Changeset 1632:9cf919d0f343 in orange-bioinformatics for Orange/bioinformatics/obiGene.py


Ignore:
Timestamp:
04/16/12 19:53:28 (2 years ago)
Author:
mitar
Branch:
default
Message:

Fixing imports.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • Orange/bioinformatics/obiGene.py

    r1625 r1632  
    1 import os 
    2 import obiTaxonomy 
    3 import orngServerFiles 
    4  
    5 import time 
     1from __future__ import absolute_import 
     2 
     3import os, time 
     4 
     5from Orange.orng . import orngServerFiles 
     6 
     7from . import obiTaxonomy 
    68 
    79default_database_path = orngServerFiles.localpath("NCBI_geneinfo") 
     
    246248     
    247249    def create_info(self): 
    248         import obiBioMart 
     250        from . import obiBioMart 
    249251        if self.organism in self.BIOMART_CONF: 
    250252            dset_name, attrs = self.BIOMART_CONF[self.organism] 
     
    453455    defined differently (in gene_matcher_path). """ 
    454456    if  gene_matcher_path == None: 
    455         import orngEnviron 
     457        from Orange.orng import orngEnviron 
    456458        pth = os.path.join(orngEnviron.directoryNames["bufferDir"],  
    457459            "gene_matcher") 
     
    644646 
    645647    def _organism_name(self, organism): 
    646         import obiKEGG  
     648        from . import obiKEGG  
    647649        return obiKEGG.organism_name_search(organism) 
    648650 
    649651    def create_aliases(self): 
    650652        organism = self._organism_name(self.organism) 
    651         import obiKEGG 
     653        from . import obiKEGG 
    652654        org = obiKEGG.KEGGOrganism(self.organism, genematcher=GMDirect()) 
    653655        genes = org.genes 
     
    657659 
    658660    def create_aliases_version(self): 
    659         import obiKEGG 
     661        from . import obiKEGG 
    660662        return obiKEGG.KEGGOrganism.organism_version(self.organism) + ".1" 
    661663 
     
    687689    def _organism_name(self, organism): 
    688690        """ Returns internal GO organism name. Used to define file name. """ 
    689         import obiGO 
     691        from . import obiGO 
    690692        return obiGO.organism_name_search(self.organism) 
    691693 
    692694    def create_aliases(self): 
    693         import obiGO 
     695        from . import obiGO 
    694696        annotations = obiGO.Annotations(self.organism, genematcher=GMDirect()) 
    695697        names = annotations.geneNamesDict 
     
    702704 
    703705    def create_aliases_version(self): 
    704         import obiGO 
     706        from . import obiGO 
    705707        return "v2." + obiGO.Annotations.organism_version(self.organism) 
    706708 
     
    712714 
    713715    def create_aliases(self): 
    714         import obiDicty 
     716        from . import obiDicty 
    715717        db = obiDicty.DictyBase() 
    716718        #db.info, db.mappings 
     
    721723 
    722724    def create_aliases_version(self): 
    723         import obiDicty 
     725        from . import obiDicty 
    724726        return "v1." + obiDicty.DictyBase.version() 
    725727 
     
    787789     
    788790    def create_aliases(self): 
    789         import obiBioMart 
     791        from . import obiBioMart 
    790792        if self.organism in self.BIOMART_CONF: 
    791793            dset_name, attrs = self.BIOMART_CONF[self.organism] 
     
    965967 
    966968    import time 
    967     import obiGeneSets 
     969    from . import obiGeneSets 
    968970 
    969971    def testsets(): 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.