Changeset 1734:91d14dd2cf0e in orange-bioinformatics for _bioinformatics/obiKEGG/api.py


Ignore:
Timestamp:
03/05/13 19:48:26 (14 months ago)
Author:
Ales Erjavec <ales.erjavec@…>
Branch:
default
Message:

obiKEGG code style fixes.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • _bioinformatics/obiKEGG/api.py

    r1733 r1734  
    332332    from Orange.utils import lru_cache 
    333333 
    334      
     334 
    335335class CachedKeggApi(KeggApi): 
    336336    def __init__(self, store=None): 
     
    338338        if store is None: 
    339339            self.store = {} 
    340      
     340 
    341341    # Needed API for cached decorator. 
    342342    def cache_store(self): 
     
    346346        return caching.Sqlite3Store(os.path.join(path, 
    347347                                                 "kegg_api_cache_1.sqlite3")) 
    348      
     348 
    349349    def last_modified(self, args, kwargs=None): 
    350350        return getattr(self, "default_release", "") 
    351      
     351 
    352352    def set_default_release(self, release): 
    353353        self.default_release = release 
     
    356356    def list_organisms(self): 
    357357        return KeggApi.list_organisms(self) 
    358      
     358 
    359359    @cached_method 
    360360    def list_pathways(self, organism): 
     
    489489    # SSDB 
    490490    ###### 
    491      
     491 
    492492    @cached_method 
    493493    def get_best_best_neighbors_by_gene(self, genes_id, offset, limit): 
    494         return KeggApi.get_best_best_neighbors_by_gene(self, genes_id, offset, limit) 
    495      
     494        return KeggApi.get_best_best_neighbors_by_gene(self, genes_id, offset, 
     495                                                       limit) 
     496 
    496497    @cached_method 
    497498    def get_best_neighbors_by_gene(self, genes_id, offset, limit): 
    498         return KeggApi.get_best_neighbors_by_gene(self, genes_id, offset, limit) 
    499      
     499        return KeggApi.get_best_neighbors_by_gene(self, genes_id, offset, 
     500                                                  limit) 
     501 
    500502    @cached_method 
    501503    def get_reverse_best_neighbors_by_gene(self, genes_id, offset, limit): 
    502         return KeggApi.get_reverse_best_neighbors_by_gene(self, genes_id, offset, limit) 
    503      
     504        return KeggApi.get_reverse_best_neighbors_by_gene(self, genes_id, 
     505                                                          offset, limit) 
     506 
    504507    @cached_method 
    505508    def get_paralogs_by_gene(self, genes_id, offset, limit): 
    506509        return KeggApi.get_paralogs_by_gene(self, genes_id, offset, limit) 
    507      
     510 
    508511    ####### 
    509512    # Motif 
    510513    ####### 
    511      
     514 
    512515    @cached_method 
    513516    def get_motifs_by_gene(self, genes_id, db): 
    514517        return KeggApi.get_motifs_by_gene(self, genes_id, db) 
    515      
     518 
    516519    @cached_method 
    517520    def get_genes_by_motifs(self, motif_id_list, offset, limit): 
     
    521524    # KO 
    522525    #### 
    523      
     526 
    524527    @cached_method 
    525528    def get_ko_by_gene(self, genes_id): 
    526529        return KeggApi.get_ko_by_gene(self, genes_id) 
    527      
     530 
    528531    @cached_method 
    529532    def get_ko_by_ko_class(self, ko_class_id): 
    530533        return KeggApi.service.get_ko_by_ko_class(self, ko_class_id) 
    531      
     534 
    532535    @cached_method 
    533536    def get_genes_by_ko_class(self, ko_class_id, org, offset, limit): 
    534         return KeggApi.get_genes_by_ko_class(self, ko_class_id, org, offset, limit) 
    535      
     537        return KeggApi.get_genes_by_ko_class(self, ko_class_id, org, offset, 
     538                                             limit) 
     539 
    536540    @cached_method 
    537541    def get_genes_by_ko(self, ko_id, org): 
    538542        return KeggApi.get_genes_by_ko(self, ko_id, org) 
    539      
     543 
    540544    ######### 
    541545    # Pathway 
     
    544548    @cached_method 
    545549    def get_genes_by_organism(self, organism, offset=None, limit=None): 
    546         return KeggApi.get_genes_by_organism(self, organism, offset=offset, limit=limit) 
    547      
     550        return KeggApi.get_genes_by_organism(self, organism, offset=offset, 
     551                                             limit=limit) 
     552 
    548553    @cached_method 
    549554    def get_number_of_genes_by_organism(self, organism): 
    550555        return KeggApi.get_number_of_genes_by_organism(self, organism) 
    551       
     556 
    552557    @cached_method 
    553558    def get_pathways_by_genes(self, gene_list): 
    554559        return KeggApi.get_pathways_by_genes(self, gene_list) 
    555      
     560 
    556561    @cached_method 
    557562    def get_pathways_by_enzymes(self, enzyme_list): 
    558563        return KeggApi.get_pathways_by_enzymes(self, enzyme_list) 
    559      
     564 
    560565    @cached_method 
    561566    def get_pathways_by_compounds(self, compound_list): 
    562567        return KeggApi.get_pathways_by_compounds(self, compound_list) 
    563      
     568 
    564569    @cached_method 
    565570    def get_pathways_by_drugs(self, drug_list): 
    566571        return KeggApi.get_pathways_by_drugs(self, drug_list) 
    567      
     572 
    568573    @cached_method 
    569574    def get_pathways_by_glycans(self, glycan_list): 
    570575        return KeggApi.get_pathways_by_glycans(self, glycan_list) 
    571      
     576 
    572577    @cached_method 
    573578    def get_pathways_by_reactions(self, reaction_list): 
    574579        return KeggApi.get_pathways_by_reactions(self, reaction_list) 
    575      
     580 
    576581    @cached_method 
    577582    def get_pathways_by_kos(self, ko_list): 
    578583        return KeggApi.get_pathways_by_kos(self, ko_list) 
    579      
     584 
    580585    @cached_method 
    581586    def get_elements_by_pathway(self, pathway_id): 
    582587        return KeggApi.get_elements_by_pathway(self, pathway_id) 
    583      
     588 
    584589    @cached_method 
    585590    def get_genes_by_pathway(self, pathway_id): 
    586591        return KeggApi.get_genes_by_pathway(self, pathway_id) 
    587      
     592 
    588593    @cached_method 
    589594    def get_enzymes_by_pathway(self, pathway_id): 
    590595        return KeggApi.get_enzymes_by_pathway(self, pathway_id) 
    591      
     596 
    592597    @cached_method 
    593598    def get_compounds_by_pathway(self, pathway_id): 
    594599        return KeggApi.get_compounds_by_pathway(self, pathway_id) 
    595      
     600 
    596601    @cached_method 
    597602    def get_drugs_by_pathway(self, pathway_id): 
    598603        return KeggApi.get_drugs_by_pathway(self, pathway_id) 
    599      
     604 
    600605    @cached_method 
    601606    def get_glycans_by_pathway(self, pathway_id): 
    602607        return KeggApi.get_glycans_by_pathway(self, pathway_id) 
    603      
     608 
    604609    @cached_method 
    605610    def get_reactions_by_pathway(self, pathway_id): 
    606611        return KeggApi.get_reactions_by_pathway(self, pathway_id) 
    607      
     612 
    608613    @cached_method 
    609614    def get_kos_by_pathway(self, pathway_id): 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.