Changeset 1606:610975979e42 in orange-bioinformatics for widgets/OWKEGGPathwayBrowser.py


Ignore:
Timestamp:
03/22/12 13:17:58 (2 years ago)
Author:
Ales Erjavec <ales.erjavec@…>
Branch:
default
Message:

Added 'Clear cache' button, small fixes to progress reporting.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • widgets/OWKEGGPathwayBrowser.py

    r1582 r1606  
    220220                                addSpace=True, 
    221221                                debuggingEnabled=0) 
    222 #        OWGUI.button(box, self, "Update Pathways", callback=self.UpdateToLatestPathways) 
    223          
    224 #        cb.setMaximumWidth(200) 
    225222         
    226223        self.signalManager.freeze(self).push() 
     
    255252                       box="Image", 
    256253                       callback=self.UpdatePathwayViewTransform) 
     254         
     255        box = OWGUI.widgetBox(self.controlArea, "Cache Control") 
     256         
     257        OWGUI.button(box, self, "Clear cache",  
     258                     callback=self.ClearCache, 
     259                     tooltip="Clear all locally cached KEGG data.") 
    257260         
    258261        OWGUI.separator(self.controlArea) 
     
    424427#        self.progressBarFinished() 
    425428        items = [] 
     429        self.progressBarInit() 
    426430        kegg_pathways = obiKEGG.KEGGPathways() 
    427         kegg_pathways.pre_cache(self.pathways.keys()) 
    428          
     431        kegg_pathways.pre_cache(self.pathways.keys(), 
     432                                progress_callback=self.progressBarSet) 
     433        self.progressBarFinished() 
    429434        if self.showOrthology: 
    430435            self.koOrthology = obiKEGG.KEGGBrite("ko00001") 
     
    616621            kegg_gs_collections = list(obiGeneSets.collections((("KEGG", "pathways"), taxid))) 
    617622         
    618 #        print self.genes 
    619 #        print taxid 
    620 #        print kegg_gs_collections 
    621623        if USE_THREADING: 
    622624            result = {} 
     
    634636                                          kwargs={"callback":  
    635637                                                  threading_queued_invoke(self, 
    636                                                   lambda value:pb.advance())} 
     638                                                  lambda value:self.progressBarSet(value))} 
    637639                                          ) 
    638640                 
     
    648650            else: 
    649651                raise Exception('Could not get enriched pathways') 
     652             
     653             
    650654        else: 
    651655            self.pathways = org.get_enriched_pathways(self.genes, reference, 
    652                                                       callback=lambda value: pb.advance()) 
     656                                                      callback=lambda value: self.progressBarSet(value)) 
    653657         
    654658        self.org = org 
     
    720724            self.send("Unselected Examples", None) 
    721725         
     726    def ClearCache(self): 
     727        from obiKEGG2 import caching 
     728        try: 
     729            caching.clear_cache() 
     730        except Exception, ex: 
     731            QMessageBox.warning(self, "Cache clear",  
     732                ex.args[0]) 
     733             
     734         
    722735    def keyPressEvent(self, key): 
    723736        if key.key()==Qt.Key_Control: 
     
    744757    @pyqtSignature("queuedInvoke(PyQt_PyObject)") 
    745758    def queuedInvoke(self, func): 
    746 #        print "queued invoke of", func 
    747759        func() 
    748760         
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.