Changeset 1548:80b9e523116b in orange-bioinformatics for tests/test_kegg.py


Ignore:
Timestamp:
02/03/12 13:13:39 (2 years ago)
Author:
ales_erjavec
Branch:
default
Message:

Fixed and added some tests for obiKEGG2

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • tests/test_kegg.py

    r1533 r1548  
    77#class TestServices(unittest.TestCase): 
    88#    def test_services(self): 
    9 #        service = kegg.web_service() 
     9#        service = kegg.service.web_service() 
    1010#        service.binfo("gb") 
    1111#        service.bfind("gb E-cadherin human") 
    1212#        service.bget("eco:b0002 hin:tRNA-Cys-1") 
    13          
    1413         
    1514class TestGenome(unittest.TestCase): 
     
    3938    def _tester(self, org): 
    4039        genes = kegg.KEGGGenes(org) 
    41         keys = genes.keys() 
    42         for gene in keys[:10]: 
     40        keys = genes.keys()[:10] 
     41        all_entries = [] 
     42        for gene in keys: 
    4343            self.assertTrue(gene in genes) 
    4444            self.assertTrue(genes.has_key(gene)) 
    4545            entry = genes[gene] 
     46            self.assertEqual(entry.entry_key, 
     47                             genes.get(gene).entry_key, 
     48                             "__getitem__ and get return different result") 
    4649            self.assertTrue(gene.endswith(entry.entry_key)) 
    4750            self.assertIsInstance(entry, genes.ENTRY_TYPE) 
    4851            self.assertIsInstance(entry.aliases(), list) 
    4952            self.assertTrue(all(isinstance(a, basestring) for a in entry.aliases())) 
     53            all_entries.append(entry) 
     54             
     55        self.assertSequenceEqual([(e.name, e.entry_key) for e in all_entries], 
     56                                 [(e.name, e.entry_key) for e in genes.batch_get(keys)], 
     57                                 "batch_get returns different result") 
    5058             
    5159    def test_hsa(self): 
     
    5361         
    5462    def test_sce(self): 
    55         self._tester("sce")  
     63        self._tester("sce") 
    5664         
     65    def test_ddi(self): 
     66        self._tester("ddi") 
    5767     
    5868class TestPathways(unittest.TestCase): 
     
    6474        self.assertTrue(id.endswith(pathway.entry_key)) 
    6575        self.assertIsInstance(pathway, pathways.ENTRY_TYPE) 
     76        genes = pathway.gene or [] 
    6677         
    6778        path = kegg.KEGGPathway(id) 
     79        self.assertEqual(sorted(genes), sorted(path.genes())) 
     80         
    6881         
    6982    def test_1(self): 
     
    7285    def test_2(self): 
    7386        self._tester("hsa00190") 
     87         
     88    def test_3(self): 
     89        self._tester("sce00190") 
    7490         
    7591         
     
    93109        self._tester("sce") 
    94110         
     111         
     112class TestUtils(unittest.TestCase): 
     113    def test_batch_iter(self): 
     114        iter = range(25) 
     115        expected = [range(10), 
     116                     range(10, 20), 
     117                     range(20, 25)] 
     118        for exp, batch in zip(expected,  
     119                              kegg.databases.batch_iter(iter, 10) 
     120                              ): 
     121            self.assertEqual(exp, batch) 
     122     
     123     
    95124class TestOld(unittest.TestCase): 
    96125    def test(self): 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.