Changeset 1632:9cf919d0f343 in orange-bioinformatics


Ignore:
Timestamp:
04/16/12 19:53:28 (2 years ago)
Author:
mitar
Branch:
default
Message:

Fixing imports.

Files:
1 added
52 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • Orange/bioinformatics/obiArrayExpress.py

    r1625 r1632  
    3232Low level Array Express query using REST services:: 
    3333 
    34     >>> import obiArrayExpress 
     34    >>> from Orange.bioinformatics import obiArrayExpress 
    3535    >>> obiArrayExpress.query_experiments(accession='E-MEXP-31') 
    3636    {u'experiments': ... 
     
    4949""" 
    5050 
     51from __future__ import absolute_import 
     52 
    5153import os, sys 
    5254import urllib2 
    5355 
    54 import orngServerFiles 
     56from Orange.orng import orngServerFiles 
    5557import warnings 
    5658import posixpath 
     
    13521354    """ Return the `EF <http://www.ebi.ac.uk/efo/>`_ (Experimental Factor) ontology 
    13531355    """ 
    1354     import obiOntology 
     1356    from . import obiOntology 
    13551357#    return obiOntology.OBOOntology(urllib2.urlopen("http://efo.svn.sourceforge.net/svnroot/efo/trunk/src/efoinobo/efo.obo")) 
    1356     import orngServerFiles 
     1358    from Orange.orng import orngServerFiles 
    13571359    # Should this be in the OBOFoundry (Ontology) domain 
    13581360    try: 
  • Orange/bioinformatics/obiAssess.py

    r1625 r1632  
    99""" 
    1010 
    11 import obiGsea 
    12 import obiGeneSets 
    13 import orange 
    14 import Orange 
    15 import stats 
    16 import statc 
     11from __future__ import absolute_import 
     12 
     13from collections import defaultdict 
     14import math 
     15 
    1716import numpy 
    18 import math 
    19 import obiExpression 
    20 import obiGene 
    21 from collections import defaultdict 
     17 
     18import orange, Orange, statc 
     19 
     20from . import obiExpression, obiGene, obiGsea, obiGeneSets, stats 
    2221 
    2322def normcdf(x, mi, st): 
     
    116115            return 0.0 #middle value 
    117116        #return first class probablity 
    118  
    119         import math 
    120117 
    121118        def saveplog(a,b): 
     
    578575 
    579576    #impute 
    580     import orngTree  
     577    from Orange.orng import orngTree  
    581578    imputer = orange.ImputerConstructor_model()  
    582579    imputer.learnerContinuous = imputer.learnerDiscrete = orange.MajorityLearner() 
  • Orange/bioinformatics/obiBioMart.py

    r1625 r1632  
    3535from functools import partial 
    3636 
    37 import orngEnviron 
     37from Orange.orng import orngEnviron 
    3838 
    3939class BioMartError(Exception): 
  • Orange/bioinformatics/obiChem.py

    r1625 r1632  
    813813        return count[-1][0] 
    814814             
    815 import orngSVM 
     815from Orange.orng import orngSVM 
    816816class FragmentBasedLearner(orange.Learner): 
    817817    """A learner wrapper class that first runs the molecular fragmentation on the data. 
  • Orange/bioinformatics/obiData.py

    r1625 r1632  
    1 from __future__ import with_statement 
     1from __future__ import absolute_import, with_statement 
     2 
    23import ftplib 
    34import urllib, urllib2 
     
    1011from datetime import datetime 
    1112from threading import RLock 
    12 from obiGenomicsUpdate import synchronized 
     13 
     14from .obiGenomicsUpdate import synchronized 
    1315 
    1416class FileNotFoundError(IOError): 
  • Orange/bioinformatics/obiDicty.py

    r1625 r1632  
    33import urllib 
    44import urllib2 
    5 import orange 
    65import socket 
    76import os 
    87from collections import defaultdict 
    9 import orngServerFiles 
    108import pickle 
     9 
     10import orange 
     11from Orange.orng import orngServerFiles 
    1112 
    1213defaddress = "http://bcm.fri.uni-lj.si/microarray/api/index.php?" 
  • Orange/bioinformatics/obiDifscale.py

    r1625 r1632  
     1from __future__ import absolute_import 
     2 
    13import random 
    24from math import log 
     
    68 
    79import Orange 
    8 import obiGEO 
    9 from obiExpression import ExpressionSignificance_Test 
    10  
     10 
     11from . import obiGEO 
     12from .obiExpression import ExpressionSignificance_Test 
    1113 
    1214# Utility functiions 
     
    295297 
    296298if False and __name__ == '__main__': 
    297     import obiGEO 
     299    from . import obiGEO 
    298300    # Data set 1 
    299301    data1 = obiGEO.GDS('GDS2666').getdata(report_genes=True, transpose=False) 
  • Orange/bioinformatics/obiExpression.py

    r1625 r1632  
    1 import stats, orange, numpy, statc 
     1from __future__ import absolute_import 
     2 
     3import numpy 
     4 
     5import orange, statc 
     6 
     7from . import stats 
    28 
    39def mean(l): 
     
    410416""" 
    411417 
    412 import orngMisc 
     418from Orange.orng import orngMisc 
    413419from numpy import median 
    414420def lowess(x, y, f=2./3., iter=3, progressCallback=None): 
  • Orange/bioinformatics/obiGEO.py

    r1625 r1632  
     1from __future__ import absolute_import 
     2 
     3import cPickle, gzip, os.path, re 
     4 
    15import orange 
    2 import re 
    3 import gzip 
    4 import os.path 
    5 import orngServerFiles 
    6 import obiData 
    7 import orngMisc 
    8 import obiTaxonomy 
    9 import cPickle 
     6from Orange.orng import orngMisc, orngServerFiles 
     7 
     8from . import obiData, obiTaxonomy 
    109 
    1110def spots_mean(x): 
  • Orange/bioinformatics/obiGO.py

    r1625 r1632  
    22 
    33""" 
     4 
     5from __future__ import absolute_import 
    46 
    57from urllib import urlretrieve 
     
    1315from collections import defaultdict 
    1416 
    15 import obiProb, obiGene 
    16 import orngEnviron 
     17from Orange.orng import orngEnviron 
     18 
     19from . import obiProb, obiGene 
    1720 
    1821try: 
    19     import orngServerFiles 
     22    from Orange.orng import orngServerFiles 
    2023    default_database_path = os.path.join(orngServerFiles.localpath(), "GO") 
    2124except Exception: 
     
    290293        filename = os.path.join(default_database_path, "gene_ontology_edit.obo.tar.gz") 
    291294        if not os.path.isfile(filename) and not os.path.isdir(filename): 
    292             import orngServerFiles 
     295            from Orange.orng import orngServerFiles 
    293296            orngServerFiles.download("GO", "gene_ontology_edit.obo.tar.gz") 
    294297        try: 
     
    319322        data=c.findall(data) 
    320323 
    321         import orngMisc 
     324        from Orange.orng import orngMisc 
    322325        milestones = orngMisc.progressBarMilestones(len(data), 90) 
    323326        for i, block in enumerate(builtinOBOObjects + data): 
     
    561564                self.taxid = to_taxid(organism_name_search(file)).pop() 
    562565        if not self.genematcher and self.taxid: 
    563             import obiGene 
     566            from . import obiGene 
    564567            self.genematcher = obiGene.matcher([obiGene.GMGO(self.taxid)] + \ 
    565568                                               ([obiGene.GMDicty(), [obiGene.GMGO(self.taxid), 
     
    572575    def organism_name_search(cls, org): 
    573576        ids = to_taxid(org)  
    574         import obiTaxonomy as tax 
     577        from . import obiTaxonomy as tax 
    575578        if not ids: 
    576579            ids = [org] if org in Taxonomy().common_org_map.keys() + Taxonomy().code_map.keys() else [] 
     
    615618        given organism from default_database_path. 
    616619        """ 
    617         import orngServerFiles 
     620        from Orange.orng import orngServerFiles 
    618621        code = organism_name_search(org) 
    619622         
     
    646649            f = file 
    647650        lines = [line for line in f.read().split("\n") if line.strip()] 
    648         import orngMisc 
     651        from Orange.orng import orngMisc 
    649652        milestones = orngMisc.progressBarMilestones(len(lines), 100) 
    650653        for i,line in enumerate(lines): 
     
    813816        terms = self.ontology.ExtractSuperGraph(annotationsDict.keys()) 
    814817        res = {} 
    815         import orngMisc 
     818        from Orange.orng import orngMisc 
    816819        milestones = orngMisc.progressBarMilestones(len(terms), 100) 
    817820        for i, term in enumerate(terms): 
     
    981984        os.rename(filename + ".part", filename) 
    982985 
    983 from obiTaxonomy import pickled_cache 
     986from . from obiTaxonomy import pickled_cache 
    984987 
    985988@pickled_cache(None, [("GO", "taxonomy.pickle"), ("Taxonomy", "ncbi_taxonomy.tar.gz")]) 
     
    12381241        cellText.append((str(n), str(m), p_val, fdr_val, name, genes)) 
    12391242 
    1240 ##    from orngClustering import TableTextLayout 
     1243##    from Orange.orng.orngClustering import TableTextLayout 
    12411244##    text = TableTextLayout((maxFoldEnrichment*1.1, len(termsList)), cellText) 
    1242     from orngClustering import TablePlot 
     1245    from Orange.orng.orngClustering import TablePlot 
    12431246    if True: 
    12441247        axes2 = plt.axes([0.3, 0.1, 0.6, 0.8], sharey=axes1) 
     
    12991302        self.__dict__ = self.__shared_state 
    13001303        if not self.tax: 
    1301             import orngServerFiles 
     1304            from Orange.orng import orngServerFiles 
    13021305            path = orngServerFiles.localpath_download("GO", "taxonomy.pickle") 
    13031306            if os.path.isfile(path): 
     
    13461349        self.callback(100*bCount*bSize/fSize) 
    13471350         
    1348 from obiGenomicsUpdate import Update as UpdateBase 
     1351from .obiGenomicsUpdate import Update as UpdateBase 
    13491352 
    13501353import urllib2 
  • Orange/bioinformatics/obiGene.py

    r1625 r1632  
    1 import os 
    2 import obiTaxonomy 
    3 import orngServerFiles 
    4  
    5 import time 
     1from __future__ import absolute_import 
     2 
     3import os, time 
     4 
     5from Orange.orng . import orngServerFiles 
     6 
     7from . import obiTaxonomy 
    68 
    79default_database_path = orngServerFiles.localpath("NCBI_geneinfo") 
     
    246248     
    247249    def create_info(self): 
    248         import obiBioMart 
     250        from . import obiBioMart 
    249251        if self.organism in self.BIOMART_CONF: 
    250252            dset_name, attrs = self.BIOMART_CONF[self.organism] 
     
    453455    defined differently (in gene_matcher_path). """ 
    454456    if  gene_matcher_path == None: 
    455         import orngEnviron 
     457        from Orange.orng import orngEnviron 
    456458        pth = os.path.join(orngEnviron.directoryNames["bufferDir"],  
    457459            "gene_matcher") 
     
    644646 
    645647    def _organism_name(self, organism): 
    646         import obiKEGG  
     648        from . import obiKEGG  
    647649        return obiKEGG.organism_name_search(organism) 
    648650 
    649651    def create_aliases(self): 
    650652        organism = self._organism_name(self.organism) 
    651         import obiKEGG 
     653        from . import obiKEGG 
    652654        org = obiKEGG.KEGGOrganism(self.organism, genematcher=GMDirect()) 
    653655        genes = org.genes 
     
    657659 
    658660    def create_aliases_version(self): 
    659         import obiKEGG 
     661        from . import obiKEGG 
    660662        return obiKEGG.KEGGOrganism.organism_version(self.organism) + ".1" 
    661663 
     
    687689    def _organism_name(self, organism): 
    688690        """ Returns internal GO organism name. Used to define file name. """ 
    689         import obiGO 
     691        from . import obiGO 
    690692        return obiGO.organism_name_search(self.organism) 
    691693 
    692694    def create_aliases(self): 
    693         import obiGO 
     695        from . import obiGO 
    694696        annotations = obiGO.Annotations(self.organism, genematcher=GMDirect()) 
    695697        names = annotations.geneNamesDict 
     
    702704 
    703705    def create_aliases_version(self): 
    704         import obiGO 
     706        from . import obiGO 
    705707        return "v2." + obiGO.Annotations.organism_version(self.organism) 
    706708 
     
    712714 
    713715    def create_aliases(self): 
    714         import obiDicty 
     716        from . import obiDicty 
    715717        db = obiDicty.DictyBase() 
    716718        #db.info, db.mappings 
     
    721723 
    722724    def create_aliases_version(self): 
    723         import obiDicty 
     725        from . import obiDicty 
    724726        return "v1." + obiDicty.DictyBase.version() 
    725727 
     
    787789     
    788790    def create_aliases(self): 
    789         import obiBioMart 
     791        from . import obiBioMart 
    790792        if self.organism in self.BIOMART_CONF: 
    791793            dset_name, attrs = self.BIOMART_CONF[self.organism] 
     
    965967 
    966968    import time 
    967     import obiGeneSets 
     969    from . import obiGeneSets 
    968970 
    969971    def testsets(): 
  • Orange/bioinformatics/obiGeneAtlas.py

    r1625 r1632  
    1717""" 
    1818 
    19 import os, sys 
     19from __future__ import absolute_import 
     20 
     21import os, shelve, sys 
    2022from collections import defaultdict, namedtuple 
    21  
     23from contextlib import closing 
     24 
     25from Orange.orng import orngServerFiles 
    2226from Orange.utils import serverfiles 
     27 
     28from . import obiGene 
    2329 
    2430GeneResults = namedtuple("GeneResults", "id name synonyms expressions") 
     
    3137AtlasExperiment = ExperimentExpression 
    3238## 
    33 import shelve 
    34 import orngServerFiles 
    35 import obiGene 
    36 from contextlib import closing 
    3739 
    3840def _cache(name="AtlasGeneResult.shelve"): 
     
    217219 
    218220    organism = "+".join(organism.lower().split()) 
    219     from obiGeneSets import GeneSets, GeneSet 
     221    from .obiGeneSets import GeneSets, GeneSet 
    220222     
    221223    def display_string(name): 
     
    258260        return dd[name] 
    259261    else: 
    260         import obiTaxonomy as tax 
     262        import .obiTaxonomy as tax 
    261263        ids = tax.to_taxid(name, mapTo=TAXID_TO_ORG.keys()) 
    262264        if ids: 
     
    446448    """ Return the `EF <http://www.ebi.ac.uk/efo/>`_ (Experimental Factor) ontology 
    447449    """ 
    448     import obiOntology 
    449     import orngServerFiles 
     450    from . import obiOntology 
     451    from . import orngServerFiles 
    450452    # Should this be in the OBOFoundry (Ontology) domain 
    451453    try: 
  • Orange/bioinformatics/obiGeneMania.py

    r1625 r1632  
    88    >>> net.retrieve(org="3702", genes=["CIP1"], m="bp", r=100).save("CIP1.net") 
    99 
    10      
    11  
    1210""" 
     11 
     12from __future__ import absolute_import 
    1313 
    1414import urllib2 
     
    487487                    progress=progress) 
    488488     
    489 import obiPPI 
    490 import orngServerFiles 
    491  
    492 import obiTaxonomy 
     489from . import obiPPI 
     490from Orange.orng import orngServerFiles 
     491 
     492from . import obiTaxonomy 
    493493from collections import namedtuple 
    494494from operator import itemgetter 
  • Orange/bioinformatics/obiGeneSetSig.py

    r1625 r1632  
    1 import Orange 
    2 import obiGsea 
    3 import Orange.utils 
    4 import obiGeneSets 
    5 import obiGene 
     1from __future__ import absolute_import 
     2 
     3import math 
     4from collections import defaultdict 
     5 
     6import scipy.stats 
     7 
    68import numpy 
    7 from collections import defaultdict 
    8 import stats 
    9 from obiGsea import takeClasses 
    10 from obiAssess import pca, PLSCall, corgs_activity_score 
    11 import obiExpression 
    12 import scipy.stats 
    13 import math 
    14 import statc 
     9 
     10import Orange, Orange.utils, statc 
     11 
     12from .obiGsea import takeClasses 
     13from .obiAssess import pca, PLSCall, corgs_activity_score 
     14from . import obiExpression, obiGene, obiGeneSets, obiGsea, stats 
    1515 
    1616class GeneSetTrans(object): 
  • Orange/bioinformatics/obiGeneSets.py

    r1625 r1632  
    44Maintainer: Marko Toplak 
    55""" 
    6 from __future__ import with_statement 
    7  
    8 import obiKEGG, orange 
    9 import os 
    10 import obiGO 
    11 import cPickle as pickle 
    12 #import pickle 
    13 import orngServerFiles 
    14 import obiTaxonomy 
    15 import tempfile 
    16 import obiGeneSets 
    17 import sys 
     6 
     7from __future__ import absolute_import, with_statement 
     8 
     9import cPickle as pickle, os, tempfile, sys 
    1810from collections import defaultdict 
     11 
     12import orange 
     13from Orange.orng import orngServerFiles 
     14 
     15from . import obiGeneSets, obiGO, obiKEGG, obiTaxonomy 
    1916 
    2017sfdomain = "gene_sets" 
     
    185182    Returns gene sets from KEGG pathways. 
    186183    """ 
    187     import obiKEGG2 as obiKEGG 
     184    from . import obiKEGG2 as obiKEGG 
    188185     
    189186    kegg = obiKEGG.KEGGOrganism(org) 
     
    207204    Return gene sets from OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man) diseses 
    208205    """ 
    209     import obiOMIM 
     206    from . import obiOMIM 
    210207    genesets = [GeneSet(id=disease.id, name=disease.name, genes=obiOMIM.disease_genes(disease), hierarchy=("OMIM",), organism="9606", 
    211208                    link=("http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/dispomim.cgi?id=" % disease.id if disease.id else None)) \ 
     
    217214    Return gene sets from miRNA targets 
    218215    """ 
    219     import obimiRNA, obiKEGG 
     216    from . import obimiRNA, obiKEGG 
    220217    org_code = obiKEGG.from_taxid(org) 
    221218    link_fmt = "http://www.mirbase.org/cgi-bin/mirna_entry.pl?acc=%s" 
     
    226223 
    227224def go_miRNASets(org, ontology=None, enrichment=True, pval=0.05, treshold=0.04): 
    228     import obimiRNA, obiGO 
     225    from . import obimiRNA, obiGO 
    229226    mirnas = obimiRNA.ids(int(org)) 
    230227    if ontology is None: 
     
    238235    go_sets = obimiRNA.filter_GO(go_sets, annotations, treshold=treshold) 
    239236     
    240     import obiGeneSets as gs 
     237    from . import obiGeneSets as gs 
    241238    link_fmt = "http://amigo.geneontology.org/cgi-bin/amigo/term-details.cgi?term=%s" 
    242239    gsets = [gs.GeneSet(id=key, name=ontology[key].name, genes=value, hierarchy=("miRNA", "go_sets",), 
     
    285282    """ Returns local path for gene sets. Creates it if it does not exists 
    286283    yet. """ 
    287     import orngEnviron 
     284    from Orange.orng import orngEnviron 
    288285    pth = os.path.join(orngEnviron.directoryNames["bufferDir"], "gene_sets_local") 
    289286    omakedirs(pth) 
  • Orange/bioinformatics/obiGenomicsUpdate.py

    r1625 r1632  
    1 from __future__ import with_statement 
     1from __future__ import absolute_import, with_statement 
     2 
    23import os 
    34import shelve 
     
    56import tarfile 
    67import pickle 
    7 import orngServerFiles 
    88from UserDict import DictMixin 
     9 
     10from Orange.orng import orngServerFiles 
    911 
    1012class UpdateShelve(DictMixin): 
     
    111113        self.shelve.sync() 
    112114 
    113 import orngServerFiles 
     115from Orange.orng import orngServerFiles 
    114116 
    115117class PKGUpdate(Update): 
     
    185187 
    186188def firstUpdateConsole(): 
    187     import obiKEGG, obiGO, obiGenomicsUpdate 
     189    from . import obiKEGG, obiGO, obiGenomicsUpdate 
    188190 
    189191    pkgUpdate = obiGenomicsUpdate.PKGUpdate("go", obiGO.Update()) 
  • Orange/bioinformatics/obiGsea.py

    r1625 r1632  
    1 import orange 
    2 import numpy 
     1from __future__ import absolute_import 
     2 
     3from collections import defaultdict 
    34import random 
    45import time 
    5 from obiExpression import * 
    6 import obiGeneSets 
    7 from collections import defaultdict 
     6 
     7import numpy 
     8 
     9import orange 
     10 
     11from . import obiGeneSets 
     12from .obiExpression import * 
    813 
    914""" 
     
    468473    return zip(enrichmentScores, nEnrichmentScores, enrichmentPVals, fdrs) 
    469474 
    470 import obiGene 
     475from . import obiGene 
    471476 
    472477def nth(l,n): return [ a[n] for a in l ] 
  • Orange/bioinformatics/obiHomoloGene.py

    r1625 r1632  
    1 import orngServerFiles 
    21import sys, os 
    32import urllib2 
    43 
    54from collections import defaultdict 
     5 
     6from Orange.orng import orngServerFiles 
    67 
    78class _homolog(object): 
  • Orange/bioinformatics/obiKEGG.py

    r1625 r1632  
    1212    >>> genes 
    1313""" 
     14 
     15from __future__ import absolute_import 
     16 
    1417try: 
    1518    import Image, ImageDraw, ImageMath 
     
    2326import re 
    2427 
    25 import obiData 
    26 import obiProb 
    27 import orngServerFiles 
    28  
    2928from cPickle import load, loads, dump 
    3029from collections import defaultdict 
    3130 
    32  
    3331import xml.dom.minidom as minidom 
    3432 
    3533from functools import partial, wraps 
    36 import obiTaxonomy 
    37 import orngEnviron 
    3834import urllib2 
    3935import cPickle 
     36 
     37from Orange.orng import orngEnviron, orngServerFiles 
     38 
     39from . import obiData, obiProb, obiTaxonomy 
    4040 
    4141DEFAULT_DATABASE_PATH = orngServerFiles.localpath("KEGG") 
     
    207207    return wrapper 
    208208 
    209 from orngMisc import with_gc_disabled 
    210      
    211              
     209from Orange.orng.orngMisc import with_gc_disabled 
     210 
    212211SLINE, MLINE, LINELIST = range(1, 4) 
    213212 
     
    691690        """Return a dictionary with enriched pathways ids as keys and (list_of_genes, p_value, num_of_reference_genes) tuples as items.""" 
    692691        allPathways = defaultdict(lambda :[[], 1.0, []]) 
    693         import orngMisc 
     692        from Orange.orng import orngMisc 
    694693        milestones = orngMisc.progressBarMilestones(len(genes), 100) 
    695694        for i, gene in enumerate(genes): 
     
    774773    def _get_genematcher(self): 
    775774        if getattr(self, "_genematcher", None) == None: 
    776             import obiGene 
     775            from . import obiGene 
    777776            if self.org_code == "ddi": 
    778777                self._genematcher = obiGene.matcher([obiGene.GMKEGG(self.org_code), obiGene.GMDicty(), 
     
    793792            ids = genome.search(name) 
    794793            if not ids: 
    795                 import obiTaxonomy 
     794                from . import obiTaxonomy 
    796795                ids = obiTaxonomy.search(name) 
    797796                ids = [id for id in ids if genome.search(id)] 
     
    10261025        data = urllib2.urlopen("ftp://ftp.genome.jp/pub/kegg/" + png_path + org + ".list").read() 
    10271026        pathways = sorted(set([line.split()[0][5:] for line in data.splitlines() if line])) 
    1028         from obiData import FtpDownloader 
     1027        from .obiData import FtpDownloader 
    10291028        ftp = FtpDownloader("ftp.genome.jp", _join(), "pub/kegg/", numOfThreads=15) 
    10301029        ftp.massRetrieve([png_path + pathway + ".png" for pathway in pathways]) 
  • Orange/bioinformatics/obiKEGG2/__init__.py

    r1625 r1632  
    4545 
    4646 
    47 import obiProb 
     47from .. import obiProb 
    4848from Orange.utils import deprecated_keywords, deprecated_attribute 
    4949 
     
    9090        """ 
    9191        allPathways = defaultdict(lambda :[[], 1.0, []]) 
    92         import orngMisc 
     92        from Orange.orng import orngMisc 
    9393        milestones = orngMisc.progressBarMilestones(len(genes), 100) 
    9494        pathways_db = KEGGPathways() 
     
    185185            ids = genome.search(name) 
    186186            if not ids: 
    187                 import obiTaxonomy 
     187                from .. import obiTaxonomy 
    188188                ids = obiTaxonomy.search(name) 
    189189                ids = [id for id in ids if genome.search(id)] 
     
    209209    def _get_genematcher(self): 
    210210        if getattr(self, "_genematcher", None) == None: 
    211             import obiGene 
     211            from .. import obiGene 
    212212            if self.org_code == "ddi": 
    213213                self._genematcher = obiGene.matcher([obiGene.GMKEGG(self.org_code), obiGene.GMDicty(), 
     
    257257    pass 
    258258 
    259 import obiGene 
     259from .. import obiGene 
    260260from Orange.utils import ConsoleProgressBar 
    261261 
  • Orange/bioinformatics/obiMeSH.py

    r1625 r1632  
    22Module for browsing any analyzing sets annotated with MeSH ontology. 
    33""" 
    4 import orange 
    5 import orngServerFiles 
    64 
    75from xml.sax import make_parser 
     
    1210from sgmllib import SGMLParser 
    1311import os.path 
     12 
     13import orange 
     14from Orange.orng import orngServerFiles 
    1415 
    1516FUZZYMETAID = -12 
  • Orange/bioinformatics/obiOMIM.py

    r1625 r1632  
    1 import orngServerFiles 
    21import sys, os 
    32import urllib2 
     
    65 
    76from collections import defaultdict 
     7 
     8from Orange.orng import orngServerFiles 
    89 
    910class disease(object): 
  • Orange/bioinformatics/obiOntology.py

    r1625 r1632  
    700700        edge_types = self.edge_types() 
    701701        terms = self.terms() 
    702         import orngNetwork, orange 
     702        from Orange.orng import orngNetwork 
     703        import orange 
    703704         
    704705        network = orngNetwork.Network(len(terms), True, len(edge_types)) 
  • Orange/bioinformatics/obiPPI.py

    r1625 r1632  
    66""" 
    77 
    8 import os, sys 
    9 import xml.dom.minidom as minidom 
    10 import warnings 
    11 import collections 
    12  
    13 import orngServerFiles 
    14  
    15 from obiKEGG import downloader 
    16  
     8from __future__ import absolute_import 
     9 
     10import collections, gzip, posixpath, os, shutil, sqlite3, sys, urllib2, warnings, xml.dom.minidom as minidom 
    1711from collections import defaultdict 
    1812from operator import itemgetter 
    1913 
    20 import obiTaxonomy 
    21 from obiTaxonomy import pickled_cache 
    22  
    23 from Orange.utils import lru_cache 
    24 from Orange.utils import ConsoleProgressBar 
    25  
    26 import sqlite3 
    27 import urllib2 
    28 import posixpath 
    29 import shutil 
    30 import gzip 
     14from Orange.orng import orngServerFiles 
     15from Orange.utils import ConsoleProgressBar, lru_cache 
     16 
     17from . import obiTaxonomy 
     18from .obiKEGG import downloader 
     19from .obiTaxonomy import pickled_cache 
    3120 
    3221class PPIDatabase(object): 
     
    457446from functools import partial 
    458447 
    459 from obiGeneMania import wget, copyfileobj 
     448from .obiGeneMania import wget, copyfileobj 
    460449 
    461450def chainiter(iterable): 
  • Orange/bioinformatics/obiTaxonomy.py

    r1625 r1632  
    1 import urllib2 
    2 import os, sys, shutil 
    3 import cPickle 
    4 import tarfile 
    5 import StringIO 
    6 import obiGenomicsUpdate 
    7 import obiData 
    8 import orngEnviron 
    9 import orngServerFiles 
    10  
    11 from urllib2 import urlopen 
     1from __future__ import absolute_import, division 
     2 
    123from collections import defaultdict 
     4import cPickle, os, shutil, sys, StringIO, tarfile, urllib2 
     5 
     6from Orange.orng import orngEnviron, orngServerFiles 
     7 
     8from . import obiData, obiGenomicsUpdate 
    139 
    1410# list of common organisms from http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy 
     
    198194            pass 
    199195        try: 
    200             import orngServerFiles as sf 
     196            from . import orngServerFiles as sf 
    201197            sf.download("Taxonomy", "ncbi_taxonomy.tar.gz") 
    202198            self._text = TextDB(os.path.join(default_database_path, "ncbi_taxonomy.tar.gz", "ncbi_taxonomy.db")) 
     
    255251        from cStringIO import StringIO 
    256252        if file == None: 
    257             file = tarfile.open(None, "r:gz", StringIO(urlopen("ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz").read())) 
     253            file = tarfile.open(None, "r:gz", StringIO(urllib2.urlopen("ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz").read())) 
    258254        if type(file) == str: 
    259255            file = tarfile.open(file) 
     
    338334    """ See if the code is a valid code in any database and return a set of its taxids. 
    339335    """ 
    340     import obiKEGG, obiGO 
     336    from . import obiKEGG, obiGO 
    341337    results = set() 
    342338    for test in [obiKEGG.to_taxid, obiGO.to_taxid]: 
     
    363359    return Taxonomy().taxids() 
    364360 
    365 import obiGenomicsUpdate 
     361from . import obiGenomicsUpdate 
    366362 
    367363class Update(obiGenomicsUpdate.Update): 
     
    371367    def IsUpdatable(self, func, args): 
    372368        from datetime import datetime 
    373         import obiData 
     369        from . import obiData 
    374370        if func == Update.UpdateTaxonomy: 
    375371##            stream = urllib2.urlopen("ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz") 
  • Orange/bioinformatics/obimiRNA.py

    r1625 r1632  
    1 from __future__ import division 
    2 import urllib 
    3 import re 
    4 #import pylab 
    5 import random 
    6 import os 
    7 import math 
    8 #import locale 
     1from __future__ import absolute_import, division 
     2 
     3from collections import defaultdict 
     4import math, os, random, re, urllib 
     5 
     6from Orange.orng import orngServerFiles as osf 
    97import statc 
    10 #import numpy as np 
    11 import math 
    12  
    13 import obiTaxonomy 
    14 import obiGO as go 
    15 import obiProb as op 
    16 import orngServerFiles as osf 
    17 import obiGene as ge 
    18 import obiKEGG as kg 
    19  
    20 from collections import defaultdict 
    21  
     8 
     9from . import obiGene as ge, obiGO as go, obiKEGG as kg, obiProb as op, obiTaxonomy 
    2210 
    2311mirnafile = osf.localpath_download('miRNA','miRNA.txt') 
     
    315303    """ 
    316304     
    317     import obiGene 
     305    from . import obiGene 
    318306    genematcher = obiGene.matcher([obiGene.GMGO(annotations.taxid)] + \ 
    319307        ([obiGene.GMDicty()] if annotations.taxid == "352472"  else [])) 
  • Orange/bioinformatics/pstat.py

    r1629 r1632  
    105105## 11/08/98 ... fixed aput to output large arrays correctly 
    106106 
    107 import stats  # required 3rd party module 
     107from __future__ import absolute_import 
     108 
    108109import string, copy 
    109110from types import * 
  • Orange/bioinformatics/stats.py

    r1629 r1632  
    214214##              fixed (a)histogram (which sometimes counted points <lowerlimit) 
    215215 
    216 import pstat               # required 3rd party module 
     216from __future__ import absolute_import 
     217 
    217218import math, string, copy  # required python modules 
    218219from types import * 
     220 
     221from . import pstat               # required 3rd party module 
    219222 
    220223__version__ = 0.5 
  • Orange/bioinformatics/widgets/Anova.py

    r1625 r1632  
    11## Automatically adapted for numpy.oldnumeric Oct 03, 2007 by  
    22 
     3from __future__ import absolute_import 
     4 
    35import math 
     6 
    47import numpy.oldnumeric as Numeric, numpy.oldnumeric.ma as MA 
    58import numpy.oldnumeric.linear_algebra as LinearAlgebra 
     9 
    610import scipy.stats 
    7 import numpyExtn 
    8  
     11 
     12from . import numpyExtn 
    913 
    1014####################################################################################### 
    1115## ANOVA based on Multivariate Linear Regression 
    1216####################################################################################### 
    13  
    1417 
    1518class AnovaLRBase: 
  • Orange/bioinformatics/widgets/OWBioMart.py

    r1625 r1632  
    66""" 
    77 
    8 from OWWidget import * 
    9 import obiBioMart 
    10  
    11 from obiBioMart import * 
     8from __future__ import absolute_import 
    129 
    1310import sys, os 
    1411import traceback 
    1512import warnings 
    16  
    1713import socket 
    18 socket.setdefaulttimeout(60) 
    19  
    2014from collections import defaultdict 
    2115import itertools 
    22      
    23 import OWConcurrent 
    24  
     16 
     17from Orange.OrangeWidgets import OWConcurrent 
     18from Orange.OrangeWidgets.OWWidget import * 
     19 
     20from .. import obiBioMart 
     21from ..obiBioMart import * 
     22 
     23socket.setdefaulttimeout(60) 
    2524                 
    2625def is_hidden(tree): 
    2726    return getattr(tree, "hidden", "false") != "false" or getattr(tree, "hideDisplay", "false") != "false" 
    28  
    2927 
    3028class Control(object): 
  • Orange/bioinformatics/widgets/OWDicty.py

    r1625 r1632  
    66""" 
    77 
    8 from OWWidget import * 
    9 import obiDicty 
    10 import OWGUI 
    11 import orngEnviron 
     8from __future__ import absolute_import 
     9 
     10from collections import defaultdict 
    1211import sys 
    1312 
    14 from collections import defaultdict 
    15  
     13from Orange.orng import orngEnviron 
     14from Orange.OrangeWidgets import OWGUI 
     15from Orange.OrangeWidgets.OWWidget import * 
     16 
     17from .. import obiDicty 
    1618 
    1719class MyTreeWidgetItem(QTreeWidgetItem): 
     
    192194#        table.genesinrows = False 
    193195         
    194         from orngDataCaching import data_hints 
     196        from Orange.orng.orngDataCaching import data_hints 
    195197        data_hints.set_hint(table, "taxid", "352472", 10.0) 
    196198        data_hints.set_hint(table, "genesinrows", False, 10.0) 
  • Orange/bioinformatics/widgets/OWDisplayProfiles.py

    r1625 r1632  
    77""" 
    88 
    9 from OWTools import * 
    10 from OWWidget import * 
    11 from OWGraph import * 
    12 from OWToolbars import ZoomSelectToolbar 
    13 import OWGUI 
    14  
    15 from OWGraph import ColorPaletteGenerator 
    16  
     9from Orange.OrangeWidgets.OWGUI 
     10from Orange.OrangeWidgets.OWGraph import * 
     11from Orange.OrangeWidgets.OWToolbars import ZoomSelectToolbar 
     12from Orange.OrangeWidgets.OWTools import * 
     13from Orange.OrangeWidgets.OWWidget import * 
    1714import statc 
    1815 
  • Orange/bioinformatics/widgets/OWFeatureSelection.py

    r1625 r1632  
    66""" 
    77 
    8 from __future__ import with_statement 
    9 import orange 
    10  
    11 from obiExpression import * 
    12 from obiDifscale import ExpressionSignificance_AREA, ExpressionSignificance_FCts 
    13  
    14 from OWGraph import * 
    15 from OWGraphTools import PolygonCurve 
    16 from OWWidget import * 
    17 from OWHist import OWInteractiveHist 
    18 from OWToolbars import ZoomSelectToolbar 
    19  
    20 from obiGEO import transpose 
     8from __future__ import absolute_import, with_statement 
     9 
    2110from collections import defaultdict 
    2211from functools import wraps 
    2312from operator import add 
     13 
    2414import numpy as np 
    2515import numpy.ma as ma 
    2616 
    27 import OWGUI 
    28          
     17import orange 
     18from Orange.OrangeWidgets import OWGUI 
     19from Orange.OrangeWidgets.OWGraph import * 
     20from Orange.OrangeWidgets.OWGraphTools import PolygonCurve 
     21from Orange.OrangeWidgets.OWHist import OWInteractiveHist 
     22from Orange.OrangeWidgets.OWToolbars import ZoomSelectToolbar 
     23from Orange.OrangeWidgets.OWWidget import * 
     24 
     25from ..obiDifscale import ExpressionSignificance_AREA, ExpressionSignificance_FCts 
     26from ..obiExpression import * 
     27from ..obiGEO import transpose 
     28 
    2929class ExpressionSignificance_TTest_PValue(ExpressionSignificance_TTest): 
    3030    def __call__(self, *args, **kwargs): 
     
    8282    return f 
    8383 
    84 from orngDataCaching import data_hints 
    85 from OWGenotypeDistances import SetContextHandler 
    86 from OWVulcanoPlot import LabelSelectionWidget 
     84from Orange.orng.orngDataCaching import data_hints 
     85from .OWGenotypeDistances import SetContextHandler 
     86from .OWVulcanoPlot import LabelSelectionWidget 
    8787 
    8888class OWFeatureSelection(OWWidget): 
  • Orange/bioinformatics/widgets/OWGEODatasets.py

    r1625 r1632  
    66""" 
    77 
    8 from __future__ import with_statement 
    9  
    10 import sys, os, glob 
    11 from OWWidget import * 
    12 import OWGUI, OWGUIEx 
    13 import obiGEO 
    14 import orngServerFiles 
    15  
    16 from orngDataCaching import data_hints 
     8from __future__ import absolute_import, with_statement 
    179 
    1810from collections import defaultdict 
    1911from functools import partial  
     12import sys, os, glob 
     13 
     14from Orange.orng import orngServerFiles 
     15from Orange.orng.orngDataCaching import data_hints 
     16from Orange.OrangeWidgets import OWGUI, OWGUIEx 
     17from Orange.OrangeWidgets.OWWidget import * 
     18 
     19from .. import obiGEO 
    2020 
    2121LOCAL_GDS_COLOR = Qt.darkGreen 
     
    185185        return QSortFilterProxyModel.lessThan(self, left, right) 
    186186     
    187 from OWGUI import LinkStyledItemDelegate, LinkRole 
     187from Orange.OrangeWidgets.OWGUI import LinkStyledItemDelegate, LinkRole 
    188188 
    189189def childiter(item): 
  • Orange/bioinformatics/widgets/OWGOEnrichmentAnalysis.py

    r1625 r1632  
    77""" 
    88 
    9 from __future__ import with_statement 
    10  
    11 import obiGO 
    12 import obiProb 
    13 import obiTaxonomy 
    14 import obiGene 
    15 import sys, os, tarfile, math 
    16 import gc 
    17 import OWGUI 
    18 import orngServerFiles 
    19  
    20 from os.path import join as p_join 
    21 from OWWidget import * 
     9from __future__ import absolute_import, with_statement 
     10 
    2211from collections import defaultdict 
    2312from functools import partial 
    24  
    25 from orngDataCaching import data_hints 
     13import gc 
     14import sys, os, tarfile, math 
     15from os.path import join as p_join 
     16 
     17from Orange.orng import orngServerFiles 
     18from Orange.orng.orngDataCaching import data_hints 
     19from Orange.OrangeWidgets import OWGUI 
     20from Orange.OrangeWidgets.OWWidget import * 
     21 
     22from .. import obiGene, obiGO, obiProb, obiTaxonomy 
    2623 
    2724dataDir = orngServerFiles.localpath("GO") 
     
    4845 
    4946def getOrgFileName(org): 
    50     import orngServerFiles 
     47    from Orange.orng import orngServerFiles 
    5148    files = orngServerFiles.listfiles("go") 
    5249    return [f for f in files if org in f].pop() 
     
    312309 
    313310    def UpdateGOAndAnnotation(self, tags=[]): 
    314         from OWUpdateGenomicsDatabases import OWUpdateGenomicsDatabases 
     311        from .OWUpdateGenomicsDatabases import OWUpdateGenomicsDatabases 
    315312        w = OWUpdateGenomicsDatabases(parent = self, searchString=" ".join(tags)) 
    316313        w.setModal(True) 
  • Orange/bioinformatics/widgets/OWGeneInfo.py

    r1625 r1632  
    66<icon>icons/GeneInfo.png</icon> 
    77""" 
    8 from __future__ import with_statement 
    9  
    10 import obiGene, obiTaxonomy 
    11 import orange 
    12 import orngServerFiles 
    13  
    14 from OWWidget import * 
    15 import OWGUI 
    16  
    17 from orngDataCaching import data_hints 
     8 
     9from __future__ import absolute_import, with_statement 
    1810 
    1911from collections import defaultdict 
    2012from functools import partial 
     13 
     14import orange 
     15from Orange.orng import orngServerFiles 
     16from Orange.orng.orngDataCaching import data_hints 
     17from Orange.OrangeWidgets import OWGUI 
     18from Orange.OrangeWidgets.OWWidget import * 
     19 
     20from .. import obiGene, obiTaxonomy 
    2121 
    2222class TreeModel(QAbstractItemModel): 
     
    6565        return QVariant() 
    6666 
    67 from OWGUI import LinkStyledItemDelegate, LinkRole 
     67from Orange.OrangeWidgets.OWGUI import LinkStyledItemDelegate, LinkRole 
    6868 
    6969def lru_cache(maxsize=100): 
     
    148148     
    149149def dicty_info(taxid, genes): 
    150     import obiDicty  
     150    from .. import obiDicty  
    151151    info = obiDicty.DictyBase() 
    152152    name_matcher = obiGene.GMDicty() 
     
    463463         
    464464    def sendReport(self): 
    465         import OWReport 
     465        from Orange.OrangeWidgets import OWReport 
    466466        genes, matched = self.matchedInfo 
    467467        info, org = self.currentLoaded 
  • Orange/bioinformatics/widgets/OWGeneMania.py

    r1625 r1632  
    33""" 
    44 
    5 from OWWidget import * 
    6 import OWGUI 
    7 import obiGeneMania 
    8 import Orange 
     5from __future__ import absolute_import 
    96 
    107import os, sys 
    118import multiprocessing 
    129import random 
     10 
     11import Orange 
     12from Orange.OrangeWidgets import OWGUI 
     13from Orange.OrangeWidgets.OWWidget import * 
     14 
     15from .. import obiGeneMania 
    1316 
    1417class BarItemDelegate(QStyledItemDelegate): 
  • Orange/bioinformatics/widgets/OWGenotypeDistances.py

    r1625 r1632  
    66""" 
    77 
    8 from OWWidget import * 
    9 import OWGUI 
    10 from OWItemModels import PyListModel 
    11 import Orange 
     8from __future__ import absolute_import 
    129 
    1310from collections import defaultdict 
    1411from operator import add 
     12import math 
     13 
    1514import numpy 
    16 import math 
    17  
    18 from obiExperiments import separate_by, data_type, linearize, dist_pcorr, dist_eucl, dist_spearman 
     15 
     16import Orange 
     17from Orange.OrangeWidgets import OWGUI 
     18from Orange.OrangeWidgets.OWItemModels import PyListModel 
     19from Orange.OrangeWidgets.OWWidget import * 
     20 
     21from ..obiExperiments import separate_by, data_type, linearize, dist_pcorr, dist_eucl, dist_spearman 
    1922 
    2023def clone_attr(attr): 
  • Orange/bioinformatics/widgets/OWGsea.py

    r1625 r1632  
    66<icon>icons/GSEA.png</icon> 
    77""" 
    8 from __future__ import with_statement 
    9  
    10 from OWWidget import * 
    11 import OWGUI 
    12 import obiGsea 
    13 import obiGeneSets 
     8 
     9from __future__ import absolute_import, with_statement 
     10 
    1411from exceptions import Exception 
    1512import cPickle as pickle 
    1613from collections import defaultdict 
    17 import obiKEGG 
    18 import orngServerFiles 
    19 import obiGene 
    20  
    21 from orngDataCaching import data_hints 
     14 
     15from Orange.orng import orngServerFiles 
     16from Orange.orng.orngDataCaching import data_hints 
     17from Orange.OrangeWidgets import OWGUI 
     18from Orange.OrangeWidgets.OWWidget import * 
     19 
     20from .. import obiGene, obiGeneSets, obiGsea, obiKEGG 
    2221 
    2322def nth(l, n): 
  • Orange/bioinformatics/widgets/OWHeatMap.py

    r1625 r1632  
    77""" 
    88 
    9 import orange, math 
    10 import orangene 
    11 import OWGUI 
    12 from OWWidget import * 
    13 from OWDlgs import OWChooseImageSizeDlg 
    14 from ColorPalette import signedPalette 
    15 from OWClustering import HierarchicalClusterItem, DendrogramWidget, DendrogramItem 
    16 import OWColorPalette 
     9from __future__ import absolute_import 
    1710 
    1811from collections import defaultdict 
    1912import itertools 
    20 import orngClustering 
     13import math 
     14 
     15import orange 
     16import orangene 
     17from Orange.orng import orngClustering 
     18from Orange.OrangeWidgets import OWColorPalette 
     19from Orange.OrangeWidgets import OWGUI 
     20from Orange.OrangeWidgets.ColorPalette import signedPalette 
     21from Orange.OrangeWidgets.OWClustering import HierarchicalClusterItem, DendrogramWidget, DendrogramItem 
     22from Orange.OrangeWidgets.OWDlgs import OWChooseImageSizeDlg 
     23from Orange.OrangeWidgets.OWWidget import * 
    2124 
    2225DEBUG = False 
     
    141144        return context, isNew 
    142145     
    143 from OWGenotypeDistances import SetContextHandler 
     146from .OWGenotypeDistances import SetContextHandler 
    144147 
    145148class OWHeatMap(OWWidget): 
  • Orange/bioinformatics/widgets/OWKEGGPathwayBrowser.py

    r1625 r1632  
    55<icon>icons/KEGG.png</icon> 
    66""" 
    7 from __future__ import with_statement  
     7 
     8from __future__ import absolute_import, with_statement  
    89 
    910import sys 
     11from collections import defaultdict 
     12import webbrowser 
     13 
    1014import orange 
    11 import obiKEGG, orngServerFiles 
    12 import obiTaxonomy 
    13  
    14 import obiKEGG2 as obiKEGG 
    15 import obiGeneSets 
    16 import orngMisc 
    17  
    18 import webbrowser 
    19  
    20 from OWWidget import * 
    21 import OWGUI 
    22 from collections import defaultdict 
    23  
    24 from orngDataCaching import data_hints 
     15from Orange.orng import orngMisc 
     16from Orange.orng.orngDataCaching import data_hints 
     17from Orange.OrangeWidgets import OWGUI 
     18from Orange.OrangeWidgets.OWWidget import * 
     19 
     20from .. import obiKEGG, orngServerFiles 
     21from .. import obiTaxonomy 
     22from .. import obiKEGG2 as obiKEGG 
     23from .. import obiGeneSets 
    2524 
    2625USE_THREADING = True 
     
    725724         
    726725    def ClearCache(self): 
    727         from obiKEGG2 import caching 
     726        from ..obiKEGG2 import caching 
    728727        try: 
    729728            caching.clear_cache() 
     
    751750             
    752751    def saveGraph(self): 
    753         from OWDlgs import OWChooseImageSizeDlg 
     752        from Orange.OrangeWidgets.OWDlgs import OWChooseImageSizeDlg 
    754753        sizeDlg = OWChooseImageSizeDlg(self.pathwayView.scene(), parent=self) 
    755754        sizeDlg.exec_() 
     
    782781        pass         
    783782           
    784 import obiProb 
     783from .. import obiProb 
    785784 
    786785def pathway_enrichment(genesets, genes, reference, prob=None, callback=None): 
  • Orange/bioinformatics/widgets/OWMAPlot.py

    r1625 r1632  
    44""" 
    55 
    6 from OWWidget import * 
    7 from OWGraph import * 
    8 import OWGUI 
    9 import numpy 
    10  
    11 import obiExpression 
    12          
    13 import OWConcurrent 
     6from __future__ import absolute_import 
    147 
    158from functools import partial 
     9 
     10import numpy 
     11         
     12from Orange.OrangeWidgets import OWConcurrent 
     13from Orange.OrangeWidgets import OWGUI 
     14from Orange.OrangeWidgets.OWWidget import * 
     15from Orange.OrangeWidgets.OWGraph import * 
     16 
     17from .. import obiExpression 
    1618 
    1719class ProgressBarDiscard(QObject): 
     
    432434         
    433435    def saveGraph(self): 
    434         from OWDlgs import OWChooseImageSizeDlg 
     436        from Orange.OrangeWidgets.OWDlgs import OWChooseImageSizeDlg 
    435437        dlg = OWChooseImageSizeDlg(self.graph, parent=self) 
    436438        dlg.exec_() 
  • Orange/bioinformatics/widgets/OWMeSHBrowser.py

    r1625 r1632  
    77""" 
    88 
    9 from OWWidget import * 
     9from __future__ import absolute_import 
     10 
    1011from PyQt4.QtCore import * 
    1112from PyQt4.QtGui import * 
    12 from obiMeSH import * 
    13 import OWGUI 
     13 
     14from Orange.OrangeWidgets import OWGUI 
     15from Orange.OrangeWidgets.OWWidget import * 
     16 
     17from ..obiMeSH import * 
    1418 
    1519class MyQTableWidgetItem(QTableWidgetItem): 
  • Orange/bioinformatics/widgets/OWMoleculeVisualizer.py

    r1625 r1632  
    66""" 
    77 
    8 from __future__ import with_statement 
    9  
    10 import orange 
    11 from OWWidget import * 
    12 from PyQt4.QtSvg import * 
    13  
    14 import OWGUI 
     8from __future__ import absolute_import, with_statement 
     9 
    1510import sys, os, urllib2, urllib 
    1611import warnings 
    17  
    1812import shelve 
    1913from cStringIO import StringIO 
    20  
    2114import pickle 
    22 import obiChem 
    23 import orngEnviron 
     15 
     16from PyQt4.QtSvg import * 
     17 
     18import orange 
     19from Orange.orng import orngEnviron 
     20from Orange.OrangeWidgets import OWGUI 
     21from Orange.OrangeWidgets.OWWidget import * 
     22 
     23from .. import obiChem 
    2424 
    2525class dummy_module(object): 
  • Orange/bioinformatics/widgets/OWPIPA.py

    r1625 r1632  
    66""" 
    77 
    8 from OWWidget import * 
    9 import obiDicty 
    10 import OWGUI 
    11 import orngEnviron 
     8from __future__ import absolute_import 
     9 
    1210import sys, os 
    1311from collections import defaultdict 
    1412import math 
    1513 
     14from Orange.orng import orngEnviron 
     15from Orange.OrangeWidgets import OWGUI 
     16from Orange.OrangeWidgets.OWWidget import * 
     17 
     18from .. import obiDicty 
    1619 
    1720#def pyqtConfigure(object, **kwargs): 
     
    694697            table = orange.ExampleTable(domain, table) 
    695698             
    696             from orngDataCaching import data_hints 
     699            from Orange.orng.orngDataCaching import data_hints 
    697700            data_hints.set_hint(table, "taxid", "352472")  
    698701            data_hints.set_hint(table, "genesinrows", False) 
  • Orange/bioinformatics/widgets/OWQualityControl.py

    r1625 r1632  
    55""" 
    66 
     7from __future__ import absolute_import, with_statement 
     8 
    79import sys 
    8  
    9 import Orange 
    10  
    11 from OWWidget import * 
    12 from OWItemModels import PyListModel, safe_text 
    13 from OWGraphics import GraphicsSimpleTextLayoutItem 
    14 import OWGUI 
    15  
    16 from OWGenotypeDistances import SetContextHandler 
    17  
    18 import obiExperiments as exp 
    19 import numpy 
    20  
    2110from collections import defaultdict 
    2211from contextlib import contextmanager 
    2312from pprint import pprint 
    2413 
     14import numpy 
     15 
     16import Orange 
     17from Orange.OrangeWidgets import OWGUI 
     18from Orange.OrangeWidgets.OWWidget import * 
     19from Orange.OrangeWidgets.OWItemModels import PyListModel, safe_text 
     20from Orange.OrangeWidgets.OWGraphics import GraphicsSimpleTextLayoutItem 
     21 
     22from .. import obiExperiments as exp 
     23 
     24from .OWGenotypeDistances import SetContextHandler 
     25 
    2526DEBUG = False 
    26  
    2727 
    2828@contextmanager 
     
    581581         
    582582    def save_graph(self): 
    583         from OWDlgs import OWChooseImageSizeDlg 
     583        from Orange.OrangeWidgets.OWDlgs import OWChooseImageSizeDlg 
    584584        dlg = OWChooseImageSizeDlg(self.scene, parent=self) 
    585585        dlg.exec_() 
  • Orange/bioinformatics/widgets/OWSetEnrichment.py

    r1625 r1632  
    11"""<name>Gene Set Enrichment</name> 
    22""" 
    3 from __future__ import with_statement 
    4  
    5 from OWWidget import * 
    6  
    7 import obiGeneSets 
    8 import obiGene 
    9 import obiTaxonomy 
    10 import obiProb 
    11 import OWGUI 
     3 
     4from __future__ import absolute_import, with_statement 
    125 
    136import math 
    14 import orngServerFiles 
    15 import orngEnviron 
    16  
    17 from orngDataCaching import data_hints 
    18  
    197from collections import defaultdict 
    208 
    21 from OWGUI import LinkStyledItemDelegate, LinkRole 
    22 from OWGUI import BarItemDelegate 
     9from Orange.orng import orngEnviron, orngServerFiles 
     10from Orange.orng.orngDataCaching import data_hints 
     11from Orange.OrangeWidgets import OWGUI 
     12from Orange.OrangeWidgets.OWGUI import LinkStyledItemDelegate, LinkRole 
     13from Orange.OrangeWidgets.OWGUI import BarItemDelegate 
     14from Orange.OrangeWidgets.OWWidget import * 
     15 
     16from .. import obiGene, obiGeneSets, obiProb, obiTaxonomy 
    2317 
    2418def _toPyObject(variant): 
     
    148142                        checkCallback=self.filterAnnotationsChartView) 
    149143         
    150         import OWGUIEx 
     144        from Orange.OrangeWidgets import OWGUIEx 
    151145        self.filterLineEdit = OWGUIEx.QLineEditWithActions(self) 
    152146        self.filterLineEdit.setPlaceholderText("Filter ...") 
     
    319313         
    320314    def updateGeneMatcherSettings(self): 
    321         from OWGOEnrichmentAnalysis import GeneMatcherDialog 
     315        from .OWGOEnrichmentAnalysis import GeneMatcherDialog 
    322316        dialog = GeneMatcherDialog(self, defaults=self.geneMatcherSettings, enabled=[True] * 4, modal=True) 
    323317        if dialog.exec_(): 
     
    428422         
    429423        results = [] 
    430         from orngMisc import progressBarMilestones 
     424        from Orange.orng.orngMisc import progressBarMilestones 
    431425         
    432426        milestones = progressBarMilestones(len(collections), 100) 
  • Orange/bioinformatics/widgets/OWUpdateGenomicsDatabases.py

    r1625 r1632  
    77""" 
    88 
    9 from OWDatabasesUpdate import * 
     9from Orange.OrangeWidgets.OWDatabasesUpdate import * 
    1010 
    1111class OWUpdateGenomicsDatabases(OWDatabasesUpdate):  
  • Orange/bioinformatics/widgets/OWVulcanoPlot.py

    r1625 r1632  
    77""" 
    88 
    9 from OWWidget import * 
    10 from OWGraph import * 
    11 import OWGUI 
    12 import orange 
     9from __future__ import absolute_import 
     10 
    1311import itertools 
    1412from operator import add 
    1513from collections import defaultdict 
    1614from math import log 
     15 
     16import numpy 
     17 
     18import orange 
    1719from statc import mean, ttest_ind 
    18 from obiGEO import transpose 
    19 import obiExpression 
    20 import numpy 
    21  
    22 from orngDataCaching import data_hints 
    23  
    24 from OWToolbars import ZoomSelectToolbar 
     20 
     21from Orange.orng.orngDataCaching import data_hints 
     22from Orange.OrangeWidgets.OWToolbars import ZoomSelectToolbar 
     23from Orange.OrangeWidgets.OWWidget import * 
     24from Orange.OrangeWidgets.OWGraph import * 
     25from Orange.OrangeWidgets import OWGUI 
     26 
     27from .. import obiExpression 
     28from ..obiGEO import transpose 
    2529 
    2630class GraphSelections(QObject): 
     
    132136        return (numpy.abs(data[:, 0]) >= cutoffX) & (data[:, 1] >= cutoffY) 
    133137     
    134 from OWItemModels import PyListModel 
     138from Orange.OrangeWidgets.OWItemModels import PyListModel 
    135139 
    136140def item_selection(indices, model, selection=None, column=0): 
     
    422426        self.replot() 
    423427         
    424 from OWGenotypeDistances import SetContextHandler 
    425 from OWFeatureSelection import disable_controls 
     428from .OWGenotypeDistances import SetContextHandler 
     429from .OWFeatureSelection import disable_controls 
    426430 
    427431class OWVulcanoPlot(OWWidget): 
  • Orange/bioinformatics/widgets/chipstat.py

    r1625 r1632  
    11## Automatically adapted for numpy.oldnumeric Oct 04, 2007 by  
    22 
     3from __future__ import absolute_import 
     4 
    35import math 
     6import os, os.path 
     7 
    48import numpy 
    59import numpy.oldnumeric as Numeric, numpy.oldnumeric.ma as MA 
    610import numpy.oldnumeric.linear_algebra as LinearAlgebra 
    7 import numpyExtn 
    8 import os, os.path 
     11 
    912import orange 
     13 
     14from . import numpyExtn 
    1015 
    1116######################################################################### 
  • scripts/download_datasets.py

    r1631 r1632  
    88        print "Downloading essential genomics databases" 
    99        if sys.platform == "win32": 
    10             os.system("start " + sys.prefix+"""\\python.exe -c "import orngServerFiles; orngServerFiles.update_by_tags(tags=['essential'])" """) 
     10            os.system("start " + sys.prefix+"""\\python.exe -c "from Orange.orng import orngServerFiles; orngServerFiles.update_by_tags(tags=['essential'])" """) 
    1111        else: 
    12             import orngServerFiles 
     12            from Orange.orng import orngServerFiles 
    1313            orngServerFiles.update_by_tags(tags=["essential"]) 
    1414    except Exception, ex: 
     
    2020    print "widget in Orange Canvas or use the orngServerFiles module:" 
    2121    print 
    22     print "    import orngServerFiles" 
     22    print "    from Orange.orng import orngServerFiles" 
    2323    print "    orgnServerFiles.consoleupdate()" 
    2424    print 
  • tests/test_kegg.py

    r1548 r1632  
    11import unittest 
    2 import obiKEGG2 as kegg 
     2 
     3from Orange.bioinformatics import obiKEGG2 as kegg 
    34 
    45#from obiKEGGservices import  
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.