Changeset 1632:9cf919d0f343 in orange-bioinformatics for Orange/bioinformatics/obiGO.py


Ignore:
Timestamp:
04/16/12 19:53:28 (2 years ago)
Author:
mitar
Branch:
default
Message:

Fixing imports.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • Orange/bioinformatics/obiGO.py

    r1625 r1632  
    22 
    33""" 
     4 
     5from __future__ import absolute_import 
    46 
    57from urllib import urlretrieve 
     
    1315from collections import defaultdict 
    1416 
    15 import obiProb, obiGene 
    16 import orngEnviron 
     17from Orange.orng import orngEnviron 
     18 
     19from . import obiProb, obiGene 
    1720 
    1821try: 
    19     import orngServerFiles 
     22    from Orange.orng import orngServerFiles 
    2023    default_database_path = os.path.join(orngServerFiles.localpath(), "GO") 
    2124except Exception: 
     
    290293        filename = os.path.join(default_database_path, "gene_ontology_edit.obo.tar.gz") 
    291294        if not os.path.isfile(filename) and not os.path.isdir(filename): 
    292             import orngServerFiles 
     295            from Orange.orng import orngServerFiles 
    293296            orngServerFiles.download("GO", "gene_ontology_edit.obo.tar.gz") 
    294297        try: 
     
    319322        data=c.findall(data) 
    320323 
    321         import orngMisc 
     324        from Orange.orng import orngMisc 
    322325        milestones = orngMisc.progressBarMilestones(len(data), 90) 
    323326        for i, block in enumerate(builtinOBOObjects + data): 
     
    561564                self.taxid = to_taxid(organism_name_search(file)).pop() 
    562565        if not self.genematcher and self.taxid: 
    563             import obiGene 
     566            from . import obiGene 
    564567            self.genematcher = obiGene.matcher([obiGene.GMGO(self.taxid)] + \ 
    565568                                               ([obiGene.GMDicty(), [obiGene.GMGO(self.taxid), 
     
    572575    def organism_name_search(cls, org): 
    573576        ids = to_taxid(org)  
    574         import obiTaxonomy as tax 
     577        from . import obiTaxonomy as tax 
    575578        if not ids: 
    576579            ids = [org] if org in Taxonomy().common_org_map.keys() + Taxonomy().code_map.keys() else [] 
     
    615618        given organism from default_database_path. 
    616619        """ 
    617         import orngServerFiles 
     620        from Orange.orng import orngServerFiles 
    618621        code = organism_name_search(org) 
    619622         
     
    646649            f = file 
    647650        lines = [line for line in f.read().split("\n") if line.strip()] 
    648         import orngMisc 
     651        from Orange.orng import orngMisc 
    649652        milestones = orngMisc.progressBarMilestones(len(lines), 100) 
    650653        for i,line in enumerate(lines): 
     
    813816        terms = self.ontology.ExtractSuperGraph(annotationsDict.keys()) 
    814817        res = {} 
    815         import orngMisc 
     818        from Orange.orng import orngMisc 
    816819        milestones = orngMisc.progressBarMilestones(len(terms), 100) 
    817820        for i, term in enumerate(terms): 
     
    981984        os.rename(filename + ".part", filename) 
    982985 
    983 from obiTaxonomy import pickled_cache 
     986from . from obiTaxonomy import pickled_cache 
    984987 
    985988@pickled_cache(None, [("GO", "taxonomy.pickle"), ("Taxonomy", "ncbi_taxonomy.tar.gz")]) 
     
    12381241        cellText.append((str(n), str(m), p_val, fdr_val, name, genes)) 
    12391242 
    1240 ##    from orngClustering import TableTextLayout 
     1243##    from Orange.orng.orngClustering import TableTextLayout 
    12411244##    text = TableTextLayout((maxFoldEnrichment*1.1, len(termsList)), cellText) 
    1242     from orngClustering import TablePlot 
     1245    from Orange.orng.orngClustering import TablePlot 
    12431246    if True: 
    12441247        axes2 = plt.axes([0.3, 0.1, 0.6, 0.8], sharey=axes1) 
     
    12991302        self.__dict__ = self.__shared_state 
    13001303        if not self.tax: 
    1301             import orngServerFiles 
     1304            from Orange.orng import orngServerFiles 
    13021305            path = orngServerFiles.localpath_download("GO", "taxonomy.pickle") 
    13031306            if os.path.isfile(path): 
     
    13461349        self.callback(100*bCount*bSize/fSize) 
    13471350         
    1348 from obiGenomicsUpdate import Update as UpdateBase 
     1351from .obiGenomicsUpdate import Update as UpdateBase 
    13491352 
    13501353import urllib2 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.