Changeset 1434:0b48ce14100a in orange-bioinformatics


Ignore:
Timestamp:
06/24/11 11:41:25 (3 years ago)
Author:
ales_erjavec <ales.erjavec@…>
Branch:
default
Convert:
db305e9b23f58a01b98dd42ffc37435233837c6a
Message:

Sort values by number of up/down counts over all genes.
Suppress the error in a query thread.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • widgets/prototypes/OWGeneAtlasTissueExpression.py

    r1432 r1434  
    99from OWWidget import * 
    1010 
     11from collections import defaultdict 
    1112from Orange.misc import lru_cache 
    1213 
     
    7273                                callback=self.on_ef_change, 
    7374                                ) 
     75        self.categories_cb.box.setFlat(True) 
    7476         
    7577        self.values_cb = OWGUI.comboBox(box, self, "selected_ef_value", 
     
    7981                                ) 
    8082        self.values_cb.setMaximumWidth(250) 
     83        self.values_cb.box.setFlat(True) 
    8184         
    8285        OWGUI.rubber(self.controlArea) 
     
    220223            try: 
    221224                call = self.asyncCall(self.get_atlas_summary, (tuple(genes), self.selected_organism), 
    222                                       name="Query Gene Expression Atlas") 
     225                                      name="Query Gene Expression Atlas", 
     226                                      onError=self.handle_assync_error) 
    223227                 
    224228                call() 
     
    235239        ef_values = set()  
    236240        results = self.results[self.selected_ef] 
     241        efv_count = defaultdict(int) 
    237242        if self.results: 
    238243            for gene, val in  results.iteritems(): 
    239244                for ef_val, (up, down) in val.iteritems(): 
    240245                   ef_values.add(ef_val) 
    241                     
    242         self.ef_values = sorted(ef_values) 
     246                   efv_count[ef_val] += up + down 
     247         
     248        # Sort by up and down count sum of all genes 
     249        self.ef_values = sorted(ef_values, key=efv_count.get, reverse=True) 
    243250        self.values_cb.clear() 
    244251        self.values_cb.addItems(self.ef_values) 
     
    310317                data = None 
    311318        self.send("Selected Genes", data) 
     319         
     320    def handle_assync_error(self, *args): 
     321        pass 
    312322             
    313323class StandardPyItem(QStandardItem): 
    314324    def __lt__(self, other): 
    315325        my = self.data(Qt.DisplayRole).toPyObject() 
    316         other = other.data(Qt.DisplayRole) 
     326        other = other.data(Qt.DisplayRole).toPyObject() 
    317327        return my < other 
    318328         
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.