Changeset 1371:399f17f58fd9 in orange-bioinformatics


Ignore:
Timestamp:
04/13/11 11:07:11 (3 years ago)
Author:
markotoplak
Branch:
default
Convert:
bec58c03391861675c2485d3ea8e99a1b05bf80f
Message:

obiDicty: do not output lists, but convert them to strings. Fixed median of empty lists. OWPIPA: do not allow commit if there are no selected experiments.

Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • obiDicty.py

    r1359 r1371  
    128128#end utility functions 
    129129 
     130import statc 
     131#median = statc.median 
     132 
     133def median(l): 
     134    if len(l) == 0: 
     135        return None 
     136    else: 
     137        return statc.median(l) 
     138 
     139 
     140 
    130141socket.setdefaulttimeout(60) 
    131142 
    132143verbose = 0 
    133  
    134 import statc 
    135 median = statc.median 
    136144 
    137145class HttpGetException(Exception): pass 
     
    613621 
    614622        if not ids: 
    615             #returns ids of elements that match the search function 
    616             #FIXME do a search 
    617             searchNotDone 
     623            return None 
    618624 
    619625        cbc.end() 
     
    11041110 
    11051111    for a,an in zip(attributes, annots): 
    1106         a.setattr("attributes", dict([(name,val) for name,val in an if name in oknames])) 
     1112        a.setattr("attributes", dict([(name,str(val)) for name,val in an if name in oknames])) 
    11071113 
    11081114    domain = orange.Domain(attributes, False) 
     
    13311337            od[k] = list(s)[0] 
    13321338        else: 
    1333             od[k] = [ at[k] for at in atts ] 
     1339            od[k] = str([ at[k] for at in atts ]) 
    13341340    return od 
    13351341 
     
    14891495    print ("annots", d.annotations().items()[:2]) 
    14901496 
    1491     allids = map(str, [ 151, 150 ]) 
     1497    allids = map(str, allids) 
    14921498 
    14931499    import math 
    14941500 
    1495     #data = d.get_data(ids=allids) 
    1496     data = d.get_data(ids=allids, transform=lambda x: math.log(x+1, 2), allowed_labels=["strain"], ctype="3") 
     1501    data = d.get_data(ids=allids, ctype="3") 
     1502 
     1503    #data = d.get_data(ids=allids, transform=lambda x: math.log(x+1, 2), allowed_labels=["strain"], ctype="3") 
    14971504 
    14981505    printet(data) 
  • widgets/OWPIPA.py

    r1272 r1371  
    241241            if self._row_key(model, i) in self._selected_keys: 
    242242                selectionModel.select(model.index(i, 0), QItemSelectionModel.Select | QItemSelectionModel.Rows) 
     243 
     244    def __len__(self): 
     245        return len(self._selected_keys) 
    243246                 
    244247class SortedListWidget(QWidget): 
     
    437440        OWGUI.checkBox(self.controlArea, self, "log2", "Logarithmic (base 2) transformation" ) 
    438441 
    439         OWGUI.button(self.controlArea, self, "&Commit", callback=self.Commit) 
     442        self.commit_button = OWGUI.button(self.controlArea, self, "&Commit", callback=self.Commit) 
     443        self.commit_button.setDisabled(True) 
    440444 
    441445        OWGUI.rubber(self.controlArea) 
     
    622626            self.currentSelection.select(self.experimentsWidget.selectionModel()) 
    623627 
     628        self.handle_commit_button() 
     629 
    624630    def UpdateCached(self): 
    625631        if self.wantbufver and self.dbc: 
     
    667673            allowed_labels.append("id") 
    668674         
    669         table = self.dbc.get_data(ids=ids, callback=pb.advance, exclude_constant_labels=self.excludeconstant, bufver=self.wantbufver, transform=transfn, allowed_labels=allowed_labels, ctype=self.ctype()) 
    670  
    671         if self.joinreplicates: 
    672             table = obiDicty.join_replicates(table, ignorenames=["id", "replicate", "name", "map_stop1"], namefn=None, avg=obiDicty.median) 
    673  
    674         end = int(time.time()-start) 
    675          
     675        if len(ids): 
     676            table = self.dbc.get_data(ids=ids, callback=pb.advance, exclude_constant_labels=self.excludeconstant, bufver=self.wantbufver, transform=transfn, allowed_labels=allowed_labels, ctype=self.ctype()) 
     677 
     678            if self.joinreplicates: 
     679                table = obiDicty.join_replicates(table, ignorenames=["id", "replicate", "name", "map_stop1"], namefn=None, avg=obiDicty.median) 
     680 
     681            end = int(time.time()-start) 
     682             
     683 
     684            # Sort attributes 
     685            sortOrder = self.columnsSortingWidget.sortingOrder 
     686            # print sortOrder 
     687             
     688            attributes = sorted(table.domain.attributes, key=lambda attr: tuple([attr.attributes.get(keys[name], "") for name in sortOrder])) 
     689            domain = orange.Domain(attributes, table.domain.classVar) 
     690            domain.addmetas(table.domain.getmetas()) 
     691            table = orange.ExampleTable(domain, table) 
     692             
     693            from orngDataCaching import data_hints 
     694            data_hints.set_hint(table, "taxid", "352472")  
     695            data_hints.set_hint(table, "genesinrows", False) 
     696             
     697            self.send("Example table", table) 
     698 
     699            self.UpdateCached() 
     700 
    676701        pb.finish() 
    677702 
    678         # Sort attributes 
    679         sortOrder = self.columnsSortingWidget.sortingOrder 
    680 #        print sortOrder 
    681          
    682         attributes = sorted(table.domain.attributes, key=lambda attr: tuple([attr.attributes.get(keys[name], "") for name in sortOrder])) 
    683         domain = orange.Domain(attributes, table.domain.classVar) 
    684         domain.addmetas(table.domain.getmetas()) 
    685         table = orange.ExampleTable(domain, table) 
    686          
    687         from orngDataCaching import data_hints 
    688         data_hints.set_hint(table, "taxid", "352472")  
    689         data_hints.set_hint(table, "genesinrows", False) 
    690          
    691         self.send("Example table", table) 
    692  
    693         self.UpdateCached() 
    694  
    695703    def onSelectionChanged(self, selected, deselected): 
     704        self.handle_commit_button() 
     705         
     706    def handle_commit_button(self): 
    696707        self.currentSelection = SelectionByKey(self.experimentsWidget.selectionModel().selection(), 
    697708                                               key=(1, 2, 3, 9)) 
    698          
     709        self.commit_button.setDisabled(not len(self.currentSelection)) 
     710 
    699711    def saveHeaderState(self): 
    700712        hview = self.experimentsWidget.header() 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.