Changeset 1924:67818b3f5691 in orange-bioinformatics


Ignore:
Timestamp:
12/02/13 19:32:59 (5 months ago)
Author:
Ales Erjavec <ales.erjavec@…>
Branch:
default
Message:

Fix in obiTaxonomy.to_taxid (check if argument is already a valid taxid).

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • orangecontrib/bio/obiTaxonomy.py

    r1895 r1924  
    400400    result.reverse() 
    401401    return result 
    402      
     402 
     403 
    403404def to_taxid(code, mapTo=None): 
    404     """ See if the code is a valid code in any database and return a set of its taxids. 
    405     """ 
    406     from . import obiKEGG, obiGO 
    407     results = set() 
    408     for test in [obiKEGG.to_taxid, obiGO.to_taxid]: 
    409         try: 
    410             r = test(code) 
    411             if type(r) == set: 
    412                 results.update(r) 
    413             else: 
    414                 results.add(r) 
    415         except Exception, ex: 
    416             pass 
     405    """ 
     406    See if the code is a valid code in any database and return a set of its taxids. 
     407    """ 
     408    try: 
     409        name(code) 
     410        results = set([code]) 
     411    except UnknownSpeciesIdentifier: 
     412        from . import obiKEGG, obiGO 
     413        results = set() 
     414        for test in [obiKEGG.to_taxid, obiGO.to_taxid]: 
     415            try: 
     416                r = test(code) 
     417                if type(r) == set: 
     418                    results.update(r) 
     419                else: 
     420                    results.add(r) 
     421            except Exception, ex: 
     422                pass 
    417423 
    418424    if mapTo: 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.