Changeset 300:32cf73e21389 in orange-bioinformatics


Ignore:
Timestamp:
05/12/08 14:01:12 (6 years ago)
Author:
markotoplak
Branch:
default
Convert:
5aaf75d6a0f9f3a37518114f98512fd3e20b8295
Message:

orngGsea with runGSEA.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • orngGsea.py

    r280 r300  
    4747 
    4848    def __init__(self, a=None, b=None): 
     49        """ 
     50        a and b are choosen class values. 
     51        """ 
    4952        self.a = a 
    5053        self.b = b 
     
    526529        return res 
    527530 
     531def getDefaultGenesets(): 
     532 
     533    def unpckGS(filename): 
     534        import pickle 
     535        f = open(filename,'rb') 
     536        return pickle.load(f) 
     537 
     538    import orngRegistry 
     539    return unpckGS(orngRegistry.bufferDir + "/gsea/geneSets_MSIGDB.pck") 
     540 
     541def runGSEA(data, classValues=None, organism="hsa", geneSets=None, n=100, permutation="class", minSize=3, maxSize=1000, minPart=0.1, **kwargs): 
     542 
     543    gso = GSEA(organism=organism) 
     544    gso.setData(data, classValues=classValues) 
     545     
     546    if geneSets == None: 
     547        geneSets = getDefaultGenesets() 
     548 
     549    for name,genes in geneSets.items(): 
     550        gso.addGeneset(name, genes) 
     551 
     552    res1 = gso.compute(n=n, permutation=permutation, minSize=minSize, maxSize=maxSize, minPart=minPart, **kwargs) 
     553    return res1 
     554 
     555 
    528556if  __name__=="__main__": 
    529557 
     
    581609    print time.time() - t 
    582610 
    583      
    584611    t = time.time() 
    585     print gso.compute(n=10, permutation="class") 
    586     print time.time() -t 
    587  
     612    res1 = gso.compute(n=10, permutation="class") 
     613    print time.time() - t 
     614 
     615    res2 = runGsea(data, classValues=["Rif_48h", "Rif_12h"], n=10, permutation="class") 
     616 
     617    print res1 
     618    print res2 
     619 
     620 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.