Changeset 1834:91f840200ae3 in orange-bioinformatics


Ignore:
Timestamp:
07/03/13 14:47:13 (10 months ago)
Author:
Flashpoint <vid.flashpoint@…>
Branch:
default
Message:

Changed the exception value from KEGG.OrganismNotFound to obiTaxonomy.UnknownSpeciesIdentifier

Files:
6 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • _bioinformatics/obiGO.py

    r1771 r1834  
    2525from Orange.orng import orngMisc 
    2626 
    27 from . import obiProb, obiGene 
     27from . import obiProb, obiGene, obiTaxonomy 
    2828 
    2929default_database_path = os.path.join(orngServerFiles.localpath(), "GO") 
     
    677677        code = organism_name_search(org) 
    678678 
     679        print "CODE: %s" % code 
     680        print "ORG: %s" % org 
     681 
    679682        file = "gene_association.%s.tar.gz" % code 
    680683 
     
    686689            if file not in available: 
    687690                from . import obiKEGG 
    688                 raise obiKEGG.OrganismNotFoundError(org + str(code)) 
     691                raise obiTaxonomy.UnknownSpeciesIdentifier(org + str(code)) 
    689692            orngServerFiles.download("GO", file) 
    690693 
  • _bioinformatics/obiGeneSets.py

    r1828 r1834  
    426426    genesetsfn = [ keggGeneSets, goGeneSets, miRNAGeneSets] 
    427427    organisms = obiTaxonomy.common_taxids() 
     428    organisms = [ "3055" ] 
    428429    for fn in genesetsfn: 
    429430        for org in organisms: 
     
    436437                    #register(gs) 
    437438                    print "successful", gs.common_hierarchy() 
    438             except (obiKEGG.OrganismNotFoundError, GenesetRegException): 
     439            except obiTaxonomy.UnknownSpeciesIdentifier, GenesetRegException: 
    439440                print "organism not found", org 
    440441 
  • _bioinformatics/obiKEGG/__init__.py

    r1750 r1834  
    6969) 
    7070 
    71 from .. import obiProb 
     71from .. import obiProb, obiTaxonomy 
    7272 
    7373from . import databases 
     
    9393 
    9494DEFAULT_CACHE_DIR = conf.params["cache.path"] 
    95  
    96  
    97 class OrganismNotFoundError(Exception): 
    98     pass 
    9995 
    10096 
     
    357353                name = ids.pop(0) if ids else name 
    358354            else: 
    359                 raise OrganismNotFoundError(name) 
     355                raise obiTaxonomy.UnknownSpeciesIdentifier(name) 
    360356 
    361357        try: 
    362358            return genome[name].organism_code 
    363359        except KeyError: 
    364             raise OrganismNotFoundError(name) 
     360            raise obiTaxonomy.UnknownSpeciesIdentifier(name) 
    365361 
    366362 
  • _bioinformatics/obiTaxonomy.py

    r1828 r1834  
    3333            "4577",  # Zea mays 
    3434             ]  
     35 
     36def taxname_to_taxid(name): 
     37    """Return taxonomy ID for a taxonomy name""" 
     38    ids = { 
     39    "Arabidopsis thaliana": "3702", 
     40    "Bos taurus": "9913", 
     41    "Caenorhabditis elegans": "6239",   
     42    "Chlamydomonas reinhardtii": "3055", 
     43    "Danio rerio": "7955", 
     44    "Dictyostelium discoideum": "352472",  
     45    "Drosophila melanogaster": "7227", 
     46    "Escherichia coli": "562", 
     47    "Hepatitis C virus": "11103", 
     48    "Homo sapiens": "9606", 
     49    "Mus musculus": "10090",  
     50    "Mycoplasma pneumoniae": "2104", 
     51    "Oryza sativa": "4530",   
     52    "Plasmodium falciparum": "5833",  
     53    "Pneumocystis carinii": "4754", 
     54    "Rattus norvegicus": "10116",  
     55    "Saccharomyces cerevisiae": "4932",   
     56    "Schizosaccharomyces pombe": "4896",   
     57    "Takifugu rubripes": "31033", 
     58    "Xenopus laevis": "8355", 
     59    "Zea mays": "4577" } 
     60    if name in ids.keys(): 
     61        return ids[name] 
     62    return [] 
    3563 
    3664def essential_taxids(): 
  • _bioinformatics/obimiRNA.py

    r1716 r1834  
    189189        else: 
    190190            from . import obiKEGG 
    191             raise obiKEGG.OrganismNotFoundError(taxid) 
     191            raise obiTaxonomy.UnknownSpeciesIdentifier(taxid) 
    192192         
    193193class mat_miRNA: 
  • server_update/updateGO.py

    r1833 r1834  
    5959 
    6060    if u.IsUpdatable(obiGO.Update.UpdateAnnotation, (org,)): 
    61         print "JA" 
    6261        u.UpdateAnnotation(org) 
    6362        filename = os.path.join(tmpDir, "gene_association." + org + ".tar.gz") 
     
    7776#            orgName = org 
    7877        orgName = obiTaxonomy.name(commonOrgs[org]) 
     78        taxid = obiTaxonomy.taxname_to_taxid(orgName) 
    7979#            print "unknown organism name translation for:", org 
    8080        print "Uploading", "gene_association." + org + ".tar.gz" 
    8181        sf_server.upload("GO", "gene_association." + org + ".tar.gz", filename, title = "GO Annotations for " + orgName, 
    8282                           tags=["gene", "annotation", "ontology", "GO", orgName, "#uncompressed:%i" % uncompressedSize(filename), 
    83                                  "#organism:"+orgName, "#version:%i" % obiGO.Annotations.version] + (["essential"] if org in essentialOrgs else [])+ obiTaxonomy.shortname(org)) 
     83                                 "#organism:"+orgName, "#version:%i" % obiGO.Annotations.version] + (["essential"] if org in essentialOrgs else []) + obiTaxonomy.shortname(taxid)) 
    8484        sf_server.unprotect("GO", "gene_association." + org + ".tar.gz") 
    8585         
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.