Changes in [1583:2b90e7c95085:1584:56076decfd54] in orange-bioinformatics


Ignore:
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • obiKEGG2/conf.py

    r1547 r1580  
    99import ConfigParser 
    1010from StringIO import StringIO 
    11  
     11from Orange.misc import serverfiles 
     12kegg_dir = serverfiles.localpath("KEGG2") 
    1213 
    1314default = """ 
    1415[cache] 
    15 path = %(home)s/.obiKEGG/ 
     16# path = %(home)s/.obiKEGG/ 
     17path = %(kegg_dir)s/ 
    1618store = sqlite3 
    1719kegg_invalidate = always 
     
    2325""" 
    2426 
    25 #_defaults_env = dict(default) 
    26 #_defaults_env.update(dict(os.environ)) 
     27# Orange kegg files dir 
     28env = dict(os.environ) 
     29env["kegg_dir"] = kegg_dir 
    2730 
    28 parser = ConfigParser.ConfigParser(dict(os.environ))#_defaults_env) 
    29 # TODO: global settings 
     31parser = ConfigParser.ConfigParser(env) 
     32 
    3033 
    3134parser.readfp(StringIO(default), "default") 
    3235 
     36# TODO: global settings rc file 
    3337parser.read([os.path.expanduser("~/.obiKEGG/rc.cfg")]) 
    3438 
  • widgets/OWKEGGPathwayBrowser.py

    r1577 r1582  
    308308         
    309309    def UpdateOrganismComboBox(self): 
     310        # First try to import suds 
     311        try: 
     312            import suds 
     313        except ImportError: 
     314            QMessageBox.warning(self, 
     315                "'suds' library required.", 
     316                '<p>Please install \ 
     317<a href="http://pypi.python.org/pypi/suds">suds</a> library \ 
     318to use KEGG Pathways widget.</p>' 
     319                ) 
     320             
    310321        try: 
    311322            genome = obiKEGG.KEGGGenome() 
     
    502513            def call(pathway_id): 
    503514                result["pathway"] = p = obiKEGG.KEGGPathway(pathway_id) 
    504                 p.title # makes sure the kgml file is downloaded 
    505                 p.image 
    506                 p.get_image() # makes sure the image is downloaded 
     515                p._get_kgml() # makes sure the kgml file is downloaded 
     516                p._get_image_filename() # makes sure the image is downloaded 
    507517                 
    508518            self.setEnabled(False) 
  • widgets/OWQualityControl.py

    r1573 r1581  
    160160        self.scene_view = QualityGraphicsView(self.scene) 
    161161        self.scene_view.setRenderHints(QPainter.Antialiasing) 
     162        self.scene_view.setAlignment(Qt.AlignLeft | Qt.AlignVCenter) 
    162163        self.mainArea.layout().addWidget(self.scene_view) 
    163164         
     
    184185            self.split_by_model[:] = [] 
    185186            self.sort_by_model[:] = [] 
    186  
     187         
     188        self.main_widget = None 
    187189        self.scene.clear() 
    188190        self.info_box.setText("\n") 
     
    345347        """Distance measure has changed 
    346348        """ 
    347         with widget_disable(self): 
    348             self.update_distances() 
    349             self.replot_experiments() 
     349        if self.data is not None: 
     350            with widget_disable(self): 
     351                self.update_distances() 
     352                self.replot_experiments() 
    350353         
    351354    def on_view_resize(self, size): 
     
    354357        if self.main_widget: 
    355358            current = self.main_widget.size() 
    356             self.main_widget.resize(size.width() - 2,  
     359            self.main_widget.resize(size.width() - 6,  
    357360                                    current.height()) 
    358361             
     
    414417                                 key=lambda t: map(float_if_posible, t[0])) 
    415418         
    416 #        pprint(self.groups) 
    417 #        pprint(self.unique_pos) 
    418419         
    419420        if self.groups: 
     
    541542                            rug_item.setToolTip(tooltip) 
    542543                            rug_item.group_index = indices.index(i) 
     544                            rug_item.setZValue(rug_item.zValue() + 1) 
    543545                        else: 
    544546                            rug_item = ClickableRugItem(dist_vec[i] / max_dist, 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.