Changeset 1613:c3560c335bf9 in orange-bioinformatics


Ignore:
Timestamp:
05/03/12 16:50:37 (2 years ago)
Author:
Ales Erjavec <ales.erjavec@…>
Branch:
default
Message:

Changed results from the GeneAtlas REST api. Added cache versioning.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • obiGeneAtlas.py

    r1601 r1613  
    3636from contextlib import closing 
    3737 
     38CACHE_VERSION = 1 
     39 
     40 
    3841def _cache(name="AtlasGeneResult.shelve"): 
    3942    """ Return a open cache instance (a shelve object). 
     
    4447        except OSError: 
    4548            pass 
    46     return shelve.open(orngServerFiles.localpath("GeneAtlas", name)) 
     49    cache = shelve.open(orngServerFiles.localpath("GeneAtlas", name)) 
     50    if cache.get(name + "__CACHE_VERSION__", None) == CACHE_VERSION: 
     51        return cache 
     52    else: 
     53        cache = shelve.open(orngServerFiles.localpath("GeneAtlas", name), "n") 
     54        cache[name + "__CACHE_VERSION__"] = CACHE_VERSION 
     55        return cache 
     56 
    4757 
    4858SLEEP_TIME_MULTIPLIER = 3.0 
     
    114124            result_experiment = [] 
    115125            for exp in experiments: 
    116                 exp_accession = exp["accession"] 
    117                 updown = exp["expression"] 
     126                if "accession" in exp: 
     127                    exp_accession = exp["accession"] 
     128                elif "experimentAccession" in exp: 
     129                    exp_accession = exp["experimentAccession"] 
     130                else: 
     131                    raise KeyError() 
     132                if "expression" in exp: 
     133                    updown = exp["expression"] 
     134                elif "updn" in exp: 
     135                    updown = exp["updn"] 
     136                else: 
     137                    raise KeyError 
    118138                pval = exp["pvalue"] 
    119139                result_experiment.append(ExperimentExpression(exp_accession, updown, pval)) 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.