatcherSettings(self):
[1632]340        from .OWGOEnrichmentAnalysis import GeneMatcherDialog
[1478]341        dialog = GeneMatcherDialog(self, defaults=self.geneMatcherSettings, enabled=[True] * 4, modal=True)
342        if dialog.exec_():
343            self.geneMatcherSettings = [getattr(dialog, item[0]) for item in dialog.items]
344            self.loadedGenematcher = "None"
345            if self.data:
346                self.updateAnnotations()
[1761]347
[1478]348    def updateGenematcher(self):
349        taxid = self.taxid_list[self.speciesIndex]
350        if taxid != self.loadedGenematcher:
351            self.progressBarInit()
352            call = self.asyncCall(obiGene.matcher, name="Gene Matcher", blocking=True, thread=self.thread())
353            call.connect(call, SIGNAL("progressChanged(float)"), self.progressBarSet)
354            with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(call.emitProgressChanged):
355#            with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(self.progressBarSet):
356                matchers = [obiGene.GMGO, obiGene.GMKEGG, obiGene.GMNCBI, obiGene.GMAffy]
357                if any(self.geneMatcherSettings):
358                    call.__call__([gm(taxid) for gm, use in zip(matchers, self.geneMatcherSettings) if use])
359                    self.genematcher = call.get_result()
360#                    self.genematcher = obiGene.matcher([gm(taxid) for gm, use in zip(matchers, self.geneMatcherSettings) if use])
361                else:
362                    self.genematcher = obiGene.GMDirect()
363#                self.genematcher.set_targets(self.referenceGenes())
364                self.loadedGenematcher = taxid
365            self.progressBarFinished()
[1761]366
[1478]367    def genesFromExampleTable(self, table):
368        if self.genesinrows:
369            genes = [attr.name for attr in table.domain.attributes]
370        else:
371            geneattr = self.geneAttrs[self.geneattr]
372            genes = [str(ex[geneattr]) for ex in table]
373        return genes
[1761]374
[1478]375    def clusterGenes(self):
376        return self.genesFromExampleTable(self.data)
[1761]377
[1478]378    def referenceGenes(self):
379        if self.referenceData and self.useReferenceData:
380            return self.genesFromExampleTable(self.referenceData)
381        else:
382            taxid = self.taxid_list[self.speciesIndex]
383            call = self.asyncCall(obiGene.NCBIGeneInfo, (taxid,), name="Load reference genes", blocking=True, thread=self.thread())
384            call.connect(call, SIGNAL("progressChanged(float)"), self.progressBarSet)
385            with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(call.emitProgressChanged):
386                call.__call__()
387                return call.get_result()
[1761]388
[1478]389    def _cached_name_lookup(self, func, cache):
390        def f(name, cache=cache):
391            if name not in cache:
392                cache[name] = func(name)
393            return cache[name]
394        return f
[1761]395
[1478]396    def mapGeneNames(self, names, cache=None, passUnknown=False):
397        if cache is not None:
398            umatch = self._cached_name_lookup(self.genematcher.umatch, cache)
399        else:
400            umatch = self.genematcher.umatch
401        if passUnknown:
402            return [umatch(name) or name for name in names]
403#            return [(mapped_name or name, mapped_name is not None) for mapped_name, name in zip(mapped, names)]
404        return [n for n in [umatch(name) for name in names] if n is not None]
[1761]405
[1478]406    def enrichment(self, geneset, cluster, reference, pval=obiProb.Hypergeometric(), cache=None):
407        genes = set(self.mapGeneNames(geneset.genes, cache, passUnknown=False))
[1761]408
[1478]409        cmapped = genes.intersection(cluster)
410        rmapped = genes.intersection(reference)
411        return (cmapped, rmapped, pval.p_value(len(cmapped), len(reference), len(rmapped), len(cluster)), float(len(cmapped)) / (len(cluster) or 1) / (float(len(rmapped) or 1) / (len(reference) or 1))) # TODO: compute all statistics here
[1761]412
[1478]413    def updateAnnotations(self):
414        self.updatingAnnotationsFlag = True
415        self.annotationsChartView.clear()
416        self.error([0, 1])
417        if not self.genesinrows and len(self.geneAttrs) == 0:
418            self.error(0, "Input data contains no attributes with gene names")
419            return
[1761]420
[1804]421        self.updateGenematcher()
422
[1478]423        self.progressBarInit()
424        self.currentAnnotatedCategories = categories = self.selectedCategories()
[1761]425
[1478]426        ## Load collections in a worker thread
427        call = self.asyncCall(obiGeneSets.collections, categories, name="Loading collections", blocking=True, thread=self.thread())
428        call.connect(call, SIGNAL("progressChanged(float)"), self.progressBarSet)
429        with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(call.emitProgressChanged):
430            call.__call__()
431            collections = list(call.get_result())
[1761]432
[1478]433#        with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(self.progressBarSet):
[1761]434#            collections = list(obiGeneSets.collections(*categories))
[1478]435        clusterGenes, referenceGenes = self.clusterGenes(), self.referenceGenes()
436        cache = {}
437
438        self.genematcher.set_targets(referenceGenes)
[1761]439
[1478]440        countAll = len(set(clusterGenes))
441        infoText = "%i unique gene names on input\n" % countAll
442        referenceGenes = set(self.mapGeneNames(referenceGenes, cache, passUnknown=False))
443        self.progressBarSet(1)
444        clusterGenes = set(self.mapGeneNames(clusterGenes, cache, passUnknown=False))
445        self.progressBarSet(2)
446        infoText += "%i (%.1f) gene names matched" % (len(clusterGenes), 100.0 * len(clusterGenes) / countAll)
447        self.infoBox.setText(infoText)
[1761]448
[1478]449        results = []
[1632]450        from Orange.orng.orngMisc import progressBarMilestones
[1761]451
[1478]452        milestones = progressBarMilestones(len(collections), 100)
453        for i, geneset in enumerate(collections):
454            results.append((geneset, self.enrichment(geneset, clusterGenes, referenceGenes, cache=cache)))
455            if i in milestones:
456                self.progressBarSet(100.0 * i / len(collections))
[1761]457
[1478]458        if self.useFDR:
459            results = sorted(results, key=lambda a:a[1][2])
460            pvals = obiProb.FDR([pval for _, (_, _, pval, _) in results])
461            results = [(geneset, (cmapped, rmapped, pvals[i], es)) for i, (geneset, (cmapped, rmapped, _, es)) in enumerate(results)]
[1761]462
[1478]463        fmt = lambda score, max_decimals=10: "%%.%if" % min(int(abs(math.log(max(score, 1e-10)))) + 2, max_decimals) if score > math.pow(10, -max_decimals) and score < 1 else "%.1f"
464        self.annotationsChartView.clear()
[1761]465
[1478]466        maxCount = max([len(cm) for _, (cm, _, _, _) in results] + [1])
467        maxRefCount = max([len(rc) for _, (_, rc, _, _) in results] + [1])
468        countSpaces = int(math.ceil(math.log10(maxCount)))
[1761]469        #print maxRefCount
[1478]470        refSpaces = int(math.ceil(math.log(maxRefCount)))
471        countFmt = "%"+str(countSpaces) + "s  (%.2f%%)"
472        refFmt = "%"+str(refSpaces) + "s  (%.2f%%)"
[1761]473
[1478]474        self.filterCompleter.setModel(None)
475        linkFont = QFont(self.annotationsChartView.viewOptions().font)
476        linkFont.setUnderline(True)
477        self.treeItems = []
478        for i, (geneset, (cmapped, rmapped, p_val, enrichment)) in enumerate(results):
479            if len(cmapped) > 0:
[1861]480                item = MyTreeWidgetItem(self.annotationsChartView, [" ".join(geneset.hierarchy), gsname(geneset)])
[1478]481                item.setData(2, Qt.DisplayRole, QVariant(countFmt % (len(cmapped), 100.0*len(cmapped)/countAll)))
[1498]482                item.setData(2, Qt.ToolTipRole, QVariant(len(cmapped))) # For filtering
[1478]483                item.setData(3, Qt.DisplayRole, QVariant(refFmt % (len(rmapped), 100.0*len(rmapped)/len(referenceGenes))))
[1824]484                item.setData(4, Qt.DisplayRole, QVariant("%0.6f" % p_val)) if p_val > 0.001 else item.setData(4, Qt.DisplayRole, QVariant("%0.2e" % p_val))
[1761]485                item.setData(4, 42, QVariant(p_val))
486                #stoplec 4 - zelim sort po p_val
487                item.setData(4, Qt.ToolTipRole, QVariant("%0.10f" % p_val))
[1478]488                item.setData(5, Qt.DisplayRole, QVariant(enrichment))
489                item.setData(5, Qt.ToolTipRole, QVariant("%.3f" % enrichment))
490                item.geneset= geneset
491                self.treeItems.append(item)
492                if geneset.link:
493                    item.setData(1, LinkRole, QVariant(geneset.link))
494                    item.setToolTip(1, geneset.link)
495                    item.setFont(1, linkFont)
496                    item.setForeground(1, QColor(Qt.blue))
[1761]497
[1478]498        if not self.treeItems:
499            self.warning(0, "No enriched sets found.")
500        else:
501            self.warning(0)
[1761]502
[1478]503        replace = lambda s:s.replace(",", " ").replace("(", " ").replace(")", " ")
[1861]504        self._completerModel = completerModel = QStringListModel(sorted(reduce(set.union, [[gsname(geneset)] + replace(gsname(geneset)).split() for geneset, (c, _, _, _) in results if c], set())))
[1478]505        self.filterCompleter.setModel(completerModel)
[1761]506
[1478]507        self.annotationsChartView.setItemDelegateForColumn(5, BarItemDelegate(self, scale=(0.0, max(t[1][3] for t in results))))
508        self.annotationsChartView.setItemDelegateForColumn(1, LinkStyledItemDelegate(self.annotationsChartView))
[1761]509
[1478]510        for i in range(self.annotationsChartView.columnCount()):
511            self.annotationsChartView.resizeColumnToContents(i)
[1761]512
[1478]513        self.annotationsChartView.setColumnWidth(1, min(self.annotationsChartView.columnWidth(1), 300))
514        self.progressBarFinished()
515        QTimer.singleShot(10, self.filterAnnotationsChartView)
516        self.updatingAnnotationsFlag = False
[1761]517
[1478]518    def filterAnnotationsChartView(self, filterString=""):
519        if self.updatingAnnotationsFlag:
520            return
521        categories = set(" ".join(cat) for cat, taxid in self.selectedCategories())
522        filterString = str(self.filterLineEdit.text()).lower()
523        itemsHidden = []
524        for item in self.treeItems:
525            item_cat = str(item.data(0, Qt.EditRole).toString())
[1761]526            count, pval = _toPyObject(item.data(2, Qt.ToolTipRole)), _toPyObject(item.data(4, 42))
[1861]527            geneset = gsname(item.geneset).lower()
[1478]528            hidden = item_cat not in categories or (self.useMinCountFilter and count < self.minClusterCount) or \
529                     (self.useMaxPValFilter and pval > self.maxPValue) or filterString not in geneset
530            item.setHidden(hidden)
531            itemsHidden.append(hidden)
[1761]532
[1478]533        if self.treeItems and all(itemsHidden):
534            self.information(0, "All sets were filtered out.")
535        else:
536            self.information(0)
[1761]537
538
[1478]539    def commit(self):
540        selected = self.annotationsChartView.selectedItems()
541        genesets = [item.geneset for item in selected]
542        cache = {}
543        mappedNames = set(self.mapGeneNames(reduce(set.union, [geneset.genes for geneset in genesets], set()), cache))
544        if self.genesinrows:
545            mapped = [attr for attr in self.data.domain.attributes if self.genematcher.umatch(attr.name) in mappedNames]
546            newdomain = orange.Domain(mapped, self.data.domain.classVar)
547            newdomain.addmetas(self.data.domain.getmetas())
548            data = orange.ExampleTable(newdomain, self.data)
549        else:
550            geneattr = self.geneAttrs[self.geneattr]
[1761]551            selected = [1 if self.genematcher.umatch(str(ex[geneattr])) in mappedNames else 0 for ex in self.data]
[1478]552            data = self.data.select(selected)
[1761]553
[1478]554#            if self.appendAnnotations:
555#                meta = orange.StringVariable("Annotations")
556#                data.domain.addmeta(orange.newmetaid(), meta)
557#                for ex in data:
558#                    geneattr = self.geneAttrs[self.geneattr]
559#                    gene = str(ex[geneattr])
560#                    annotations = getgene
[1761]561
[1478]562        self.send("Selected Examples", data)
[1761]563
[1478]564    def sendReport(self):
565        self.reportSettings("Settings", [("Organism", obiTaxonomy.name(self.taxid_list[self.speciesIndex]))])
566        self.reportSettings("Filter", [("Min cluster size", self.minClusterCount if self.useMinCountFilter else 0),
567                                       ("Max p-value", self.maxPValue if self.useMaxPValFilter else 1.0)])
[1761]568
[1478]569        self.reportSubsection("Annotations")
570        self.reportRaw(reportItemView(self.annotationsChartView))
[1761]571
[1478]572    def onStateChange(self, stateType, id, text):
573        if stateType == "Warning" or stateType == "Info":
574            self.annotationsChartView._userMessage = text
575            self.annotationsChartView.viewport().update()
[1761]576
577
[1478]578def reportItemView(view):
579    model = view.model()
580    return reportItemModel(view, model)
[1761]581
[1478]582def reportItemModel(view, model, index=QModelIndex()):
583    if not index.isValid() or model.hasChildren(index):
584        columnCount, rowCount = model.columnCount(index), model.rowCount(index)
585        if not index.isValid():
586            text = '<table>\n<tr>' + ''.join('<th>%s</th>' % model.headerData(i, Qt.Horizontal, Qt.DisplayRole).toString() for i in range(columnCount)) +'</tr>\n'
587        else:
588#            variant = model.data(index, Qt.DisplayRole)
589#            text = '<table' + (' caption="%s"' % variant.toString() if variant.isValid() else '') + '>\n'
590            pass
591        text += ''.join('<tr>' + ''.join('<td>' + reportItemModel(view, model, model.index(row, column, index)) + '</td>' for column in range(columnCount)) + '</tr>\n' for row in range(rowCount) if not view.isRowHidden(row, index))
592        text += '</table>'
593        return text
594    else:
595        variant = model.data(index, Qt.DisplayRole)
596        return str(variant.toString()) if variant.isValid() else ""
597
[1761]598
599
[1825]600if __name__ == "__main__": 
[1478]601    import cProfile
[1761]602
[1478]603    app = QApplication(sys.argv)
604    w = OWSetEnrichment()
605    w.updateHierarchy()
[1761]606    data = orange.ExampleTable("yeast-class-RPR.tab")
[1478]607#    data = orange.ExampleTable("../human")
608#    print cProfile.runctx("w.setData(data)", globals(), locals())
609    w.setData(data)
610    w.show()
611    app.exec_()
612    w.saveSettings()
[1761]613
614
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.