Changeset 1619:3ddf83d9d93b in orange-bioinformatics


Ignore:
Timestamp:
05/14/12 22:56:49 (2 years ago)
Author:
Ales Erjavec <ales.erjavec@…>
Branch:
default
Message:

Fixed a major error handing the downloaded gene list (all reported gene names were offset by +1).

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • obiDicty.py

    r1615 r1619  
    709709        return et 
    710710 
     711def bufferkeypipax(command, data): 
     712    """ Do not save password to the buffer! """ 
     713    command = command + " v6" #add version 
     714    if data != None: 
     715        data = data.copy() 
     716        if pipaparpass in data: 
     717            data.pop(pipaparpass) 
     718        return command + " " +  urllib.urlencode(sorted(data.items())) 
     719    else: 
     720        return command 
    711721 
    712722class PIPAx(PIPA): 
     
    746756        data = self.add_auth({"action": "mappings"}) 
    747757        res, legend = self.sq("", data=data, reload=reload, 
    748                               bufferkey=bufferkeypipa, 
     758                              bufferkey=bufferkeypipax, 
    749759                              bufver=bufver) 
    750760 
     
    767777        data = self.add_auth(data) 
    768778        res, legend = self.sq("", data=data, reload=reload, 
    769                               bufferkey=bufferkeypipa, 
     779                              bufferkey=bufferkeypipax, 
    770780                              bufver=bufver) 
    771781        # index by unique_id (last column) 
     
    779789                                ) 
    780790        keynamingfn, _ = self.downloadMulti_bufcommand_replace_multi("", 
    781                          data=data, chunk=100, bufferkey=bufferkeypipa, 
     791                         data=data, chunk=100, bufferkey=bufferkeypipax, 
    782792                         transformfn=None) 
    783793        return keynamingfn 
     
    889899        data = self.add_auth(data) 
    890900        antss = self.downloadMulti("", result_ids, data=data, chunk=10, 
    891                                    bufferkey=bufferkeypipa, bufreload=reload, 
     901                                   bufferkey=bufferkeypipax, bufreload=reload, 
    892902                                   bufver=bufver) 
    893903        for a, legend in antss: 
     
    944954 
    945955            legend = ["gene_id", "value"] 
    946             genes = nth(res, 0)[1:] 
     956            genes = nth(res, 0) 
    947957 
    948958            antss = {} 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.