Changeset 1734:91d14dd2cf0e in orange-bioinformatics for _bioinformatics/obiKEGG/__init__.py


Ignore:
Timestamp:
03/05/13 19:48:26 (14 months ago)
Author:
Ales Erjavec <ales.erjavec@…>
Branch:
default
Message:

obiKEGG code style fixes.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • _bioinformatics/obiKEGG/__init__.py

    r1733 r1734  
    2525from Orange.utils import lru_cache 
    2626from Orange.utils import progress_bar_milestones 
    27 from Orange.utils import deprecated_keywords, deprecated_attribute, \ 
    28                          deprecated_function_name 
     27from Orange.utils import ( 
     28    deprecated_keywords, deprecated_attribute, deprecated_function_name 
     29) 
    2930 
    3031from .. import obiProb 
     
    105106        else: 
    106107            return [p.entry_id for p in self.api.list_pathways(self.org_code)] 
    107      
     108 
    108109    def list_pathways(self): 
    109110        """ 
     
    112113        # NOTE: remove/deprecate and use pathways() 
    113114        return self.pathways() 
    114      
     115 
    115116    def get_linked_pathways(self, pathway_id): 
    116117        self.api.get_linked_pathways(pathway_id) 
    117          
     118 
    118119    def enzymes(self, genes=None): 
    119120        raise NotImplementedError() 
    120      
     121 
    121122    def _gm_gene_aliases(self): 
    122123        """ 
     
    195196    def get_enzymes_by_pathway(self, pathway_id): 
    196197        return KEGGPathway(pathway_id).enzymes() 
    197      
     198 
    198199    def get_compounds_by_pathway(self, pathway_id): 
    199200        return KEGGPathway(pathway_id).compounds() 
    200      
     201 
    201202    def get_pathways_by_genes(self, gene_ids): 
    202203        return self.api.get_pathways_by_genes(gene_ids) 
     
    230231    def get_compounds_by_enzyme(self, enzyme_id): 
    231232        return self._enzymes_to_compounds.get(enzyme_id) 
    232      
     233 
    233234    @deprecated_keywords({"caseSensitive": "case_sensitive"}) 
    234235    def get_unique_gene_ids(self, genes, case_sensitive=True): 
     
    265266                ids = [id for id in ids if genome.search(id)] 
    266267            name = ids.pop(0) if ids else name 
    267              
     268 
    268269        try: 
    269270            return genome[name].organism_code 
    270271        except KeyError: 
    271272            raise OrganismNotFoundError(name) 
    272          
     273 
    273274    @classmethod 
    274275    def organism_version(cls, name): 
     
    280281    def _set_genematcher(self, genematcher): 
    281282        setattr(self, "_genematcher", genematcher) 
    282          
     283 
    283284    def _get_genematcher(self): 
    284         if getattr(self, "_genematcher", None) == None: 
     285        if getattr(self, "_genematcher", None) is None: 
    285286            from .. import obiGene 
    286287            if self.org_code == "ddi": 
    287288                self._genematcher = obiGene.matcher( 
    288289                    [obiGene.GMKEGG(self.org_code), obiGene.GMDicty(), 
    289                     [obiGene.GMKEGG(self.org_code), obiGene.GMDicty()]] 
     290                     [obiGene.GMKEGG(self.org_code), obiGene.GMDicty()]] 
    290291                ) 
    291292            else: 
     
    295296            self._genematcher.set_targets(self.genes.keys()) 
    296297        return self._genematcher 
    297      
     298 
    298299    genematcher = property(_get_genematcher, _set_genematcher) 
    299300 
     
    305306    return KEGGOrganism.organism_name_search(name) 
    306307 
     308 
    307309def pathways(org): 
    308310    return KEGGPathway.list(org) 
    309311 
     312 
    310313def organisms(): 
    311314    return KEGGOrganism.organisms() 
     315 
    312316 
    313317def from_taxid(taxid): 
     
    316320    for r in res: 
    317321        e = genome[r] 
    318          
    319         if e.taxid in [taxid,  genome.TAXID_MAP.get(taxid, taxid)]: 
     322 
     323        if e.taxid in [taxid, genome.TAXID_MAP.get(taxid, taxid)]: 
    320324            return e.org_code() 
    321325 
    322326    return None 
     327 
    323328 
    324329def to_taxid(name): 
     
    333338        return None 
    334339 
     340 
    335341def create_gene_sets(): 
    336342    pass 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.