Changeset 1863:5b02c518e073 in orange-bioinformatics


Ignore:
Timestamp:
10/09/13 14:13:02 (6 months ago)
Author:
markotoplak
Branch:
default
Message:

Gene Set Enrichment widget: refresh available gene set when species is changed.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • _bioinformatics/widgets/OWSetEnrichment.py

    r1861 r1863  
    7171    contextHandlers = {"":DomainContextHandler("", ["speciesIndex", "genesinrows", "geneattr", "categoriesCheckState"])} 
    7272 
     73    def refreshHierarchy(self): 
     74        self.setHierarchy(*self.getHierarchy(taxid=self.taxid_list[self.speciesIndex])) 
     75 
    7376    def __init__(self, parent=None, signalManager=None, name="Gene Set Enrichment Analysis", **kwargs): 
    7477        OWWidget.__init__(self, parent, signalManager, name, **kwargs) 
     
    102105        self.speciesComboBox = OWGUI.comboBox(self.controlArea, self, 
    103106                      "speciesIndex", "Species", 
    104                       callback=lambda: self.data and self.updateAnnotations(), 
     107                      callback=lambda: (self.refreshHierarchy(), self.data and self.updateAnnotations()), 
    105108                      debuggingEnabled=0) 
    106109 
     
    249252 
    250253            self.openContext("", data) 
    251  
    252 #            print self.speciesIndex 
    253  
    254             self.setHierarchy(*self.getHierarchy(taxid=self.taxid_list[self.speciesIndex])) 
     254         
     255            self.refreshHierarchy() 
    255256 
    256257            self.loadedGenematcher = "None" 
     
    292293                fill(value, item, full_cat, org=org) 
    293294 
     295        self.groupsWidget.clear() 
    294296        fill(hierarchy[1], self.groupsWidget, org=hierarchy[0]) 
    295297        fill(hierarchy_noorg[1], self.groupsWidget, org=hierarchy_noorg[0]) 
     
    320322        self.categoriesCheckState = self.getHierarchyCheckState() 
    321323        categories = self.selectedCategories() 
     324         
    322325        if not set(categories) <= set(self.currentAnnotatedCategories): 
    323326            self.updateAnnotations() 
    324327        else: 
    325328            self.filterAnnotationsChartView() 
     329         
    326330 
    327331    def updateGeneMatcherSettings(self): 
     
    471475                item.setData(3, Qt.DisplayRole, QVariant(refFmt % (len(rmapped), 100.0*len(rmapped)/len(referenceGenes)))) 
    472476                item.setData(4, Qt.DisplayRole, QVariant("%0.6f" % p_val)) if p_val > 0.001 else item.setData(4, Qt.DisplayRole, QVariant("%0.2e" % p_val)) 
    473                 item.setData(4, 42, QVariant(p_val)) 
    474                 #stoplec 4 - zelim sort po p_val 
     477                item.setData(4, 42, QVariant(p_val)) #sorting 
    475478                item.setData(4, Qt.ToolTipRole, QVariant("%0.10f" % p_val)) 
    476479                item.setData(5, Qt.DisplayRole, QVariant(enrichment)) 
     
    508511            return 
    509512        categories = set(" ".join(cat) for cat, taxid in self.selectedCategories()) 
     513 
     514        #compute FDR after selection categories 
     515     
    510516        filterString = str(self.filterLineEdit.text()).lower() 
    511517        itemsHidden = [] 
     
    591597    app = QApplication(sys.argv) 
    592598    w = OWSetEnrichment() 
    593     w.updateHierarchy() 
    594599    data = orange.ExampleTable("yeast-class-RPR.tab") 
     600    #data = orange.ExampleTable("/home/marko/Downloads/tmp.tab") 
    595601#    data = orange.ExampleTable("../human") 
    596602#    print cProfile.runctx("w.setData(data)", globals(), locals()) 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.