Changeset 1825:7187e6ba2114 in orange-bioinformatics for _bioinformatics/obiGeneAtlas.py


Ignore:
Timestamp:
06/19/13 18:12:31 (10 months ago)
Author:
Flashpoint <vid.flashpoint@…>
Branch:
default
Message:

Added some missing info to the obiGeneAtlas.py API

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • _bioinformatics/obiGeneAtlas.py

    r1704 r1825  
    252252                     link="http://www.ebi.ac.uk/gxa/qrs?specie_0={organism}&gprop_0=&gnot_0=&gval_0=&fact_1=&fexp_1=UPDOWN&fmex_1=&fval_1=%22{efv}%22+&view=hm".format( \ 
    253253                            organism=organism, efv="+".join(efv.lower().split())), 
    254                      hierarchy=("Tissues", ef_display)) 
     254                     hierarchy=("Gene expression atlas", ef_display)) 
    255255        gene_sets.append(gs) 
    256256    return GeneSets(gene_sets) 
     
    353353        if indent: 
    354354            url += "&indent" 
    355 #        print url 
     355        #print url 
     356 
    356357        if self.cache is not None: 
    357358            return self._query_cached(url, format) 
     
    449450    ["Anopheles gambiae", 
    450451     "Arabidopsis thaliana", 
     452     "Bacillus subtilis", 
    451453     "Bos taurus", 
    452454     "Caenorhabditis elegans", 
     455     "Canis familiaris", 
     456     "Ciona intestinalis", 
     457     "Ciona savignyi", 
    453458     "Danio rerio", 
     459     "Dasypus novemcinctus", 
    454460     "Drosophila melanogaster", 
    455461     "Epstein barr virus", 
     462     "Equus caballus", 
    456463     "Gallus gallus", 
     464     "Gorilla gorilla", 
    457465     "Homo sapiens", 
    458466     "Human cytomegalovirus", 
     467     "Human immunodeficiency virus", 
    459468     "Kaposi sarcoma-associated herpesvirus", 
     469     "Macaca mulatta", 
     470     "Monodelphis domestica", 
    460471     "Mus musculus", 
     472     "Ornithorhynchus anatinus", 
     473     "Oryza sativa", 
     474     "Pan troglodytes", 
     475     "Pongo abelii", 
     476     "Populus trichocarpa", 
    461477     "Rattus norvegicus", 
    462478     "Saccharomyces cerevisiae", 
    463479     "Schizosaccharomyces pombe", 
    464 #     "Unknown", 
    465      "Xenopus laevis" 
     480     "Sus scrofa", 
     481     "Unknown", 
     482     "Vitis vinifera", 
     483     "Xenopus laevis", 
     484     "Xenopus tropicalis" 
    466485     ] 
    467486     
     
    568587        # TODO: validate the factor and value 
    569588#        assert(self.factor in ef_ontology()) 
    570         assert(self.regulation in ["up", "down", "updown"]) 
     589        assert(self.regulation in ["up", "down", "updown", "none", "any"]) 
    571590         
    572591    def rest(self): 
     
    655674    :param genes: A list of gene names to search for. 
    656675    :param regulation: Search for experiments in which `genes` are "up", 
    657         "down", "updown" or "none" regulated. If None all experiments 
     676        "down", "updown", "any" or "none" regulated. If "any" all experiments 
    658677        are searched. 
    659678    :param organism: Search experiments for organism. If None all experiments 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.