source: orange/Orange/OrangeWidgets/Unsupervised/OWNxCanvasQt.py @ 10931:7066de073e23

Revision 10931:7066de073e23, 29.3 KB checked in by mstajdohar, 22 months ago (diff)

Smooth update.

Line 
1CIRCLE = 0
2SQUARE = 1
3ROUND_RECT = 2
4
5NOTHING = 0
6ZOOMING = 1
7SELECT_RECTANGLE = 2
8SELECT_POLYGON = 3
9MOVE_SELECTION = 100
10
11import numpy
12
13from plot.owplot import *
14from plot.owpoint import *
15from plot.owtools import *
16
17from Orange import core, data, misc, network, orangeqt, projection
18from orngScaleScatterPlotData import *
19
20class NodeItem(orangeqt.NodeItem):
21    def __init__(self, index, x=None, y=None, parent=None):
22        orangeqt.NodeItem.__init__(self, index, OWPoint.Ellipse, Qt.blue, 5, parent)
23        if x is not None:
24            self.set_x(x)
25        if y is not None:
26            self.set_y(y)
27
28class EdgeItem(orangeqt.EdgeItem):
29    def __init__(self, u=None, v=None, weight=1, links_index=0, arrows=None, label='', parent=None):
30        orangeqt.EdgeItem.__init__(self, u, v, parent)
31        self.set_weight(weight)
32        self.set_links_index(links_index)
33        if arrows is not None:
34            self.set_arrows(arrows)
35
36class NetworkCurve(orangeqt.NetworkCurve):
37    def __init__(self, parent=None, pen=QPen(Qt.black), xData=None, yData=None):
38        orangeqt.NetworkCurve.__init__(self, parent)
39        self.name = "Network Curve"
40
41    def layout_fr(self, steps, weighted=False, smooth_cooling=False):
42        orangeqt.NetworkCurve.fr(self, steps, weighted, smooth_cooling)
43
44    def set_node_sizes(self, values={}, min_size=0, max_size=0):
45        orangeqt.NetworkCurve.set_node_sizes(self, values, min_size, max_size)
46
47    def fragviz_callback(self, a, b, mds, mdsRefresh, graph_components, matrix_components, progress_callback):
48        """Refresh the UI when running  MDS on network components."""
49
50        if not self.mdsStep % mdsRefresh:
51            rotationOnly = False
52            component_props = []
53            x_mds = []
54            y_mds = []
55            phi = [None] * len(graph_components)
56            nodes = self.nodes()
57            ncomponents = len(graph_components)
58
59            for i in range(ncomponents):
60
61                if len(mds.points) == ncomponents:  # if average linkage before
62                    x_avg_mds = mds.points[i][0]
63                    y_avg_mds = mds.points[i][1]
64                else:                                   # if not average linkage before
65                    x = [mds.points[u][0] for u in matrix_components[i]]
66                    y = [mds.points[u][1] for u in matrix_components[i]]
67
68                    x_avg_mds = sum(x) / len(x)
69                    y_avg_mds = sum(y) / len(y)
70                    # compute rotation angle
71#                    c = [numpy.linalg.norm(numpy.cross(mds.points[u], \
72#                                [nodes[u].x(), nodes[u].y()])) for u in component]
73#                   
74#                    n = [numpy.vdot([nodes[u].x(), nodes[u].y()], \
75#                                    [nodes[u].x(), nodes[u].y()]) for u in component]
76#                    phi[i] = sum(c) / sum(n)
77
78
79                x = [nodes[j].x() for j in graph_components[i]]
80                y = [nodes[j].y() for j in graph_components[i]]
81
82                x_avg_graph = sum(x) / len(x)
83                y_avg_graph = sum(y) / len(y)
84
85                x_mds.append(x_avg_mds)
86                y_mds.append(y_avg_mds)
87
88                component_props.append((x_avg_graph, y_avg_graph, \
89                                        x_avg_mds, y_avg_mds, phi))
90
91            for i, component in enumerate(graph_components):
92                x_avg_graph, y_avg_graph, x_avg_mds, \
93                y_avg_mds, phi = component_props[i]
94
95    #            if phi[i]:  # rotate vertices
96    #                #print "rotate", i, phi[i]
97    #                r = numpy.array([[numpy.cos(phi[i]), -numpy.sin(phi[i])], [numpy.sin(phi[i]), numpy.cos(phi[i])]])  #rotation matrix
98    #                c = [x_avg_graph, y_avg_graph]  # center of mass in FR coordinate system
99    #                v = [numpy.dot(numpy.array([self.graph.coors[0][u], self.graph.coors[1][u]]) - c, r) + c for u in component]
100    #                self.graph.coors[0][component] = [u[0] for u in v]
101    #                self.graph.coors[1][component] = [u[1] for u in v]
102
103                # translate vertices
104                if not rotationOnly:
105                    self.set_node_coordinates(dict(
106                       (j, ((nodes[j].x() - x_avg_graph) + x_avg_mds,
107                            (nodes[j].y() - y_avg_graph) + y_avg_mds)) \
108                                  for j in component))
109
110            #if self.mdsType == MdsType.exactSimulation:
111            #    self.mds.points = [[self.graph.coors[0][i], \
112            #                        self.graph.coors[1][i]] \
113            #                        for i in range(len(self.graph.coors))]
114            #    self.mds.freshD = 0
115
116            self.plot().update_graph_layout()
117            qApp.processEvents()
118
119            if progress_callback is not None:
120                progress_callback(a, self.mdsStep)
121
122        self.mdsStep += 1
123        return 0 if self.stopMDS else 1
124
125    def layout_fragviz(self, steps, distances, graph, progress_callback=None, opt_from_curr=False):
126        """Position the network components according to similarities among
127        them.
128       
129        """
130
131        if distances == None or graph == None or distances.dim != graph.number_of_nodes():
132            self.information('invalid or no distance matrix')
133            return 1
134
135        p = self.plot()
136        edges = self.edges()
137        nodes = self.nodes()
138
139        avgLinkage = True
140        rotationOnly = False
141        minStressDelta = 0
142        mdsRefresh = 10#int(steps / 20)
143
144        self.mdsStep = 1
145        self.stopMDS = False
146
147        nodes_inds = {n: i for i, n in enumerate(sorted(graph.nodes_iter()))}
148        inds_nodes = {i: n for i, n in enumerate(sorted(graph.nodes_iter()))}
149
150        graph_components = network.nx.algorithms.connected_components(graph)
151        matrix_components = [[nodes_inds[n] for n in c] for c in graph_components]
152
153        distances.matrixType = misc.SymMatrix.Symmetric
154
155        # scale net coordinates
156        if avgLinkage:
157            distances = distances.avgLinkage(matrix_components)
158
159        # if only one component
160        if distances.dim == 1:
161            return 0
162
163        mds = projection.mds.MDS(distances)
164        mds.optimize(10, projection.mds.SgnRelStress, 0)
165        rect = self.data_rect()
166        w_fr = rect.width()
167        h_fr = rect.height()
168        d_fr = math.sqrt(w_fr ** 2 + h_fr ** 2)
169
170        x_mds, y_mds = zip(*mds.points)
171        w_mds = max(x_mds) - min(x_mds)
172        h_mds = max(y_mds) - min(y_mds)
173        d_mds = math.sqrt(w_mds ** 2 + h_mds ** 2)
174
175        animate_points = p.animate_points
176        p.animate_points = False
177
178        # if only one component
179        if d_mds == 0 or d_fr == 0:
180            d_mds = 1
181            d_fr = 1
182
183        self.set_node_coordinates({key: (node.x() * d_mds / d_fr, node.y() * d_mds / d_fr) \
184                                   for key, node in nodes.iteritems()})
185
186        p.update_graph_layout()
187        qApp.processEvents()
188
189        if opt_from_curr:
190            if avgLinkage:
191                for u, c in enumerate(graph_components):
192                    x = sum([nodes[n].x() for n in c]) / len(c)
193                    y = sum([nodes[n].y() for n in c]) / len(c)
194                    mds.points[u][0] = x
195                    mds.points[u][1] = y
196            else:
197                for i, u in enumerate(sorted(nodes.iterkeys())):
198                    mds.points[i][0] = nodes[u].x()
199                    mds.points[i][1] = nodes[u].y()
200        else:
201            mds.Torgerson()
202
203        mds.optimize(steps, projection.mds.SgnRelStress, minStressDelta,
204                     progressCallback=
205                         lambda a, b=None, mds=mds, mdsRefresh=mdsRefresh, graph_comp=graph_components,
206                                matrix_comp=matrix_components, progress_callback=progress_callback:
207                         self.fragviz_callback(a, b, mds, mdsRefresh, graph_comp, matrix_comp, progress_callback))
208
209        self.fragviz_callback(mds.avgStress, 0, mds, mdsRefresh, graph_components, matrix_components, progress_callback)
210
211        if progress_callback is not None:
212            progress_callback(mds.avgStress, self.mdsStep)
213
214        p.animate_points = animate_points
215        return 0
216
217    def mds_callback(self, a, b, mds, mdsRefresh, progress_callback):
218        """Refresh the UI when running  MDS."""
219
220        if not self.mdsStep % mdsRefresh:
221
222            self.set_node_coordinates({n: (mds.points[i][0], \
223                                           mds.points[i][1]) for i, n in enumerate(sorted(self.nodes()))})
224            self.plot().update_graph_layout()
225            qApp.processEvents()
226
227            if progress_callback is not None:
228                progress_callback(a, self.mdsStep)
229
230        self.mdsStep += 1
231        return 0 if self.stopMDS else 1
232
233    def layout_mds(self, steps, distances, progress_callback=None, opt_from_curr=False):
234        """Position the network components according to similarities among
235        them.
236       
237        """
238        nodes = self.nodes()
239
240        if distances == None or distances.dim != len(nodes):
241            self.information('invalid or no distance matrix')
242            return 1
243
244        p = self.plot()
245
246        minStressDelta = 0
247        mdsRefresh = int(steps / 20)
248
249        self.mdsStep = 1
250        self.stopMDS = False
251
252        distances.matrixType = core.SymMatrix.Symmetric
253        mds = projection.mds.MDS(distances)
254        mds.optimize(10, projection.mds.SgnRelStress, 0)
255        rect = self.data_rect()
256        w_fr = rect.width()
257        h_fr = rect.height()
258        d_fr = math.sqrt(w_fr ** 2 + h_fr ** 2)
259
260        x_mds, y_mds = zip(*mds.points)
261        w_mds = max(x_mds) - min(x_mds)
262        h_mds = max(y_mds) - min(y_mds)
263        d_mds = math.sqrt(w_mds ** 2 + h_mds ** 2)
264
265        animate_points = p.animate_points
266        p.animate_points = False
267
268        self.set_node_coordinates(dict(
269           (n, (nodes[n].x() * d_mds / d_fr, nodes[n].y() * d_mds / d_fr)) for n in nodes))
270
271        p.update_graph_layout()
272        qApp.processEvents()
273
274        if opt_from_curr:
275            for i, u in enumerate(sorted(nodes.iterkeys())):
276                mds.points[i][0] = nodes[u].x()
277                mds.points[i][1] = nodes[u].y()
278        else:
279            mds.Torgerson()
280
281        mds.optimize(steps, projection.mds.SgnRelStress, minStressDelta,
282                     progressCallback=
283                         lambda a,
284                                b=None,
285                                mds=mds,
286                                mdsRefresh=mdsRefresh,
287                                progress_callback=progress_callback:
288                                    self.mds_callback(a, b, mds, mdsRefresh, progress_callback))
289
290        self.mds_callback(mds.avgStress, 0, mds, mdsRefresh, progress_callback)
291
292        if progress_callback is not None:
293            progress_callback(mds.avgStress, self.mdsStep)
294
295        p.animate_points = animate_points
296        return 0
297
298#    def move_selected_nodes(self, dx, dy):
299#        selected = self.get_selected_nodes()
300#       
301#        self.coors[selected][0] = self.coors[0][selected] + dx
302#        self.coors[1][selected][1] = self.coors[1][selected] + dy
303#         
304#        self.update_properties()
305#        return selected
306#       
307#    def set_hidden_nodes(self, nodes):
308#        for vertex in self.nodes().itervalues():
309#            vertex.setVisible(vertex.index() in nodes)
310#     
311#    def hide_selected_nodes(self):
312#        for vertex in self.nodes().itervalues():
313#          if vertex.selected:
314#            vertex.hide()
315
316#    def hide_unselected_nodes(self):
317#        for vertex in self.nodes().itervalues():
318#          if not vertex.selected:
319#            vertex.hide()
320#   
321#    def show_all_vertices(self):
322#        for vertex in self.nodes().itervalues():
323#          vertex.show()
324
325
326
327class OWNxCanvas(OWPlot):
328    def __init__(self, master, parent=None, name="None"):
329        OWPlot.__init__(self, parent, name, axes=[])
330        self.master = master
331        self.parent = parent
332        self.NodeItem = NodeItem
333        self.graph = None
334
335        self.circles = []
336        self.freezeNeighbours = False
337        self.labelsOnMarkedOnly = 0
338
339        self.show_indices = False
340        self.show_weights = False
341        self.trim_label_words = 0
342        self.show_component_distances = False
343
344        self.showComponentAttribute = None
345        self.forceVectors = None
346        #self.appendToSelection = 1
347        self.fontSize = 12
348
349        self.networkCurve = NetworkCurve()
350        self.add_custom_curve(self.networkCurve)
351
352        self.minComponentEdgeWidth = 0
353        self.maxComponentEdgeWidth = 0
354        self.items_matrix = None
355
356        self.items = None
357        self.links = None
358        self.edge_to_row = None
359        self.label_distances = None
360
361        self.node_label_attributes = []
362        self.edge_label_attributes = []
363
364        self.axis_margin = 0
365        self.title_margin = 0
366        self.graph_margin = 1
367        self._legend_margin = QRectF(0, 0, 0, 0)
368
369        #self.setFocusPolicy(Qt.StrongFocus)
370
371    def set_hidden_nodes(self, nodes):
372        self.networkCurve.set_hidden_nodes(nodes)
373
374    def hide_selected_nodes(self):
375      self.networkCurve.hide_selected_nodes()
376      self.drawPlotItems()
377
378    def hide_unselected_nodes(self):
379      self.networkCurve.hide_unselected_nodes()
380      self.drawPlotItems()
381
382    def show_all_vertices(self):
383      self.networkCurve.show_all_vertices()
384      self.drawPlotItems()
385
386    def selected_nodes(self):
387        return [vertex.index() for vertex in self.networkCurve.nodes().itervalues() if vertex.is_selected()]
388        #return [p.index() for p in self.selected_points()]
389
390    def not_selected_nodes(self):
391        return [vertex.index() for vertex in self.networkCurve.nodes().itervalues() if not vertex.is_selected()]
392
393    def marked_nodes(self):
394        return [vertex.index() for vertex in self.networkCurve.nodes().itervalues() if vertex.is_marked()]
395        #return [p.index() for p in self.marked_points()]
396
397    def not_marked_nodes(self):
398        return [vertex.index() for vertex in self.networkCurve.nodes().itervalues() if not vertex.is_marked()]
399
400    def get_neighbors_upto(self, ndx, dist):
401        newNeighbours = neighbours = set([ndx])
402        for d in range(dist):
403            tNewNeighbours = set()
404            for v in newNeighbours:
405                tNewNeighbours |= set(self.graph.neighbors(v))
406            newNeighbours = tNewNeighbours - neighbours
407            neighbours |= newNeighbours
408        return neighbours
409
410    def mark_on_selection_changed(self):
411        toMark = set()
412        for ndx in self.selected_nodes():
413            toMark |= self.get_neighbors_upto(ndx, self.mark_neighbors)
414
415        self.networkCurve.clear_node_marks()
416        self.networkCurve.set_node_marks(dict((i, True) for i in toMark))
417
418    def mark_on_focus_changed(self, node):
419        self.networkCurve.clear_node_marks()
420
421        if node is not None:
422            toMark = set(self.get_neighbors_upto(node.index(), self.mark_neighbors))
423            self.networkCurve.set_node_marks(dict((i, True) for i in toMark))
424
425    def drawComponentKeywords(self):
426        self.clear_markers()
427        if not hasattr(self, "showComponentAttribute") or self.showComponentAttribute is None or self.graph is None or self.items is None:
428            return
429
430        if str(self.showComponentAttribute) not in self.items.domain:
431            self.showComponentAttribute = None
432            return
433
434        components = network.nx.algorithms.components.connected_components(self.graph)
435        nodes = self.networkCurve.nodes()
436
437        for c in components:
438            if len(c) == 0:
439                continue
440
441            x1 = sum(nodes[n].x() for n in c) / len(c)
442            y1 = sum(nodes[n].y() for n in c) / len(c)
443            lbl = str(self.items[c[0]][str(self.showComponentAttribute)])
444
445            self.add_marker(lbl, x1, y1, alignment=Qt.AlignCenter, size=self.fontSize)
446
447    def getColorIndeces(self, table, attribute, palette):
448        colorIndices = {}
449        colorIndex = None
450        minValue = None
451        maxValue = None
452
453        if attribute[0] != "(" or attribute[ -1] != ")":
454            i = 0
455            for var in table.domain.variables:
456                if var.name == attribute:
457                    colorIndex = i
458                    if var.varType == core.VarTypes.Discrete:
459                        colorIndices = getVariableValueIndices(var, colorIndex)
460
461                i += 1
462            metas = table.domain.getmetas()
463            for i, var in metas.iteritems():
464                if var.name == attribute:
465                    colorIndex = i
466                    if var.varType == core.VarTypes.Discrete:
467                        colorIndices = getVariableValueIndices(var, colorIndex)
468
469        colorIndices['?'] = len(colorIndices)
470        palette.setNumberOfColors(len(colorIndices))
471
472        if colorIndex != None and table.domain[colorIndex].varType == core.VarTypes.Continuous:
473            minValue = float(min([x[colorIndex].value for x in table if x[colorIndex].value != "?"] or [0.0]))
474            maxValue = float(max([x[colorIndex].value for x in table if x[colorIndex].value != "?"] or [0.0]))
475
476        return colorIndices, colorIndex, minValue, maxValue
477
478    def set_node_colors(self, attribute, nodes=None):
479        if self.graph is None:
480            return
481
482        colorIndices, colorIndex, minValue, maxValue = self.getColorIndeces(self.items, attribute, self.discPalette)
483        colors = {}
484
485        if nodes is None:
486            nodes = self.graph.nodes()
487
488        if colorIndex is not None and self.items.domain[colorIndex].varType == core.VarTypes.Continuous and minValue == maxValue:
489            colors.update((node, self.discPalette[0]) for node in nodes)
490
491        elif colorIndex is not None and self.items.domain[colorIndex].varType == core.VarTypes.Continuous:
492            colors.update((v, self.contPalette[(float(self.items[v][colorIndex].value) - minValue) / (maxValue - minValue)])
493                          if str(self.items[v][colorIndex].value) != '?' else
494                          (v, self.discPalette[0]) for v in nodes)
495
496        elif colorIndex is not None and self.items.domain[colorIndex].varType == core.VarTypes.Discrete:
497            colors.update((v, self.discPalette[colorIndices[self.items[v][colorIndex].value]]) for v in nodes)
498
499        elif colorIndex is not None and self.items.domain[colorIndex].varType == core.VarTypes.String and self.items.domain[colorIndex].name == "label":
500            colorIndices = {v: i for i, v in enumerate(set(inst[colorIndex].value for inst in self.items))}
501            colors.update((v, self.discPalette[colorIndices[self.items[v][colorIndex].value]]) for v in nodes)
502        else:
503            colors.update((node, self.discPalette[0]) for node in nodes)
504
505        self.networkCurve.set_node_colors(colors)
506        self.replot()
507
508    def set_node_labels(self, attributes=None):
509        if self.graph is None:
510            return
511
512        nodes = self.graph.nodes()
513
514        if attributes is not None:
515            self.node_label_attributes = attributes
516
517        label_attributes = []
518        if self.items is not None and isinstance(self.items, data.Table):
519            label_attributes = [self.items.domain[att] for att in \
520                self.node_label_attributes if att in self.items.domain]
521
522        indices = [[] for u in nodes]
523        if self.show_indices:
524            indices = [[str(u)] for u in nodes]
525
526        distances = [[] for u in nodes]
527        show_distances = False
528        if self.label_distances is not None and type(self.label_distances) == \
529                           type([]) and len(self.label_distances) == len(nodes):
530            distances = self.label_distances
531            show_distances = True
532
533        if len(label_attributes) == 0 and \
534                        not self.show_indices and not show_distances:
535            self.networkCurve.set_node_labels({})
536
537        elif self.trim_label_words > 0:
538            self.networkCurve.set_node_labels(dict((node,
539                ', '.join(distances[i] + indices[i] +
540                          [' '.join(str(self.items[node][att]).split(' ')[:min(self.trim_label_words, len(str(self.items[node][att]).split(' ')))])
541                for att in label_attributes])) for i, node in enumerate(nodes)))
542        else:
543            self.networkCurve.set_node_labels(dict((node, ', '.join(\
544                        distances[i] + indices[i] + \
545                           [str(self.items[node][att]) for att in \
546                           label_attributes])) for i, node in enumerate(nodes)))
547
548        self.replot()
549
550
551    def set_edge_colors(self, attribute):
552        if self.graph is None:
553            return
554
555        colorIndices, colorIndex, minValue, maxValue = self.getColorIndeces(self.links, attribute, self.discPalette)
556        colors = []
557
558        if colorIndex is not None and self.links.domain[colorIndex].varType == core.VarTypes.Continuous and minValue == maxValue:
559            colors = [self.discEdgePalette[0] for edge in self.networkCurve.edge_indices()]
560
561        elif colorIndex is not None and self.links.domain[colorIndex].varType == core.VarTypes.Continuous:
562            colors = [self.contPalette[(float(self.links[edge.links_index()][colorIndex].value) - minValue) / (maxValue - minValue)]
563                          if str(self.links[edge.links_index()][colorIndex].value) != '?' else
564                          self.discPalette[0] for edge in self.networkCurve.edges()]
565
566        elif colorIndex is not None and self.links.domain[colorIndex].varType == core.VarTypes.Discrete:
567            colors = [self.discEdgePalette[colorIndices[self.links[edge.links_index()][colorIndex].value]] for edge in self.networkCurve.edges()]
568
569        else:
570            colors = [self.discEdgePalette[0] for edge in self.networkCurve.edge_indices()]
571
572        self.networkCurve.set_edge_colors(colors)
573        self.replot()
574
575    def set_edge_labels(self, attributes=None):
576        if self.graph is None:
577            return
578
579        edges = self.networkCurve.edge_indices()
580
581        if attributes is not None:
582            self.edge_label_attributes = attributes
583
584        label_attributes = []
585        if self.links is not None and isinstance(self.links, data.Table):
586            label_attributes = [self.links.domain[att] for att in \
587                self.edge_label_attributes if att in self.links.domain]
588
589        weights = [[] for ex in edges]
590        if self.show_weights:
591            weights = [["%.2f" % self.graph[u][v].get('weight', 1)] for u, v in edges]
592
593        self.networkCurve.set_edge_labels([', '.join(weights[i] + \
594                           [str(self.links[i][att]) for att in \
595                           label_attributes]) for i, edge in enumerate(edges)])
596
597        self.replot()
598
599    def set_tooltip_attributes(self, attributes):
600        if self.graph is None or self.items is None or \
601           not isinstance(self.items, data.Table):
602            return
603
604        tooltip_attributes = [self.items.domain[att] for att in \
605                                 attributes if att in self.items.domain]
606        self.networkCurve.set_node_tooltips(dict((node, ', '.join(str( \
607                   self.items[node][att]) for att in tooltip_attributes)) \
608                                                        for node in self.graph))
609
610    def change_graph(self, newgraph):
611        old_nodes = set(self.graph.nodes_iter())
612        new_nodes = set(newgraph.nodes_iter())
613        inter_nodes = old_nodes & new_nodes
614        remove_nodes = list(old_nodes - inter_nodes)
615        add_nodes = list(new_nodes - inter_nodes)
616
617        self.graph = newgraph
618
619        if len(remove_nodes) == 0 and len(add_nodes) == 0:
620            return False
621
622        current_nodes = self.networkCurve.nodes()
623
624        center_x = numpy.average([node.x() for node in current_nodes.itervalues()]) if len(current_nodes) > 0 else 0
625        center_y = numpy.average([node.y() for node in current_nodes.itervalues()]) if len(current_nodes) > 0 else 0
626
627        def closest_nodes_with_pos(nodes):
628
629            neighbors = set()
630            for n in nodes:
631                neighbors |= set(self.graph.neighbors(n))
632
633            # checked all, none found           
634            if len(neighbors - nodes) == 0:
635                return []
636
637            inter = old_nodes.intersection(neighbors)
638            if len(inter) > 0:
639                return inter
640            else:
641                return closest_nodes_with_pos(neighbors | nodes)
642
643        pos = dict((n, [numpy.average(c) for c in zip(*[(current_nodes[u].x(), current_nodes[u].y()) for u in closest_nodes_with_pos(set([n]))])]) for n in add_nodes)
644
645        self.networkCurve.remove_nodes(remove_nodes)
646
647        nodes = dict((v, self.NodeItem(v, x=pos[v][0] if len(pos[v]) == 2 else center_x, y=pos[v][1] if len(pos[v]) == 2 else center_y, parent=self.networkCurve)) for v in add_nodes)
648        self.networkCurve.add_nodes(nodes)
649        nodes = self.networkCurve.nodes()
650
651        #add edges
652        new_edges = self.graph.edges(add_nodes)
653
654        if self.links is not None and len(self.links) > 0:
655            links = self.links
656            links_indices = (self.edge_to_row[i + 1][j + 1] for (i, j) in new_edges)
657
658            if self.graph.is_directed():
659                edges = [EdgeItem(nodes[i], nodes[j],
660                    self.graph[i][j].get('weight', 1), links_index, arrows=EdgeItem.ArrowV, \
661                    parent=self.networkCurve) for ((i, j), links_index) in \
662                         zip(new_edges, links_indices)]
663            else:
664                edges = [EdgeItem(nodes[i], nodes[j],
665                    self.graph[i][j].get('weight', 1), links_index) for \
666                    ((i, j), links_index) in zip(new_edges, \
667                                        links_indices, parent=self.networkCurve)]
668        elif self.graph.is_directed():
669            edges = [EdgeItem(nodes[i], nodes[j], self.graph[i][j].get('weight', 1), \
670                    arrows=EdgeItem.ArrowV, parent=self.networkCurve) for (i, j) in new_edges]
671        else:
672            edges = [EdgeItem(nodes[i], nodes[j], self.graph[i][j].get('weight', 1), \
673                    parent=self.networkCurve) for (i, j) in new_edges]
674
675        self.networkCurve.add_edges(edges)
676
677        if len(current_nodes) < 3:
678            self.networkCurve.random()
679
680        return True
681
682    def set_graph(self, graph, curve=None, items=None, links=None):
683        self.clear()
684
685        if graph is None:
686            self.graph = None
687            self.networkCurve = None
688            self.items = None
689            self.links = None
690            xMin = -1.0
691            xMax = 1.0
692            yMin = -1.0
693            yMax = 1.0
694            self.addMarker("no network", (xMax - xMin) / 2, (yMax - yMin) / 2, alignment=Qt.AlignCenter, size=self.fontSize)
695            self.replot()
696            return
697
698        self.graph = graph
699        self.networkCurve = NetworkCurve() if curve is None else curve()
700        self.add_custom_curve(self.networkCurve)
701
702        self.items = items if items is not None else self.graph.items()
703        self.links = links if links is not None else self.graph.links()
704
705        #add nodes
706        #self.vertices_old = [(None, []) for v in self.graph]
707        nodes = dict((v, self.NodeItem(v, parent=self.networkCurve)) for v in self.graph.nodes_iter())
708        self.networkCurve.set_nodes(nodes)
709
710        #build edge to row index
711        self.edge_to_row = {}
712        if self.links is not None and len(self.links) > 0:
713            for i, r in enumerate(self.links):
714                u = int(r['u'].value)
715                v = int(r['v'].value)
716                if u - 1 in self.graph and v - 1 in self.graph:
717                    u_dict = self.edge_to_row.get(u, {})
718                    v_dict = self.edge_to_row.get(v, {})
719                    u_dict[v] = i
720                    v_dict[u] = i
721                    self.edge_to_row[u] = u_dict
722                    self.edge_to_row[v] = v_dict
723                else:
724                    print 'could not find edge', u, v
725
726        #add edges
727        if self.links is not None and len(self.links) > 0:
728            links = self.links
729            links_indices = (self.edge_to_row[i + 1][j + 1] \
730                             for (i, j) in self.graph.edges_iter())
731
732            arrow = EdgeItem.ArrowV if self.graph.is_directed() else None
733
734            edges = [EdgeItem(nodes[i], nodes[j],
735                    graph[i][j].get('weight', 1), links_index, arrows=arrow, \
736                    parent=self.networkCurve) for ((i, j), links_index) in \
737                         zip(self.graph.edges_iter(), links_indices)]
738        else:
739            arrow = EdgeItem.ArrowV if self.graph.is_directed() else None
740
741            edges = [EdgeItem(nodes[i], nodes[j], graph[i][j].get('weight', 1), \
742                              arrows=arrow, parent=self.networkCurve) \
743                                  for (i, j) in self.graph.edges_iter()]
744
745        self.networkCurve.set_edges(edges)
746        self.replot()
747
748    def update_animations(self, use_animations=None):
749        OWPlot.update_animations(self, use_animations)
750        self.networkCurve.set_use_animations(self.use_animations)
751
752    def set_labels_on_marked(self, labelsOnMarkedOnly):
753        self.networkCurve.set_labels_on_marked(labelsOnMarkedOnly)
754        self.set_node_labels()
755        self.replot()
756
757    def set_show_component_distances(self):
758        self.networkCurve.set_show_component_distances(self.show_component_distances)
759        self.replot()
760
761    def update_graph_layout(self):
762        self._bounds_cache = {}
763        self._transform_cache = {}
764        OWPlot.update_layout(self)
765
766    def replot(self):
767        self.drawComponentKeywords()
768        OWPlot.replot(self)
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.