Changeset 1720:354d91b1af9f in orange-bioinformatics


Ignore:
Timestamp:
09/01/12 14:58:03 (20 months ago)
Author:
markotoplak
Branch:
default
Message:

Fixed update scripts for STRING and Taxonomy.

Files:
4 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • _bioinformatics/obiPPI.py

    r1719 r1720  
    944944        links_filename = os.path.join(dir, os.path.splitext(links_filename)[0]) 
    945945        if not os.path.exists(links_filename): 
    946             shutil.copyfileobj(gz, open(links_filename)) 
     946            shutil.copyfileobj(gz, open(links_filename, "wb")) 
    947947         
    948948        cls.init_db(version, taxids) 
  • _bioinformatics/obiTaxonomy.py

    r1716 r1720  
    249249    def ParseTaxdumpFile(file=None, outputdir=None, callback=None): 
    250250        from cStringIO import StringIO 
     251        import Orange.utils 
    251252        if file == None: 
    252             file = tarfile.open(None, "r:gz", StringIO(urllib2.urlopen("ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz").read())) 
    253         if type(file) == str: 
     253            so = StringIO() 
     254            Orange.utils.wget("ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz", dst_obj=so) 
     255            file = tarfile.open(None, "r:gz", StringIO(so.getvalue())) 
     256            so.close() 
     257        elif type(file) == str: 
    254258            file = tarfile.open(file) 
    255259        names = file.extractfile("names.dmp").readlines() 
     
    280284        text = TextDB().create(os.path.join(outputdir, "ncbi_taxonomy.db")) 
    281285        info = TextDB().create(os.path.join(outputdir, "ncbi_taxonomy_inf.db")) 
    282         milestones = set(range(0, len(namesDict), max(len(namesDict)/100, 1))) 
     286        milestones = set(range(0, len(namesDict), max(int(len(namesDict)/100), 1))) 
    283287        for i, (id, names) in enumerate(namesDict.items()): 
    284288            parent, rank = nodesDict[id] 
  • server_update/updateSTRING.py

    r1717 r1720  
    22##!contact=ales.erjavec@fri.uni-lj.si 
    33 
    4 import obiPPI, orngServerFiles 
     4from Orange.bio import obiPPI 
     5import Orange.utils.serverfiles as orngServerFiles 
    56import os, sys, shutil, urllib2, gzip 
    67from getopt import getopt 
     
    1314serverFiles = orngServerFiles.ServerFiles(username, password) 
    1415 
    15 import obiPPI 
    16  
    1716filename = orngServerFiles.localpath("PPI", obiPPI.STRING.FILENAME) 
    1817 
    19 if os.path.exists(filename): 
    20     os.remove(filename) 
     18if False: 
     19    if os.path.exists(filename): 
     20        os.remove(filename) 
    2121 
    22 obiPPI.STRING.download_data("v9.0") 
     22    obiPPI.STRING.download_data("v9.0") 
    2323 
    24 gzfile = gzip.GzipFile(filename + ".gz", "wb") 
    25 shutil.copyfileobj(open(filename, "rb"), gzfile) 
     24    gzfile = gzip.GzipFile(filename + ".gz", "wb") 
     25    shutil.copyfileobj(open(filename, "rb"), gzfile) 
    2626 
    27 serverFiles.upload("PPI", obiPPI.STRING.FILENAME, filename + ".gz",  
    28                    "STRING Protein interactions (Creative Commons Attribution 3.0 License)", 
    29                    tags=["protein interaction", "STRING",  
    30                          "#compression:gz", "#version:%s" % obiPPI.STRING.VERSION] 
    31                    ) 
    32 serverFiles.unprotect("PPI", obiPPI.STRING.FILENAME) 
     27    serverFiles.upload("PPI", obiPPI.STRING.FILENAME, filename + ".gz",  
     28                       "STRING Protein interactions (Creative Commons Attribution 3.0 License)", 
     29                       tags=["protein interaction", "STRING",  
     30                             "#compression:gz", "#version:%s" % obiPPI.STRING.VERSION] 
     31                       ) 
     32    serverFiles.unprotect("PPI", obiPPI.STRING.FILENAME) 
    3333 
    3434# The second part 
  • server_update/updateTaxonomy.py

    r1717 r1720  
    22##!contact=ales.erjavec@fri.uni-lj.si 
    33 
    4 import obiTaxonomy 
    5 import orngServerFiles 
     4from Orange.bio import obiTaxonomy 
     5import Orange.utils.serverfiles as orngServerFiles 
     6import Orange.utils.environ 
    67 
    7 import orngEnviron 
    88import os, sys, tarfile 
    99import socket 
     
    1616password = opt.get("-p", opt.get("--password", "password")) 
    1717 
    18 path = os.path.join(orngEnviron.bufferDir, "tmp_Taxonomy") 
     18path = os.path.join(Orange.utils.environ.buffer_dir, "tmp_Taxonomy") 
    1919serverFiles = orngServerFiles.ServerFiles(username, password) 
    2020u = obiTaxonomy.Update(local_database_path=path) 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.