Changeset 1632:9cf919d0f343 in orange-bioinformatics for Orange/bioinformatics/obiTaxonomy.py


Ignore:
Timestamp:
04/16/12 19:53:28 (2 years ago)
Author:
mitar
Branch:
default
Message:

Fixing imports.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • Orange/bioinformatics/obiTaxonomy.py

    r1625 r1632  
    1 import urllib2 
    2 import os, sys, shutil 
    3 import cPickle 
    4 import tarfile 
    5 import StringIO 
    6 import obiGenomicsUpdate 
    7 import obiData 
    8 import orngEnviron 
    9 import orngServerFiles 
    10  
    11 from urllib2 import urlopen 
     1from __future__ import absolute_import, division 
     2 
    123from collections import defaultdict 
     4import cPickle, os, shutil, sys, StringIO, tarfile, urllib2 
     5 
     6from Orange.orng import orngEnviron, orngServerFiles 
     7 
     8from . import obiData, obiGenomicsUpdate 
    139 
    1410# list of common organisms from http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy 
     
    198194            pass 
    199195        try: 
    200             import orngServerFiles as sf 
     196            from . import orngServerFiles as sf 
    201197            sf.download("Taxonomy", "ncbi_taxonomy.tar.gz") 
    202198            self._text = TextDB(os.path.join(default_database_path, "ncbi_taxonomy.tar.gz", "ncbi_taxonomy.db")) 
     
    255251        from cStringIO import StringIO 
    256252        if file == None: 
    257             file = tarfile.open(None, "r:gz", StringIO(urlopen("ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz").read())) 
     253            file = tarfile.open(None, "r:gz", StringIO(urllib2.urlopen("ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz").read())) 
    258254        if type(file) == str: 
    259255            file = tarfile.open(file) 
     
    338334    """ See if the code is a valid code in any database and return a set of its taxids. 
    339335    """ 
    340     import obiKEGG, obiGO 
     336    from . import obiKEGG, obiGO 
    341337    results = set() 
    342338    for test in [obiKEGG.to_taxid, obiGO.to_taxid]: 
     
    363359    return Taxonomy().taxids() 
    364360 
    365 import obiGenomicsUpdate 
     361from . import obiGenomicsUpdate 
    366362 
    367363class Update(obiGenomicsUpdate.Update): 
     
    371367    def IsUpdatable(self, func, args): 
    372368        from datetime import datetime 
    373         import obiData 
     369        from . import obiData 
    374370        if func == Update.UpdateTaxonomy: 
    375371##            stream = urllib2.urlopen("ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz") 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.