Changeset 1930:4a6f881e13d1 in orange-bioinformatics


Ignore:
Timestamp:
12/09/13 17:27:08 (4 months ago)
Author:
Ales Erjavec <ales.erjavec@…>
Branch:
default
Message:

Fixed organism initialization.

Location:
orangecontrib/bio
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • orangecontrib/bio/obiTaxonomy.py

    r1924 r1930  
    441441    Retrieve the taxonomy database if not already downloaded. 
    442442    """ 
    443  
    444     try: 
    445         orngServerFiles.info("Taxonomy", "ncbi_taxonomy.tar.gz") 
    446     except IOError: 
    447         orngServerFiles.download("Taxonomy", "ncbi_taxonomy.tar.gz", 
    448                                  callback=callback, verbose=verbose) 
     443    orngServerFiles.localpath_download("Taxonomy", "ncbi_taxonomy.tar.gz", 
     444                                       callback=callback, verbose=verbose) 
    449445 
    450446 
  • orangecontrib/bio/widgets/OWGeneInfo.py

    r1929 r1930  
    383383                                                   orange.VarTypes.Discrete]] 
    384384            self.geneAttrComboBox.addItems([attr.name for attr in self.attributes]) 
     385 
     386            self.taxid = data_hints.get_hint(self.data, "taxid", self.taxid) 
     387            self.useAttr = data_hints.get_hint(self.data, "genesinrows",  self.useAttr) 
     388 
    385389            self.openContext("", data) 
    386390            self.geneAttr = min(self.geneAttr, len(self.attributes) - 1) 
    387391 
    388             taxid = data_hints.get_hint(self.data, "taxid", "") 
    389             if taxid in self.organisms: 
    390                 self.organismIndex = self.organisms.index(taxid) 
    391                 self.taxid = taxid 
     392            if self.taxid in self.organisms: 
     393                self.organismIndex = self.organisms.index(self.taxid) 
    392394 
    393395            self.useAttr = data_hints.get_hint(self.data, "genesinrows",  self.useAttr) 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.