Ticket #564 (closed wish: fixed)

Opened 5 years ago

Last modified 4 years ago

informacije o organizmu in orientaciji podatkov (kje so geni) naj se med widgeti shranjujejo

Reported by: blaz Owned by: ales
Milestone: 2.6 Component: canvas
Severity: immediate Keywords:
Cc: marko.toplak@… Blocking:
Blocked By:

Description

Če v GEO (ali v podobnem widgetu) izberem data set določenega organizma, naj se taxid shrani s podatki. Npr. se v data=ExampleTable() doda nov atribut data.taxid. Podobno naj se shrani podatek o tem, kje so geni (data.genesinrows=True ali false). Ta podatek naj potem ustrezno uporabljajo ostali widgeti (Gene Selection, GO Browser, KEGG, ...), in naj ga ustrezno pošiljajo naprej.

Podobno je potrebno popraviti PIPA widget (tudi tam so podatki vezani na določen organizem).

Primer:

V spodnji shemi

http://img.skitch.com/20100302-tpeiqm9dc3wjt5tikkkrueu9p3.png

sem pri geo izbral podatke

http://img.skitch.com/20100302-cxhxeysxuym2i8bsjk2bc76qcp.png

ko odprem GO, je sedaj uporabljen napačen organizem:

http://img.skitch.com/20100302-q1b1jmbjkknie4md8re7g5u1u8.png

Ideja je, da če je .taxid nastavljen oz. če je .geneinrows nastavljen pri določenih vhodnih podatkih, se ta informacija uporabi, sicer pa tako kot sedaj.

Change History

comment:1 Changed 5 years ago by marko

  • Cc marko.toplak@… added

Kaj storiti, če je v data setu več organizmov (možno v PIPI)? Predlagam, da se takrat organizem ne nastavi.

comment:2 Changed 5 years ago by blaz

Se strinjam z Markotom (to je sicer bolj izjema, tipično bodo tudi v PIPI izbirali podatke istega organizma).

comment:3 Changed 4 years ago by ales

  • Status changed from new to closed
  • Resolution set to fixed
Note: See TracTickets for help on using tickets.