source: orange/orange/OrangeWidgets/OWNxHist.py @ 9588:a97bb6f03bc5

Revision 9588:a97bb6f03bc5, 12.0 KB checked in by Lan Zagar <lan.zagar@…>, 2 years ago (diff)

Added .hgeol and converted some line endings.

Line 
1#
2# OWHist.py
3#
4# the base for network histograms
5
6import math
7import numpy
8
9import Orange
10import OWGUI
11
12from OWWidget import *
13from OWGraph import *
14from OWHist import *
15
16class OWNxHist():
17
18    def __init__(self, parent=None, type=0):
19        self.parent = parent
20
21    def addHistogramControls(self, parent=None):
22        # set default settings
23        self.spinLowerThreshold = 0
24        self.spinLowerChecked = False
25        self.spinUpperThreshold = 0
26        self.spinUpperChecked = False
27        self.netOption = 0
28        self.dstWeight = 0
29        self.kNN = 0
30        self.andor = 0
31        self.matrix = None
32        self.excludeLimit = 1
33        self.percentil = 0
34
35        if parent is None:
36            parent = self.controlArea
37
38        boxGeneral = OWGUI.widgetBox(parent, box="Distance boundaries")
39
40        ribg = OWGUI.widgetBox(boxGeneral, None, orientation="horizontal", addSpace=False)
41        OWGUI.lineEdit(ribg, self, "spinLowerThreshold", "Lower", orientation='horizontal', callback=self.changeLowerSpin, valueType=float, enterPlaceholder=True, controlWidth=100)
42        OWGUI.lineEdit(ribg, self, "spinUpperThreshold", "Upper    ", orientation='horizontal', callback=self.changeUpperSpin, valueType=float, enterPlaceholder=True, controlWidth=100)
43        ribg.layout().addStretch(1)
44        #ribg = OWGUI.radioButtonsInBox(boxGeneral, self, "andor", [], orientation='horizontal', callback = self.generateGraph)
45        #OWGUI.appendRadioButton(ribg, self, "andor", "OR", callback = self.generateGraph)
46        #b = OWGUI.appendRadioButton(ribg, self, "andor", "AND", callback = self.generateGraph)
47        #b.setEnabled(False)
48        #ribg.hide(False)
49
50        ribg = OWGUI.widgetBox(boxGeneral, None, orientation="horizontal", addSpace=False)
51        OWGUI.spin(ribg, self, "kNN", 0, 1000, 1, label="kNN   ", orientation='horizontal', callback=self.generateGraph, callbackOnReturn=1, controlWidth=100)
52        OWGUI.doubleSpin(ribg, self, "percentil", 0, 100, 0.1, label="Percentil", orientation='horizontal', callback=self.setPercentil, callbackOnReturn=1, controlWidth=100)
53        ribg.layout().addStretch(1)
54        # Options
55        self.attrColor = ""
56        ribg = OWGUI.radioButtonsInBox(parent, self, "netOption", [], "Options", callback=self.generateGraph)
57        OWGUI.appendRadioButton(ribg, self, "netOption", "All vertices", callback=self.generateGraph)
58        hb = OWGUI.widgetBox(ribg, None, orientation="horizontal", addSpace=False)
59        OWGUI.appendRadioButton(ribg, self, "netOption", "Large components only. Min nodes:", insertInto=hb, callback=self.generateGraph)
60        OWGUI.spin(hb, self, "excludeLimit", 1, 100, 1, callback=(lambda h=True: self.generateGraph(h)))
61        OWGUI.appendRadioButton(ribg, self, "netOption", "Largest connected component only", callback=self.generateGraph)
62        OWGUI.appendRadioButton(ribg, self, "netOption", "Connected component with vertex")
63        self.attribute = None
64        self.attributeCombo = OWGUI.comboBox(parent, self, "attribute", box="Filter attribute", orientation='horizontal')#, callback=self.setVertexColor)
65
66        ribg = OWGUI.radioButtonsInBox(parent, self, "dstWeight", [], "Distance -> Weight", callback=self.generateGraph)
67        hb = OWGUI.widgetBox(ribg, None, orientation="horizontal", addSpace=False)
68        OWGUI.appendRadioButton(ribg, self, "dstWeight", "Weight := distance", insertInto=hb, callback=self.generateGraph)
69        OWGUI.appendRadioButton(ribg, self, "dstWeight", "Weight := 1 - distance", insertInto=hb, callback=self.generateGraph)
70
71        self.label = ''
72        self.searchString = OWGUI.lineEdit(self.attributeCombo.box, self, "label", callback=self.setSearchStringTimer, callbackOnType=True)
73        self.searchStringTimer = QTimer(self)
74        self.connect(self.searchStringTimer, SIGNAL("timeout()"), self.generateGraph)
75
76        if str(self.netOption) != '3':
77            self.attributeCombo.box.setEnabled(False)
78
79    def setPercentil(self):
80        self.spinLowerThreshold = self.histogram.minValue
81        # flatten matrix, sort values and remove identities (self.matrix[i][i])
82        vals = sorted(sum(self.matrix, ()))[self.matrix.dim:]
83        ind = int(len(vals) * self.percentil / 100)
84        self.spinUpperThreshold = vals[ind]
85        self.generateGraph()
86
87    def enableAttributeSelection(self):
88        self.attributeCombo.box.setEnabled(True)
89
90    def setSearchStringTimer(self):
91        self.searchStringTimer.stop()
92        self.searchStringTimer.start(750)
93
94    def setMatrix(self, data):
95        if data == None: return
96
97        self.matrix = data
98        # draw histogram
99        data.matrixType = orange.SymMatrix.Symmetric
100        values = data.getValues()
101        #print "values:",values
102        self.histogram.setValues(values)
103
104        low = min(values)
105        upp = max(values)
106        self.spinLowerThreshold = self.spinUpperThreshold = math.floor(low - (0.03 * (upp - low)))
107        self.generateGraph()
108        self.attributeCombo.clear()
109        vars = []
110        if (self.matrix != None):
111            if hasattr(self.matrix, "items"):
112
113                if isinstance(self.matrix.items, orange.ExampleTable):
114                    vars = list(self.matrix.items.domain.variables)
115
116                    metas = self.matrix.items.domain.getmetas(0)
117                    for i, var in metas.iteritems():
118                        vars.append(var)
119
120        self.icons = self.createAttributeIconDict()
121
122        for var in vars:
123            try:
124                self.attributeCombo.addItem(self.icons[var.varType], unicode(var.name))
125            except:
126                print "error adding ", var, " to the attribute combo"
127
128    def changeLowerSpin(self):
129        self.percentil = 0
130
131        if self.spinLowerThreshold < self.histogram.minValue:
132            self.spinLowerThreshold = self.histogram.minValue
133        elif self.spinLowerThreshold > self.histogram.maxValue:
134            self.spinLowerThreshold = self.histogram.maxValue
135
136        if self.spinLowerThreshold >= self.spinUpperThreshold:
137            self.spinUpperThreshold = self.spinLowerThreshold
138
139        self.generateGraph()
140
141    def changeUpperSpin(self):
142        self.percentil = 0
143
144        if self.spinUpperThreshold < self.histogram.minValue:
145            self.spinUpperThreshold = self.histogram.minValue
146        elif self.spinUpperThreshold > self.histogram.maxValue:
147            self.spinUpperThreshold = self.histogram.maxValue
148
149        if self.spinUpperThreshold <= self.spinLowerThreshold:
150            self.spinLowerThreshold = self.spinUpperThreshold
151
152        self.generateGraph()
153
154    def generateGraph(self, N_changed=False):
155        self.searchStringTimer.stop()
156        self.attributeCombo.box.setEnabled(False)
157        self.error()
158        matrix = None
159        self.warning('')
160
161        if N_changed:
162            self.netOption = 1
163
164        if self.matrix == None:
165            self.infoa.setText("No data loaded.")
166            self.infob.setText("")
167            return
168
169        #print len(self.histogram.yData), len(self.histogram.xData)
170        nEdgesEstimate = 2 * sum([self.histogram.yData[i] for i, e in enumerate(self.histogram.xData) if self.spinLowerThreshold <= e <= self.spinUpperThreshold])
171
172        if nEdgesEstimate > 200000:
173            self.graph = None
174            nedges = 0
175            n = 0
176            self.error('Estimated number of edges is too high (%d).' % nEdgesEstimate)
177        else:
178            graph = Orange.network.Graph()
179            graph.add_nodes_from(range(self.matrix.dim))
180            matrix = self.matrix
181
182            if hasattr(self.matrix, "items"):
183                if type(self.matrix.items) == Orange.data.Table:
184                    graph.set_items(self.matrix.items)
185                else:
186                    data = [[str(x)] for x in self.matrix.items]
187                    items = Orange.data.Table(Orange.data.Domain(Orange.data.variable.String('label'), 0), data)
188                    graph.set_items(items)
189
190            # set the threshold
191            # set edges where distance is lower than threshold
192            self.warning(0)
193            if self.kNN >= self.matrix.dim:
194                self.warning(0, "kNN larger then supplied distance matrix dimension. Using k = %i" % (self.matrix.dim - 1))
195            #nedges = graph.fromDistanceMatrix(self.matrix, self.spinLowerThreshold, self.spinUpperThreshold, min(self.kNN, self.matrix.dim - 1), self.andor)
196            edge_list = Orange.network.GraphLayout().edges_from_distance_matrix(self.matrix, self.spinLowerThreshold, self.spinUpperThreshold, min(self.kNN, self.matrix.dim - 1))
197            if self.dstWeight == 1:
198                graph.add_edges_from(((u, v, {'weight':1 - d}) for u, v, d in edge_list))
199            else:
200                graph.add_edges_from(((u, v, {'weight':d}) for u, v, d in edge_list))
201
202            # exclude unconnected
203            if str(self.netOption) == '1':
204                components = [x for x in Orange.network.nx.algorithms.components.connected_components(graph) if len(x) > self.excludeLimit]
205                if len(components) > 0:
206                    include = reduce(lambda x, y: x + y, components)
207                    if len(include) > 1:
208                        self.graph = graph.subgraph(include)
209                        matrix = self.matrix.getitems(include)
210                    else:
211                        self.graph = None
212                        matrix = None
213                else:
214                    self.graph = None
215                    matrix = None
216            # largest connected component only
217            elif str(self.netOption) == '2':
218                component = Orange.network.nx.algorithms.components.connected_components(graph)[0]
219                if len(component) > 1:
220                    self.graph = graph.subgraph(include)
221                    matrix = self.matrix.getitems(component)
222                else:
223                    self.graph = None
224                    matrix = None
225            # connected component with vertex by label
226            elif str(self.netOption) == '3':
227                self.attributeCombo.box.setEnabled(True)
228                self.graph = None
229                matrix = None
230                #print self.attributeCombo.currentText()
231                if self.attributeCombo.currentText() != '' and self.label != '':
232                    components = Orange.network.nx.algorithms.components.connected_components(graph)
233
234                    txt = self.label.lower()
235                    #print 'txt:',txt
236                    nodes = [i for i, values in enumerate(self.matrix.items) if txt in str(values[str(self.attributeCombo.currentText())]).lower()]
237                    #print "nodes:",nodes
238                    if len(nodes) > 0:
239                        vertices = []
240                        for component in components:
241                            for node in nodes:
242                                if node in component:
243                                    if len(component) > 0:
244                                        vertices.extend(component)
245
246                        if len(vertices) > 0:
247                            #print "n vertices:", len(vertices), "n set vertices:", len(set(vertices))
248                            vertices = list(set(vertices))
249                            self.graph = graph.subgraph(include)
250                            matrix = self.matrix.getitems(vertices)
251            else:
252                self.graph = graph
253
254        if matrix != None:
255            matrix.items = self.graph.items()
256            self.graph_matrix = matrix
257
258        self.pconnected = self.graph.number_of_nodes()
259        self.nedges = self.graph.number_of_edges()
260        if hasattr(self, "infoa"):
261            self.infoa.setText("Matrix size: %d" % self.matrix.dim)
262        if hasattr(self, "infob"):
263            self.infob.setText("Graph nodes: %d (%3.1f%%)" % (self.pconnected, self.pconnected / float(self.matrix.dim) * 100))
264        if hasattr(self, "infoc"):
265            self.infoc.setText("Graph edges: %d (%.2f edges/node)" % (self.nedges, self.nedges / float(self.pconnected)))
266
267        #print 'self.graph:',self.graph+
268        if hasattr(self, "sendSignals"):
269            self.sendSignals()
270
271        self.histogram.setBoundary(self.spinLowerThreshold, self.spinUpperThreshold)
272
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.