Changeset 1214:273aae68347e in orange-bioinformatics


Ignore:
Timestamp:
09/24/10 10:42:38 (4 years ago)
Author:
markotoplak
Branch:
default
Convert:
b278bd2b9ade9c7d73c134d2c1821ac3a6bdb081
Message:

obiDicty and obiGeneSets: error reporting

Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • obiDicty.py

    r1212 r1214  
    193193                return self.get(request, data=data, tryN=tryN-1) 
    194194            else: 
     195                if verbose: 
     196                    print rafw[:1000] 
    195197                raise Exception("Error with the database") 
    196198 
  • obiGeneSets.py

    r1144 r1214  
    376376        serverFiles.upload(sfdomain, fn, tfname, title, tags) 
    377377        serverFiles.unprotect(sfdomain, fn) 
    378     except Exception, e: 
    379         raise e 
    380378    finally: 
    381379        os.remove(tfname) 
     
    413411def load_serverfiles(hierarchy, organism): 
    414412    files = map(lambda x: x[:2], list_serverfiles()) 
    415  
    416413    hierd = build_hierarchy_dict(files) 
    417414 
     
    456453    return hasattr(x, '__getitem__') and not isinstance(x, basestring) 
    457454 
     455class TException(Exception): pass 
     456 
    458457def upload_genesets(rsf): 
    459458    """ 
     
    466465    for fn in genesetsfn: 
    467466        for org in organisms: 
     467        #for org in [ "9606" ]: 
    468468            print "Uploading ORG", org, fn 
    469469            try: 
     
    472472                    print "registering", gs.common_hierarchy() 
    473473                    register_serverfiles(gs, rsf) 
    474                     print "successfull", gs.common_hierarchy() 
    475             except Exception: 
    476                 print "Not successfull" 
     474                    print "successful", gs.common_hierarchy() 
     475            except TException, e: 
     476                print "Not successful" 
    477477 
    478478if __name__ == "__main__": 
     
    480480    #print len(collections(keggGeneSets("9606"),(("KEGG",),"9606"), "C5.BP.gmt")) 
    481481    #print len(collections((("KEGG",),"9606"), "C5.BP.gmt")) 
    482     print sorted(list_all()) 
    483     print len(collections((("KEGG",),"9606"), (("GO",), "9606"), "C5.BP.gmt")) 
     482    #print sorted(list_all()) 
     483    #print len(collections((("KEGG",),"9606"), (("GO",), "9606"), "C5.BP.gmt")) 
    484484    #register_local(keggGeneSets("9606")) 
    485485    #register_local(goGeneSets("9606")) 
     
    487487    #print list_serverfiles_conn() 
    488488    #print "Server list from index", list_serverfiles() 
    489     #rsf = orngServerFiles.ServerFiles(username=sys.argv[1], password=sys.argv[2]) 
    490     #upload_genesets(rsf) 
     489    rsf = orngServerFiles.ServerFiles(username=sys.argv[1], password=sys.argv[2]) 
     490    upload_genesets(rsf) 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.