Changes in [1755:418d0e7f330a:1751:a3db39d180ab] in orange-bioinformatics


Ignore:
Location:
server_update
Files:
1 deleted
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • server_update/common.py

    r1754 r1721  
    1616option, args = parser.parse_args() 
    1717 
    18 if not option.user or not option.password: 
    19     print "Pass -u username -p password!" 
    20     sys.exit(1) 
    21  
    2218sf_server = serverfiles.ServerFiles(option.user, option.password) 
    2319sf_local = Orange.utils.serverfiles 
  • server_update/updateSTRING.py

    r1753 r1721  
    66 
    77from common import * 
    8 import re 
    98 
     9filename = sf_local.localpath("PPI", obiPPI.STRING.FILENAME) 
    1010 
    11 def get_version(): 
    12     from urllib2 import build_opener 
    13     html = build_opener().open('http://www.string-db.org/newstring_cgi/show_download_page.pl').read().decode() 
    14     ver = re.findall("protein\.links\.(v.*?)\.txt\.gz", html, re.DOTALL)[0] 
    15     return ver 
     11if False: 
     12    if os.path.exists(filename): 
     13        os.remove(filename) 
    1614 
    17 version = get_version() 
    18 version_id = "#dbversion:%s" % version 
     15    obiPPI.STRING.download_data("v9.0") 
    1916 
    20 force = False # force update 
     17    gzfile = gzip.GzipFile(filename + ".gz", "wb") 
     18    shutil.copyfileobj(open(filename, "rb"), gzfile) 
    2119 
    22 for cl,desc,sfn in [ (obiPPI.STRING,  
    23                     "STRING Protein interactions (Creative Commons Attribution 3.0 License)",  
    24                     obiPPI.STRING.FILENAME), 
    25                     (obiPPI.STRINGDetailed,  
    26                     "STRING Protein interactions (Creative Commons Attribution-Noncommercial-Share Alike 3.0 License)",  
    27                     obiPPI.STRINGDetailed.FILENAME_DETAILED) ]: 
     20    sf_server.upload("PPI", obiPPI.STRING.FILENAME, filename + ".gz",  
     21                       "STRING Protein interactions (Creative Commons Attribution 3.0 License)", 
     22                       tags=["protein interaction", "STRING",  
     23                             "#compression:gz", "#version:%s" % obiPPI.STRING.VERSION] 
     24                       ) 
     25    sf_server.unprotect("PPI", obiPPI.STRING.FILENAME) 
    2826 
    29     print cl 
    30     print "current info", sf_server.info("PPI", sfn) 
     27# The second part 
     28filename = sf_local.localpath("PPI", obiPPI.STRINGDetailed.FILENAME_DETAILED) 
    3129 
    32     if force or version_id not in sf_server.info("PPI", sfn)["tags"]: 
     30if os.path.exists(filename): 
     31    os.remove(filename) 
    3332 
    34         filename = sf_local.localpath("PPI",  sfn) 
     33obiPPI.STRINGDetailed.download_data("v9.0") 
    3534 
    36         if os.path.exists(filename): 
    37             os.remove(filename) 
     35gzfile = gzip.GzipFile(filename + ".gz", "wb") 
     36shutil.copyfileobj(open(filename, "rb"), gzfile) 
    3837 
    39         cl.download_data(version) 
    40  
    41         gzfile = gzip.GzipFile(filename + ".gz", "wb") 
    42         shutil.copyfileobj(open(filename, "rb"), gzfile) 
    43  
    44         sf_server.upload("PPI", sfn, filename + ".gz",  
    45                        desc, 
    46                        tags=["protein interaction", "STRING",  
    47                              "#compression:gz", "#version:%s" % cl.VERSION, version_id] 
    48                        ) 
    49         sf_server.unprotect("PPI", sfn) 
     38sf_server.upload("PPI", obiPPI.STRINGDetailed.FILENAME_DETAILED, filename + ".gz",  
     39                   "STRING Protein interactions (Creative Commons Attribution-Noncommercial-Share Alike 3.0 License)" , 
     40                   tags=["protein interaction", "STRING", 
     41                         "#compression:gz", "#version:%s" % obiPPI.STRINGDetailed.VERSION] 
     42                   ) 
     43sf_server.unprotect("PPI", obiPPI.STRINGDetailed.FILENAME_DETAILED) 
     44     
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.