source: orange/Orange/doc/networks/leu_by_genesets.net @ 9671:a7b056375472

Revision 9671:a7b056375472, 5.8 KB checked in by anze <anze.staric@…>, 2 years ago (diff)

Moved orange to Orange (part 2)

Line 
1### This file was generated with Orange Network Visualizer ###
2
3
4*Network "Leukemia genes connected by biological function"
5
6*Description "The similarity of the genes relates to their biological functions and was calculated based on their membership in canonical biological pathways using the Jaccard index. The information on the membership of genes in biological pathways was acquired from the Molecular Signature Database (Subramanian et al., 2005) (C2 collection, canonical pahways). The similarity threshold was set to 0.7 and all the unconnected genes were removed."
7
8*Vertices      72
9       1 "MGST2"    0.2652    -0.1968    0.5000
10       2 "MGST1"    0.2937    -0.1089    0.5000
11       3 "PRKAR1A"  -0.0150    -0.0244    0.5000   
12       4 "RPN2"     -0.4467    0.5801    0.5000
13       5 "FDFT1"    0.4852    0.5739    0.5000 
14       6 "HMOX1"    -0.1402    -0.4811    0.5000   
15       7 "PSMA2"    -0.1574    0.6786    0.5000
16       8 "PSMA6"    -0.2650    0.7082    0.5000
17       9 "PSMA4"    -0.2260    0.6395    0.5000
18      10 "PSMA5"    -0.1964    0.7473    0.5000
19      11 "POLR2G"   0.6442    0.2958    0.5000 
20      12 "POLR2L"   0.6874    0.2141    0.5000 
21      13 "PRKACG"   -0.1999    -0.0331    0.5000   
22      14 "NPR1"     0.4483    0.2146    0.5000 
23      15 "CSF3R"    0.2331    0.7343    0.5000 
24      16 "PTGDS"    0.1092    0.3012    0.5000 
25      17 "ACP1"     -0.3956    -0.6589    0.5000   
26      18 "ACPP"     -0.3147    -0.6142    0.5000   
27      19 "EIF2S1"   0.6930    -0.3008    0.5000
28      20 "EIF2S2"   0.6275    -0.2353    0.5000
29      21 "ATP6V1B2"     -0.1217    0.3960    0.5000
30      22 "PGD"  0.2356    -0.3523    0.5000
31      23 "C3AR1"    0.4959    -0.5556    0.5000
32      24 "PPP3CC"   -0.3856    -0.1194    0.5000   
33      25 "IDI1"     0.3966    0.5478    0.5000 
34      26 "FADD"     -0.6545    0.2015    0.5000
35      27 "NFKB1"    -0.4964    0.1138    0.5000
36      28 "ARPC1B"   -0.0256    0.6875    0.5000
37      29 "PPP3CB"   -0.3549    -0.2067    0.5000   
38      30 "LMNA"     -0.7139    -0.0872    0.5000   
39      31 "TBXAS1"   0.1830    0.3572    0.5000 
40      32 "DDOST"    -0.3593    0.6108    0.5000
41      33 "MCM7"     0.7414    -0.0733    0.5000
42      34 "MCM6"     0.7105    -0.1135    0.5000
43      35 "DGKA"     -0.4799    -0.4889    0.5000   
44      36 "DGKD"     -0.5723    -0.4831    0.5000   
45      37 "GNS"  -0.1269    -0.7702    0.5000   
46      38 "PRKAR2B"  -0.1074    -0.0283    0.5000   
47      39 "MCM3"     0.6956    -0.0379    0.5000
48      40 "MCM2"     0.7324    -0.0005    0.5000
49      41 "ATP6AP1"  -0.1673    0.3065    0.5000
50      42 "GUCY1B3"  0.5017    0.1391    0.5000 
51      43 "FDPS"     0.4183    0.6377    0.5000 
52      44 "LMNB1"    -0.7523    -0.0031    0.5000   
53      45 "DARS"     -0.5580    0.4129    0.5000
54      46 "IL7R"     0.2786    0.6537    0.5000 
55      47 "ME3"  0.1577    -0.6766    0.5000
56      48 "ME2"  0.1020    -0.7502    0.5000
57      49 "NFKBIA"   -0.4657    0.2010    0.5000
58      50 "RIPK1"    -0.7208    0.1372    0.5000
59      51 "RRM1"     0.6303    0.3005    0.5000 
60      52 "ATP6V1F"  -0.2187    0.3330    0.5000
61      53 "ATP6V1A"  -0.1733    0.4220    0.5000
62      54 "DCK"  0.5713    0.3718    0.5000 
63      55 "CDC6"     0.8021    -0.0964    0.5000
64      56 "CDC7"     0.8039    -0.0252    0.5000
65      57 "SSTR4"    0.5615    -0.4905    0.5000
66      58 "FBP1"     0.3638    -0.6560    0.5000
67      59 "ARPC2"    0.0582    0.7269    0.5000 
68      60 "AVPR1B"   0.6273    -0.4254    0.5000
69      61 "ITGB2"    -0.6191    -0.3130    0.5000   
70      62 "BLVRB"    -0.0611    -0.4331    0.5000   
71      63 "BLVRA"    -0.1422    -0.3886    0.5000   
72      64 "ATP6V0B"  -0.1189    0.3382    0.5000
73      65 "ATP6V0C"  -0.2220    0.3908    0.5000
74      66 "CSF2RA"   0.1860    0.6546    0.5000 
75      67 "PCNA"     0.6278    -0.0573    0.5000
76      68 "ICAM1"    -0.7052    -0.2793    0.5000   
77      69 "ALDOA"    0.2864    -0.6055    0.5000
78      70 "G6PD"     0.3234    -0.3819    0.5000
79      71 "IDS"  -0.1151    -0.6785    0.5000   
80      72 "AARS"     -0.6284    0.4727    0.5000
81*Edges
82       1        2 0.000000
83       3       38 0.100000
84       4       32 0.250000
85       5       25 0.166667
86       5       43 0.000000
87       6       62 0.000000
88       6       63 0.000000
89       7        8 0.000000
90       7        9 0.250000
91       7       10 0.000000
92       8        9 0.250000
93       8       10 0.000000
94       9       10 0.250000
95      11       12 0.142857
96      13       38 0.307692
97      14       42 0.000000
98      15       46 0.250000
99      15       66 0.000000
100      16       31 0.200000
101      17       18 0.200000
102      19       20 0.166667
103      21       41 0.000000
104      21       52 0.125000
105      21       53 0.125000
106      21       64 0.125000
107      21       65 0.125000
108      22       70 0.250000
109      23       57 0.250000
110      24       29 0.038462
111      25       43 0.166667
112      26       50 0.300000
113      27       49 0.283333
114      28       59 0.000000
115      30       44 0.166667
116      33       34 0.000000
117      33       39 0.000000
118      33       40 0.000000
119      33       55 0.250000
120      33       56 0.250000
121      33       67 0.200000
122      34       39 0.000000
123      34       40 0.000000
124      34       55 0.250000
125      34       56 0.250000
126      34       67 0.200000
127      35       36 0.142857
128      37       71 0.000000
129      39       40 0.000000
130      39       55 0.250000
131      39       56 0.250000
132      39       67 0.200000
133      40       55 0.250000
134      40       56 0.250000
135      40       67 0.200000
136      41       52 0.125000
137      41       53 0.125000
138      41       64 0.125000
139      41       65 0.125000
140      45       72 0.000000
141      46       66 0.250000
142      47       48 0.250000
143      51       54 0.200000
144      52       53 0.000000
145      52       64 0.000000
146      52       65 0.000000
147      53       64 0.000000
148      53       65 0.000000
149      55       56 0.000000
150      57       60 0.250000
151      58       69 0.230769
152      61       68 0.153846
153      62       63 0.000000
154      64       65 0.000000
155
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.