Changeset 1546:ddd6bfae87e9 in orange-bioinformatics for obiKEGG2/entry/fields.py


Ignore:
Timestamp:
02/03/12 12:23:18 (2 years ago)
Author:
ales_erjavec
Branch:
default
Message:

Added EnzymeEntry class.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • obiKEGG2/entry/fields.py

    r1532 r1546  
    142142    @property 
    143143    def pathways(self): 
    144         return [s.split(" ", 1)[0] for s in self.text.splitlines()] 
     144        return self._convert() 
     145     
     146    def _convert(self): 
     147        text = DBSimpleField._convert(self) 
     148        return [line.split(" ", 1)[0] for line in text.splitlines()] 
    145149     
    146150     
     
    157161        return int(self.text.split("\n", 1)[0]) 
    158162     
     163    def _convert(self): 
     164        text = DBSimpleField._convert(self) 
     165        count, seq = text.split("\n", 1) 
     166        return seq.replace("\n", "") 
     167     
    159168     
    160169class DBNTSeq(DBSimpleField): 
     
    170179        return int(self.text.split("\n", 1)[0]) 
    171180     
     181    def _convert(self): 
     182        text = DBSimpleField._convert(self) 
     183        count, seq = text.split("\n", 1) 
     184        return seq.replace("\n", "") 
     185     
    172186     
    173187class DBPathwayMapField(DBSimpleField): 
     
    192206        return [line.split(" ", 1)[0] for line in lines] 
    193207     
    194      
     208class DBEnzymeField(DBSimpleField): 
     209    __SLOTS__ = ["text"] 
     210    TITLE = "ENZYME" 
     211     
     212    def _convert(self): 
     213        text = DBSimpleField._convert(self) 
     214        lines = text.splitlines() 
     215        return lines 
     216     
     217class DBCompoundField(DBSimpleField): 
     218    __SLOTS__ = ["text"] 
     219    TITLE = "COMPOUND" 
     220     
     221    def _convert(self): 
     222        text = DBSimpleField._convert(self) 
     223        lines = text.splitlines() 
     224        return [line.split(" ", 1)[0] for line in lines] 
     225     
     226     
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.