Changeset 1825:7187e6ba2114 in orange-bioinformatics


Ignore:
Timestamp:
06/19/13 18:12:31 (10 months ago)
Author:
Flashpoint <vid.flashpoint@…>
Branch:
default
Message:

Added some missing info to the obiGeneAtlas.py API

Location:
_bioinformatics
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • _bioinformatics/obiGeneAtlas.py

    r1704 r1825  
    252252                     link="http://www.ebi.ac.uk/gxa/qrs?specie_0={organism}&gprop_0=&gnot_0=&gval_0=&fact_1=&fexp_1=UPDOWN&fmex_1=&fval_1=%22{efv}%22+&view=hm".format( \ 
    253253                            organism=organism, efv="+".join(efv.lower().split())), 
    254                      hierarchy=("Tissues", ef_display)) 
     254                     hierarchy=("Gene expression atlas", ef_display)) 
    255255        gene_sets.append(gs) 
    256256    return GeneSets(gene_sets) 
     
    353353        if indent: 
    354354            url += "&indent" 
    355 #        print url 
     355        #print url 
     356 
    356357        if self.cache is not None: 
    357358            return self._query_cached(url, format) 
     
    449450    ["Anopheles gambiae", 
    450451     "Arabidopsis thaliana", 
     452     "Bacillus subtilis", 
    451453     "Bos taurus", 
    452454     "Caenorhabditis elegans", 
     455     "Canis familiaris", 
     456     "Ciona intestinalis", 
     457     "Ciona savignyi", 
    453458     "Danio rerio", 
     459     "Dasypus novemcinctus", 
    454460     "Drosophila melanogaster", 
    455461     "Epstein barr virus", 
     462     "Equus caballus", 
    456463     "Gallus gallus", 
     464     "Gorilla gorilla", 
    457465     "Homo sapiens", 
    458466     "Human cytomegalovirus", 
     467     "Human immunodeficiency virus", 
    459468     "Kaposi sarcoma-associated herpesvirus", 
     469     "Macaca mulatta", 
     470     "Monodelphis domestica", 
    460471     "Mus musculus", 
     472     "Ornithorhynchus anatinus", 
     473     "Oryza sativa", 
     474     "Pan troglodytes", 
     475     "Pongo abelii", 
     476     "Populus trichocarpa", 
    461477     "Rattus norvegicus", 
    462478     "Saccharomyces cerevisiae", 
    463479     "Schizosaccharomyces pombe", 
    464 #     "Unknown", 
    465      "Xenopus laevis" 
     480     "Sus scrofa", 
     481     "Unknown", 
     482     "Vitis vinifera", 
     483     "Xenopus laevis", 
     484     "Xenopus tropicalis" 
    466485     ] 
    467486     
     
    568587        # TODO: validate the factor and value 
    569588#        assert(self.factor in ef_ontology()) 
    570         assert(self.regulation in ["up", "down", "updown"]) 
     589        assert(self.regulation in ["up", "down", "updown", "none", "any"]) 
    571590         
    572591    def rest(self): 
     
    655674    :param genes: A list of gene names to search for. 
    656675    :param regulation: Search for experiments in which `genes` are "up", 
    657         "down", "updown" or "none" regulated. If None all experiments 
     676        "down", "updown", "any" or "none" regulated. If "any" all experiments 
    658677        are searched. 
    659678    :param organism: Search experiments for organism. If None all experiments 
  • _bioinformatics/obiGeneSets.py

    r1818 r1825  
    302302    """ Registers using the common hierarchy and organism. """ 
    303303    pth = local_path() 
    304  
    305304    org = genesets.common_org() 
    306305    hierarchy = genesets.common_hierarchy() 
  • _bioinformatics/widgets/OWSetEnrichment.py

    r1824 r1825  
    185185        self.connect(self.groupsWidget, SIGNAL("itemClicked(QTreeWidgetItem *, int)"), self.subsetSelectionChanged) 
    186186 
     187        self.omnibox = 1                                                                  ## A FUNCTION CALL TO HANDLE SELECTING/DESELECTING gene sets 
     188        OWGUI.checkBox(self.controlArea, self, "omnibox", "Select/Unselect all gene sets")#, callback= lambda :self.allSetsChanged()) 
     189 
    187190        OWGUI.button(self.controlArea, self, "Commit", callback=self.commit) 
    188191 
     
    272275        collection[taxid].update(collection[None]) 
    273276        return collection[taxid] 
     277 
     278 
     279 
     280 
     281## AN ATTEMPT TO ENABLE/DISABLE all gene sets at once 
     282#    def allSetsChanged(self): 
     283#        print self.omnibox 
     284#        print self.getHierarchyCheckState() 
     285#        print self.categoriesCheckState 
     286#        print self.selectedCategories() 
     287         
     288 
    274289 
    275290    def setHierarchy(self, hierarchy): 
     
    583598 
    584599 
    585 if __name__ == "__main__": 
     600if __name__ == "__main__":   
    586601    import cProfile 
    587602 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.