Changeset 11692:356c325c0efb in orange


Ignore:
Timestamp:
09/09/13 17:22:02 (7 months ago)
Author:
Ales Erjavec <ales.erjavec@…>
Branch:
default
Message:

Removed 'Earth' code from Orange (moved to 'orangecontrib.earth' package).

Files:
11 deleted
11 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • Orange/OrangeWidgets/Data/OWRank.py

    r11685 r11692  
    1818import Orange 
    1919from Orange.feature import scoring 
    20 from Orange.regression import earth 
    2120from Orange.classification import svm 
    2221from Orange.ensemble import forest 
     
    4645 
    4746MEASURE_PARAMS = { 
    48     earth.ScoreEarthImportance: [ 
    49         {"name": "t", 
    50          "type": int, 
    51          "display_name": "Num. models.", 
    52          "range": (1, 20), 
    53          "default": 10, 
    54          "doc": "Number of models to train for feature scoring."}, 
    55         {"name": "terms", 
    56          "type": int, 
    57          "display_name": "Max. num of terms", 
    58          "range": (3, 200), 
    59          "default": 10, 
    60          "doc": "Maximum number of terms in the forward pass"}, 
    61         {"name": "degree", 
    62          "type": int, 
    63          "display_name": "Max. term degree", 
    64          "range": (1, 3), 
    65          "default": 2, 
    66          "doc": "Maximum degree of terms included in the model."} 
    67     ], 
    6847    scoring.Relief: [ 
    6948        {"name": "k", 
     
    158137        "Random Forests", "RF", forest.ScoreFeature, 
    159138        params=MEASURE_PARAMS[forest.ScoreFeature]), 
    160     score_meta( 
    161         "Earth Importance", "Earth imp.", earth.ScoreEarthImportance, 
    162         params=MEASURE_PARAMS[earth.ScoreEarthImportance], 
    163     ) 
    164139] 
    165140 
  • Orange/__init__.py

    r11092 r11692  
    126126_import("regression") 
    127127_import("regression.base") 
    128 _import("regression.earth") 
    129128_import("regression.lasso") 
    130129_import("regression.linear") 
  • docs/reference/rst/Orange.regression.rst

    r10537 r11692  
    1212   Orange.regression.lasso 
    1313   Orange.regression.pls 
    14    Orange.regression.earth 
    1514   Orange.regression.tree 
    1615   Orange.regression.mean 
  • docs/tutorial/rst/code/regression-cv.py

    r11090 r11692  
    55lin = Orange.regression.linear.LinearRegressionLearner() 
    66lin.name = "lin" 
    7 earth = Orange.regression.earth.EarthLearner() 
    8 earth.name = "mars" 
     7rf = Orange.ensemble.forest.RandomForestLearner() 
     8rf.name = "rf" 
    99tree = Orange.regression.tree.TreeLearner(m_pruning = 2) 
    1010tree.name = "tree" 
    1111 
    12 learners = [lin, earth, tree] 
     12learners = [lin, rf, tree] 
    1313 
    1414res = Orange.evaluation.testing.cross_validation(learners, data, folds=5) 
  • docs/tutorial/rst/code/regression-other.py

    r11052 r11692  
    88lin = Orange.regression.linear.LinearRegressionLearner(train) 
    99lin.name = "lin" 
    10 earth = Orange.regression.earth.EarthLearner(train) 
    11 earth.name = "mars" 
     10rf = Orange.ensemble.forest.RandomForestLearner(train) 
     11rf.name = "rf" 
    1212tree = Orange.regression.tree.TreeLearner(train) 
    1313tree.name = "tree" 
    1414 
    15 models = [lin, earth, tree] 
     15models = [lin, rf, tree] 
    1616 
    1717print "y    " + " ".join("%-4s" % l.name for l in models) 
  • docs/tutorial/rst/regression.rst

    r11090 r11692  
    3636 
    3737.. index:: 
    38    single: regression; mars 
    3938   single: regression; linear 
    4039 
     
    4443Looks like the housing prices are not that hard to predict:: 
    4544 
    46    y    lin  mars tree 
    47    21.4 24.8 23.0 20.1 
    48    15.7 14.4 19.0 17.3 
    49    36.5 35.7 35.6 33.8 
     45   y    lin  rf   tree 
     46   12.7 11.3 15.3 19.1 
     47   13.8 20.2 14.1 13.1 
     48   19.3 20.8 20.7 23.3 
     49 
    5050 
    5151Cross Validation 
     
    6060   single: regression; root mean squared error 
    6161 
    62 `MARS <http://en.wikipedia.org/wiki/Multivariate_adaptive_regression_splines>`_ has the lowest root mean squared error:: 
     62Random forest has the lowest root mean squared error:: 
    6363 
    6464   Learner  RMSE 
    6565   lin      4.83 
    66    mars     3.84 
     66   rf       3.73 
    6767   tree     5.10 
    68  
  • docs/widgets/rst/index.rst

    r11433 r11692  
    646646   regression/mean.rst 
    647647   regression/linear.rst 
    648    regression/earth.rst 
    649648   regression/regressiontree.rst 
    650649   regression/regressiontreegraph.rst 
  • setup.py

    r11691 r11692  
    9898 
    9999site_cfg = namedtuple( 
    100     "site_cfg", ["libsvm", "liblinear", "blas", "R", "qhull"]) 
     100    "site_cfg", ["libsvm", "liblinear", "blas", "qhull"]) 
    101101 
    102102 
     
    140140    liblinear = parse_lib_opt(parser, "liblinear") 
    141141    blas = parse_lib_opt(parser, "blas") 
    142     R = parse_lib_opt(parser, "R") 
    143142    qhull = parse_lib_opt(parser, "qhull") 
    144143 
    145     return site_cfg(libsvm, liblinear, blas, R, qhull) 
     144    return site_cfg(libsvm, liblinear, blas, qhull) 
    146145 
    147146 
     
    586585    orange_sources += get_source_files("source/orange/blas/", "c") 
    587586 
    588 if site.R: 
    589     # Link external R library (for linpack) 
    590     orange_libraries += site.R.libraries 
    591     orange_library_dirs += site.R.library_dirs 
    592 else: 
    593     orange_sources += get_source_files("source/orange/linpack/", "c") 
    594  
    595587if site.liblinear: 
    596588    # Link external LIBLINEAR library 
  • source/orange/Makefile

    r8981 r11692  
    1414 
    1515ifndef BLAS_LIB 
    16 BLAS_OBJECTS = obj/daxpy.o obj/ddot.o obj/dnrm2.o obj/dscal.o obj/dcopy.o 
     16BLAS_OBJECTS = obj/daxpy.o obj/ddot.o obj/dnrm2.o obj/dscal.o 
    1717else 
    1818BLAS_OBJECTS = 
     
    5959obj/%.o : libsvm/%.cpp libsvm/%.h 
    6060    $(COMPILER) $(COMPILEOPTIONS) -c $< -o $@ 
    61      
    6261 
    63 LINPACK_OBJECTS = obj/dqrsl.o obj/dqrdc2.o obj/dtrsl.o obj/linpack.o 
    6462 
    65 obj/%.o : linpack/%.c linpack/linpack.h 
    66     $(CCOMPILER) $(COMPILEOPTIONS) -c $< -o $@ 
    67  
    68 ALL_OBJECTS = $(ORANGE_OBJECTS) $(BLAS_OBJECTS) $(LINPACK_OBJECTS) $(LIBLINEAR_OBJECTS) $(LIBSVM_OBJECTS) 
     63ALL_OBJECTS = $(ORANGE_OBJECTS) $(BLAS_OBJECTS) $(LIBLINEAR_OBJECTS) $(LIBSVM_OBJECTS) 
    6964 
    7065$(OLD)/orange.so:   ppp/stamp px/stamp $(ALL_OBJECTS) 
  • source/orange/Orange.vcproj

    r10972 r11692  
    430430            </File> 
    431431            <File 
    432                 RelativePath=".\earth.cpp" 
    433                 > 
    434             </File> 
    435             <File 
    436                 RelativePath=".\earth.hpp" 
    437                 > 
    438             </File> 
    439             <File 
    440432                RelativePath="errors.cpp" 
    441433                > 
     
    10131005                </File> 
    10141006                <File 
    1015                     RelativePath=".\blas\dcopy.c" 
    1016                     > 
    1017                 </File> 
    1018                 <File 
    10191007                    RelativePath=".\blas\ddot.c" 
    10201008                    > 
     
    10261014                <File 
    10271015                    RelativePath=".\blas\dscal.c" 
    1028                     > 
    1029                 </File> 
    1030             </Filter> 
    1031             <Filter 
    1032                 Name="linpack" 
    1033                 > 
    1034                 <File 
    1035                     RelativePath=".\linpack\dqrdc2.c" 
    1036                     > 
    1037                 </File> 
    1038                 <File 
    1039                     RelativePath=".\linpack\dqrsl.c" 
    1040                     > 
    1041                 </File> 
    1042                 <File 
    1043                     RelativePath=".\linpack\dtrsl.c" 
    1044                     > 
    1045                 </File> 
    1046                 <File 
    1047                     RelativePath=".\linpack\linpack.c" 
    1048                     > 
    1049                 </File> 
    1050                 <File 
    1051                     RelativePath=".\linpack\linpack.h" 
    10521016                    > 
    10531017                </File> 
  • source/orange/lib_learner.cpp

    r11610 r11692  
    16481648} 
    16491649 
    1650  
    1651 /************ EARTH (MARS) ******/ 
    1652 #include "earth.hpp" 
    1653  
    1654 C_CALL(EarthLearner, Learner, "([examples], [weight=] -/-> Classifier)") 
    1655 C_NAMED(EarthClassifier, ClassifierFD, " ") 
    1656  
    1657 PyObject *EarthClassifier_formatEarth(PyObject *self, PyObject *args) PYARGS(METH_VARARGS, "() -> None") 
    1658 { 
    1659     PyTRY 
    1660     CAST_TO(TEarthClassifier, classifier); 
    1661     classifier->format_earth(); 
    1662     RETURN_NONE; 
    1663     PyCATCH 
    1664 } 
    1665  
    1666 PyObject *EarthClassifier__reduce__(PyObject *self) PYARGS(METH_VARARGS, "") 
    1667 { 
    1668     PyTRY 
    1669     CAST_TO(TEarthClassifier, classifier); 
    1670     TCharBuffer buffer(1024); 
    1671     classifier->save_model(buffer); 
    1672     return Py_BuildValue("O(s#)N", getExportedFunction("__pickleLoaderEarthClassifier"), 
    1673                                     buffer.buf, buffer.length(), 
    1674                                     packOrangeDictionary(self)); 
    1675     PyCATCH 
    1676 } 
    1677  
    1678 PyObject *__pickleLoaderEarthClassifier(PyObject *self, PyObject *args) PYARGS(METH_VARARGS, "(buffer)") 
    1679 { 
    1680     PyTRY 
    1681     char * cbuf = NULL; 
    1682     int buffer_size = 0; 
    1683     if (!PyArg_ParseTuple(args, "s#:__pickleLoaderEarthClassifier", &cbuf, &buffer_size)) 
    1684         return NULL; 
    1685     TCharBuffer buffer(cbuf); 
    1686     PEarthClassifier classifier = mlnew TEarthClassifier(); 
    1687     classifier->load_model(buffer); 
    1688     return WrapOrange(classifier); 
    1689     PyCATCH 
    1690 } 
    1691  
    1692  
    16931650     
    16941651/************* BAYES ************/ 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.