Changeset 1546:ddd6bfae87e9 in orange-bioinformatics


Ignore:
Timestamp:
02/03/12 12:23:18 (2 years ago)
Author:
ales_erjavec
Branch:
default
Message:

Added EnzymeEntry class.

Location:
obiKEGG2
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • obiKEGG2/databases.py

    r1538 r1546  
    190190              ("DATA_SOURCE", fields.DBSimpleField), 
    191191              ("ORIGINAL_DB", fields.DBSimpleField), 
     192              ("KEYWORDS", fields.DBSimpleField), 
     193              ("DISEASE", fields.DBSimpleField), 
     194              ("COMMENT", fields.DBSimpleField), 
    192195              ("CHROMOSOME", fields.DBFieldWithSubsections), 
    193196              ("STATISTICS", fields.DBSimpleField), 
     
    257260     
    258261    def search(self, string, relevance=False): 
     262        """ Search the genome database for string using ``bfind``. 
     263        """ 
    259264        if relevance: 
    260265            raise NotImplementedError("relevance is no longer supported") 
     
    270275        res = [r.split(" ", 1)[1] for r in res] 
    271276        return res 
     277     
    272278     
    273279@entry.entry_decorate 
     
    339345        self._keys = [] # All keys are not available 
    340346 
    341 KEGGCompounds = Compounds 
    342347 
    343348@entry.entry_decorate     
     
    367372    DB = "dr" 
    368373     
     374@entry.entry_decorate 
     375class EnzymeEntry(entry.DBEntry): 
     376    FIELDS = [("ENTRY", fields.DBEntryField), 
     377              ("NAME", fields.DBNameField), 
     378              ("CLASS", fields.DBSimpleField), 
     379              ("SYSNAME", fields.DBSimpleField), 
     380              ("REACTION", fields.DBSimpleField), 
     381              ("ALL_REAC", fields.DBSimpleField), 
     382              ("SUBSTRATE", fields.DBSimpleField), 
     383              ("PRODUCT", fields.DBSimpleField), 
     384              ("COMMENT", fields.DBSimpleField), 
     385              ("REFERENCE", fields.DBReference), 
     386              ("PATHWAY", fields.DBPathway), 
     387              ("ORTHOLOGY", fields.DBSimpleField), 
     388              ("GENES", fields.DBSimpleField), 
     389              ("DBLINKS", fields.DBDBLinks) 
     390              ] 
     391     
     392    MULTIPLE_FIELDS = ["REFERENCE"] 
     393     
    369394class Enzymes(DBDataBase): 
    370395    DB = "ec" 
     396    ENTRY_TYPE = EnzymeEntry 
     397     
    371398     
    372399@entry.entry_decorate 
     
    382409    DB = "ko" 
    383410    ENTRY_TYPE = OrthologyEntry 
     411     
    384412     
    385413@entry.entry_decorate 
     
    395423              ("ORGANISM", fields.DBSimpleField), 
    396424              ("GENE", fields.DBGeneField), 
    397               ("ENZYME", fields.DBSimpleField), 
    398               ("COMPOUND", fields.DBSimpleField), 
     425              ("ENZYME", fields.DBEnzymeField), 
     426              ("COMPOUND", fields.DBCompoundField), 
    399427              ("REFERENCE", fields.DBReference), 
    400428              ("REL_PATHWAY", fields.DBSimpleField), 
  • obiKEGG2/entry/fields.py

    r1532 r1546  
    142142    @property 
    143143    def pathways(self): 
    144         return [s.split(" ", 1)[0] for s in self.text.splitlines()] 
     144        return self._convert() 
     145     
     146    def _convert(self): 
     147        text = DBSimpleField._convert(self) 
     148        return [line.split(" ", 1)[0] for line in text.splitlines()] 
    145149     
    146150     
     
    157161        return int(self.text.split("\n", 1)[0]) 
    158162     
     163    def _convert(self): 
     164        text = DBSimpleField._convert(self) 
     165        count, seq = text.split("\n", 1) 
     166        return seq.replace("\n", "") 
     167     
    159168     
    160169class DBNTSeq(DBSimpleField): 
     
    170179        return int(self.text.split("\n", 1)[0]) 
    171180     
     181    def _convert(self): 
     182        text = DBSimpleField._convert(self) 
     183        count, seq = text.split("\n", 1) 
     184        return seq.replace("\n", "") 
     185     
    172186     
    173187class DBPathwayMapField(DBSimpleField): 
     
    192206        return [line.split(" ", 1)[0] for line in lines] 
    193207     
    194      
     208class DBEnzymeField(DBSimpleField): 
     209    __SLOTS__ = ["text"] 
     210    TITLE = "ENZYME" 
     211     
     212    def _convert(self): 
     213        text = DBSimpleField._convert(self) 
     214        lines = text.splitlines() 
     215        return lines 
     216     
     217class DBCompoundField(DBSimpleField): 
     218    __SLOTS__ = ["text"] 
     219    TITLE = "COMPOUND" 
     220     
     221    def _convert(self): 
     222        text = DBSimpleField._convert(self) 
     223        lines = text.splitlines() 
     224        return [line.split(" ", 1)[0] for line in lines] 
     225     
     226     
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.