Changeset 7772:54ba9ee6d0e7 in orange


Ignore:
Timestamp:
03/22/11 17:33:35 (3 years ago)
Author:
miha <miha.stajdohar@…>
Branch:
default
Convert:
51be7aff6bded6fae748326e88dc9e408e3cf0f0
Message:

Changed documentation to underscore case functions.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • orange/Orange/network/__init__.py

    r7660 r7772  
    8080 
    8181* .random() 
    82 * .fruchtermanReingold(steps, temperature, coolingFactor=Default, hiddenNodes=[], weighted=False) 
    83 * .radialFruchtermanReingold(center, steps, temperature) 
    84 * .circularOriginal() 
    85 * .circularRandom() 
    86 * .circularCrossingReduction() 
     82* .fruchterman_reingold(steps, temperature, coolingFactor=Default, hiddenNodes=[], weighted=False) 
     83* .radial_fruchterman_reingold(center, steps, temperature) 
     84* .circular_original() 
     85* .circular_random() 
     86* .circular_crossing_reduction() 
    8787 
    8888Spring forces layout optimization is the result of the above script: 
     
    236236    'objects' attribute. For instance, if you set graph.objects to ["Age", 
    237237    "Gender", "Height", "Weight"] then graph["Age", "Height"] would be equivalent 
    238     to graph[0, 2] and graph.getNeighbours("Weight") to graph.getNeighbours(3). 
     238    to graph[0, 2] and graph.get_neighbours("Weight") to graph.get_neighbours(3). 
    239239    Vertex identifier doesn't need to be a string, it can be any Python 
    240240    object. 
     
    257257    Searching through the list is, of course, rather slow, so it is recommended 
    258258    to use integer indices for larger graphs. So, if you request 
    259     graph.getNeighbours(0), the method will return the neighbours of the first 
     259    graph.get_neighbours(0), the method will return the neighbours of the first 
    260260    vertex, even if objects is given. But - what if you want to map all 
    261261    indices, even integers, through objects? In this case, you need to set 
    262262    graph.forceMapping to 1. If graph.forceMapping is set and graph.objects is 
    263     given, even getNeighbours(0) will search the graph.objects for 0 and return 
     263    given, even get_neighbours(0) will search the graph.objects for 0 and return 
    264264    the neighbours of the corresponding (not necessarily the first) node. 
    265265 
     
    304304        (graph[2, 5, 2] = None). 
    305305         
    306     .. method:: edgeExists(v1, v2[, type])  
     306    .. method:: edge_exists(v1, v2[, type])  
    307307         
    308308        Returns true if the edge between v1 and v2 exists. For multiple edge 
     
    317317        "true".  
    318318         
    319     .. method:: addCluster(list_of_vertices)  
     319    .. method:: add_cluster(list_of_vertices)  
    320320         
    321321        Creates a cluster - adds edges between all listed vertices. 
     
    326326    node. 
    327327     
    328     .. method:: getNeighbours(v1[, type]) 
     328    .. method:: get_neighbours(v1[, type]) 
    329329     
    330330        Returns all the nodes that are connected to v1. In directed graphs, 
    331331        this includes vertices with edges toward or from v1. In graphs with 
    332332        multiple edge types you can also specify the edge type you are 
    333         interested in: getNeighbours will the return only the vertices that are 
     333        interested in: get_neighbours will the return only the vertices that are 
    334334        connected to v1 by edges of that type. 
    335335     
    336     .. method:: getEdgesFrom(v1[, type]) 
     336    .. method:: get_edges_from(v1[, type]) 
    337337     
    338338        Return all the vertices which are connected to v1 by the edges leading 
    339339        from v1. In edges with multiple edge types, you can specify the edge 
    340340        type. In undirected graph, this function is equivalent to 
    341         getNeighbours. 
    342      
    343     .. method:: getEdgesTo(v1[, type]) 
     341        get_neighbours. 
     342     
     343    .. method:: get_edges_to(v1[, type]) 
    344344     
    345345        Returns all the vertices with edges leading to v1. Again, you can 
    346346        decide for a single edge type to observe, and, again again, in 
    347         undirected graphs this function is equivalent to getNeighbours. 
     347        undirected graphs this function is equivalent to get_neighbours. 
    348348         
    349349    If objects is set, functions return a list of objects (names of 
     
    356356    edges pointing to the given edge. There is no problem when graph is 
    357357    represented as a matrix (:obj:`Orange.network.GraphAsMatrix`); these are 
    358     always fast. On directed graph, getEdgeFrom is always fast as well. 
     358    always fast. On directed graph, get_edges_from is always fast as well. 
    359359     
    360360    In undirected graphs represented as lists or trees, the edge between 
     
    371371    the list, but there is smaller number of lists to be checked. 
    372372    Generally, the average number of traversed list elements for 
    373     getNeighbours/getEdgesFrom/getEdgesTo on undirected graphs with 
     373    get_neighbours/get_edges_from/get_edges_to on undirected graphs with 
    374374    p*nVertices2 edges is p(nVertices-v1)v1. 
    375375     
     
    379379    these functions, it doesn't matter. 
    380380     
    381     For directed graphs, getEdgesFrom is trivial. The other two functions are 
     381    For directed graphs, get_edges_from is trivial. The other two functions are 
    382382    even slower than for undirected graphs, since to find the edges leading 
    383383    from any vertex to a given one, all lists/trees need to be searched. So, if 
    384     your algorithm will extensively use getEdgesTo or getNeighbours and your 
     384    your algorithm will extensively use get_edges_to or get_neighbours and your 
    385385    graph is large but the number of edges is less than nEdges2/2, you should 
    386386    use :obj:`Orange.network.GraphAsTree` or, to be faster but consume more 
     
    397397    **Graph analysis** 
    398398     
    399     .. method:: getSubGraph(vertices) 
     399    .. method:: get_sub_graph(vertices) 
    400400     
    401401        Return a new graph of type :obj:`Orange.network.Graph` that is a 
    402402        subgraph of the original graph and consists of given vertices. 
    403403     
    404     .. method:: getClusteringCoefficient() 
     404    .. method:: get_clustering_coefficient() 
    405405     
    406406        Return the graph average local clustering coefficient, described in 
     
    408408        Nature 1998, 393(6684):440-442. 
    409409     
    410     .. method:: getConnectedComponents() 
     410    .. method:: get_connected_components() 
    411411     
    412412        Return a list of all connected components sorted descending by 
    413413        component size. 
    414414     
    415     .. method:: getDegreeDistribution() 
     415    .. method:: get_degree_distribution() 
    416416     
    417417        Return degree distribution as dictionary of type 
    418418        {degree:number_of_vertices}. 
    419419     
    420     .. method:: getDegrees() 
     420    .. method:: get_degrees() 
    421421     
    422422        Return a list of degrees. List size matches number of vertices. Index 
    423423        of given degree matches index of corresponding vertex. 
    424424     
    425     .. method:: getHubs(n) 
     425    .. method:: get_hubs(n) 
    426426     
    427427        Return a list of n largest hubs. 
    428428     
    429     .. method:: getShortestPaths(u, v) 
     429    .. method:: get_shortest_paths(u, v) 
    430430     
    431431        Return a list of vertices in the shortest path between u and v. 
    432432     
    433     .. method:: getDistance(u, v) 
     433    .. method:: get_distance(u, v) 
    434434     
    435435        Return a distance between vertices u and v. 
    436436     
    437     .. method:: getDiameter() 
     437    .. method:: get_diameter() 
    438438     
    439439        Return a diameter of the graph. 
     
    610610        attribute.  
    611611         
    612     .. method:: fromDistanceMatrix(matrix, lower, upper, kNN=0): 
     612    .. method:: from_distance_matrix(matrix, lower, upper, kNN=0): 
    613613         
    614614        Creates edges between vertices with the distance within given  
     
    627627        :type kNN: int 
    628628         
    629     .. method:: hideVertices(vertices) 
     629    .. method:: hide_vertices(vertices) 
    630630         
    631631        Remove vertices from optimize list 
    632632         
    633     .. method:: showVertices(vertices) 
     633    .. method:: show_vertices(vertices) 
    634634     
    635635        Add vertices to optimize list 
    636636         
    637     .. method:: showAll() 
     637    .. method:: show_all() 
    638638     
    639639        Add all vertices to optimize list 
    640640         
    641     .. method:: getVisible() 
     641    .. method:: get_visible() 
    642642     
    643643        Return optimize list 
     
    655655        self.clustering = NetworkClustering(self) 
    656656         
    657     def getDistanceMatrixThreshold(self, matrix, ratio): 
     657    def get_distance_matrix_threshold(self, matrix, ratio): 
    658658        """Return lower and upper distance threshold values for the given  
    659659        ratio of edges 
     
    677677         
    678678        """ 
    679         self.saveNetwork(fileName) 
    680          
    681     def saveNetwork(self, fileName):         
    682679        try: 
    683680            root, ext = os.path.splitext(fileName) 
     
    692689            self.saveGML(graphFile) 
    693690        else: 
    694             self.savePajek(graphFile) 
    695  
    696     def saveGML(self, fp): 
     691            self.save_pajek(graphFile) 
     692 
     693    def save_gml(self, fp): 
    697694        """Save network to GML (.gml) file format. 
    698695         
     
    728725            self.links.save(name + "_links.tab") 
    729726         
    730     def savePajek(self, fp): 
     727    def save_pajek(self, fp): 
    731728        """Save network to Pajek (.net) file format. 
    732729         
     
    838835            return net  
    839836 
     837    ########################################################################## 
     838    ### BEGIN: DEPRECATED METHODS (TO DELETE IN ORANGE 3.0)                ### 
     839    ########################################################################## 
     840     
     841    def getDistanceMatrixThreshold(self, matrix, ratio): 
     842        import warnings 
     843        warnings.warn("Deprecated, will be deleted in Orange 3.0. Use %s" % \ 
     844        "get_distance_matrix_threshold", DeprecationWarning) 
     845        return self.get_distance_matrix_threshold(matrix, ratio) 
     846     
     847    def saveNetwork(self, fileName): 
     848        import warnings 
     849        warnings.warn("Deprecated, will be deleted in Orange 3.0. Use %s" % \ 
     850        "save", DeprecationWarning) 
     851        return self.save(fileName) 
     852         
     853    def savePajek(fp): 
     854        import warnings 
     855        warnings.warn("Deprecated, will be deleted in Orange 3.0. Use %s" % \ 
     856        "save_pajek", DeprecationWarning) 
     857        return self.save_pajek(fp) 
     858         
     859    def saveGML(self, fp): 
     860        import warnings 
     861        warnings.warn("Deprecated, will be deleted in Orange 3.0. Use %s" % \ 
     862        "save_gml", DeprecationWarning) 
     863        return self.save_gml(fp) 
     864 
     865    ########################################################################## 
     866    ### END: DEPRECATED METHODS (TO DELETE IN ORANGE 3.0)                  ### 
     867    ########################################################################## 
     868     
    840869class NetworkOptimization(Orange.core.NetworkOptimization): 
    841870     
     
    854883    Random layout optimization. 
    855884     
    856     .. method:: fruchtermanReingold(steps=100, temperature=1000, coolFactor=default, hiddenNodes=[], weighted=False)  
     885    .. method:: fruchterman_reingold(steps=100, temperature=1000, coolFactor=default, hiddenNodes=[], weighted=False)  
    857886         
    858887    Fruchterman-Reingold spring layout optimization. Set number of iterations  
     
    860889    and set list of hidden nodes with argument hidden_nodes.     
    861890         
    862     .. method:: radialFruchtermanReingold(center, steps=100, temperature=1000) 
     891    .. method:: radial_fruchterman_reingold(center, steps=100, temperature=1000) 
    863892     
    864893    Radial Fruchterman-Reingold spring layout optimization. Set center node  
     
    866895    temperature with temperature (for example: 1000). 
    867896     
    868     .. method:: circularOriginal() 
     897    .. method:: circular_original() 
    869898     
    870899    Circular layout optimization based on original order. 
    871900     
    872     .. method:: circularRandom() 
     901    .. method:: circular_random() 
    873902     
    874903    Circular layout optimization based on random order. 
    875904     
    876     .. method:: circularCrossingReduction() 
     905    .. method:: circular_crossing_reduction() 
    877906     
    878907    Circular layout optimization (Michael Baur, Ulrik Brandes) with crossing  
    879908    reduction. 
    880909     
    881     .. method:: closestVertex(x, y) 
     910    .. method:: closest_vertex(x, y) 
    882911     
    883912    Return the closest vertex to (x, y) coordinate.   
    884913     
    885     .. method:: vertexDistances(x, y) 
     914    .. method:: vertex_distances(x, y) 
    886915     
    887916    Return distances (list of (distance, vertex) tuples) of all vertices to  
    888917    the given coordinate. 
    889918     
    890     .. method:: getVerticesInRect(x1, y1, x2, y2) 
     919    .. method:: get_vertices_in_rect(x1, y1, x2, y2) 
    891920     
    892921    Return a list of all vertices in given rectangle. 
     
    909938        self.mds = None 
    910939         
    911     def setNetwork(network): 
     940    def set_network(self, network): 
    912941        """Set the network object for layout optimization. 
    913942     
     
    918947        self.setGraph(network) 
    919948         
    920     def _computeForces(self): 
     949    def _compute_forces(self): 
    921950        """Compute forces for each vertex for force vector visualization.""" 
    922951        n = self.graph.nVertices 
     
    10191048                self.coors[1][len(nodescomp)] = y 
    10201049             
    1021     def getVars(self): 
     1050    def get_vars(self): 
    10221051        """Return a list of features in network items.""" 
    10231052        vars = [] 
     
    10321061        return vars 
    10331062     
    1034     def getEdgeVars(self): 
     1063    def get_edge_vars(self): 
    10351064        """Return a list of features in network links.""" 
    10361065        vars = [] 
     
    10451074                         
    10461075        return [x for x in vars if str(x.name) != 'u' and str(x.name) != 'v'] 
    1047      
    1048     def getData(self, i, j): 
    1049         import warnings 
    1050         warnings.warn("Deprecated.", DeprecationWarning) 
    1051         if self.graph.items is Orange.data.Table: 
    1052             return self.data[i][j] 
    1053         elif self.graph.data is type([]): 
    1054             return self.data[i][j] 
    1055          
    1056     def nVertices(self): 
    1057         import warnings 
    1058         warnings.warn("Deprecated.", DeprecationWarning) 
    1059         if self.graph: 
    1060             return self.graph.nVertices 
    1061          
    1062     def rotateVertices(self, components, phi):  
     1076         
     1077    def rotate_vertices(self, components, phi):  
    10631078        """Rotate network components for a given angle. 
    10641079         
     
    10951110            self.graph.coors[1][component] = y + y_center 
    10961111             
    1097     def rotateComponents(self, maxSteps=100, minMoment=0.000000001,  
    1098                          callbackProgress=None, callbackUpdateCanvas=None): 
     1112    def rotate_components(self, maxSteps=100, minMoment=0.000000001,  
     1113                          callbackProgress=None, callbackUpdateCanvas=None): 
    10991114        """Rotate the network components using a spring model.""" 
    11001115        if self.vertexDistance == None: 
     
    11751190                break 
    11761191             
    1177             self.rotateVertices(components, phi) 
     1192            self.rotate_vertices(components, phi) 
    11781193            if callbackUpdateCanvas: callbackUpdateCanvas() 
    11791194            if callbackProgress : callbackProgress(min([dirChange[i] for i \ 
     
    11811196            step += 1 
    11821197     
    1183     def mdsUpdateData(self, components, mds, callbackUpdateCanvas): 
     1198    def mds_update_data(self, components, mds, callbackUpdateCanvas): 
    11841199        """Translate and rotate the network components to computed positions.""" 
    11851200        component_props = [] 
     
    13941409            callbackUpdateCanvas() 
    13951410     
    1396     def mdsCallback(self, a,b=None): 
     1411    def mds_callback(self, a, b=None): 
    13971412        """Refresh the UI when running  MDS on network components.""" 
    13981413        if not self.mdsStep % self.mdsRefresh: 
    1399             self.mdsUpdateData(self.mdsComponents,  
     1414            self.mds_update_data(self.mdsComponentList,  
    14001415                               self.mds,  
    14011416                               self.callbackUpdateCanvas) 
     
    14171432            return 1 
    14181433             
    1419     def mdsComponents(self, mdsSteps, mdsRefresh, callbackProgress=None, \ 
    1420                       callbackUpdateCanvas=None, torgerson=0, \ 
    1421                       minStressDelta=0, avgLinkage=False, rotationOnly=False, \ 
    1422                       mdsType=MdsType.componentMDS, scalingRatio=0, \ 
    1423                       mdsFromCurrentPos=0): 
     1434    def mds_components(self, mdsSteps, mdsRefresh, callbackProgress=None, \ 
     1435                       callbackUpdateCanvas=None, torgerson=0, \ 
     1436                       minStressDelta=0, avgLinkage=False, rotationOnly=False,\ 
     1437                       mdsType=MdsType.componentMDS, scalingRatio=0, \ 
     1438                       mdsFromCurrentPos=0): 
    14241439        """Position the network components according to similarities among  
    14251440        them. 
     
    14371452            return 1 
    14381453         
    1439         self.mdsComponents = self.graph.getConnectedComponents() 
     1454        self.mdsComponentList = self.graph.getConnectedComponents() 
    14401455        self.mdsRefresh = mdsRefresh 
    14411456        self.mdsStep = 0 
     
    14611476         
    14621477        if avgLinkage: 
    1463             matrix = self.vertexDistance.avgLinkage(self.mdsComponents) 
     1478            matrix = self.vertexDistance.avgLinkage(self.mdsComponentList) 
    14641479        else: 
    14651480            matrix = self.vertexDistance 
     
    14701485        if mdsFromCurrentPos: 
    14711486            if avgLinkage: 
    1472                 for u, c in enumerate(self.mdsComponents): 
     1487                for u, c in enumerate(self.mdsComponentList): 
    14731488                    x = sum(self.graph.coors[0][c]) / len(c) 
    14741489                    y = sum(self.graph.coors[1][c]) / len(c) 
     
    14901505        self.mds.optimize(mdsSteps, Orange.projection.mds.SgnRelStress, self.minStressDelta,\ 
    14911506                          progressCallback=self.mdsCallback) 
    1492         self.mdsUpdateData(self.mdsComponents, self.mds, callbackUpdateCanvas) 
     1507        self.mds_update_data(self.mdsComponentList, self.mds, callbackUpdateCanvas) 
    14931508         
    14941509        if callbackProgress != None: 
     
    15001515        del self.mdsStep 
    15011516        #del self.mds 
    1502         del self.mdsComponents 
     1517        del self.mdsComponentList 
    15031518        del self.minStressDelta 
    15041519        del self.callbackUpdateCanvas 
     
    15091524        return 0 
    15101525 
     1526    def mds_components_avg_linkage(self, mdsSteps, mdsRefresh, \ 
     1527                                   callbackProgress=None, \ 
     1528                                   callbackUpdateCanvas=None, torgerson=0, \ 
     1529                                   minStressDelta = 0, scalingRatio=0,\ 
     1530                                   mdsFromCurrentPos=0): 
     1531        return self.mds_components(mdsSteps, mdsRefresh, callbackProgress, \ 
     1532                                   callbackUpdateCanvas, torgerson, \ 
     1533                                   minStressDelta, True, \ 
     1534                                   scalingRatio=scalingRatio, \ 
     1535                                   mdsFromCurrentPos=mdsFromCurrentPos) 
     1536     
     1537    ########################################################################## 
     1538    ### BEGIN: DEPRECATED METHODS (TO DELETE IN ORANGE 3.0)                ### 
     1539    ########################################################################## 
     1540     
     1541    def setNetwork(self, network): 
     1542        import warnings 
     1543        warnings.warn("Deprecated, will be deleted in Orange 3.0. Use %s" % \ 
     1544        "set_network", DeprecationWarning) 
     1545        return self.set_network(network) 
     1546     
     1547    def _computeForces(self): 
     1548        import warnings 
     1549        warnings.warn("Deprecated, will be deleted in Orange 3.0. Use %s" % \ 
     1550        "_compute_forces", DeprecationWarning) 
     1551        return self._compute_forces() 
     1552     
     1553    def getVars(self): 
     1554        import warnings 
     1555        warnings.warn("Deprecated, will be deleted in Orange 3.0. Use %s" % \ 
     1556        "get_vars", DeprecationWarning) 
     1557        return self.get_vars() 
     1558         
     1559    def getEdgeVars(self): 
     1560        import warnings 
     1561        warnings.warn("Deprecated, will be deleted in Orange 3.0. Use %s" % \ 
     1562        "get_edge_vars", DeprecationWarning) 
     1563        return self.get_edge_vars() 
     1564     
     1565    def rotateVertices(self, components, phi): 
     1566        import warnings 
     1567        warnings.warn("Deprecated, will be deleted in Orange 3.0. Use %s" % \ 
     1568        "rotate_vertices", DeprecationWarning) 
     1569        return self.rotate_vertices(components, phi) 
     1570         
     1571    def rotateComponents(self, maxSteps=100, minMoment=0.000000001,  
     1572                         callbackProgress=None, callbackUpdateCanvas=None): 
     1573        import warnings 
     1574        warnings.warn("Deprecated, will be deleted in Orange 3.0. Use %s" % \ 
     1575        "rotate_components", DeprecationWarning) 
     1576        return self.rotate_components(maxSteps, minMoment,  
     1577                                        callbackProgress, callbackUpdateCanvas) 
     1578     
     1579    def mdsUpdateData(self, components, mds, callbackUpdateCanvas): 
     1580        import warnings 
     1581        warnings.warn("Deprecated, will be deleted in Orange 3.0. Use %s" % \ 
     1582        "mds_update_data", DeprecationWarning) 
     1583        return self.mds_update_data(components, mds,  
     1584                                                  callbackUpdateCanvas) 
     1585     
     1586    def mdsCallback(self, a, b=None): 
     1587        import warnings 
     1588        warnings.warn("Deprecated, will be deleted in Orange 3.0. Use %s" % \ 
     1589        "mds_callback", DeprecationWarning) 
     1590        return self.mds_callback(a, b) 
     1591         
     1592    def mdsComponents(self, mdsSteps, mdsRefresh, callbackProgress=None, \ 
     1593                      callbackUpdateCanvas=None, torgerson=0, \ 
     1594                      minStressDelta=0, avgLinkage=False, rotationOnly=False, \ 
     1595                      mdsType=MdsType.componentMDS, scalingRatio=0, \ 
     1596                      mdsFromCurrentPos=0): 
     1597        import warnings 
     1598        warnings.warn("Deprecated, will be deleted in Orange 3.0. Use %s" % \ 
     1599        "mds_components", DeprecationWarning) 
     1600        return self.mds_components(mdsSteps, mdsRefresh, \ 
     1601                          callbackProgress, callbackUpdateCanvas, torgerson, \ 
     1602                          minStressDelta, avgLinkage, rotationOnly, \ 
     1603                          mdsType, scalingRatio, mdsFromCurrentPos) 
     1604         
    15111605    def mdsComponentsAvgLinkage(self, mdsSteps, mdsRefresh, \ 
    15121606                                callbackProgress=None, \ 
     
    15141608                                minStressDelta = 0, scalingRatio=0,\ 
    15151609                                mdsFromCurrentPos=0): 
    1516         return self.mdsComponents(mdsSteps, mdsRefresh, callbackProgress, \ 
    1517                                   callbackUpdateCanvas, torgerson, \ 
    1518                                   minStressDelta, True, \ 
    1519                                   scalingRatio=scalingRatio, \ 
    1520                                   mdsFromCurrentPos=mdsFromCurrentPos) 
    1521  
     1610        import warnings 
     1611        warnings.warn("Deprecated, will be deleted in Orange 3.0. Use %s" % \ 
     1612        "mds_components_avg_linkage", DeprecationWarning) 
     1613        return self.mds_components_avg_linkage(mdsSteps, \ 
     1614                    mdsRefresh, callbackProgress, callbackUpdateCanvas, \ 
     1615                    torgerson, minStressDelta, scalingRatio, mdsFromCurrentPos) 
     1616     
     1617    def getData(self, i, j): 
     1618        import warnings 
     1619        warnings.warn("Deprecated, will be deleted in Orange 3.0.",  
     1620                      DeprecationWarning) 
     1621        if self.graph.items is Orange.data.Table: 
     1622            return self.data[i][j] 
     1623        elif self.graph.data is type([]): 
     1624            return self.data[i][j] 
     1625         
     1626    def nVertices(self): 
     1627        import warnings 
     1628        warnings.warn("Deprecated, will be deleted in Orange 3.0.",  
     1629                      DeprecationWarning) 
     1630        if self.graph: 
     1631            return self.graph.nVertices 
     1632         
    15221633    def saveNetwork(self, fn): 
    15231634        import warnings 
    1524         warnings.warn("Deprecated. Use Orange.network.Network.save",  
    1525                       DeprecationWarning) 
     1635        warnings.warn("Deprecated, will be deleted in Orange 3.0. Use %s" % \ 
     1636        "Orange.Network.save", DeprecationWarning) 
    15261637        name = '' 
    15271638        try: 
     
    15981709    def readNetwork(self, fn, directed=0): 
    15991710        import warnings 
    1600         warnings.warn("Deprecated. Use Orange.network.Network.read",  
    1601                       DeprecationWarning) 
     1711        warnings.warn("Deprecated, will be deleted in Orange 3.0. Use %s" % \ 
     1712        "Orange.Network.read", DeprecationWarning) 
    16021713        network = Network(1,directed) 
    16031714        net = network.readPajek(fn, directed) 
     
    16061717        return net 
    16071718     
     1719    ########################################################################## 
     1720    ### END: DEPRECATED METHODS (TO DELETE IN ORANGE 3.0)                  ### 
     1721    ########################################################################## 
     1722     
    16081723class NetworkClustering(): 
    16091724     
     
    16201735         
    16211736         
    1622     def labelPropagation(self, results2items=0, resultHistory2items=0): 
     1737    def label_propagation(self, results2items=0, resultHistory2items=0): 
    16231738        """Label propagation method from Raghavan et al., 2007 
    16241739         
     
    16391754            stop = 1 
    16401755            for v in vertices: 
    1641                 nbh = self.net.getNeighbours(v) 
     1756                nbh = self.net.get_neighbours(v) 
    16421757                if len(nbh) == 0: 
    16431758                    continue 
     
    16561771            if stop: 
    16571772                for v in vertices: 
    1658                     nbh = self.net.getNeighbours(v) 
     1773                    nbh = self.net.get_neighbours(v) 
    16591774                    if len(nbh) == 0: continue 
    16601775                    lbls = [labels[u] for u in nbh] 
     
    16941809        return labels 
    16951810     
    1696      
     1811    ########################################################################## 
     1812    ### BEGIN: DEPRECATED METHODS (TO DELETE IN ORANGE 3.0)                ### 
     1813    ########################################################################## 
     1814     
     1815    def labelPropagation(self, results2items=0, resultHistory2items=0): 
     1816        import warnings 
     1817        warnings.warn("Deprecated, will be deleted in Orange 3.0. Use %s" % \ 
     1818        "label_propagation", DeprecationWarning) 
     1819        return self.label_propagation(results2items=0, resultHistory2items=0) 
     1820         
     1821    ########################################################################## 
     1822    ### END: DEPRECATED METHODS (TO DELETE IN ORANGE 3.0)                  ### 
     1823    ########################################################################## 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.