source: orange/Orange/OrangeWidgets/OWNxHist.py @ 10512:51aa666d7ac9

Revision 10512:51aa666d7ac9, 12.5 KB checked in by miha, 2 years ago (diff)

Fixed a bug in percentil setting and no data.

Line 
1#
2# OWHist.py
3#
4# the base for network histograms
5
6import math
7import numpy
8
9import Orange
10import OWGUI
11
12from OWWidget import *
13from OWGraph import *
14from OWHist import *
15
16class OWNxHist():
17
18    def __init__(self, parent=None, type=0):
19        self.parent = parent
20
21    def addHistogramControls(self, parent=None):
22        # set default settings
23        self.spinLowerThreshold = 0
24        self.spinLowerChecked = False
25        self.spinUpperThreshold = 0
26        self.spinUpperChecked = False
27        self.netOption = 0
28        self.dstWeight = 0
29        self.kNN = 0
30        self.andor = 0
31        self.matrix = None
32        self.excludeLimit = 1
33        self.percentil = 0
34
35        if parent is None:
36            parent = self.controlArea
37
38        boxGeneral = OWGUI.widgetBox(parent, box="Distance boundaries")
39
40        ribg = OWGUI.widgetBox(boxGeneral, None, orientation="horizontal", addSpace=False)
41        OWGUI.lineEdit(ribg, self, "spinLowerThreshold", "Lower", orientation='horizontal', callback=self.changeLowerSpin, valueType=float, enterPlaceholder=True, controlWidth=100)
42        OWGUI.lineEdit(ribg, self, "spinUpperThreshold", "Upper    ", orientation='horizontal', callback=self.changeUpperSpin, valueType=float, enterPlaceholder=True, controlWidth=100)
43        ribg.layout().addStretch(1)
44        #ribg = OWGUI.radioButtonsInBox(boxGeneral, self, "andor", [], orientation='horizontal', callback = self.generateGraph)
45        #OWGUI.appendRadioButton(ribg, self, "andor", "OR", callback = self.generateGraph)
46        #b = OWGUI.appendRadioButton(ribg, self, "andor", "AND", callback = self.generateGraph)
47        #b.setEnabled(False)
48        #ribg.hide(False)
49
50        ribg = OWGUI.widgetBox(boxGeneral, None, orientation="horizontal", addSpace=False)
51        OWGUI.spin(ribg, self, "kNN", 0, 1000, 1, label="kNN   ", orientation='horizontal', callback=self.generateGraph, callbackOnReturn=1, controlWidth=100)
52        OWGUI.doubleSpin(ribg, self, "percentil", 0, 100, 0.1, label="Percentile", orientation='horizontal', callback=self.setPercentil, callbackOnReturn=1, controlWidth=100)
53        ribg.layout().addStretch(1)
54        # Options
55        self.attrColor = ""
56        ribg = OWGUI.radioButtonsInBox(parent, self, "netOption", [], "Options", callback=self.generateGraph)
57        OWGUI.appendRadioButton(ribg, self, "netOption", "All vertices", callback=self.generateGraph)
58        hb = OWGUI.widgetBox(ribg, None, orientation="horizontal", addSpace=False)
59        OWGUI.appendRadioButton(ribg, self, "netOption", "Large components only. Min nodes:", insertInto=hb, callback=self.generateGraph)
60        OWGUI.spin(hb, self, "excludeLimit", 1, 100, 1, callback=(lambda h=True: self.generateGraph(h)))
61        OWGUI.appendRadioButton(ribg, self, "netOption", "Largest connected component only", callback=self.generateGraph)
62        OWGUI.appendRadioButton(ribg, self, "netOption", "Connected component with vertex")
63        self.attribute = None
64        self.attributeCombo = OWGUI.comboBox(parent, self, "attribute", box="Filter attribute", orientation='horizontal')#, callback=self.setVertexColor)
65
66        ribg = OWGUI.radioButtonsInBox(parent, self, "dstWeight", [], "Distance -> Weight", callback=self.generateGraph)
67        hb = OWGUI.widgetBox(ribg, None, orientation="horizontal", addSpace=False)
68        OWGUI.appendRadioButton(ribg, self, "dstWeight", "Weight := distance", insertInto=hb, callback=self.generateGraph)
69        OWGUI.appendRadioButton(ribg, self, "dstWeight", "Weight := 1 - distance", insertInto=hb, callback=self.generateGraph)
70
71        self.label = ''
72        self.searchString = OWGUI.lineEdit(self.attributeCombo.box, self, "label", callback=self.setSearchStringTimer, callbackOnType=True)
73        self.searchStringTimer = QTimer(self)
74        self.connect(self.searchStringTimer, SIGNAL("timeout()"), self.generateGraph)
75
76        if str(self.netOption) != '3':
77            self.attributeCombo.box.setEnabled(False)
78
79    def setPercentil(self):
80        if self.matrix is None or self.percentil <= 0:
81            return
82
83        self.spinLowerThreshold = self.histogram.minValue
84        # flatten matrix, sort values and remove identities (self.matrix[i][i])
85        vals = sorted(sum(self.matrix, ()))[self.matrix.dim:]
86        ind = int(len(vals) * self.percentil / 100)
87        self.spinUpperThreshold = vals[ind]
88        self.generateGraph()
89
90    def enableAttributeSelection(self):
91        self.attributeCombo.box.setEnabled(True)
92
93    def setSearchStringTimer(self):
94        self.searchStringTimer.stop()
95        self.searchStringTimer.start(750)
96
97    def setMatrix(self, data):
98        if data == None: return
99
100        if not hasattr(data, "items") or data.items is None:
101            setattr(data, "items", [i for i in range(data.dim)])
102
103        self.matrix = data
104        # draw histogram
105        data.matrixType = orange.SymMatrix.Symmetric
106        values = data.getValues()
107        #print "values:",values
108        self.histogram.setValues(values)
109
110        low = min(values)
111        upp = max(values)
112        self.spinLowerThreshold = self.spinUpperThreshold = math.floor(low - (0.03 * (upp - low)))
113
114        self.attributeCombo.clear()
115        vars = []
116        if (self.matrix != None):
117            if hasattr(self.matrix, "items"):
118
119                if isinstance(self.matrix.items, orange.ExampleTable):
120                    vars = list(self.matrix.items.domain.variables)
121
122                    metas = self.matrix.items.domain.getmetas(0)
123                    for i, var in metas.iteritems():
124                        vars.append(var)
125
126        self.icons = self.createAttributeIconDict()
127
128        for var in vars:
129            try:
130                self.attributeCombo.addItem(self.icons[var.varType], unicode(var.name))
131            except:
132                print "error adding ", var, " to the attribute combo"
133
134        self.setPercentil()
135        self.generateGraph()
136
137    def changeLowerSpin(self):
138        self.percentil = 0
139
140        if self.spinLowerThreshold < self.histogram.minValue:
141            self.spinLowerThreshold = self.histogram.minValue
142        elif self.spinLowerThreshold > self.histogram.maxValue:
143            self.spinLowerThreshold = self.histogram.maxValue
144
145        if self.spinLowerThreshold >= self.spinUpperThreshold:
146            self.spinUpperThreshold = self.spinLowerThreshold
147
148        self.generateGraph()
149
150    def changeUpperSpin(self):
151        self.percentil = 0
152
153        if self.spinUpperThreshold < self.histogram.minValue:
154            self.spinUpperThreshold = self.histogram.minValue
155        elif self.spinUpperThreshold > self.histogram.maxValue:
156            self.spinUpperThreshold = self.histogram.maxValue
157
158        if self.spinUpperThreshold <= self.spinLowerThreshold:
159            self.spinLowerThreshold = self.spinUpperThreshold
160
161        self.generateGraph()
162
163    def generateGraph(self, N_changed=False):
164        self.searchStringTimer.stop()
165        self.attributeCombo.box.setEnabled(False)
166        self.error()
167        matrix = None
168        self.warning('')
169
170        if N_changed:
171            self.netOption = 1
172
173        if self.matrix == None:
174            self.infoa.setText("No data loaded.")
175            self.infob.setText("")
176            return
177
178        #print len(self.histogram.yData), len(self.histogram.xData)
179        nEdgesEstimate = 2 * sum([self.histogram.yData[i] for i, e in enumerate(self.histogram.xData) if self.spinLowerThreshold <= e <= self.spinUpperThreshold])
180
181        if nEdgesEstimate > 200000:
182            self.graph = None
183            nedges = 0
184            n = 0
185            self.error('Estimated number of edges is too high (%d).' % nEdgesEstimate)
186        else:
187            graph = Orange.network.Graph()
188            graph.add_nodes_from(range(self.matrix.dim))
189            matrix = self.matrix
190
191            if hasattr(self.matrix, "items") and self.matrix.items is not None:
192                if type(self.matrix.items) == Orange.data.Table:
193                    graph.set_items(self.matrix.items)
194                else:
195                    data = [[str(x)] for x in self.matrix.items]
196                    items = Orange.data.Table(Orange.data.Domain(Orange.feature.String('label'), 0), data)
197                    graph.set_items(items)
198
199            # set the threshold
200            # set edges where distance is lower than threshold
201            self.warning(0)
202            if self.kNN >= self.matrix.dim:
203                self.warning(0, "kNN larger then supplied distance matrix dimension. Using k = %i" % (self.matrix.dim - 1))
204            #nedges = graph.fromDistanceMatrix(self.matrix, self.spinLowerThreshold, self.spinUpperThreshold, min(self.kNN, self.matrix.dim - 1), self.andor)
205            edge_list = Orange.network.GraphLayout().edges_from_distance_matrix(self.matrix, self.spinLowerThreshold, self.spinUpperThreshold, min(self.kNN, self.matrix.dim - 1))
206            if self.dstWeight == 1:
207                graph.add_edges_from(((u, v, {'weight':1 - d}) for u, v, d in edge_list))
208            else:
209                graph.add_edges_from(((u, v, {'weight':d}) for u, v, d in edge_list))
210
211            # exclude unconnected
212            if str(self.netOption) == '1':
213                components = [x for x in Orange.network.nx.algorithms.components.connected_components(graph) if len(x) > self.excludeLimit]
214                if len(components) > 0:
215                    include = reduce(lambda x, y: x + y, components)
216                    if len(include) > 1:
217                        self.graph = graph.subgraph(include)
218                        matrix = self.matrix.getitems(include)
219                    else:
220                        self.graph = None
221                        matrix = None
222                else:
223                    self.graph = None
224                    matrix = None
225            # largest connected component only
226            elif str(self.netOption) == '2':
227                component = Orange.network.nx.algorithms.components.connected_components(graph)[0]
228                if len(component) > 1:
229                    self.graph = graph.subgraph(component)
230                    matrix = self.matrix.getitems(component)
231                else:
232                    self.graph = None
233                    matrix = None
234            # connected component with vertex by label
235            elif str(self.netOption) == '3':
236                self.attributeCombo.box.setEnabled(True)
237                self.graph = None
238                matrix = None
239                #print self.attributeCombo.currentText()
240                if self.attributeCombo.currentText() != '' and self.label != '':
241                    components = Orange.network.nx.algorithms.components.connected_components(graph)
242
243                    txt = self.label.lower()
244                    #print 'txt:',txt
245                    nodes = [i for i, values in enumerate(self.matrix.items) if txt in str(values[str(self.attributeCombo.currentText())]).lower()]
246                    #print "nodes:",nodes
247                    if len(nodes) > 0:
248                        vertices = []
249                        for component in components:
250                            for node in nodes:
251                                if node in component:
252                                    if len(component) > 0:
253                                        vertices.extend(component)
254
255                        if len(vertices) > 0:
256                            #print "n vertices:", len(vertices), "n set vertices:", len(set(vertices))
257                            vertices = list(set(vertices))
258                            self.graph = graph.subgraph(include)
259                            matrix = self.matrix.getitems(vertices)
260            else:
261                self.graph = graph
262
263        if matrix != None:
264            matrix.items = self.graph.items()
265        self.graph_matrix = matrix
266
267        if self.graph is None:
268            self.pconnected = 0
269            self.nedges = 0
270        else:
271            self.pconnected = self.graph.number_of_nodes()
272            self.nedges = self.graph.number_of_edges()
273        if hasattr(self, "infoa"):
274            self.infoa.setText("Matrix size: %d" % self.matrix.dim)
275        if hasattr(self, "infob"):
276            self.infob.setText("Graph nodes: %d (%3.1f%%)" % (self.pconnected,
277                self.pconnected / float(self.matrix.dim) * 100))
278        if hasattr(self, "infoc"):
279            self.infoc.setText("Graph edges: %d (%.2f edges/node)" % (
280                self.nedges, self.nedges / float(self.pconnected)
281                if self.pconnected else 0))
282
283        #print 'self.graph:',self.graph+
284        if hasattr(self, "sendSignals"):
285            self.sendSignals()
286
287        self.histogram.setBoundary(self.spinLowerThreshold, self.spinUpperThreshold)
288
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.