Changeset 1500:d7d4664afe01 in orange-bioinformatics


Ignore:
Timestamp:
10/19/11 12:27:35 (3 years ago)
Author:
ales_erjavec <ales.erjavec@…>
Branch:
default
Convert:
c0c1f18cd4947a9f23d5facab2a7423fd2315f0c
Message:

Added progress_callback parameter to gene_expression_atlas and get_atlas_summary function.

Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • obiGeneAtlas.py

    r1471 r1500  
    4646    return shelve.open(orngServerFiles.localpath("GeneAtlas", name)) 
    4747 
    48 SLEEP_TIME_MULTIPLIER = 4.0 
    49  
    50 def gene_expression_atlas(genes): 
     48SLEEP_TIME_MULTIPLIER = 3.0 
     49 
     50def gene_expression_atlas(genes, progress_callback=None): 
    5151    """ Return GeneResults instances for genes (genes must be valid ensembl ids). 
    5252    """ 
     
    8787        else: 
    8888            time.sleep(min(20.0, SLEEP_TIME_MULTIPLIER*(time.time() - start_time))) 
    89         print start 
     89             
     90        if progress_callback: 
     91            progress_callback(100.0 * start / len(genes_not_cached)) 
    9092     
    9193    return [result_dict.get(g, None) for g in genes] 
     
    139141     
    140142 
    141 def get_atlas_summary(genes, organism, gene_matcher=None): 
     143def get_atlas_summary(genes, organism, gene_matcher=None, 
     144                      progress_callback=None): 
    142145    """ Return 3 dictionaries containing a summary of atlas information 
    143146    about three experimental factors: 
     
    170173        warnings.warn("Unmatched genes " + "," .join(["%r" % g for g in unmatched])) 
    171174     
    172     results = gene_expression_atlas(matched) 
     175    results = gene_expression_atlas(matched, progress_callback=progress_callback) 
    173176     
    174177    def collect_ef_summary(result, ef, summary): 
  • widgets/prototypes/OWGeneAtlasTissueExpression.py

    r1472 r1500  
    296296            self.error(0) 
    297297            self.update_info_box(query_running=True) 
     298            self.progressBarInit() 
    298299            self.controlArea.setEnabled(False) 
    299300            self.results = None 
     
    304305                                      name="Query Gene Expression Atlas", 
    305306                                      onError=self.handle_assync_error) 
    306                  
    307                 call() 
     307                QObject.connect(call, SIGNAL("progressChanged(float)"), self.progressBarSet) 
     308                call(progress_callback=call.emitProgressChanged) 
    308309                self.results = call.get_result(processEvents=True) 
    309310            except obiArrayExpress.GeneAtlasError, ex: 
     
    312313                self.controlArea.setEnabled(True) 
    313314                self.update_info_box(query_running=False) 
     315                self.progressBarFinished() 
    314316             
    315317            self.query_genes = genes 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.