Changeset 1720:354d91b1af9f in orange-bioinformatics for _bioinformatics/obiTaxonomy.py


Ignore:
Timestamp:
09/01/12 14:58:03 (20 months ago)
Author:
markotoplak
Branch:
default
Message:

Fixed update scripts for STRING and Taxonomy.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • _bioinformatics/obiTaxonomy.py

    r1716 r1720  
    249249    def ParseTaxdumpFile(file=None, outputdir=None, callback=None): 
    250250        from cStringIO import StringIO 
     251        import Orange.utils 
    251252        if file == None: 
    252             file = tarfile.open(None, "r:gz", StringIO(urllib2.urlopen("ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz").read())) 
    253         if type(file) == str: 
     253            so = StringIO() 
     254            Orange.utils.wget("ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz", dst_obj=so) 
     255            file = tarfile.open(None, "r:gz", StringIO(so.getvalue())) 
     256            so.close() 
     257        elif type(file) == str: 
    254258            file = tarfile.open(file) 
    255259        names = file.extractfile("names.dmp").readlines() 
     
    280284        text = TextDB().create(os.path.join(outputdir, "ncbi_taxonomy.db")) 
    281285        info = TextDB().create(os.path.join(outputdir, "ncbi_taxonomy_inf.db")) 
    282         milestones = set(range(0, len(namesDict), max(len(namesDict)/100, 1))) 
     286        milestones = set(range(0, len(namesDict), max(int(len(namesDict)/100), 1))) 
    283287        for i, (id, names) in enumerate(namesDict.items()): 
    284288            parent, rank = nodesDict[id] 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.