Changeset 1947:29931e1c32be in orange-bioinformatics for orangecontrib/bio/widgets/OWGeneInfo.py


Ignore:
Timestamp:
01/16/14 12:05:59 (3 months ago)
Author:
Ales Erjavec <ales.erjavec@…>
Branch:
default
Message:

Fixed Gene Info report.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • orangecontrib/bio/widgets/OWGeneInfo.py

    r1942 r1947  
    304304        self.row2geneinfo = {} 
    305305        self.data = None 
    306         self.currentLoaded = None, None 
     306 
     307        #: (# input genes, # matches genes) 
     308        self.matchedInfo = 0, 0 
    307309        self.selectionUpdateInProgress = False 
    308310 
     
    439441        org = self.organisms[min(self.organismIndex, len(self.organisms) - 1)] 
    440442        source_name, info_getter = self.infoSource() 
    441         info, currorg = self.currentLoaded 
     443 
    442444        self.error(0) 
    443445 
     
    467469 
    468470        self.geneinfo = geneinfo = list(zip(self.genes, geneinfo)) 
    469  
    470471        self.cells = cells = [] 
    471472        self.row2geneinfo = {} 
     
    599600        from Orange.OrangeWidgets import OWReport 
    600601        genes, matched = self.matchedInfo 
    601         info, org = self.currentLoaded 
    602         self.reportRaw("<p>Input: %i genes of which %i (%.1f%%) matched NCBI synonyms<br>Organism: %s<br>Filter: %s</p>" % (genes, matched, 100.0 * matched / genes, obiTaxonomy.name(org), self.searchString)) 
    603         self.reportSubsection("Gene list") 
    604         self.reportRaw(reportItemView(self.treeWidget)) 
    605          
     602 
     603        if self.organisms: 
     604            org = self.organisms[min(self.organismIndex, 
     605                                     len(self.organisms) - 1)] 
     606            org_name = obiTaxonomy.name(org) 
     607        else: 
     608            org = None 
     609            org_name = None 
     610        if self.data is not None: 
     611            self.reportRaw( 
     612                "<p>Input: %i genes of which %i (%.1f%%) matched NCBI synonyms" 
     613                "<br>" 
     614                "Organism: %s" 
     615                "<br>" 
     616                "Filter: %s" 
     617                "</p>" % (genes, matched, 100.0 * matched / genes, org_name, 
     618                          self.searchString) 
     619            ) 
     620            self.reportSubsection("Gene list") 
     621            self.reportRaw(reportItemView(self.treeWidget)) 
     622        else: 
     623            self.reportRaw("<p>No input</p>") 
     624 
    606625    def updateDictyExpressLink(self, genes, show=False): 
    607626        def fix(ddb): 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.