Changeset 1502:96417e153a3d in orange-bioinformatics


Ignore:
Timestamp:
10/25/11 15:08:14 (2 years ago)
Author:
ales_erjavec <ales.erjavec@…>
Branch:
default
Convert:
517d0098256e6819adca48438d24b153dc5e7196
Message:

Added all_edges_annotated interface to PPIDatabase.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • obiPPI.py

    r1496 r1502  
    7676        """ 
    7777        raise NotImplementedError 
     78     
     79    def all_edges_annotated(self, taxid=None): 
     80        """ Return a list of all edges annotated. If taxid is not None 
     81        return the edges for this organism only. 
     82         
     83        """ 
     84        res = [] 
     85        for id in self.ids(taxid): 
     86            res.extend(self.edges_annotated(id)) 
     87        return res 
    7888         
    7989    def edges_annotated(self, id=None): 
     
    254264        return cur.fetchall()  
    255265         
     266    def all_edges_annotated(self, taxid=None): 
     267        """ Return a list of all edges annotated. If taxid is not None 
     268        return the edges for this organism only. 
     269         
     270        """ 
     271        if taxid is not None: 
     272            cur = self.db.execute("""\ 
     273                select * 
     274                from links left join proteins on  
     275                    biogrid_id_interactor_a=biogrid_id_interactor or 
     276                    biogrid_id_interactor_b=biogrid_id_interactor 
     277                where organism_interactor=? 
     278            """, (taxid,)) 
     279        else: 
     280            cur = self.db.execute("""\ 
     281                select * 
     282                from links 
     283            """) 
     284        edges = cur.fetchall() 
     285        return edges 
     286         
    256287         
    257288    def edges_annotated(self, id): 
     
    279310                      official_symbol_interactor=? or 
    280311                      synonyms_interactor=? 
    281             """ (id,) * 5) 
     312            """, (id,) * 5) 
    282313     
    283314    @classmethod 
     
    503534            """, (id,)) 
    504535        return cur.fetchall() 
     536     
     537    def all_edges_annotated(self, taxid=None): 
     538        """ Return a list of all edges annotated. If taxid is not None 
     539        return the edges for this organism only. 
     540         
     541        """ 
     542        res = [] 
     543        for id in self.ids(taxid): 
     544            res.extend(self.edges_annotated(id)) 
     545        return res 
    505546         
    506547    def edges_annotated(self, id): 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.