Changeset 1719:6e8861564778 in orange-bioinformatics for server_update/updatePPI.py


Ignore:
Timestamp:
08/31/12 14:09:46 (20 months ago)
Author:
markotoplak
Branch:
default
Message:

Fixed update scripts for MeSH, GO, HomoloGene, NCBI_geneinfo, OMIM, PPI. Moved wget to Orange.utils.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • server_update/updatePPI.py

    r1717 r1719  
    22##!contact=ales.erjavec@fri.uni-lj.si 
    33 
    4 import obiPPI, orngServerFiles 
     4from Orange.bio import obiPPI 
     5import Orange.utils.serverfiles as orngServerFiles 
    56import os, sys, shutil, urllib2, tarfile 
    67from getopt import getopt 
     
    1819    pass 
    1920 
    20 obiPPI.MIPS.download() 
    21  
    2221try: 
    2322    serverFiles.create_domain("PPI") 
    2423except Exception, ex: 
    2524    print ex 
    26 filename = orngServerFiles.localpath("PPI", "mppi.gz") 
    27 serverFiles.upload("PPI", "allppis.xml", filename, "MIPS Protein interactions", 
    28                    tags=["protein interaction", "MIPS", "#compression:gz", "#version:%i" % obiPPI.MIPS.VERSION] 
    29                    ) 
    30 serverFiles.unprotect("PPI", "allppis.xml")  
    3125 
    32 if False: ## download BIOGRID-ALL manually 
     26if True: 
     27    obiPPI.MIPS.download() 
     28 
     29    filename = orngServerFiles.localpath("PPI", "mppi.gz") 
     30    serverFiles.upload("PPI", "allppis.xml", filename, "MIPS Protein interactions", 
     31                       tags=["protein interaction", "MIPS", "#compression:gz", "#version:%i" % obiPPI.MIPS.VERSION] 
     32                       ) 
     33    serverFiles.unprotect("PPI", "allppis.xml")  
     34 
     35if True: 
     36    obiPPI.BioGRID.download_data("http://thebiogrid.org/downloads/archives/Release%20Archive/BIOGRID-3.1.91/BIOGRID-ALL-3.1.91.tab2.zip") #replace with the newest version 
     37 
     38    sfn = obiPPI.BioGRID.SERVER_FILE 
     39 
     40    filename = orngServerFiles.localpath("PPI", sfn) 
     41 
    3342    import gzip 
    34     filename = orngServerFiles.localpath("PPI", "BIOGRID-ALL.tab") 
    3543    gz = gzip.GzipFile(filename + ".gz", "wb") 
    3644    gz.write(open(filename, "rb").read()) 
    3745    gz.close() 
    38     serverFiles.upload("PPI", "BIOGRID-ALL.tab", filename + ".gz", title="BioGRID Protein interactions",  
    39                        tags=["protein interaction", "BioGrid", "#compression:gz", "#version:%i" % obiPPI.BioGRID.VERSION] 
    40                        ) 
    41     serverFiles.unprotect("PPI", "BIOGRID-ALL.tab") 
    4246 
     47    serverFiles.upload("PPI", sfn, filename + ".gz",  
     48        title="BioGRID Protein interactions",  
     49        tags=["protein interaction", "BioGrid", "#compression:gz", "#version:%s" % obiPPI.BioGRID.VERSION] 
     50        ) 
     51    serverFiles.unprotect("PPI", sfn) 
     52 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.