source: orange-bioinformatics/widgets/OWFunctionalAnnotation.py @ 1282:5050c84f6d62

Revision 1282:5050c84f6d62, 24.8 KB checked in by ales_erjavec <ales.erjavec@…>, 3 years ago (diff)
  • disabled threading (random segmentation faults)
Line 
1"""<name>Gene Functional Annotation</name>
2"""
3from __future__ import with_statement
4
5from OWWidget import *
6
7import obiGeneSets
8import obiGene
9import obiTaxonomy
10import obiProb
11import OWGUI
12
13import math
14import orngServerFiles
15
16from orngDataCaching import data_hints
17
18from collections import defaultdict
19
20from OWGUI import LinkStyledItemDelegate, LinkRole
21from OWGUI import BarItemDelegate
22
23
24class MyTreeWidget(QTreeWidget):
25    def paintEvent(self, event):
26        QTreeWidget.paintEvent(self, event)
27        if getattr(self, "_userMessage", None):
28            painter = QPainter(self.viewport())
29            font = QFont(self.font())
30            font.setPointSize(15)
31            painter.setFont(font)
32            painter.drawText(self.viewport().geometry(), Qt.AlignCenter, self._userMessage)
33            painter.end()
34           
35           
36class OWFunctionalAnnotation(OWWidget):
37    settingsList = ["speciesIndex", "genesinrows", "geneattr", "categoriesCheckState"]
38    contextHandlers = {"":DomainContextHandler("", ["speciesIndex", "genesinrows", "geneattr", "categoriesCheckState"])}
39   
40    def __init__(self, parent=None, signalManager=None, name="Gene Functional Annotation", **kwargs):
41        OWWidget.__init__(self, parent, signalManager, name, **kwargs)
42        self.inputs = [("Example Table", ExampleTable, self.setData, Default), ("Reference", ExampleTable, self.setReference)]
43        self.outputs = [("Selected Examples", ExampleTable)]
44       
45        self.speciesIndex = 0
46        self.genesinrows = False
47        self.geneattr = 0
48        self.geneMatcherSettings = [False, False, True, False]
49        self.useReferenceData = False
50        self.useMinCountFilter = True
51        self.useMaxPValFilter = True
52        self.minClusterCount = 0
53        self.maxPValue = 0.01
54       
55        self.useFDR = True
56       
57        self.categoriesCheckState = {}
58       
59        self.loadSettings()
60       
61        self.signalManager.freeze(self).push() #setFreeze(self.signalManager.freezing + 1)
62        QTimer.singleShot(50, self.updateHierarchy)
63       
64        box = OWGUI.widgetBox(self.controlArea, "Info")
65        self.infoBox = OWGUI.widgetLabel(box, "Info")
66        self.infoBox.setText("No data on input")
67       
68        self.speciesComboBox = OWGUI.comboBox(self.controlArea, self, "speciesIndex", "Species", callback=lambda :self.data and self.updateAnnotations(), debuggingEnabled=0)
69       
70        box = OWGUI.widgetBox(self.controlArea, "Gene names")
71        self.geneAttrComboBox = OWGUI.comboBox(box, self, "geneattr", "Gene attribute", sendSelectedValue=0, callback=self.updateAnnotations)
72        cb = OWGUI.checkBox(box, self, "genesinrows", "Use attribute names", callback=lambda :self.data and self.updateAnnotations(), disables=[(-1, self.geneAttrComboBox)])
73        cb.makeConsistent()
74        OWGUI.button(box, self, "Gene matcher settings", callback=self.updateGeneMatcherSettings, tooltip="Open gene matching settings dialog", debuggingEnabled=0)
75       
76        self.referenceRadioBox = OWGUI.radioButtonsInBox(self.controlArea, self, "useReferenceData", ["Entire genome", "Reference set (input)"],
77                                                        tooltips=["Use entire genome for reference", "Use genes from Referece Examples input signal as reference"],
78                                                        box="Reference", callback=self.updateAnnotations)
79       
80        box = OWGUI.widgetBox(self.controlArea, "Annotation Summary")
81        self.groupsWidget = QTreeWidget(self)
82        self.groupsWidget.setHeaderLabels(["Category"])
83        box.layout().addWidget(self.groupsWidget)
84
85        hLayout = QHBoxLayout()
86        hLayout.setSpacing(10)
87        sb, sbcb = OWGUI.spin(QWidget(self.mainArea), self, "minClusterCount", 0, 100, label="Min. Count", tooltip="Minimum gene count", callback=self.filterAnnotationsChartView, callbackOnReturn=True, checked="useMinCountFilter", checkCallback=self.filterAnnotationsChartView)
88        dsp, dspcb = OWGUI.doubleSpin(QWidget(self.mainArea), self, "maxPValue", 0.0, 1.0, 0.0001, label="Max. P-Value", tooltip="Maximum (FDR corrected) P-Value", callback=self.filterAnnotationsChartView, callbackOnReturn=True, checked="useMaxPValFilter", checkCallback=self.filterAnnotationsChartView)
89       
90        hLayout.addWidget(sb)
91        hLayout.addWidget(sbcb)
92        hLayout.addWidget(dsp)
93        hLayout.addWidget(dspcb)
94       
95        import OWGUIEx
96        self.filterLineEdit = OWGUIEx.QLineEditWithActions(self)
97        self.filterLineEdit.setPlaceholderText("Filter ...")
98        action = QAction(QIcon(os.path.join(orngEnviron.canvasDir, "icons", "delete_gray.png")), "Clear", self)
99        self.filterLineEdit.addAction(action, 0, Qt.AlignHCenter)
100        self.connect(action, SIGNAL("triggered()"), self.filterLineEdit.clear)
101       
102        self.filterCompleter = QCompleter(self.filterLineEdit)
103        self.filterCompleter.setCaseSensitivity(Qt.CaseInsensitive)
104        self.filterLineEdit.setCompleter(self.filterCompleter)
105       
106        hLayout.addWidget(self.filterLineEdit)
107        self.mainArea.layout().addLayout(hLayout)
108       
109        self.connect(self.filterLineEdit, SIGNAL("textChanged(QString)"), self.filterAnnotationsChartView)
110       
111        self.annotationsChartView = MyTreeWidget(self)
112        self.annotationsChartView.setHeaderLabels(["Category", "Term", "Count", "Reference count", "P-Value", "Enrichment"])
113        self.annotationsChartView.setAlternatingRowColors(True)
114        self.annotationsChartView.setSortingEnabled(True)
115        self.annotationsChartView.setSelectionMode(QAbstractItemView.ExtendedSelection)
116        self.annotationsChartView.setRootIsDecorated(False)
117        self.annotationsChartView.viewport().setMouseTracking(True)
118#        self.annotationsChartView.viewport().setAttribute(Qt.WA_Hover)
119        self.mainArea.layout().addWidget(self.annotationsChartView)
120       
121        contextEventFilter = OWGUI.VisibleHeaderSectionContextEventFilter(self.annotationsChartView)
122        self.annotationsChartView.header().installEventFilter(contextEventFilter)
123       
124        self.taxid_list = []
125       
126        self.connect(self.groupsWidget, SIGNAL("itemClicked(QTreeWidgetItem *, int)"), self.subsetSelectionChanged)
127       
128        OWGUI.button(self.controlArea, self, "Commit", callback=self.commit)
129       
130        self.loadedGenematcher = "None"
131        self.referenceData = None
132        self.data = None
133       
134        self.treeItems = []
135       
136        self.resize(1024, 600)
137       
138        self.connect(self, SIGNAL("widgetStateChanged(QString, int, QString)"), self.onStateChange)
139       
140    def updateHierarchy(self):
141        try:
142            self.progressBarInit()
143            with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(self.progressBarSet):
144                all, local = obiGeneSets.list_all(), obiGeneSets.list_local()
145                organisms = set(obiTaxonomy.essential_taxids() + [t[1] for t in all])
146            self.progressBarFinished()
147            self.taxid_list = list(organisms)
148            self.speciesComboBox.clear()
149            self.speciesComboBox.addItems([obiTaxonomy.name(id) for id in self.taxid_list])
150            self.genesets = all
151        finally:
152            self.signalManager.freeze(self).pop() #setFreeze(self.signalManager.freezing - 1)
153       
154    def setData(self, data=None):
155        self.data = data
156        self.error(0)
157        self.closeContext("")
158        self.geneAttrComboBox.clear()
159        self.groupsWidget.clear()
160        self.annotationsChartView.clear()
161       
162        if not getattr(self,"taxid_list", None):
163            QTimer.singleShot(100, lambda data=data: self.setData(data))
164            return 
165        if data:
166            self.geneAttrs = [attr for attr in data.domain.variables + data.domain.getmetas().values() \
167                              if attr.varType != orange.VarTypes.Continuous]
168           
169            self.geneAttrComboBox.addItems([attr.name for attr in self.geneAttrs])
170            self.geneattr = min(self.geneattr, len(self.geneAttrs) - 1)
171             
172            taxid = data_hints.get_hint(data, "taxid", "")
173            try:
174                self.speciesIndex = self.taxid_list.index(taxid)
175            except ValueError, ex:
176                pass
177            self.genesinrows = data_hints.get_hint(data, "genesinrows", self.genesinrows)
178           
179            self.openContext("", data)
180           
181#            print self.speciesIndex
182           
183            self.setHierarchy(self.getHierarchy(taxid=self.taxid_list[self.speciesIndex]))
184           
185            self.loadedGenematcher = "None"
186            self.updateAnnotations()
187           
188    def setReference(self, data=None):
189        self.referenceData = data
190        self.referenceRadioBox.setEnabled(bool(data))
191       
192    def getHierarchy(self, taxid):
193        def recursive_dict():
194            return defaultdict(recursive_dict)
195        collection = recursive_dict()
196       
197        def collect(col, hier):
198            if hier:
199                collect(col[hier[0]], hier[1:])
200               
201        for hierarchy, t_id, _ in self.genesets:
202            collect(collection[t_id], hierarchy)
203        return collection[taxid]
204       
205    def setHierarchy(self, hierarchy):
206        self.groupsWidgetItems = {}
207        def fill(col, parent, full=()):
208            for key, value in sorted(col.items()):
209                full_cat = full + (key,)
210                item = QTreeWidgetItem(parent, [key])
211                item.setFlags(item.flags() | Qt.ItemIsUserCheckable | Qt.ItemIsSelectable | Qt.ItemIsEnabled)
212                if value:
213                    item.setFlags(item.flags() | Qt.ItemIsTristate)
214                   
215                item.setData(0, Qt.CheckStateRole, QVariant(self.categoriesCheckState.get(full_cat, Qt.Checked)))
216                item.setExpanded(True)
217                item.category = full_cat
218                self.groupsWidgetItems[full_cat] = item
219                fill(value, item, full_cat)
220               
221        fill(hierarchy, self.groupsWidget)
222       
223#    def updateCategoryCounts(self):
224#        for cat, item in self.groupWidgetItem:
225#            item.setData(1, QVariant(), Qt.DisplayRole)
226       
227    def selectedCategories(self):
228        taxid = self.taxid_list[self.speciesIndex]
229        return [(key, taxid) for key, check in self.getHierarchyCheckState().items() if check == Qt.Checked]
230
231    def getHierarchyCheckState(self):
232        def collect(item, full=()):
233            checked = item.checkState(0)
234            name = str(item.data(0, Qt.DisplayRole).toString())
235            full_cat = full + (name,)
236            result = [(full_cat, checked)]
237            for i in range(item.childCount()):
238                result.extend(collect(item.child(i), full_cat))
239            return result
240           
241        items = [self.groupsWidget.topLevelItem(i) for i in range(self.groupsWidget.topLevelItemCount())]
242        states = reduce(list.__add__, [collect(item) for item in items], [])
243        return dict(states)
244           
245    def subsetSelectionChanged(self, item, column):
246        self.categoriesCheckState = self.getHierarchyCheckState()
247       
248        categories = self.selectedCategories()
249        if not set(categories) <= set(self.currentAnnotatedCategories):
250            self.updateAnnotations()
251        else:
252            self.filterAnnotationsChartView()
253       
254    def updateGeneMatcherSettings(self):
255        from OWGOEnrichmentAnalysis import GeneMatcherDialog
256        dialog = GeneMatcherDialog(self, defaults=self.geneMatcherSettings, enabled=[True] * 4, modal=True)
257        if dialog.exec_():
258            self.geneMatcherSettings = [getattr(dialog, item[0]) for item in dialog.items]
259            self.loadedGenematcher = "None"
260            if self.data:
261                self.updateAnnotations()
262               
263    def updateGenematcher(self):
264        taxid = self.taxid_list[self.speciesIndex]
265        if taxid != self.loadedGenematcher:
266            self.progressBarInit()
267            call = self.asyncCall(obiGene.matcher, name="Gene Matcher", blocking=True, thread=self.thread())
268            call.connect(call, SIGNAL("progressChanged(float)"), self.progressBarSet)
269            with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(call.emitProgressChanged):
270#            with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(self.progressBarSet):
271                matchers = [obiGene.GMGO, obiGene.GMKEGG, obiGene.GMNCBI, obiGene.GMAffy]
272                if any(self.geneMatcherSettings):
273                    call.__call__([gm(taxid) for gm, use in zip(matchers, self.geneMatcherSettings) if use])
274                    self.genematcher = call.get_result()
275#                    self.genematcher = obiGene.matcher([gm(taxid) for gm, use in zip(matchers, self.geneMatcherSettings) if use])
276                else:
277                    self.genematcher = obiGene.GMDirect()
278#                self.genematcher.set_targets(self.referenceGenes())
279                self.loadedGenematcher = taxid
280            self.progressBarFinished()
281           
282    def genesFromExampleTable(self, table):
283        if self.genesinrows:
284            genes = [attr.name for attr in table.domain.attributes]
285        else:
286            geneattr = self.geneAttrs[self.geneattr]
287            genes = [str(ex[geneattr]) for ex in table]
288        return genes
289   
290    def clusterGenes(self):
291        return self.genesFromExampleTable(self.data)
292   
293    def referenceGenes(self):
294        if self.referenceData and self.useReferenceData:
295            return self.genesFromExampleTable(self.referenceData)
296        else:
297            taxid = self.taxid_list[self.speciesIndex]
298            call = self.asyncCall(obiGene.NCBIGeneInfo, (taxid,), name="Load reference genes", blocking=True, thread=self.thread())
299            call.connect(call, SIGNAL("progressChanged(float)"), self.progressBarSet)
300            with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(call.emitProgressChanged):
301                call.__call__()
302                return call.get_result()
303   
304    def _cached_name_lookup(self, func, cache):
305        def f(name, cache=cache):
306            if name not in cache:
307                cache[name] = func(name)
308            return cache[name]
309        return f
310   
311    def mapGeneNames(self, names, cache=None, passUnknown=False):
312        if cache is not None:
313            umatch = self._cached_name_lookup(self.genematcher.umatch, cache)
314        else:
315            umatch = self.genematcher.umatch
316        if passUnknown:
317            return [umatch(name) or name for name in names]
318#            return [(mapped_name or name, mapped_name is not None) for mapped_name, name in zip(mapped, names)]
319        return [n for n in [umatch(name) for name in names] if n is not None]
320   
321    def enrichment(self, geneset, cluster, reference, pval=obiProb.Hypergeometric(), cache=None):
322        genes = set(self.mapGeneNames(geneset.genes, cache, passUnknown=False))
323       
324        cmapped = genes.intersection(cluster)
325        rmapped = genes.intersection(reference)
326        return (cmapped, rmapped, pval.p_value(len(cmapped), len(reference), len(rmapped), len(cluster)), float(len(cmapped)) / (len(cluster) or 1) / (float(len(rmapped) or 1) / (len(reference) or 1))) # TODO: compute all statistics here
327   
328    def updateAnnotations(self):
329        self.updatingAnnotationsFlag = True
330        self.annotationsChartView.clear()
331        self.error([0, 1])
332        if not self.genesinrows and len(self.geneAttrs) == 0:
333            self.error(0, "Input data contains no attributes with gene names")
334            return
335       
336        self.progressBarInit()
337        self.updateGenematcher()
338        self.currentAnnotatedCategories = categories = self.selectedCategories()
339       
340        ## Load collections in a worker thread
341        call = self.asyncCall(obiGeneSets.collections, categories, name="Loading collections", blocking=True, thread=self.thread())
342        call.connect(call, SIGNAL("progressChanged(float)"), self.progressBarSet)
343        with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(call.emitProgressChanged):
344            call.__call__()
345            collections = list(call.get_result())
346           
347#        with orngServerFiles.DownloadProgress.setredirect(self.progressBarSet):
348#            collections = list(obiGeneSets.collections(*categories))
349        clusterGenes, referenceGenes = self.clusterGenes(), self.referenceGenes()
350        cache = {}
351
352        self.genematcher.set_targets(referenceGenes)
353       
354        countAll = len(clusterGenes)
355        infoText = "%i genes on input\n" % countAll
356        referenceGenes = set(self.mapGeneNames(referenceGenes, cache, passUnknown=False))
357        self.progressBarSet(1)
358        clusterGenes = set(self.mapGeneNames(clusterGenes, cache, passUnknown=False))
359#        knownClusterGenes = set(self.mapGeneNames(clusterGenes, cache, passUnknown=False))
360        self.progressBarSet(2)
361        infoText += "%i (%.1f) gene names matched" % (len(clusterGenes), 100.0 * len(clusterGenes) / countAll)
362        self.infoBox.setText(infoText)
363       
364        results = []
365        from orngMisc import progressBarMilestones
366       
367        milestones = progressBarMilestones(len(collections), 100)
368        for i, geneset in enumerate(collections):
369            results.append((geneset, self.enrichment(geneset, clusterGenes, referenceGenes, cache=cache)))
370            if i in milestones:
371                self.progressBarSet(100.0 * i / len(collections))
372               
373        if self.useFDR:
374            results = sorted(results, key=lambda a:a[1][2])
375            pvals = obiProb.FDR([pval for _, (_, _, pval, _) in results])
376            results = [(geneset, (cmapped, rmapped, pvals[i], es)) for i, (geneset, (cmapped, rmapped, _, es)) in enumerate(results)]
377       
378#        results = [(geneset, self.enrichment(geneset, clusterGenes, referenceGenes, cache=cache)) for geneset in collections]
379        fmt = lambda score, max_decimals=10: "%%.%if" % min(int(abs(math.log(max(score, 1e-10)))) + 2, max_decimals) if score > math.pow(10, -max_decimals) and score < 1 else "%.1f"
380        self.annotationsChartView.clear()
381           
382        self.filterCompleter.setModel(None)
383        linkFont = QFont(self.annotationsChartView.viewOptions().font)
384        linkFont.setUnderline(True)
385        self.treeItems = []
386        for i, (geneset, (cmapped, rmapped, p_val, enrichment)) in enumerate(results):
387            if len(cmapped) > 0:
388                item = QTreeWidgetItem(self.annotationsChartView, [" ".join(geneset.hierarchy), geneset.name])
389                item.setData(2, Qt.DisplayRole, QVariant(len(cmapped)))
390                item.setData(3, Qt.DisplayRole, QVariant(len(rmapped)))
391                item.setData(4, Qt.DisplayRole, QVariant(p_val))
392                item.setData(5, Qt.DisplayRole, QVariant(enrichment))
393                item.geneset= geneset
394                self.treeItems.append(item)
395                if geneset.link:
396                    item.setData(1, LinkRole, QVariant(geneset.link))
397                    item.setToolTip(1, geneset.link)
398                    item.setFont(1, linkFont)
399                    item.setForeground(1, QColor(Qt.blue))
400                   
401#                    link='<a href="%s"> %s</a>' % (geneset.link, geneset.name)
402#                    self.annotationsChartView.setItemWidget(item, 1, QLabel(link, self))
403#                    item.setData(1, Qt.DisplayRole, QVariant(""))
404        if not self.treeItems:
405            self.warning(0, "No enriched sets found.")
406        else:
407            self.warning(0)
408               
409        replace = lambda s:s.replace(",", " ").replace("(", " ").replace(")", " ")
410        self._completerModel = completerModel = QStringListModel(sorted(reduce(set.union, [[geneset.name] + replace(geneset.name).split() for geneset, (c, _, _, _) in results if c], set())))
411        self.filterCompleter.setModel(completerModel)
412       
413        self.annotationsChartView.setItemDelegateForColumn(5, BarItemDelegate(self, scale=(0.0, max(t[1][3] for t in results))))
414        self.annotationsChartView.setItemDelegateForColumn(1, LinkStyledItemDelegate(self.annotationsChartView))
415#        self.filterCompleter.setModel(self.annotationsChartView.model())
416#        self.filterCompleter.setCompletionColumn(1)
417               
418        for i in range(self.annotationsChartView.columnCount()):
419            self.annotationsChartView.resizeColumnToContents(i)
420           
421        self.annotationsChartView.setColumnWidth(1, min(self.annotationsChartView.columnWidth(1), 300))
422        self.progressBarFinished()
423        QTimer.singleShot(10, self.filterAnnotationsChartView)
424        self.updatingAnnotationsFlag = False
425   
426    def filterAnnotationsChartView(self, filterString=""):
427        if self.updatingAnnotationsFlag:
428            return
429        categories = set(" ".join(cat) for cat, taxid in self.selectedCategories())
430#        print categories
431        filterString = str(self.filterLineEdit.text()).lower()
432        itemsHidden = []
433        for item in self.treeItems:
434            item_cat = str(item.data(0, Qt.EditRole).toString())
435            (count, _), (pval, _) = item.data(2, Qt.EditRole).toInt(), item.data(4, Qt.EditRole).toDouble()
436            geneset = item.geneset.name.lower()
437            hidden = item_cat not in categories or (self.useMinCountFilter and count < self.minClusterCount) or \
438                     (self.useMaxPValFilter and pval > self.maxPValue) or filterString not in geneset
439            item.setHidden(hidden)
440            itemsHidden.append(hidden)
441           
442        if self.treeItems and all(itemsHidden):
443            self.information(0, "All sets were filtered out.")
444        else:
445            self.information(0)
446           
447       
448    def commit(self):
449        selected = self.annotationsChartView.selectedItems()
450        genesets = [item.geneset for item in selected]
451        cache = {}
452        mappedNames = set(self.mapGeneNames(reduce(set.union, [geneset.genes for geneset in genesets], set()), cache))
453        if self.genesinrows:
454            mapped = [attr for attr in self.data.domain.attributes if self.genematcher.umatch(attr.name) in mappedNames]
455            newdomain = orange.Domain(mapped, self.data.domain.classVar)
456            newdomain.addmetas(self.data.domain.getmetas())
457            data = orange.ExampleTable(newdomain, self.data)
458        else:
459            geneattr = self.geneAttrs[self.geneattr]
460            selected = [1 if self.genematcher.umatch(str(ex[geneattr])) in mappedNames else 0 for ex in self.data]               
461            data = self.data.select(selected)
462           
463#            if self.appendAnnotations:
464#                meta = orange.StringVariable("Annotations")
465#                data.domain.addmeta(orange.newmetaid(), meta)
466#                for ex in data:
467#                    geneattr = self.geneAttrs[self.geneattr]
468#                    gene = str(ex[geneattr])
469#                    annotations = getgene
470       
471        self.send("Selected Examples", data)
472       
473    def sendReport(self):
474        self.reportSettings("Settings", [("Organism", obiTaxonomy.name(self.taxid_list[self.speciesIndex]))])
475        self.reportSettings("Filter", [("Min cluster size", self.minClusterCount if self.useMinCountFilter else 0),
476                                       ("Max p-value", self.maxPValue if self.useMaxPValFilter else 1.0)])
477   
478        self.reportSubsection("Annotations")
479        self.reportRaw(reportItemView(self.annotationsChartView))
480       
481    def onStateChange(self, stateType, id, text):
482        if stateType == "Warning" or stateType == "Info":
483            self.annotationsChartView._userMessage = text
484            self.annotationsChartView.viewport().update()
485       
486       
487       
488def reportItemView(view):
489    model = view.model()
490    return reportItemModel(view, model)
491   
492def reportItemModel(view, model, index=QModelIndex()):
493    if not index.isValid() or model.hasChildren(index):
494        columnCount, rowCount = model.columnCount(index), model.rowCount(index)
495        if not index.isValid():
496            text = '<table>\n<tr>' + ''.join('<th>%s</th>' % model.headerData(i, Qt.Horizontal, Qt.DisplayRole).toString() for i in range(columnCount)) +'</tr>\n'
497        else:
498#            variant = model.data(index, Qt.DisplayRole)
499#            text = '<table' + (' caption="%s"' % variant.toString() if variant.isValid() else '') + '>\n'
500            pass
501        text += ''.join('<tr>' + ''.join('<td>' + reportItemModel(view, model, model.index(row, column, index)) + '</td>' for column in range(columnCount)) + '</tr>\n' for row in range(rowCount) if not view.isRowHidden(row, index))
502        text += '</table>'
503        return text
504    else:
505        variant = model.data(index, Qt.DisplayRole)
506        return str(variant.toString()) if variant.isValid() else ""
507
508   
509if __name__ == "__main__":
510    import cProfile
511   
512    app = QApplication(sys.argv)
513    w = OWFunctionalAnnotation()
514    w.updateHierarchy()
515    data = orange.ExampleTable("../../../doc/datasets/brown-selected")
516#    data = orange.ExampleTable("../human")
517#    print cProfile.runctx("w.setData(data)", globals(), locals())
518    w.setData(data)
519    w.show()
520    app.exec_()
521    w.saveSettings()
522   
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.